MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 plasmid pCAL6303.01

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019727	CTGTA	2	10	109	118	20 %	40 %	20 %	20 %	428303472
2	NC_019727	TGGAA	2	10	2088	2097	40 %	20 %	40 %	0 %	428303474
3	NC_019727	CTACA	2	10	3818	3827	40 %	20 %	0 %	40 %	428303475
4	NC_019727	AAATT	2	10	4296	4305	60 %	40 %	0 %	0 %	428303475
5	NC_019727	AAATT	2	10	6149	6158	60 %	40 %	0 %	0 %	428303478
6	NC_019727	TCAAA	2	10	6969	6978	60 %	20 %	0 %	20 %	428303478
7	NC_019727	GCTTG	2	10	9730	9739	0 %	40 %	40 %	20 %	428303480
8	NC_019727	TCAAA	2	10	10355	10364	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_019727	TTGCT	2	10	11283	11292	0 %	60 %	20 %	20 %	428303481
10	NC_019727	GTAAA	2	10	11894	11903	60 %	20 %	20 %	0 %	428303481
11	NC_019727	AACTA	2	10	12126	12135	60 %	20 %	0 %	20 %	428303481
12	NC_019727	AAGTA	2	10	13321	13330	60 %	20 %	20 %	0 %	428303481
13	NC_019727	CATTT	2	10	14349	14358	20 %	60 %	0 %	20 %	428303481
14	NC_019727	AACTT	2	10	16145	16154	40 %	40 %	0 %	20 %	428303482
15	NC_019727	CCAAA	2	10	16586	16595	60 %	0 %	0 %	40 %	428303483
16	NC_019727	CCATC	2	10	24133	24142	20 %	20 %	0 %	60 %	428303490
17	NC_019727	CCCCT	2	10	24388	24397	0 %	20 %	0 %	80 %	428303490
18	NC_019727	GCTCC	2	10	27021	27030	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_019727	ATAAG	2	10	27436	27445	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019727	ATTAA	2	10	27911	27920	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019727	GTTGG	2	10	28358	28367	0 %	40 %	60 %	0 %	428303493
22	NC_019727	TGGGG	2	10	29760	29769	0 %	20 %	80 %	0 %	428303494
23	NC_019727	TGTGA	2	10	31615	31624	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019727	TTCCC	2	10	32316	32325	0 %	40 %	0 %	60 %	428303499
25	NC_019727	CAGAG	2	10	34167	34176	40 %	0 %	40 %	20 %	428303500
26	NC_019727	CCAAA	2	10	34320	34329	60 %	0 %	0 %	40 %	428303500
27	NC_019727	GCATG	2	10	40501	40510	20 %	20 %	40 %	20 %	428303504
28	NC_019727	ATTCA	2	10	42049	42058	40 %	40 %	0 %	20 %	428303505
29	NC_019727	AATCG	2	10	42103	42112	40 %	20 %	20 %	20 %	428303505
30	NC_019727	ACCGC	2	10	42904	42913	20 %	0 %	20 %	60 %	428303506
31	NC_019727	TTGCA	2	10	45885	45894	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_019727	CTCAA	2	10	45964	45973	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_019727	TGTAA	2	10	46128	46137	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019727	ATCGT	2	10	47193	47202	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_019727	CCATT	2	10	47545	47554	20 %	40 %	0 %	40 %	428303510
36	NC_019727	CAAAT	2	10	49737	49746	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_019727	TAATT	2	10	55725	55734	40 %	60 %	0 %	0 %	428303516
38	NC_019727	CGAAT	2	10	55987	55996	40 %	20 %	20 %	20 %	428303516
39	NC_019727	CAATC	2	10	57575	57584	40 %	20 %	0 %	40 %	428303517
40	NC_019727	CTTTT	2	10	59363	59372	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019727	AATTC	2	10	60239	60248	40 %	40 %	0 %	20 %	428303518
42	NC_019727	GATGA	2	10	60348	60357	40 %	20 %	40 %	0 %	428303518
43	NC_019727	CTTTG	2	10	61015	61024	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019727	TGAGT	2	10	61406	61415	20 %	40 %	40 %	0 %	428303519
45	NC_019727	GAAGC	2	10	61728	61737	40 %	0 %	40 %	20 %	428303519
46	NC_019727	TTTTC	2	10	63163	63172	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_019727	TACGA	2	10	64562	64571	40 %	20 %	20 %	20 %	428303520
48	NC_019727	TTAAG	2	10	66266	66275	40 %	40 %	20 %	0 %	428303521
49	NC_019727	AAAAT	2	10	66317	66326	80 %	20 %	0 %	0 %	428303521
50	NC_019727	TCTTT	2	10	66980	66989	0 %	80 %	0 %	20 %	428303521
51	NC_019727	AAATG	2	10	67529	67538	60 %	20 %	20 %	0 %	428303521
52	NC_019727	AAACT	2	10	68205	68214	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_019727	TGAAA	2	10	69496	69505	60 %	20 %	20 %	0 %	428303523
54	NC_019727	AAATT	2	10	70504	70513	60 %	40 %	0 %	0 %	428303524
55	NC_019727	CCATA	2	10	71944	71953	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_019727	AAACC	2	10	72464	72473	60 %	0 %	0 %	40 %	428303525
57	NC_019727	TTAAT	2	10	75298	75307	40 %	60 %	0 %	0 %	428303525
58	NC_019727	TTCAT	2	10	79308	79317	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_019727	ATTTT	2	10	80521	80530	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019727	CTTAA	2	10	80572	80581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.