MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 plasmid pCAL6303.01

Total Repeats: 240

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019727	CATT	2	8	148	155	25 %	50 %	0 %	25 %	428303472
2	NC_019727	TTTG	2	8	513	520	0 %	75 %	25 %	0 %	428303472
3	NC_019727	TGCT	2	8	653	660	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_019727	CAAC	2	8	863	870	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_019727	ACAA	2	8	1007	1014	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_019727	GCTG	2	8	1275	1282	0 %	25 %	50 %	25 %	428303473
7	NC_019727	TTGA	2	8	1419	1426	25 %	50 %	25 %	0 %	428303473
8	NC_019727	AATG	2	8	2236	2243	50 %	25 %	25 %	0 %	428303474
9	NC_019727	GCTC	2	8	2602	2609	0 %	25 %	25 %	50 %	428303474
10	NC_019727	TATT	2	8	2719	2726	25 %	75 %	0 %	0 %	428303474
11	NC_019727	GGTT	2	8	3441	3448	0 %	50 %	50 %	0 %	428303475
12	NC_019727	CCAT	2	8	3519	3526	25 %	25 %	0 %	50 %	428303475
13	NC_019727	GTTG	2	8	3535	3542	0 %	50 %	50 %	0 %	428303475
14	NC_019727	GAAG	2	8	3607	3614	50 %	0 %	50 %	0 %	428303475
15	NC_019727	TGTT	2	8	3795	3802	0 %	75 %	25 %	0 %	428303475
16	NC_019727	GGTT	2	8	4468	4475	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019727	TGTA	2	8	4695	4702	25 %	50 %	25 %	0 %	428303476
18	NC_019727	ACTT	2	8	5081	5088	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_019727	CATT	2	8	5150	5157	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_019727	TCCT	2	8	5658	5665	0 %	50 %	0 %	50 %	428303477
21	NC_019727	TATG	2	8	5891	5898	25 %	50 %	25 %	0 %	428303477
22	NC_019727	AAGA	2	8	5983	5990	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019727	AACC	2	8	6166	6173	50 %	0 %	0 %	50 %	428303478
24	NC_019727	CGAT	2	8	7231	7238	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_019727	GTGG	2	8	7275	7282	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019727	CAAT	2	8	7594	7601	50 %	25 %	0 %	25 %	428303479
27	NC_019727	ATCC	2	8	8585	8592	25 %	25 %	0 %	50 %	428303480
28	NC_019727	ACTT	2	8	9838	9845	25 %	50 %	0 %	25 %	428303480
29	NC_019727	CCAA	2	8	9890	9897	50 %	0 %	0 %	50 %	428303480
30	NC_019727	CAAG	2	8	9998	10005	50 %	0 %	25 %	25 %	428303480
31	NC_019727	AATT	2	8	10605	10612	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019727	TCGC	2	8	10986	10993	0 %	25 %	25 %	50 %	428303481
33	NC_019727	AGCA	2	8	11061	11068	50 %	0 %	25 %	25 %	428303481
34	NC_019727	AACT	2	8	11172	11179	50 %	25 %	0 %	25 %	428303481
35	NC_019727	ACTA	2	8	11403	11410	50 %	25 %	0 %	25 %	428303481
36	NC_019727	TGTT	2	8	11829	11836	0 %	75 %	25 %	0 %	428303481
37	NC_019727	CCAG	2	8	11837	11844	25 %	0 %	25 %	50 %	428303481
38	NC_019727	TTTA	2	8	12393	12400	25 %	75 %	0 %	0 %	428303481
39	NC_019727	TCTT	2	8	12529	12536	0 %	75 %	0 %	25 %	428303481
40	NC_019727	AAGT	2	8	12786	12793	50 %	25 %	25 %	0 %	428303481
41	NC_019727	CAGT	2	8	13210	13217	25 %	25 %	25 %	25 %	428303481
42	NC_019727	TTGT	2	8	13363	13370	0 %	75 %	25 %	0 %	428303481
43	NC_019727	TTGT	2	8	14465	14472	0 %	75 %	25 %	0 %	428303481
44	NC_019727	AACT	2	8	14627	14634	50 %	25 %	0 %	25 %	428303481
45	NC_019727	CATT	2	8	14698	14705	25 %	50 %	0 %	25 %	428303481
46	NC_019727	ATTA	2	8	15604	15611	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019727	TAGC	2	8	15825	15832	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_019727	TCAA	2	8	15979	15986	50 %	25 %	0 %	25 %	428303482
