MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 plasmid pCHRO.01

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019699	TACCGT	2	12	726	737	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428204731
2	NC_019699	GCGATC	2	12	880	891	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204731
3	NC_019699	TGAAAC	2	12	2985	2996	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428204733
4	NC_019699	AGCAAA	2	12	6306	6317	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428204738
5	NC_019699	GAAAAT	2	12	10432	10443	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	428204742
6	NC_019699	ATTGGT	2	12	11098	11109	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	428204743
7	NC_019699	GTTCGC	2	12	11677	11688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428204744
8	NC_019699	CCAATC	2	12	13996	14007	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	428204746
9	NC_019699	CAAAGC	2	12	14630	14641	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	428204746
10	NC_019699	GCGATC	2	12	19436	19447	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204752
11	NC_019699	CCAATC	2	12	19782	19793	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_019699	TGTTCG	2	12	21892	21903	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428204754
13	NC_019699	CTAACC	2	12	23811	23822	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	428204756
14	NC_019699	TAAAAC	2	12	25843	25854	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428204758
15	NC_019699	TAATCA	2	12	26825	26836	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_019699	TGCGGA	2	12	32550	32561	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	428204761
17	NC_019699	CACTTG	2	12	32722	32733	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428204761
18	NC_019699	TGAAAT	2	12	34096	34107	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019699	ACCATT	2	12	37573	37584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428204763
20	NC_019699	TCGGCT	2	12	38507	38518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428204763
21	NC_019699	CGCACC	2	12	41075	41086	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	428204765
22	NC_019699	CTCTAT	2	12	44380	44391	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_019699	CACTGC	2	12	45697	45708	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	428204768
24	NC_019699	AACGGC	2	12	47448	47459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428204769
25	NC_019699	TAGGTG	2	12	49872	49883	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	428204770
26	NC_019699	CACGAC	2	12	56291	56302	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428204778
27	NC_019699	GCGATC	2	12	58368	58379	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204781
28	NC_019699	GGATTT	2	12	59648	59659	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019699	TTAGTT	2	12	61270	61281	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019699	TAGTCA	2	12	63076	63087	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428204785
31	NC_019699	CGCAGA	2	12	64549	64560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428204787
32	NC_019699	CAATTT	2	12	64934	64945	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	428204788
33	NC_019699	GGTATC	2	12	67275	67286	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	428204790
34	NC_019699	GGTTTG	2	12	70571	70582	0 %	50 %	50 %	0 %	428204793
35	NC_019699	GGTAAT	2	12	71066	71077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019699	GGCAAA	2	12	73682	73693	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	428204797
37	NC_019699	GCTCAA	2	12	75732	75743	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428204799
38	NC_019699	ATCGGC	2	12	75972	75983	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204799
39	NC_019699	CGCGAT	2	12	77469	77480	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204801
40	NC_019699	GGGTTA	2	12	77695	77706	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	428204801
41	NC_019699	CCCGAT	2	12	78211	78222	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	428204801
42	NC_019699	CACTTG	2	12	79641	79652	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428204803
43	NC_019699	AACCCA	2	12	79787	79798	50 %	0 %	0 %	50 %	428204803
44	NC_019699	CAATGC	2	12	80128	80139	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428204804
45	NC_019699	GGATCG	2	12	81440	81451	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	428204805
46	NC_019699	TCGCGA	2	12	83809	83820	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204809
47	NC_019699	ACTGGC	2	12	85743	85754	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204811
48	NC_019699	TGAGGG	2	12	91566	91577	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	428204815
49	NC_019699	ATGGGT	2	12	92741	92752	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	428204816
50	NC_019699	TTCAAC	2	12	95483	95494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_019699	ACTCCA	2	12	97550	97561	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	428204822
52	NC_019699	ATTAAA	2	12	106918	106929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019699	AGGCAC	2	12	108008	108019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428204830
54	NC_019699	AATCCG	2	12	112348	112359	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428204832
55	NC_019699	CTGCGG	2	12	114013	114024	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	428204833
56	NC_019699	TATTTG	2	12	119250	119261	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	428204837
57	NC_019699	GCGATC	2	12	125489	125500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204842
58	NC_019699	ACCACG	3	18	126550	126567	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428204844
59	NC_019699	GGAGAC	3	18	129090	129107	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	428204846
60	NC_019699	TTGCAG	2	12	130077	130088	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	428204847
61	NC_019699	TCTTTG	2	12	134084	134095	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_019699	GTTGCG	2	12	134428	134439	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	428204850
63	NC_019699	AGCTAT	2	12	137837	137848	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	428204854
64	NC_019699	TTCTTT	2	12	138123	138134	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_019699	GCAAGG	2	12	141808	141819	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	428204858
66	NC_019699	CAGTTT	2	12	143272	143283	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019699	AAGCTG	2	12	156203	156214	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_019699	AGTCAA	2	12	158397	158408	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428204868
69	NC_019699	ACTGCT	2	12	158512	158523	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428204868
70	NC_019699	TAAGTT	2	12	159996	160007	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019699	TGAGGC	2	12	167572	167583	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	428204878
