MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 plasmid pCHRO.01

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019699	TGAAT	2	10	2093	2102	40 %	40 %	20 %	0 %	428204732
2	NC_019699	GAAGA	2	10	4195	4204	60 %	0 %	40 %	0 %	428204735
3	NC_019699	CGATC	2	10	6913	6922	20 %	20 %	20 %	40 %	428204739
4	NC_019699	GGTTA	2	10	7869	7878	20 %	40 %	40 %	0 %	428204740
5	NC_019699	CAAGA	2	10	8448	8457	60 %	0 %	20 %	20 %	428204740
6	NC_019699	CCAGT	2	10	14666	14675	20 %	20 %	20 %	40 %	428204746
7	NC_019699	ATTAC	2	10	15198	15207	40 %	40 %	0 %	20 %	428204747
8	NC_019699	AGACA	2	10	22983	22992	60 %	0 %	20 %	20 %	428204754
9	NC_019699	GATCG	2	10	23194	23203	20 %	20 %	40 %	20 %	428204755
10	NC_019699	GACTC	2	10	30904	30913	20 %	20 %	20 %	40 %	428204760
11	NC_019699	AATTC	2	10	32279	32288	40 %	40 %	0 %	20 %	428204760
12	NC_019699	CGGAA	2	10	32540	32549	40 %	0 %	40 %	20 %	428204761
13	NC_019699	TTTGA	2	10	33262	33271	20 %	60 %	20 %	0 %	428204761
14	NC_019699	TGGGT	2	10	33630	33639	0 %	40 %	60 %	0 %	428204761
15	NC_019699	TTTCC	2	10	34444	34453	0 %	60 %	0 %	40 %	428204762
16	NC_019699	ATGCA	2	10	47182	47191	40 %	20 %	20 %	20 %	428204769
17	NC_019699	TGGAA	2	10	47992	48001	40 %	20 %	40 %	0 %	428204769
18	NC_019699	GCAGG	2	10	48027	48036	20 %	0 %	60 %	20 %	428204769
19	NC_019699	CATGC	2	10	49510	49519	20 %	20 %	20 %	40 %	428204770
20	NC_019699	CCATG	2	10	50325	50334	20 %	20 %	20 %	40 %	428204771
21	NC_019699	GACAG	2	10	50790	50799	40 %	0 %	40 %	20 %	428204771
22	NC_019699	AGAAA	2	10	55608	55617	80 %	0 %	20 %	0 %	428204777
23	NC_019699	GGTGC	2	10	57721	57730	0 %	20 %	60 %	20 %	428204781
24	NC_019699	CTTTC	2	10	59429	59438	0 %	60 %	0 %	40 %	428204781
25	NC_019699	ACTCT	2	10	62563	62572	20 %	40 %	0 %	40 %	428204784
26	NC_019699	TTGGT	2	10	63549	63558	0 %	60 %	40 %	0 %	428204786
27	NC_019699	GAAAC	2	10	64563	64572	60 %	0 %	20 %	20 %	428204787
28	NC_019699	GAATG	2	10	65649	65658	40 %	20 %	40 %	0 %	428204789
29	NC_019699	TAATG	2	10	66085	66094	40 %	40 %	20 %	0 %	428204789
30	NC_019699	GGAAG	2	10	66394	66403	40 %	0 %	60 %	0 %	428204790
31	NC_019699	CGATC	2	10	66514	66523	20 %	20 %	20 %	40 %	428204790
32	NC_019699	ATCCC	2	10	66559	66568	20 %	20 %	0 %	60 %	428204790
33	NC_019699	TAGCA	2	10	69145	69154	40 %	20 %	20 %	20 %	428204791
34	NC_019699	TGCTT	2	10	69461	69470	0 %	60 %	20 %	20 %	428204791
35	NC_019699	AGAGA	2	10	69850	69859	60 %	0 %	40 %	0 %	428204792
36	NC_019699	TGCTC	2	10	71253	71262	0 %	40 %	20 %	40 %	428204794
37	NC_019699	CTATT	2	10	71914	71923	20 %	60 %	0 %	20 %	428204794
38	NC_019699	AGAGT	2	10	71987	71996	40 %	20 %	40 %	0 %	428204794
39	NC_019699	TTGTC	2	10	72016	72025	0 %	60 %	20 %	20 %	428204794
40	NC_019699	ATGGA	2	10	73377	73386	40 %	20 %	40 %	0 %	428204797
41	NC_019699	TCAAC	2	10	75762	75771	40 %	20 %	0 %	40 %	428204799
42	NC_019699	ACTGG	2	10	77707	77716	20 %	20 %	40 %	20 %	428204801
43	NC_019699	TACGA	2	10	78924	78933	40 %	20 %	20 %	20 %	428204802
44	NC_019699	TGATG	2	10	80656	80665	20 %	40 %	40 %	0 %	428204804
45	NC_019699	GTTGG	2	10	81132	81141	0 %	40 %	60 %	0 %	428204805
46	NC_019699	ACGCA	2	10	84950	84959	40 %	0 %	20 %	40 %	428204810
47	NC_019699	TGTAT	2	10	95291	95300	20 %	60 %	20 %	0 %	428204820
