MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Endolissoclinum patella L2 chromosome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019566	TTGACA	2	12	2897	2908	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400515
2	NC_019566	TTGTAT	2	12	5333	5344	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	426400517
3	NC_019566	ATTGAG	2	12	5836	5847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426400517
4	NC_019566	TCTTTA	2	12	6589	6600	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	426400518
5	NC_019566	GCTTTC	2	12	6891	6902	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	426400519
6	NC_019566	CTTAAT	2	12	7482	7493	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400519
7	NC_019566	ATCTTA	2	12	9583	9594	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400520
8	NC_019566	CGCTGA	2	12	14865	14876	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	426400528
9	NC_019566	AGGATA	2	12	15709	15720	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	426400528
10	NC_019566	ATTGTG	2	12	18192	18203	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	426400529
11	NC_019566	CTATTT	2	12	20755	20766	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	426400531
12	NC_019566	GTGAAT	2	12	34662	34673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426400544
13	NC_019566	TGATGG	2	12	36634	36645	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	426400546
14	NC_019566	ACTACC	2	12	41406	41417	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	426400549
15	NC_019566	TTTAAT	2	12	44581	44592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426400551
16	NC_019566	TATCAT	2	12	47072	47083	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400554
17	NC_019566	TAACCT	2	12	61465	61476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426400570
18	NC_019566	CCACGT	2	12	68134	68145	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	426400576
19	NC_019566	TTCAGC	2	12	68463	68474	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	426400576
20	NC_019566	TTTAAT	2	12	77628	77639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426400586
21	NC_019566	GTTGCT	2	12	78932	78943	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	426400587
22	NC_019566	ATTAGG	2	12	82370	82381	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426400591
23	NC_019566	AATAGG	2	12	83543	83554	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	426400593
24	NC_019566	ATCTTG	2	12	85815	85826	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426400595
25	NC_019566	AATATT	2	12	92336	92347	50 %	50 %	0 %	0 %	426400606
26	NC_019566	TCTATA	2	12	94214	94225	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400609
27	NC_019566	GCTGGT	2	12	94606	94617	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	426400610
28	NC_019566	GGGTGG	2	12	105329	105340	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	426400620
29	NC_019566	CTTGGC	2	12	107491	107502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426400624
30	NC_019566	ATCAAT	2	12	111942	111953	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426400626
31	NC_019566	ATATAG	2	12	112542	112553	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426400627
32	NC_019566	AGGCTT	2	12	125963	125974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426400635
33	NC_019566	TGATGG	2	12	126690	126701	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	426400636
34	NC_019566	CAAGCT	2	12	140113	140124	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426400649
35	NC_019566	TTTGTG	2	12	140732	140743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426400650
36	NC_019566	CGATAT	2	12	155727	155738	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400660
37	NC_019566	TTGGCA	2	12	156612	156623	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426400661
38	NC_019566	GTTTTT	2	12	173002	173013	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	426400675
39	NC_019566	AGCTAA	2	12	174242	174253	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426400675
40	NC_019566	ATTAGC	2	12	177257	177268	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400680
41	NC_019566	CTTCAT	2	12	179115	179126	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	426400681
42	NC_019566	TTATAT	2	12	194043	194054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426400697
43	NC_019566	GGTAAT	2	12	197468	197479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426400698
44	NC_019566	CTAGCA	2	12	200387	200398	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426400700
45	NC_019566	GATTTG	2	12	203341	203352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	426400703
46	NC_019566	AGCCAG	2	12	203785	203796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426400703
47	NC_019566	TCCATG	2	12	207025	207036	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	426400708
48	NC_019566	TCGTAA	2	12	209215	209226	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400711
49	NC_019566	TACCTT	2	12	213397	213408	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	426400719
50	NC_019566	GAAAAT	2	12	214644	214655	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	426400722
51	NC_019566	TTACCC	2	12	216565	216576	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	426400727
52	NC_019566	CGGATG	2	12	221083	221094	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	426400735
53	NC_019566	AAGACC	2	12	233697	233708	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	426400741
54	NC_019566	TCTTAA	2	12	234023	234034	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400742
55	NC_019566	TAACCA	2	12	235204	235215	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	426400743
56	NC_019566	AAAAGT	2	12	235806	235817	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	426400744
57	NC_019566	CAATTT	2	12	237662	237673	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400747
58	NC_019566	GCCTAA	2	12	239100	239111	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426400748
59	NC_019566	ACTTAT	2	12	240398	240409	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426400749
60	NC_019566	GTAGCA	2	12	243515	243526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	426400753
