MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chamaesiphon minutus PCC 6605 plasmid pCHA6605.02

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019698	ATCG	2	8	503	510	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_019698	TCGA	2	8	537	544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019698	CCCG	2	8	1863	1870	0 %	0 %	25 %	75 %	434389903
4	NC_019698	TACT	2	8	2241	2248	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_019698	AAAG	2	8	2391	2398	75 %	0 %	25 %	0 %	434389904
6	NC_019698	AATC	2	8	2718	2725	50 %	25 %	0 %	25 %	434389904
7	NC_019698	CGAT	2	8	3198	3205	25 %	25 %	25 %	25 %	434389905
8	NC_019698	AGAT	2	8	3434	3441	50 %	25 %	25 %	0 %	434389906
9	NC_019698	CAGA	2	8	3776	3783	50 %	0 %	25 %	25 %	434389906
10	NC_019698	CTAA	2	8	3898	3905	50 %	25 %	0 %	25 %	434389906
11	NC_019698	CGGA	2	8	4320	4327	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_019698	GGTC	2	8	4561	4568	0 %	25 %	50 %	25 %	434389907
13	NC_019698	AGGC	2	8	4662	4669	25 %	0 %	50 %	25 %	434389907
14	NC_019698	GGAT	2	8	4670	4677	25 %	25 %	50 %	0 %	434389907
15	NC_019698	TTTG	2	8	4812	4819	0 %	75 %	25 %	0 %	434389907
16	NC_019698	TGGC	2	8	5489	5496	0 %	25 %	50 %	25 %	434389907
17	NC_019698	CGGG	2	8	5829	5836	0 %	0 %	75 %	25 %	434389907
18	NC_019698	CTCG	2	8	6197	6204	0 %	25 %	25 %	50 %	434389907
19	NC_019698	TCGA	2	8	6248	6255	25 %	25 %	25 %	25 %	434389907
20	NC_019698	GCCA	2	8	6425	6432	25 %	0 %	25 %	50 %	434389907
21	NC_019698	TCGC	2	8	6947	6954	0 %	25 %	25 %	50 %	434389907
22	NC_019698	TTGC	2	8	7383	7390	0 %	50 %	25 %	25 %	434389907
23	NC_019698	CCTT	2	8	7453	7460	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_019698	GAGG	2	8	7705	7712	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019698	ACTT	2	8	7820	7827	25 %	50 %	0 %	25 %	434389908
26	NC_019698	TAAC	2	8	7890	7897	50 %	25 %	0 %	25 %	434389908
27	NC_019698	ATAG	2	8	7999	8006	50 %	25 %	25 %	0 %	434389908
28	NC_019698	CCGA	2	8	8170	8177	25 %	0 %	25 %	50 %	434389908
29	NC_019698	TCGA	2	8	8768	8775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_019698	GATC	2	8	9560	9567	25 %	25 %	25 %	25 %	434389910
31	NC_019698	ATCT	3	12	9766	9777	25 %	50 %	0 %	25 %	434389910
32	NC_019698	CGAT	2	8	10772	10779	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_019698	AACG	2	8	10843	10850	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_019698	TCCC	2	8	10896	10903	0 %	25 %	0 %	75 %	434389912
35	NC_019698	CAGC	2	8	11037	11044	25 %	0 %	25 %	50 %	434389912
36	NC_019698	TCGG	2	8	11088	11095	0 %	25 %	50 %	25 %	434389912
37	NC_019698	CGAT	2	8	11314	11321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_019698	CGAT	2	8	11342	11349	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_019698	GAAA	2	8	11452	11459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019698	CATC	2	8	11828	11835	25 %	25 %	0 %	50 %	434389913
41	NC_019698	AATC	2	8	11858	11865	50 %	25 %	0 %	25 %	434389913
42	NC_019698	CAAT	2	8	13368	13375	50 %	25 %	0 %	25 %	434389914
43	NC_019698	ATGG	2	8	13376	13383	25 %	25 %	50 %	0 %	434389914
44	NC_019698	AATA	2	8	13908	13915	75 %	25 %	0 %	0 %	434389914
45	NC_019698	ATCC	2	8	14294	14301	25 %	25 %	0 %	50 %	434389914
46	NC_019698	TCAG	2	8	14381	14388	25 %	25 %	25 %	25 %	434389914
47	NC_019698	CATG	2	8	14568	14575	25 %	25 %	25 %	25 %	434389914
48	NC_019698	AAAT	2	8	14709	14716	75 %	25 %	0 %	0 %	434389914
49	NC_019698	ATCT	2	8	15387	15394	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_019698	TAAT	2	8	15621	15628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019698	ACTT	2	8	15678	15685	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_019698	AGAA	2	8	16356	16363	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019698	GAAA	2	8	16399	16406	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019698	AAAT	2	8	16542	16549	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019698	AGAA	2	8	16903	16910	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019698	ATCG	2	8	16967	16974	