MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rivularia sp. PCC 7116 chromosome

Total Repeats: 3194

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019678	TCTAAT	2	12	4473	4484	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427733622
2	NC_019678	ATAAGC	2	12	11340	11351	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427733627
3	NC_019678	GTAGCG	2	12	14628	14639	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	427733629
4	NC_019678	AGTATA	2	12	16941	16952	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427733630
5	NC_019678	GGCTGC	2	12	19934	19945	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	427733634
6	NC_019678	GATCTG	2	12	20601	20612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733634
7	NC_019678	CTGCAA	2	12	23986	23997	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427733637
8	NC_019678	CAAGCA	2	12	28113	28124	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733641
9	NC_019678	TAGAAG	2	12	30043	30054	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733642
10	NC_019678	AGTAAG	2	12	31694	31705	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733642
11	NC_019678	ATGAAG	2	12	32266	32277	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733642
12	NC_019678	TTCAAA	2	12	34520	34531	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733644
13	NC_019678	TCTGGT	2	12	37471	37482	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427733646
14	NC_019678	CTCTTG	2	12	38234	38245	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733647
15	NC_019678	AATTAC	2	12	41710	41721	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733651
16	NC_019678	ATTCTC	2	12	45480	45491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733654
17	NC_019678	TCCCCA	2	12	60987	60998	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	427733667
18	NC_019678	TATAAA	2	12	68574	68585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427733673
19	NC_019678	ATATTT	2	12	71609	71620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427733675
20	NC_019678	CAATAT	2	12	73930	73941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733677
21	NC_019678	CTCTAA	2	12	77174	77185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427733681
22	NC_019678	AAGCAG	2	12	82087	82098	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	427733685
23	NC_019678	GTTTCA	2	12	85237	85248	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733688
24	NC_019678	GCCAAA	2	12	87379	87390	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733689
25	NC_019678	CAGTAA	2	12	103529	103540	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427733704
26	NC_019678	ATAAGT	2	12	104119	104130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427733704
27	NC_019678	TTTGAG	2	12	105533	105544	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733705
28	NC_019678	CTTGAG	2	12	106631	106642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733706
29	NC_019678	ATCAAA	2	12	111240	111251	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427733708
30	NC_019678	TTTTAG	2	12	118330	118341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427733713
31	NC_019678	CCATTC	2	12	119073	119084	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	427733714
32	NC_019678	TTCCCA	2	12	122110	122121	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	427733717
33	NC_019678	TCAAAC	2	12	133775	133786	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	427733725
34	NC_019678	ATTCAA	2	12	136067	136078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733726
35	NC_019678	TAGAAA	2	12	136928	136939	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733727
36	NC_019678	TAGCTT	2	12	136991	137002	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733727
37	NC_019678	CCGCCA	2	12	138748	138759	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	427733728
38	NC_019678	AAACCC	2	12	140703	140714	50 %	0 %	0 %	50 %	427733729
39	NC_019678	CTTCAT	2	12	152164	152175	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733738
40	NC_019678	TCGGTA	2	12	155513	155524	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733740
41	NC_019678	TCAGCT	2	12	155918	155929	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427733740
42	NC_019678	CGAGCG	2	12	157431	157442	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	427733741
43	NC_019678	GTGCTG	2	12	160823	160834	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	427733743
44	NC_019678	ATGAAG	2	12	161375	161386	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733743
45	NC_019678	CTGATA	2	12	162125	162136	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733745
46	NC_019678	AAAAGG	2	12	163047	163058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427733745
47	NC_019678	GAATGA	2	12	173674	173685	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733753
48	NC_019678	GATGCT	2	12	177444	177455	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733758
49	NC_019678	AATTAG	2	12	181386	181397	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427733759
50	NC_019678	AAGTAA	2	12	181788	181799	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733759
51	NC_019678	TGCTTC	2	12	182272	182283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733759
52	NC_019678	GCTTCT	2	12	187746	187757	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733763