61	NC_019566	TTTAGC	2	12	248690	248701	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426400760
62	NC_019566	TCAGCG	2	12	251689	251700	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	426400762
63	NC_019566	TTTAGG	2	12	253298	253309	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	426400765
64	NC_019566	TTTAAT	2	12	253320	253331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426400765
65	NC_019566	GATCGT	2	12	260537	260548	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426400773
66	NC_019566	TGTTAC	2	12	263747	263758	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426400777
67	NC_019566	TGCCAA	2	12	266729	266740	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426400782
68	NC_019566	TACGAT	2	12	275483	275494	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400792
69	NC_019566	CAGTAG	2	12	278891	278902	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	426400794
70	NC_019566	ATGGTG	2	12	286537	286548	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	426400800
71	NC_019566	TCTGGT	2	12	288513	288524	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	426400802
72	NC_019566	AACTTA	2	12	299131	299142	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426400812
73	NC_019566	TTGATT	2	12	301601	301612	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	426400815
74	NC_019566	GCTGTT	2	12	317306	317317	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	426400837
75	NC_019566	CTCCAG	2	12	319482	319493	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	426400839
76	NC_019566	CTTGAA	2	12	323346	323357	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400842
77	NC_019566	CTTCTA	2	12	325809	325820	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	426400846
78	NC_019566	TAGGCA	2	12	327277	327288	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	426400847
79	NC_019566	TGTATT	2	12	329605	329616	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	426400849
80	NC_019566	ATTTTT	2	12	351483	351494	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	426400875
81	NC_019566	ATGGCT	4	24	352273	352296	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426400875
82	NC_019566	ATAATT	2	12	361877	361888	50 %	50 %	0 %	0 %	426400887
83	NC_019566	TTTTAT	2	12	362319	362330	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	426400887
84	NC_019566	CTTTCC	2	12	362728	362739	0 %	50 %	0 %	50 %	426400888
85	NC_019566	CAAGAA	2	12	369320	369331	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	426400896
86	NC_019566	GCTTCT	2	12	369836	369847	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	426400897
87	NC_019566	GTCTAA	2	12	376281	376292	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400901
88	NC_019566	CAAGCA	2	12	379522	379533	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	426400906
89	NC_019566	GCCAAA	2	12	382422	382433	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	426400908
90	NC_019566	TCCACC	2	12	386439	386450	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	426400912
91	NC_019566	TCATGA	2	12	405610	405621	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400935
92	NC_019566	GAAATG	2	12	416960	416971	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	426400946
93	NC_019566	GATAAA	2	12	429380	429391	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	426400955
94	NC_019566	TTGATA	2	12	433701	433712	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	426400960
95	NC_019566	TAAAAA	2	12	434659	434670	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	426400961
96	NC_019566	AATTTA	2	12	456142	456153	50 %	50 %	0 %	0 %	426400986
97	NC_019566	TGTTAA	2	12	457639	457650	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	426400989
98	NC_019566	TAATCG	2	12	458116	458127	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426400990
99	NC_019566	TGCTAA	2	12	463934	463945	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401003
100	NC_019566	GCTTTA	2	12	469255	469266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426401008
101	NC_019566	CCTGCT	2	12	469684	469695	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	426401009
102	NC_019566	GTATTT	2	12	480269	480280	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	426401024
103	NC_019566	TTTGGA	2	12	480801	480812	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	426401024
104	NC_019566	TAGTGA	2	12	481137	481148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426401025
105	NC_019566	GCTCGT	2	12	481567	481578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426401026
106	NC_019566	GCTAAT	2	12	482130	482141	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401027
107	NC_019566	TTCAAA	2	12	484191	484202	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426401029
108	NC_019566	ATTAAC	2	12	493662	493673	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426401037
109	NC_019566	GGCAGA	2	12	494126	494137	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	426401038
110	NC_019566	ACACGC	2	12	498040	498051	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	426401042
111	NC_019566	TGATGC	2	12	498522	498533	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426401042
112	NC_019566	CAAGAC	2	12	504546	504557	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	426401048
113	NC_019566	AGCGTT	2	12	506959	506970	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426401048
114	NC_019566	GATTAA	2	12	512013	512024	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426401048
115	NC_019566	CCCCTT	2	12	513627	513638	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	426401048
116	NC_019566	ATCTCT	2	12	517949	517960	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	426401050
117	NC_019566	ATAACT	2	12	529420	529431	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426401063
118	NC_019566	TCCAGC	2	12	533762	533773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	426401068
119	NC_019566	AAAGAA	2	12	540484	540495	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	426401077
120	NC_019566	AGCATA	2	12	544970	544981	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426401079
121	NC_019566	AATTAC	2	12	545083	545094	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426401079