48	NC_019699	ACTGG	2	10	95805	95814	20 %	20 %	40 %	20 %	428204821
49	NC_019699	CTTTG	2	10	98230	98239	0 %	60 %	20 %	20 %	428204822
50	NC_019699	GTAAT	2	10	103638	103647	40 %	40 %	20 %	0 %	428204825
51	NC_019699	AGTTC	2	10	106439	106448	20 %	40 %	20 %	20 %	428204828
52	NC_019699	ACCGA	2	10	107476	107485	40 %	0 %	20 %	40 %	428204830
53	NC_019699	CAGGA	2	10	108197	108206	40 %	0 %	40 %	20 %	428204830
54	NC_019699	CAAAT	2	10	108930	108939	60 %	20 %	0 %	20 %	428204830
55	NC_019699	GCCCT	2	10	110109	110118	0 %	20 %	20 %	60 %	428204831
56	NC_019699	GGGAT	2	10	110158	110167	20 %	20 %	60 %	0 %	428204831
57	NC_019699	TGCAA	2	10	113445	113454	40 %	20 %	20 %	20 %	428204832
58	NC_019699	TGGCA	2	10	114126	114135	20 %	20 %	40 %	20 %	428204833
59	NC_019699	GCAAT	2	10	115569	115578	40 %	20 %	20 %	20 %	428204834
60	NC_019699	GCTTA	2	10	117190	117199	20 %	40 %	20 %	20 %	428204835
61	NC_019699	GTTGT	2	10	118355	118364	0 %	60 %	40 %	0 %	428204836
62	NC_019699	CAAGA	2	10	122763	122772	60 %	0 %	20 %	20 %	428204840
63	NC_019699	AAGGT	2	10	128062	128071	40 %	20 %	40 %	0 %	428204844
64	NC_019699	GGGGA	2	10	129176	129185	20 %	0 %	80 %	0 %	428204846
65	NC_019699	TGCCT	2	10	133271	133280	0 %	40 %	20 %	40 %	428204848
66	NC_019699	CCTGC	2	10	133556	133565	0 %	20 %	20 %	60 %	428204848
67	NC_019699	CTGGG	2	10	133829	133838	0 %	20 %	60 %	20 %	428204849
68	NC_019699	GAGAA	2	10	135225	135234	60 %	0 %	40 %	0 %	428204850
69	NC_019699	AAAGA	2	10	137889	137898	80 %	0 %	20 %	0 %	428204854
70	NC_019699	GCGAA	2	10	138794	138803	40 %	0 %	40 %	20 %	428204855
71	NC_019699	AAAAC	2	10	141083	141092	80 %	0 %	0 %	20 %	428204858
72	NC_019699	AGTTC	2	10	141388	141397	20 %	40 %	20 %	20 %	428204858
73	NC_019699	GAACA	2	10	144228	144237	60 %	0 %	20 %	20 %	428204860
74	NC_019699	TCAAC	2	10	146481	146490	40 %	20 %	0 %	40 %	428204860
75	NC_019699	GAGGT	2	10	147381	147390	20 %	20 %	60 %	0 %	428204860
76	NC_019699	CGATG	2	10	148583	148592	20 %	20 %	40 %	20 %	428204861
77	NC_019699	TCTTT	2	10	150737	150746	0 %	80 %	0 %	20 %	428204862
78	NC_019699	AACAG	2	10	161288	161297	60 %	0 %	20 %	20 %	428204872
79	NC_019699	CATTG	2	10	162703	162712	20 %	40 %	20 %	20 %	428204873
80	NC_019699	ACCAT	2	10	167077	167086	40 %	20 %	0 %	40 %	428204878
81	NC_019699	GAAAA	2	10	172532	172541	80 %	0 %	20 %	0 %	428204885
82	NC_019699	CAGGA	2	10	174756	174765	40 %	0 %	40 %	20 %	428204889
83	NC_019699	GCTCC	2	10	174820	174829	0 %	20 %	20 %	60 %	428204889
84	NC_019699	TCTAT	2	10	179802	179811	20 %	60 %	0 %	20 %	428204895
85	NC_019699	TGGAA	2	10	185791	185800	40 %	20 %	40 %	0 %	428204903
86	NC_019699	ATAAA	2	10	186380	186389	80 %	20 %	0 %	0 %	428204904
87	NC_019699	TTGCT	2	10	187202	187211	0 %	60 %	20 %	20 %	428204905
88	NC_019699	CTTCT	2	10	191972	191981	0 %	60 %	0 %	40 %	428204909
89	NC_019699	GATCT	2	10	192890	192899	20 %	40 %	20 %	20 %	428204910
90	NC_019699	TCAAA	2	10	194794	194803	60 %	20 %	0 %	20 %	428204910
91	NC_019699	ACACT	2	10	199192	199201	40 %	20 %	0 %	40 %	428204911
92	NC_019699	ATAAA	2	10	200645	200654	80 %	20 %	0 %	0 %	428204913
93	NC_019699	CTATT	2	10	204055	204064	20 %	60 %	0 %	20 %	428204915
94	NC_019699	TTCCG	2	10	206748	206757	0 %	40 %	20 %	40 %	428204919
