MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7502 chromosome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019702	TATAAA	2	12	37654	37665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019702	ATTCAG	2	12	42650	42661	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_019702	TTACGA	2	12	73617	73628	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_019702	TGGCTT	2	12	127641	127652	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_019702	TATTTT	2	12	139542	139553	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019702	TAAAGA	2	12	139802	139813	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019702	AATTTT	2	12	140725	140736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019702	TTTTTG	2	12	150881	150892	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019702	TAAAAA	2	12	160969	160980	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019702	TTGGTT	2	12	242106	242117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019702	ATTAGA	2	12	312586	312597	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019702	ATGAGG	2	12	322339	322350	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019702	ATAGCT	2	12	335011	335022	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_019702	ACTTTT	2	12	336886	336897	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_019702	ATATTT	2	12	364083	364094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019702	ATTCTT	2	12	391389	391400	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_019702	AGTTAA	2	12	443832	443843	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019702	TTAATC	2	12	469466	469477	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_019702	TTCAAG	2	12	500012	500023	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_019702	AATAAA	2	12	514206	514217	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019702	TGCATC	2	12	537449	537460	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019702	AGTCTA	2	12	537946	537957	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_019702	AAAGGC	2	12	559281	559292	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_019702	TAAAAC	2	12	561935	561946	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_019702	ACAAAT	2	12	563281	563292	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_019702	AATTTT	2	12	572112	572123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019702	CTTTCA	2	12	609982	609993	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019702	GCAAAA	2	12	616135	616146	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_019702	TAAAAA	2	12	636993	637004	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019702	CAAGTT	2	12	673801	673812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_019702	TAGTTT	2	12	699165	699176	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019702	TAAGCT	2	12	714419	714430	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_019702	GTTTTT	2	12	737947	737958	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019702	AATTTG	2	12	740775	740786	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019702	ACACCA	2	12	745367	745378	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_019702	TTTCAT	2	12	754646	754657	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019702	ACCATA	2	12	761800	761811	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_019702	TAAAAA	2	12	805524	805535	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019702	AGGTAT	2	12	844310	844321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019702	TCTCTA	2	12	867757	867768	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019702	TAGGGC	2	12	881773	881784	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019702	TTCAAA	2	12	886578	886589	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_019702	GGGTTT	2	12	886806	886817	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019702	AGGGCA	2	12	887032	887043	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_019702	AATTGC	2	12	900208	900219	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_019702	TTTCAA	2	12	943276	943287	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019702	ACTGGC	2	12	946115	946126	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_019702	TTTAAT	2	12	966688	966699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019702	GAAAAT	2	12	989118	989129	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019702	AAAACT	2	12	1056177	1056188	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_019702	TTAGAT	2	12	1103325	1103336	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019702	AAAATT	2	12	1107292	1107303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019702	TTAATT	2	12	1153776	1153787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019702	TTTTAA	2	12	1166586	1166597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019702	CTAAAA	2	12	1173902	1173913	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_019702	ATAATT	2	12	1174075	1174086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019702	AAAGCA	2	12	1178300	1178311	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_019702	TAAATT	2	12	1200112	1200123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019702	AACCAA	2	12	1242186	1242197	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_019702	AGCCTG	2	12	1268553	1268564	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019702	CAGAGG	2	12	1287665	1287676	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_019702	ACCAAA	2	12	1287967	1287978	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019702	AAATAC	2	12	1362256	1362267	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_019702	AATATA	2	12	1391837	1391848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019702	GCTTAG	2	12	1394330	1394341	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_019702	TCACCT	2	12	1416292	1416303	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_019702	ACTTTT	2	12	1424361	1424372	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_019702	CATAAA	2	12	1457220	1457231	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_019702	TAGATT	2	12	1461758	1461769	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019702	CTCAAA	2	12	1482895	1482906	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019702	AAAGTT	2	12	1485929	1485940	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019702	AAATAA	2	12	1528851	1528862	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019702	AAACTT	2	12	1541440	1541451	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_019702	TAAAAC	2	12	1557837	1557848	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_019702	ACTGTT	2	12	1570584	1570595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019702	AAACTT	2	12	1574847	1574858	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_019702	TGTTAC	2	12	1599255	1599266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_019702	GTAATG	2	12	1606615	1606626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019702	TTATTT	2	12	1694306	1694317	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019702	AAAGCA	2	12	1714929	1714940	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_019702	CTAAGT	2	12	1723219	1723230	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_019702	ATTCAA	2	12	1732269	1732280	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_019702	ATCAAA	2	12	1768742	1768753	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_019702	AAATTC	2	12	1806042	1806053	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_019702	TCGCTT	2	12	1848920	1848931	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019702	CCAGTA	2	12	1892868	1892879	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019702	TTTATT	2	12	1910172	1910183	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019702	TATTTT	2	12	1913497	1913508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019702	