49	NC_019727	GCGT	2	8	16182	16189	0 %	25 %	50 %	25 %	428303482
50	NC_019727	CAAT	2	8	16500	16507	50 %	25 %	0 %	25 %	428303483
51	NC_019727	CAAA	2	8	16549	16556	75 %	0 %	0 %	25 %	428303483
52	NC_019727	AGGT	2	8	16754	16761	25 %	25 %	50 %	0 %	428303483
53	NC_019727	AAAT	2	8	17091	17098	75 %	25 %	0 %	0 %	428303483
54	NC_019727	CCAA	2	8	17527	17534	50 %	0 %	0 %	50 %	428303483
55	NC_019727	ACCC	2	8	17562	17569	25 %	0 %	0 %	75 %	428303483
56	NC_019727	AATA	2	8	17631	17638	75 %	25 %	0 %	0 %	428303483
57	NC_019727	ATAA	2	8	17666	17673	75 %	25 %	0 %	0 %	428303483
58	NC_019727	TGGG	2	8	18084	18091	0 %	25 %	75 %	0 %	428303484
59	NC_019727	GCCA	2	8	18109	18116	25 %	0 %	25 %	50 %	428303484
60	NC_019727	GGCT	2	8	18169	18176	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_019727	ATTT	2	8	18934	18941	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019727	ACGA	2	8	19045	19052	50 %	0 %	25 %	25 %	428303486
63	NC_019727	GTAA	2	8	19601	19608	50 %	25 %	25 %	0 %	428303487
64	NC_019727	CCAA	2	8	20176	20183	50 %	0 %	0 %	50 %	428303488
65	NC_019727	TGGG	2	8	20260	20267	0 %	25 %	75 %	0 %	428303488
66	NC_019727	ATGG	2	8	20556	20563	25 %	25 %	50 %	0 %	428303488
67	NC_019727	AGAA	2	8	20623	20630	75 %	0 %	25 %	0 %	428303488
68	NC_019727	AAAC	2	8	21544	21551	75 %	0 %	0 %	25 %	428303488
69	NC_019727	GAGT	2	8	22234	22241	25 %	25 %	50 %	0 %	428303489
70	NC_019727	CAAC	2	8	22564	22571	50 %	0 %	0 %	50 %	428303489
71	NC_019727	GCAG	2	8	23001	23008	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_019727	TACT	2	8	23075	23082	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_019727	TAAT	2	8	25229	25236	50 %	50 %	0 %	0 %	428303490
74	NC_019727	CTTT	2	8	25624	25631	0 %	75 %	0 %	25 %	428303490
75	NC_019727	CTGG	2	8	25754	25761	0 %	25 %	50 %	25 %	428303490
76	NC_019727	AATT	2	8	26127	26134	50 %	50 %	0 %	0 %	428303490
77	NC_019727	TGCT	2	8	26183	26190	0 %	50 %	25 %	25 %	428303490
78	NC_019727	GGAG	2	8	26731	26738	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019727	TCGG	2	8	26973	26980	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_019727	GCTT	2	8	27268	27275	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_019727	AAGG	2	8	27375	27382	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019727	ATAC	2	8	27424	27431	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_019727	TTTG	2	8	27500	27507	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019727	TAGT	2	8	27579	27586	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019727	CATT	2	8	27980	27987	25 %	50 %	0 %	25 %	428303492
86	NC_019727	GCTA	2	8	28808	28815	25 %	25 %	25 %	25 %	428303494
87	NC_019727	GCTC	2	8	28840	28847	0 %	25 %	25 %	50 %	428303494
88	NC_019727	ACTC	2	8	28930	28937	25 %	25 %	0 %	50 %	428303494
89	NC_019727	TTGT	2	8	29348	29355	0 %	75 %	25 %	0 %	428303494
90	NC_019727	CAAT	2	8	29360	29367	50 %	25 %	0 %	25 %	428303494
91	NC_019727	TGGC	2	8	29961	29968	0 %	25 %	50 %	25 %	428303495
92	NC_019727	AGCC	2	8	30053	30060	25 %	0 %	25 %	50 %	428303495
93	NC_019727	AAAT	2	8	30317	30324	75 %	25 %	0 %	0 %	428303496
94	NC_019727	TTGC	2	8	30792	30799	0 %	50 %	25 %	25 %	428303497
95	NC_019727	CAGT	2	8	30807	30814	25 %	25 %	25 %	25 %	428303497
96	NC_019727	AATA	2	8	31049	31056	75 %	25 %	0 %	0 %	428303498
97	NC_019727	ACCC	2	8	31276	31283	25 %	0 %	0 %	75 %	428303498
