MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 plasmid pCAL6303.02

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019728	TGCTT	2	10	2722	2731	0 %	60 %	20 %	20 %	428303570
2	NC_019728	ATGTA	2	10	2755	2764	40 %	40 %	20 %	0 %	428303570
3	NC_019728	GAGAA	2	10	2954	2963	60 %	0 %	40 %	0 %	428303570
4	NC_019728	GAAAA	2	10	5379	5388	80 %	0 %	20 %	0 %	428303572
5	NC_019728	TAAAT	2	10	5524	5533	60 %	40 %	0 %	0 %	428303572
6	NC_019728	ATCTT	2	10	6393	6402	20 %	60 %	0 %	20 %	428303573
7	NC_019728	ATTCT	2	10	6701	6710	20 %	60 %	0 %	20 %	428303574
8	NC_019728	AAACA	2	10	7087	7096	80 %	0 %	0 %	20 %	428303574
9	NC_019728	ACCTC	2	10	9456	9465	20 %	20 %	0 %	60 %	428303575
10	NC_019728	TTTTG	2	10	11783	11792	0 %	80 %	20 %	0 %	428303577
11	NC_019728	ATCTT	2	10	12548	12557	20 %	60 %	0 %	20 %	428303578
12	NC_019728	GGATG	2	10	17208	17217	20 %	20 %	60 %	0 %	428303579
13	NC_019728	ATGTA	2	10	17253	17262	40 %	40 %	20 %	0 %	428303579
14	NC_019728	TAATT	2	10	18642	18651	40 %	60 %	0 %	0 %	428303580
15	NC_019728	AAAAT	2	10	19539	19548	80 %	20 %	0 %	0 %	428303581
16	NC_019728	TCCCA	2	10	21091	21100	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_019728	CTTTT	2	10	22374	22383	0 %	80 %	0 %	20 %	428303582
18	NC_019728	TTTAT	2	10	22413	22422	20 %	80 %	0 %	0 %	428303582
19	NC_019728	ATTTT	2	10	23961	23970	20 %	80 %	0 %	0 %	428303582
20	NC_019728	GTCGG	2	10	26292	26301	0 %	20 %	60 %	20 %	428303585
21	NC_019728	AATCA	2	10	28112	28121	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019728	AAATT	2	10	29154	29163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019728	TTTGG	2	10	30639	30648	0 %	60 %	40 %	0 %	428303591
24	NC_019728	TAATC	2	10	31135	31144	40 %	40 %	0 %	20 %	428303592
25	NC_019728	AATTA	2	10	34738	34747	60 %	40 %	0 %	0 %	428303595
26	NC_019728	GCTTT	2	10	37293	37302	0 %	60 %	20 %	20 %	428303599
27	NC_019728	CCGCC	2	10	40389	40398	0 %	0 %	20 %	80 %	428303602
28	NC_019728	TAACG	2	10	40549	40558	40 %	20 %	20 %	20 %	428303602
29	NC_019728	GGAAA	2	10	41800	41809	60 %	0 %	40 %	0 %	428303602
30	NC_019728	CAACC	2	10	41981	41990	40 %	0 %	0 %	60 %	428303602
31	NC_019728	TATCT	2	10	43422	43431	20 %	60 %	0 %	20 %	428303604
32	NC_019728	GATGG	2	10	46170	46179	20 %	20 %	60 %	0 %	428303607
33	NC_019728	TCGAA	2	10	46360	46369	40 %	20 %	20 %	20 %	428303607
34	NC_019728	AAAGC	2	10	47005	47014	60 %	0 %	20 %	20 %	428303608
35	NC_019728	CCATC	2	10	48124	48133	20 %	20 %	0 %	60 %	428303609
36	NC_019728	TCAAG	2	10	49193	49202	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_019728	ATTTG	2	10	49503	49512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019728	ATTTT	2	10	49896	49905	20 %	80 %	0 %	0 %	428303610
39	NC_019728	TTATT	2	10	51180	51189	20 %	80 %	0 %	0 %	428303611
40	NC_019728	CTAAA	2	10	51522	51531	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019728	TGGGG	2	10	52259	52268	0 %	20 %	80 %	0 %	428303612
42	NC_019728	CGCTT	2	10	52969	52978	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_019728	AACCA	2	10	53335	53344	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_019728	AAGGT	2	10	55030	55039	40 %	20 %	40 %	0 %	428303614
45	NC_019728	AATCG	2	10	55488	55497	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.