MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Calothrix sp. PCC 7507 chromosome

Total Repeats: 412

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019682	GGTAGA	2	12	1698	1709	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019682	TTCGTT	2	12	7510	7521	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_019682	GCATCT	2	12	46945	46956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019682	TCCCAA	2	12	55510	55521	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_019682	TTAGAT	2	12	57718	57729	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019682	TGGTAA	2	12	60927	60938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019682	TAGGCG	2	12	91072	91083	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_019682	GCTAGG	2	12	127944	127955	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_019682	GTGAGT	2	12	129837	129848	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019682	TTGCTT	2	12	141190	141201	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_019682	AGATTA	2	12	144742	144753	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019682	CTACGC	2	12	159831	159842	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_019682	CAGCAT	2	12	161831	161842	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_019682	TTTGCT	2	12	162850	162861	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_019682	TTTGCT	2	12	163037	163048	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_019682	TTTGCT	2	12	163099	163110	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_019682	TTTGCT	2	12	163182	163193	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019682	TTTTCT	3	18	163462	163479	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_019682	AACAAA	2	12	164897	164908	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_019682	ATCTTA	2	12	181329	181340	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_019682	TTTAAT	2	12	181399	181410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019682	AAAAAT	2	12	181419	181430	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019682	AGGGGG	2	12	201073	201084	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019682	AGAAAC	2	12	227373	227384	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_019682	TCTATT	2	12	248024	248035	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_019682	AATAGA	2	12	248052	248063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019682	AAACTT	2	12	332423	332434	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_019682	AAAGTT	2	12	339244	339255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019682	AAAATT	2	12	363944	363955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019682	TTTTAA	2	12	376735	376746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019682	CGAAGT	2	12	386986	386997	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_019682	ATCATT	2	12	456664	456675	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_019682	CATTTA	2	12	474152	474163	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_019682	GAACGA	2	12	476896	476907	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_019682	TTACTA	2	12	485928	485939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_019682	ACAAAA	2	12	492084	492095	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019682	AACACC	2	12	497039	497050	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_019682	CGAAGT	2	12	498794	498805	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_019682	ACTATT	2	12	499687	499698	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019682	CCCCTG	2	12	501360	501371	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_019682	ACTTCG	2	12	512143	512154	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_019682	TAACTA	2	12	541851	541862	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_019682	ATATAG	2	12	544623	544634	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019682	CCCCTG	2	12	550448	550459	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_019682	ATATCT	2	12	554761	554772	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_019682	CGAGTT	2	12	557693	557704	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019682	AGCAAT	2	12	566136	566147	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_019682	CAAATA	2	12	584052	584063	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_019682	TTTACC	2	12	605333	605344	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_019682	ATTAAG	2	12	609983	609994	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019682	ATCAGC	2	12	620232	620243	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_019682	AGGAGA	2	12	674131	674142	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019682	GCGGAG	2	12	686253	686264	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_019682	TATTTA	2	12	698661	698672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019682	AATTTT	2	12	717235	717246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019682	GTTTAT	2	12	751156	751167	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019682	TGCCCA	2	12	767319	767330	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_019682	ATGGGG	2	12	768516	768527	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019682	TGTCCC	2	12	807954	807965	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_019682	TTCGTT	2	12	812916	812927	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_019682	AAATTC	2	12	855439	855450	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_019682	AGGACT	2	12	887506	887517	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_019682	ATTCAC	2	12	918384	918395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019682	CGATGG	2	12	922070	922081	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_019682	TTAGCT	2	12	930341	930352	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_019682	ATTCTG	2	12	942138	942149	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019682	AAAGGG	2	12	954537	954548	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019682	CCCTAT	2	12	957850	957861	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_019682	CCTAGC	2	12	958945	958956	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_019682	AGTGCA	2	12	981228	981239	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_019682	TTTTGT	2	12	985727	985738	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019682	AAAGCC	2	12	991116	991127	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019682	AACTAA	2	12	996313	996324	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_019682	AAAAAT	2	12	1014448	1014459	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019682	GGGGAT	2	12	1039011	1039022	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019682	TTTCTC	2	12	1052055	1052066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019682	TGACAG	2	12	1053247	1053258	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_019682	ACATTG	2	12	1123009	1123020	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_019682	AATAAA	2	12	1132007	1132018	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019682	