TAGTTG	2	12	1925014	1925025	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019702	TAACTT	2	12	1927019	1927030	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_019702	TTATAC	2	12	1937562	1937573	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_019702	CTAAAA	2	12	1950508	1950519	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_019702	AAAGCT	2	12	1971725	1971736	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_019702	AAAGCT	2	12	1974838	1974849	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_019702	ATAGCT	2	12	1978681	1978692	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_019702	ATGTAA	2	12	2017700	2017711	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019702	AGTTTA	2	12	2077744	2077755	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019702	TAAAAA	2	12	2079955	2079966	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019702	CCTGAT	2	12	2091064	2091075	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019702	ATACCC	2	12	2153498	2153509	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_019702	AAAACC	2	12	2159676	2159687	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019702	ATCTAT	2	12	2174315	2174326	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_019702	ATAAAT	2	12	2241407	2241418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019702	CTTTTG	2	12	2388585	2388596	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_019702	CCAGTT	2	12	2425275	2425286	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_019702	TAGTTA	2	12	2435124	2435135	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019702	TAGAGT	2	12	2459489	2459500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019702	TAATTT	2	12	2476358	2476369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019702	AGTTAA	2	12	2483384	2483395	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019702	ATAGAT	2	12	2502247	2502258	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019702	CCTTTG	2	12	2527991	2528002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_019702	AAAATC	2	12	2529562	2529573	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_019702	AATCTT	2	12	2540185	2540196	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_019702	CTATTT	2	12	2549393	2549404	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_019702	TAATAT	2	12	2564043	2564054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019702	CCTTGA	2	12	2570604	2570615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019702	AATTCC	2	12	2572924	2572935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019702	TGATCT	2	12	2593228	2593239	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_019702	TTAATA	2	12	2596809	2596820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019702	TATAAG	2	12	2609378	2609389	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019702	TTTAAT	2	12	2625517	2625528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019702	TCTGGC	2	12	2636865	2636876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019702	ATCGAA	2	12	2637301	2637312	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_019702	ACGGCG	2	12	2647648	2647659	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019702	TTTAGA	2	12	2701199	2701210	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019702	GTTCAG	2	12	2701657	2701668	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_019702	GACAAA	2	12	2710986	2710997	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_019702	AGATAC	2	12	2712743	2712754	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_019702	TGTATC	2	12	2715513	2715524	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_019702	ATCTAA	2	12	2753671	2753682	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_019702	TCTCCT	2	12	2773743	2773754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_019702	GCCTTA	2	12	2774333	2774344	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019702	GAAAGC	2	12	2788059	2788070	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_019702	GAAGGC	2	12	2788745	2788756	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_019702	CTTCAC	2	12	2788899	2788910	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_019702	ACGTAA	2	12	2830260	2830271	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_019702	AGTGAT	2	12	2836655	2836666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019702	CCCAAA	2	12	2854353	2854364	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_019702	GCAAGT	2	12	2865624	2865635	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_019702	TTAAAT	2	12	2872055	2872066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019702	TAATCA	2	12	2904321	2904332	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_019702	GTTCTA	2	12	2915088	2915099	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_019702	TAAGCA	2	12	2927821	2927832	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_019702	AATCAA	2	12	2928077	2928088	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_019702	GTAGAT	2	12	3009641	3009652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019702	CCTGTT	2	12	3059157	3059168	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_019702	TAAAAA	2	12	3062329	3062340	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019702	TTTTTG	2	12	3076771	3076782	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019702	GGTTGG	2	12	3089162	3089173	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019702	CTTTGC	2	12	3089385	3089396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_019702	CTTCGA	2	12	3095626	3095637	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_019702	GGCTTA	2	12	3102599	3102610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_019702	ATTTCA	2	12	3111199	3111210	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_019702	ATAAAG	2	12	3114170	3114181	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019702	CATCTA	2	12	3119003	3119014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_019702	TTAAGA	2	12	3128387	3128398	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
157	NC_019702	ATAAAG	2	12	3136317	3136328	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_019702	AAGTAA	2	12	3153146	3153157	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019702	AGGCTT	2	12	3165198	3165209	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_019702	AACTTT	2	12	3165222	3165233	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_019702	TGACTT	2	12	3167506	3167517	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_019702	TGTATC	2	12	3194204	3194215	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_019702	ATTTTA	2	12	3229291	3229302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_019702	ATTTTA	2	12	3231268	3231279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_019702	TGTATC	2	12	3269453	3269464	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_019702	AAAGCG	2	12	3281848	3281859	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_019702	AAACAT	2	12	3310890	3310901	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_019702	TTTTTA	2	12	3332450	3332461	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_019702	TTCAAG	2	12	3346321	3346332	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
170	NC_019702	GGCACA	2	12	3346422	3346433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_019702	GGTTGA	2	12	3348259	3348270	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
172	NC_019702	CTACGC	2	12	3412886	3412897	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
173	NC_019702	TTGATC	2	12	3466083	3466094	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
174	NC_019702	TTTGGC	2	12	3490878	3490889	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
175	NC_019702	ATTTAA	2	12	3504013	3504024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.