72	NC_019699	CTCGAT	2	12	168377	168388	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428204879
73	NC_019699	CTGCCT	2	12	168749	168760	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_019699	ATTAGT	2	12	171355	171366	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	428204883
75	NC_019699	GCCACA	2	12	172108	172119	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_019699	GCGATC	2	12	177556	177567	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019699	GCGATC	2	12	177908	177919	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204892
78	NC_019699	CAAACA	2	12	188721	188732	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019699	AAACAA	2	12	199266	199277	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	428204911
80	NC_019699	TGCAAT	2	12	205015	205026	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_019699	TCTCTT	2	12	205673	205684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428204917
82	NC_019699	TTACTA	2	12	207185	207196	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	428204919
83	NC_019699	ACCTGT	2	12	209416	209427	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428204921
84	NC_019699	CTTGCT	2	12	210221	210232	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	428204921
85	NC_019699	TTCCCG	2	12	212132	212143	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	428204922
86	NC_019699	CGCTCG	2	12	214991	215002	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	428204922
87	NC_019699	GGAACG	2	12	215209	215220	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	428204923
88	NC_019699	GTTCTG	2	12	217502	217513	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428204925
89	NC_019699	CTAGAA	2	12	219074	219085	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428204926
90	NC_019699	GCGATC	2	12	226698	226709	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204937
91	NC_019699	GCGACG	2	12	229361	229372	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	428204940
92	NC_019699	GAAATT	2	12	238571	238582	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	428204951
93	NC_019699	TGACCC	2	12	239322	239333	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	428204951
94	NC_019699	CGTCGC	2	12	242994	243005	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	428204955
95	NC_019699	GAAAAC	2	12	243899	243910	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428204956
96	NC_019699	AATCGC	2	12	249414	249425	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428204960
97	NC_019699	TAGATA	2	12	251506	251517	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	428204962
98	NC_019699	TCGCGT	2	12	255043	255054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428204965
99	NC_019699	CAAAAT	2	12	255860	255871	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	428204965
100	NC_019699	AACCTA	2	12	257266	257277	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019699	TTTGAC	2	12	259050	259061	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	428204969
102	NC_019699	GTAAAA	2	12	260946	260957	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	428204972
103	NC_019699	GCGCTC	2	12	267076	267087	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
104	NC_019699	TGCCTC	2	12	269770	269781	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	428204983
105	NC_019699	ATTCTA	2	12	270522	270533	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_019699	TGAGTG	2	12	270629	270640	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	428204984
107	NC_019699	CGATCG	2	12	276691	276702	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_019699	CATTCT	2	12	278270	278281	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	428204989
109	NC_019699	ATAGAA	2	12	279891	279902	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	428204991
110	NC_019699	GGCTTT	2	12	280874	280885	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	428204991
111	NC_019699	CCGTAC	2	12	281629	281640	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	428204991
112	NC_019699	TGCGGC	2	12	282202	282213	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	428204991
113	NC_019699	CGATGC	2	12	283255	283266	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	428204992
114	NC_019699	GTAGAA	2	12	285797	285808	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	428204992
115	NC_019699	AAATGA	2	12	302195	302206	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	428205009
116	NC_019699	AAACTC	2	12	306674	306685	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	428205013
117	NC_019699	CTAGTG	2	12	309233	309244	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	428205016
118	NC_019699	CAGCAA	2	12	314140	314151	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	428205019
119	NC_019699	CAACAG	2	12	315822	315833	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	428205020
120	NC_019699	ACGGCG	2	12	316840	316851	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	428205021
121	NC_019699	TGGTAT	2	12	317305	317316	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	428205021
122	NC_019699	CAACAT	2	12	317610	317621	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019699	CACTTG	2	12	319155	319166	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428205023
124	NC_019699	GCCATT	2	12	319231	319242	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428205023
125	NC_019699	TGCTTG	2	12	328376	328387	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_019699	TCTGCC	2	12	333813	333824	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	428205036
127	NC_019699	CTTCAC	2	12	335605	335616	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	428205038
128	NC_019699	TCCTTG	2	12	335806	335817	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	428205039
129	NC_019699	AAATAT	2	12	336135	336146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428205040
130	NC_019699	GCTACT	2	12	340917	340928	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428205044
131	NC_019699	GAAGCC	2	12	346418	346429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428205048
132	NC_019699	CAGCTT	2	12	348249	348260	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	428205050
133	NC_019699	CACGAC	2	12	348653	348664	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428205050
134	NC_019699	CGTTGA	2	12	349220	349231	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	428205051
135	NC_019699	GGAGAA	2	12	353001	353012	50 %	0 %	50 %	0 %	428205054
136	NC_019699	CCGATC	2	12	354122	354133	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	428205055
137	NC_019699	GCAACC	2	12	361042	361053	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	428205063
138	NC_019699	GCGATC	2	12	365217	365228	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_019699	CAGATC	2	12	369135	369146	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	428205070

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.