98	NC_019727	TCCT	2	8	31634	31641	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_019727	AAGA	2	8	31915	31922	75 %	0 %	25 %	0 %	428303499
100	NC_019727	GGTT	2	8	32167	32174	0 %	50 %	50 %	0 %	428303499
101	NC_019727	TTGG	2	8	32546	32553	0 %	50 %	50 %	0 %	428303499
102	NC_019727	ATTG	2	8	33384	33391	25 %	50 %	25 %	0 %	428303500
103	NC_019727	ATGG	2	8	34563	34570	25 %	25 %	50 %	0 %	428303500
104	NC_019727	ATAC	2	8	34575	34582	50 %	25 %	0 %	25 %	428303500
105	NC_019727	AGTT	2	8	35213	35220	25 %	50 %	25 %	0 %	428303500
106	NC_019727	AAAC	2	8	35457	35464	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_019727	GTTA	2	8	35575	35582	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019727	TTTA	2	8	35899	35906	25 %	75 %	0 %	0 %	428303501
109	NC_019727	AGCA	2	8	36354	36361	50 %	0 %	25 %	25 %	428303501
110	NC_019727	CGAG	2	8	36556	36563	25 %	0 %	50 %	25 %	428303501
111	NC_019727	ATCG	2	8	36574	36581	25 %	25 %	25 %	25 %	428303501
112	NC_019727	TAAA	2	8	37446	37453	75 %	25 %	0 %	0 %	428303502
113	NC_019727	CAGC	2	8	38000	38007	25 %	0 %	25 %	50 %	428303502
114	NC_019727	CCAA	2	8	39006	39013	50 %	0 %	0 %	50 %	428303503
115	NC_019727	CAAC	2	8	39262	39269	50 %	0 %	0 %	50 %	428303503
116	NC_019727	TTGT	2	8	39727	39734	0 %	75 %	25 %	0 %	428303503
117	NC_019727	ATCC	2	8	39862	39869	25 %	25 %	0 %	50 %	428303503
118	NC_019727	TTTA	2	8	39962	39969	25 %	75 %	0 %	0 %	428303503
119	NC_019727	ATCC	2	8	40977	40984	25 %	25 %	0 %	50 %	428303505
120	NC_019727	TCGC	2	8	42585	42592	0 %	25 %	25 %	50 %	428303505
121	NC_019727	TATC	2	8	42630	42637	25 %	50 %	0 %	25 %	428303505
122	NC_019727	TGTT	2	8	42723	42730	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019727	ATGA	2	8	42844	42851	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019727	AGCC	2	8	43390	43397	25 %	0 %	25 %	50 %	428303506
125	NC_019727	AATT	2	8	43460	43467	50 %	50 %	0 %	0 %	428303506
126	NC_019727	GGTT	2	8	44182	44189	0 %	50 %	50 %	0 %	428303507
127	NC_019727	TCAA	2	8	44468	44475	50 %	25 %	0 %	25 %	428303507
128	NC_019727	CATC	2	8	44643	44650	25 %	25 %	0 %	50 %	428303507
129	NC_019727	AGCC	2	8	44754	44761	25 %	0 %	25 %	50 %	428303507
130	NC_019727	TATC	2	8	44914	44921	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_019727	TCAC	2	8	44966	44973	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_019727	ACTT	2	8	45236	45243	25 %	50 %	0 %	25 %	428303508
133	NC_019727	CGTC	2	8	45913	45920	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019727	CGAT	2	8	46649	46656	25 %	25 %	25 %	25 %	428303509
135	NC_019727	CTTT	2	8	47262	47269	0 %	75 %	0 %	25 %	428303510
136	NC_019727	AACC	2	8	48405	48412	50 %	0 %	0 %	50 %	428303511
137	NC_019727	TTCC	2	8	48945	48952	0 %	50 %	0 %	50 %	428303511
138	NC_019727	GCTT	2	8	49064	49071	0 %	50 %	25 %	25 %	428303511
139	NC_019727	TGGC	2	8	50146	50153	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_019727	CTCC	2	8	50276	50283	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
141	NC_019727	ATTT	2	8	50314	50321	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019727	TATT	2	8	50340	50347	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019727	GTTT	2	8	50428	50435	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019727	CTTG	2	8	50493	50500	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_019727	TATC	2	8	50617	50624	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.