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_019698	CAAT	2	8	17154	17161	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_019698	ATCT	2	8	17215	17222	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_019698	CGAT	2	8	17263	17270	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_019698	TAAG	2	8	17295	17302	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019698	TCTA	2	8	17479	17486	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_019698	AGTC	2	8	17542	17549	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_019698	CCAA	2	8	18247	18254	50 %	0 %	0 %	50 %	434389915
64	NC_019698	GCGA	2	8	19125	19132	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_019698	TTAA	2	8	19322	19329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019698	CGAT	2	8	19701	19708	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_019698	AGTT	2	8	20140	20147	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019698	AATT	2	8	20567	20574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019698	AATT	2	8	20926	20933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019698	TCGA	2	8	21426	21433	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_019698	TCTA	2	8	21844	21851	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_019698	ACAA	2	8	21932	21939	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_019698	ATCG	2	8	22219	22226	25 %	25 %	25 %	25 %	434389916
74	NC_019698	AGGA	2	8	22418	22425	50 %	0 %	50 %	0 %	434389916
75	NC_019698	TCGA	2	8	22448	22455	25 %	25 %	25 %	25 %	434389916
76	NC_019698	CAAC	2	8	22516	22523	50 %	0 %	0 %	50 %	434389916
77	NC_019698	CTTA	2	8	22994	23001	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_019698	AACA	2	8	23835	23842	75 %	0 %	0 %	25 %	434389917
79	NC_019698	TAGA	2	8	23863	23870	50 %	25 %	25 %	0 %	434389917
80	NC_019698	CTAA	2	8	23944	23951	50 %	25 %	0 %	25 %	434389917
81	NC_019698	GCTG	2	8	24362	24369	0 %	25 %	50 %	25 %	434389918
82	NC_019698	AATG	2	8	24847	24854	50 %	25 %	25 %	0 %	434389918
83	NC_019698	CGAT	2	8	24978	24985	25 %	25 %	25 %	25 %	434389918
84	NC_019698	ATAA	2	8	25213	25220	75 %	25 %	0 %	0 %	434389918
85	NC_019698	TTAA	2	8	25534	25541	50 %	50 %	0 %	0 %	434389918
86	NC_019698	ATTA	2	8	25689	25696	50 %	50 %	0 %	0 %	434389918
87	NC_019698	CCTT	2	8	25745	25752	0 %	50 %	0 %	50 %	434389918
88	NC_019698	AGCA	2	8	25830	25837	50 %	0 %	25 %	25 %	434389918
89	NC_019698	AGTT	2	8	26182	26189	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019698	CGAT	2	8	26194	26201	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_019698	ACCT	2	8	26257	26264	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_019698	TATT	2	8	26304	26311	25 %	75 %	0 %	0 %	434389919
93	NC_019698	GGCT	2	8	26407	26414	0 %	25 %	50 %	25 %	434389919
94	NC_019698	AATA	2	8	26754	26761	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019698	GCTG	2	8	26825	26832	0 %	25 %	50 %	25 %	434389920
96	NC_019698	CAAG	2	8	27125	27132	50 %	0 %	25 %	25 %	434389920
97	NC_019698	TGGT	2	8	27263	27270	0 %	50 %	50 %	0 %	434389920
98	NC_019698	TCAC	2	8	27458	27465	25 %	25 %	0 %	50 %	434389920
99	NC_019698	GATA	2	8	27606	27613	50 %	25 %	25 %	0 %	434389920
100	NC_019698	TTGT	2	8	27793	27800	0 %	75 %	25 %	0 %	434389920
101	NC_019698	TTCT	2	8	27801	27808	0 %	75 %	0 %	25 %	434389920
102	NC_019698	GAGC	2	8	28146	28153	25 %	0 %	50 %	25 %	434389920
103	NC_019698	TAGC	2	8	28339	28346	25 %	25 %	25 %	25 %	434389920
104	NC_019698	GAGG	2	8	29166	29173	25 %	0 %	75 %	0 %	434389920
105	NC_019698	AATT	2	8	29204	29211	50 %	50 %	0 %	0 %	434389920
106	NC_019698	GATG	2	8	29956	29963	25 %	25 %	50 %	0 %	434389920
107	NC_019698	CAAA	2	8	30177	30184	75 %	0 %	0 %	25 %	434389921
108	NC_019698	GTCG	2	8	30268	30275	0 %	25 %	50 %	25 %	434389921
109	NC_019698	TTAT	2	8	30454	30461	25 %	75 %	0 %	0 %	434389921
110	NC_019698	CAGG	2	8	30689	30696	25 %	0 %	50 %	25 %	434389921
111	NC_019698	AATT	2	8	30990	30997	50 %	50 %	0 %	0 %	434389922

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.