95	NC_019699	TTTTG	2	10	210200	210209	0 %	80 %	20 %	0 %	428204921
96	NC_019699	TTAAG	2	10	210240	210249	40 %	40 %	20 %	0 %	428204921
97	NC_019699	AGACA	2	10	212811	212820	60 %	0 %	20 %	20 %	428204922
98	NC_019699	CGAGT	2	10	214631	214640	20 %	20 %	40 %	20 %	428204922
99	NC_019699	AAGTT	2	10	221889	221898	40 %	40 %	20 %	0 %	428204929
100	NC_019699	CGATT	2	10	222182	222191	20 %	40 %	20 %	20 %	428204929
101	NC_019699	GAATT	2	10	224984	224993	40 %	40 %	20 %	0 %	428204934
102	NC_019699	TTTGG	2	10	225951	225960	0 %	60 %	40 %	0 %	428204936
103	NC_019699	TAGAA	2	10	232635	232644	60 %	20 %	20 %	0 %	428204944
104	NC_019699	GAAGC	2	10	232651	232660	40 %	0 %	40 %	20 %	428204944
105	NC_019699	GTTTT	2	10	234116	234125	0 %	80 %	20 %	0 %	428204947
106	NC_019699	ACTGC	2	10	234594	234603	20 %	20 %	20 %	40 %	428204947
107	NC_019699	ACTAC	2	10	237889	237898	40 %	20 %	0 %	40 %	428204950
108	NC_019699	AGTCG	2	10	239056	239065	20 %	20 %	40 %	20 %	428204951
109	NC_019699	ACGAT	2	10	241110	241119	40 %	20 %	20 %	20 %	428204953
110	NC_019699	CGCAG	2	10	241994	242003	20 %	0 %	40 %	40 %	428204954
111	NC_019699	ATTTT	2	10	242212	242221	20 %	80 %	0 %	0 %	428204954
112	NC_019699	TCGCT	2	10	242938	242947	0 %	40 %	20 %	40 %	428204955
113	NC_019699	TCAAA	2	10	243247	243256	60 %	20 %	0 %	20 %	428204956
114	NC_019699	GGTTG	2	10	243992	244001	0 %	40 %	60 %	0 %	428204956
115	NC_019699	AACTC	2	10	244901	244910	40 %	20 %	0 %	40 %	428204956
116	NC_019699	ATAGT	2	10	245862	245871	40 %	40 %	20 %	0 %	428204956
117	NC_019699	GTCAC	2	10	249049	249058	20 %	20 %	20 %	40 %	428204960
118	NC_019699	CGATT	2	10	250374	250383	20 %	40 %	20 %	20 %	428204960
119	NC_019699	TTCAA	2	10	254824	254833	40 %	40 %	0 %	20 %	428204964
120	NC_019699	AGACG	2	10	255304	255313	40 %	0 %	40 %	20 %	428204965
121	NC_019699	ACTGC	2	10	255378	255387	20 %	20 %	20 %	40 %	428204965
122	NC_019699	TGGCA	2	10	258660	258669	20 %	20 %	40 %	20 %	428204968
123	NC_019699	ACAAG	2	10	259040	259049	60 %	0 %	20 %	20 %	428204969
124	NC_019699	GAAAA	2	10	263791	263800	80 %	0 %	20 %	0 %	428204977
125	NC_019699	ATTTC	2	10	266207	266216	20 %	60 %	0 %	20 %	428204979
126	NC_019699	CCATC	2	10	270682	270691	20 %	20 %	0 %	60 %	428204984
127	NC_019699	TTCCA	2	10	271434	271443	20 %	40 %	0 %	40 %	428204985
128	NC_019699	CTGCC	2	10	271733	271742	0 %	20 %	20 %	60 %	428204985
129	NC_019699	GGCAC	2	10	271987	271996	20 %	0 %	40 %	40 %	428204985
130	NC_019699	CTTTC	2	10	277461	277470	0 %	60 %	0 %	40 %	428204989
131	NC_019699	TTGAC	2	10	277597	277606	20 %	40 %	20 %	20 %	428204989
132	NC_019699	TCGAA	2	10	278286	278295	40 %	20 %	20 %	20 %	428204989
133	NC_019699	GTGAA	2	10	280180	280189	40 %	20 %	40 %	0 %	428204991
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167	NC_019699	GCTGT	2	10	350265	350274	0 %	40 %	40 %	20 %	428205052
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172	NC_019699	GTTTT	2	10	359978	359987	0 %	80 %	20 %	0 %	428205062
173	NC_019699	CACTG	2	10	360054	360063	20 %	20 %	20 %	40 %	428205062
174	NC_019699	TTTGT	2	10	360415	360424	0 %	80 %	20 %	0 %	428205062
175	NC_019699	GCTAG	2	10	367109	367118	20 %	20 %	40 %	20 %	428205068

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.