53	NC_019678	TTTCTC	2	12	188179	188190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427733763
54	NC_019678	CCTGCA	2	12	188961	188972	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	427733763
55	NC_019678	TAGCTT	2	12	193101	193112	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733767
56	NC_019678	TTACTG	2	12	193113	193124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733767
57	NC_019678	AAAGAT	2	12	196308	196319	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733769
58	NC_019678	AAAGAT	2	12	197193	197204	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733769
59	NC_019678	GATAGT	2	12	198654	198665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733769
60	NC_019678	AAGATA	2	12	201895	201906	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733770
61	NC_019678	TAGATG	2	12	203943	203954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733771
62	NC_019678	AAGATA	2	12	204771	204782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733771
63	NC_019678	AAAGAT	2	12	205436	205447	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733772
64	NC_019678	AAGATA	2	12	207834	207845	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733772
65	NC_019678	CTTTAT	2	12	208421	208432	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	427733773
66	NC_019678	TAGATG	2	12	210116	210127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733773
67	NC_019678	AAGATA	2	12	210944	210955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733773
68	NC_019678	AGGTAA	2	12	214186	214197	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733777
69	NC_019678	GTGATT	2	12	215932	215943	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733778
70	NC_019678	AAGGTG	2	12	215945	215956	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427733778
71	NC_019678	TGAAGT	2	12	216393	216404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733778
72	NC_019678	TGGTGC	2	12	218096	218107	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	427733779
73	NC_019678	CATTTG	2	12	224564	224575	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733786
74	NC_019678	ATCTTC	2	12	228620	228631	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733790
75	NC_019678	TTCTGC	2	12	233846	233857	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733797
76	NC_019678	AAATCA	2	12	235508	235519	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427733798
77	NC_019678	TTTGAT	2	12	242241	242252	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427733805
78	NC_019678	ACTTAA	2	12	244597	244608	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733809
79	NC_019678	TGCTAA	2	12	245412	245423	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733810
80	NC_019678	AGGGGT	2	12	252283	252294	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	427733815
81	NC_019678	ATCAGT	2	12	252511	252522	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733815
82	NC_019678	TAGCTT	3	18	253217	253234	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733816
83	NC_019678	CGCAAA	2	12	255512	255523	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733819
84	NC_019678	TGAAGG	2	12	259417	259428	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427733822
85	NC_019678	TTTACC	2	12	260214	260225	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733823
86	NC_019678	TCAGAT	2	12	261037	261048	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733824
87	NC_019678	TCGGTT	2	12	264667	264678	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427733828
88	NC_019678	ACCAGA	4	24	267369	267392	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733829
89	NC_019678	AAGCGA	2	12	273389	273400	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	427733834
90	NC_019678	AAAAAT	2	12	274896	274907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	427733835
91	NC_019678	ATTGCG	2	12	278055	278066	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733836
92	NC_019678	GGAATC	2	12	279870	279881	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	427733836
93	NC_019678	TAAGGA	2	12	281496	281507	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733837
94	NC_019678	ATGGGA	2	12	283325	283336	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427733839
95	NC_019678	TTTAGT	2	12	292278	292289	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427733843
96	NC_019678	AAACCC	2	12	294377	294388	50 %	0 %	0 %	50 %	427733845
97	NC_019678	TGCAAG	2	12	305538	305549	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	427733853
98	NC_019678	ATTGTG	2	12	311317	311328	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733858
99	NC_019678	CCATTC	2	12	311930	311941	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	427733859
100	NC_019678	GCAAAC	2	12	314558	314569	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733860
101	NC_019678	TCTTGC	2	12	316334	316345	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733862
102	NC_019678	ATTAAT	2	12	331740	331751	50 %	50 %	0 %	0 %	427733873
103	NC_019678	AATTGT	2	12	332559	332570	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	427733873
104	NC_019678	CGCTAC	2	12	335419	335430	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	427733873
105	NC_019678	TACCAG	2	12	340152	340163	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427733874
106	NC_019678	AAATGG	2	12	343526	343537	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733877