TTCTTT	2	12	1163985	1163996	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_019682	CAGTCC	2	12	1169538	1169549	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_019682	GTAGGC	2	12	1175752	1175763	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_019682	AAAGTT	2	12	1183139	1183150	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019682	TATTTA	2	12	1242784	1242795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019682	TTAATG	2	12	1262057	1262068	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019682	GGGAAA	2	12	1295291	1295302	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019682	TTCTTT	2	12	1305273	1305284	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_019682	TTAGAC	2	12	1325989	1326000	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_019682	GGGCTG	2	12	1331044	1331055	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_019682	AATTTT	2	12	1347594	1347605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019682	ACTTCG	2	12	1358370	1358381	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_019682	CGAAGT	2	12	1382627	1382638	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_019682	AAAATA	2	12	1437720	1437731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019682	TAAAGG	2	12	1449720	1449731	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019682	TAAATA	2	12	1450266	1450277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019682	ACTAAA	2	12	1461598	1461609	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_019682	GAAAAG	2	12	1486720	1486731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019682	CGAAGT	2	12	1496725	1496736	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_019682	TTTTGC	2	12	1518914	1518925	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_019682	CCACAA	2	12	1534689	1534700	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_019682	CCTTTT	2	12	1540565	1540576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019682	TTAGCT	2	12	1554626	1554637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_019682	AATATG	2	12	1556589	1556600	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019682	AATATG	2	12	1559324	1559335	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019682	GAAGCC	2	12	1570234	1570245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_019682	TTTAGA	2	12	1584486	1584497	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019682	TTGAAT	2	12	1622432	1622443	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019682	ATCAAT	2	12	1650742	1650753	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_019682	GTGGGG	2	12	1651347	1651358	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019682	GCAGGG	2	12	1659816	1659827	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_019682	TGTTTG	2	12	1668208	1668219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019682	CCCAAT	2	12	1689645	1689656	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_019682	AACTCC	2	12	1748505	1748516	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_019682	ATTGAT	2	12	1768611	1768622	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019682	AAAACT	2	12	1776455	1776466	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_019682	ATTTAT	2	12	1781438	1781449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019682	TGTGAG	2	12	1826833	1826844	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019682	AATGGC	2	12	1837751	1837762	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_019682	CATGCC	2	12	1850585	1850596	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
120	NC_019682	ATACAA	2	12	1853951	1853962	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_019682	CGAAGT	2	12	1870897	1870908	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_019682	CACCAG	2	12	1871492	1871503	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_019682	CCCATT	2	12	1888184	1888195	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_019682	CCCAAT	2	12	1892181	1892192	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_019682	AAATTT	2	12	1897345	1897356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019682	TGAAAC	2	12	1902280	1902291	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_019682	GTACCC	2	12	1916937	1916948	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
128	NC_019682	AGAAAA	2	12	1984694	1984705	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019682	ACTTCG	2	12	2039244	2039255	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_019682	AGATTA	2	12	2043105	2043116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019682	TCAGCA	2	12	2051732	2051743	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_019682	AGGTAT	2	12	2071575	2071586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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135	NC_019682	TATCTA	2	12	2154527	2154538	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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238	NC_019682	CAACAG	2	12	4057379	4057390	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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244	NC_019682	CACTCA	2	12	4209858	4209869	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
245	NC_019682	AAAAAT	2	12	4219332	4219343	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
246	NC_019682	TATCTA	2	12	4225097	4225108	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_019682	AAGCTA	2	12	4250404	4250415	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
248	NC_019682	GTCAAA	2	12	4252267	4252278	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
249	NC_019682	AGGGTA	2	12	4255129	4255140	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
250	NC_019682	CATTAT	2	12	4271696	4271707	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
251	NC_019682	TCTCAA	2	12	4289497	4289508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
252	NC_019682	CAACTC	2	12	4297858	4297869	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
253	NC_019682	GGCAGG	2	12	4299904	4299915	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
254	NC_019682	ATATTA	2	12	4325257	4325268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_019682	CTGTGA	2	12	4332527	4332538	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
256	NC_019682	TTAAAG	2	12	4342604	4342615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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260	NC_019682	CCGTTT	2	12	4496624	4496635	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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269	NC_019682	TATTTT	2	12	4712011	4712022	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_019682	ATATTT	2	12	4712225	4712236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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364	NC_019682	AGTTCA	2	12	6271075	6271086	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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366	NC_019682	GCGAAC	2	12	6274461	6274472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.