107	NC_019678	ATCAAA	2	12	345694	345705	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427733879
108	NC_019678	GCCTCA	2	12	350401	350412	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	427733883
109	NC_019678	GCTGTA	2	12	353390	353401	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733887
110	NC_019678	ATACCG	2	12	372996	373007	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427733902
111	NC_019678	TGCAAT	2	12	373067	373078	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733902
112	NC_019678	GGTATT	2	12	374657	374668	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733902
113	NC_019678	TGAGTT	2	12	377912	377923	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733904
114	NC_019678	TCGGTT	2	12	378979	378990	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427733906
115	NC_019678	AATATA	2	12	380020	380031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427733907
116	NC_019678	GCTTCT	2	12	382009	382020	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733909
117	NC_019678	TTTAGG	2	12	384718	384729	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733910
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232	NC_019678	TCGTAA	2	12	750414	750425	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427734170
233	NC_019678	CGGCTA	2	12	751919	751930	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	427734171
234	NC_019678	CCCACT	2	12	766377	766388	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	427734189
235	NC_019678	TACCAA	2	12	766870	766881	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	427734189
236	NC_019678	TTGGCT	2	12	768573	768584	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427734191
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239	NC_019678	ACTCGG	2	12	778961	778972	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	427734201
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249	NC_019678	TATCAA	2	12	802771	802782	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427734225
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251	NC_019678	TTACTA	2	12	808782	808793	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734231
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257	NC_019678	GTTCTA	2	12	827430	827441	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427734245
258	NC_019678	GAGATG	2	12	828894	828905	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427734245
259	NC_019678	TGTAAT	2	12	832110	832121	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	427734247
260	NC_019678	CTCAAG	2	12	832393	832404	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427734248
261	NC_019678	TAATTA	2	12	833106	833117	50 %	50 %	0 %	0 %	427734248
262	NC_019678	AAAAAT	2	12	837221	837232	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	427734252
263	NC_019678	CAGCTT	2	12	839294	839305	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427734255
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267	NC_019678	AGGACG	2	12	848448	848459	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	427734262
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299	NC_019678	TGTTCT	2	12	988326	988337	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	427734364
300	NC_019678	TTTTGT	2	12	989397	989408	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	427734364
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315	NC_019678	ATTGCA	2	12	1057714	1057725	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427734416
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321	NC_019678	TGTGGT	2	12	1070441	1070452	0 %	50 %	50 %	0 %	427734427
322	NC_019678	TTTGAA	4	24	1070687	1070710	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	427734427
323	NC_019678	TCGGAT	2	12	1074147	1074158	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427734429
324	NC_019678	TCGCGA	2	12	1074306	1074317	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	427734429
325	NC_019678	TTTGGA	2	12	1086022	1086033	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427734438
326	NC_019678	GTGCTA	2	12	1087221	1087232	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427734439
327	NC_019678	TATCGG	2	12	1094878	1094889	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427734445
328	NC_019678	GTGTTG	2	12	1096602	1096613	0 %	50 %	50 %	0 %	427734446
329	NC_019678	GTTTCA	2	12	1101166	1101177	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427734449
330	NC_019678	AGGGTA	3	18	1102667	1102684	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427734450
331	NC_019678	ATTTTT	2	12	1102710	1102721	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	427734450
332	NC_019678	CTATTT	2	12	1104915	1104926	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	427734452
333	NC_019678	ACTCTT	2	12	1105011	1105022	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427734452
334	NC_019678	TAACTT	2	12	1106450	1106461	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734454
335	NC_019678	CTCTTC	2	12	1114794	1114805	0 %	50 %	0 %	50 %	427734459
336	NC_019678	GGAATT	2	12	1118065	1118076	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427734462
337	NC_019678	AAACTC	2	12	1119724	1119735	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	427734462
338	NC_019678	AATCGG	2	12	1120090	1120101	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	427734462
339	NC_019678	CATACT	2	12	1120185	1120196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427734462
340	NC_019678	CGGTAG	2	12	1120940	1120951	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	427734463
341	NC_019678	AATTGA	2	12	1124148	1124159	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427734464
342	NC_019678	GATTTA	2	12	1127902	1127913	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	427734467
343	NC_019678	TTGATT	2	12	1133978	1133989	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427734473
344	NC_019678	GATTGT	2	12	1134235	1134246	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427734473
345	NC_019678	AAAGTA	2	12	1135443	1135454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427734474
346	NC_019678	TGTAGC	2	12	1135934	1135945	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427734474
347	NC_019678	GAAGTA	2	12	1138387	1138398	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427734476
348	NC_019678	ATTGGT	2	12	1142948	1142959	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427734478
349	NC_019678	GCAAAT	2	12	1143936	1143947	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427734479
350	NC_019678	CATCGA	2	12	1146351	1146362	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427734480
351	NC_019678	CGGAAG	2	12	1147061	1147072	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	427734481
352	NC_019678	CAAGCA	2	12	1147444	1147455	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427734481
353	NC_019678	CAAAAT	2	12	1150036	1150047	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427734483
354	NC_019678	ATCAAA	2	12	1150852	1150863	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427734484
355	NC_019678	AACTGT	2	12	1151931	1151942	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427734484
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358	NC_019678	AAATTG	2	12	1155482	1155493	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427734485
359	NC_019678	CAGTTA	2	12	1157360	1157371	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427734486
360	NC_019678	TACTAT	2	12	1157522	1157533	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734486
361	NC_019678	TCAGCA	2	12	1158634	1158645	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427734486
362	NC_019678	CTAATT	2	12	1167990	1168001	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734492
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364	NC_019678	AACAAA	2	12	1169333	1169344	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	427734493
365	NC_019678	TAATTT	2	12	1175720	1175731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427734500
366	NC_019678	CTTTGG	2	12	1179059	1179070	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427734502
367	NC_019678	GCTTAC	2	12	1180580	1180591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427734503
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369	NC_019678	CAGTTG	2	12	1185860	1185871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427734508
370	NC_019678	GTTGAG	2	12	1189573	1189584	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	427734512
371	NC_019678	TTTTGA	2	12	1189749	1189760	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427734512
372	NC_019678	TTCCGA	2	12	1192336	1192347	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427734514
373	NC_019678	AGAAAA	2	12	1193746	1193757	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	427734516
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440	NC_019678	GTGTTG	2	12	1402446	1402457	0 %	50 %	50 %	0 %	427734675
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443	NC_019678	ATATTT	2	12	1413502	1413513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427734684
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447	NC_019678	TTCTGC	2	12	1429689	1429700	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427734701
448	NC_019678	CTTGAC	2	12	1446863	1446874	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427734713
449	NC_019678	TCTAAT	2	12	1449642	1449653	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734715
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451	NC_019678	TAGTAA	2	12	1450420	1450431	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427734716
452	NC_019678	GCAATT	2	12	1454673	1454684	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427734721
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454	NC_019678	TACGAA	2	12	1469665	1469676	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427734734
455	NC_019678	TCGCAT	2	12	1471230	1471241	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427734735
456	NC_019678	CATTAT	2	12	1472958	1472969	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734737
457	NC_019678	AAGAAA	2	12	1474788	1474799	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	427734739
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461	NC_019678	AAGCTG	2	12	1477001	1477012	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	427734741
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481	NC_019678	CTTTAG	2	12	1531626	1531637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427734780
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483	NC_019678	CTTTGG	2	12	1531758	1531769	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427734780
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