122	NC_019566	AGCCTT	2	12	545354	545365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	426401080
123	NC_019566	GAACAA	2	12	546061	546072	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	426401081
124	NC_019566	AACAGC	2	12	546073	546084	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	426401081
125	NC_019566	TAATGT	2	12	546789	546800	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	426401082
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128	NC_019566	TTCAAG	2	12	552953	552964	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401087
129	NC_019566	GCTTCA	2	12	558825	558836	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	426401093
130	NC_019566	GTTTTT	2	12	562101	562112	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	426401096
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154	NC_019566	CTATTG	2	12	670102	670113	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426401212
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220	NC_019566	TTTATC	2	12	968170	968181	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	426401526
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222	NC_019566	AGAAAA	2	12	974477	974488	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	426401535
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224	NC_019566	AGCTAA	2	12	980211	980222	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426401540
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226	NC_019566	CTAAAG	2	12	982220	982231	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426401542
227	NC_019566	TCATAC	2	12	982424	982435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426401542
228	NC_019566	AATTGA	2	12	984564	984575	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426401546
229	NC_019566	TTAAAG	2	12	985896	985907	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426401548
230	NC_019566	TAACAA	2	12	988675	988686	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	426401550
231	NC_019566	AGTAAA	2	12	989902	989913	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	426401553
232	NC_019566	TTAGCA	2	12	993712	993723	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401557
233	NC_019566	ATCTCA	2	12	993844	993855	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426401557
234	NC_019566	CATTAT	2	12	1004543	1004554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426401567
235	NC_019566	TAAAAC	2	12	1021347	1021358	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	426401592
236	NC_019566	AATAAA	2	12	1024643	1024654	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	426401598
237	NC_019566	AATTGA	2	12	1025514	1025525	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426401600
238	NC_019566	AAGAGA	2	12	1042998	1043009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426401618
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242	NC_019566	TCAAGA	2	12	1044773	1044784	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426401620
243	NC_019566	ACCGCA	2	12	1054137	1054148	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	426401628
244	NC_019566	TTAGTT	2	12	1056026	1056037	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	426401631
245	NC_019566	TTCATA	2	12	1058380	1058391	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426401635
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247	NC_019566	TCAGAT	2	12	1076920	1076931	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401653
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249	NC_019566	AAGTTG	2	12	1089418	1089429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426401667
250	NC_019566	TACTAG	2	12	1090597	1090608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401668
251	NC_019566	GTGCTT	2	12	1091272	1091283	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	426401668
252	NC_019566	AGTTGA	2	12	1098918	1098929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426401677
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254	NC_019566	TGACCA	2	12	1109245	1109256	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426401690
255	NC_019566	TGTTAA	2	12	1115468	1115479	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	426401700
256	NC_019566	TCGCAA	2	12	1133624	1133635	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426401716
257	NC_019566	TTTTTA	2	12	1139841	1139852	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	426401726
258	NC_019566	ATTGCT	2	12	1140472	1140483	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426401727
259	NC_019566	CTTTAG	2	12	1141097	1141108	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426401727
260	NC_019566	ATGCAT	2	12	1144532	1144543	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401730
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264	NC_019566	GCACCA	2	12	1152012	1152023	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	426401735
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274	NC_019566	CATTGG	2	12	1199068	1199079	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426401789
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280	NC_019566	AAAATT	2	12	1265527	1265538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426401864
281	NC_019566	GAACCT	2	12	1265758	1265769	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426401864
282	NC_019566	TGAGCA	2	12	1278164	1278175	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	426401872
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284	NC_019566	TATCAA	2	12	1294038	1294049	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	426401888
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288	NC_019566	CATAGC	2	12	1311514	1311525	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426401900
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291	NC_019566	GAGAAG	2	12	1322610	1322621	50 %	0 %	50 %	0 %	426401912
292	NC_019566	AAAATA	2	12	1326615	1326626	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	426401915
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295	NC_019566	AATTGA	2	12	1332601	1332612	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426401921
296	NC_019566	TAATGC	2	12	1341306	1341317	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426401929
297	NC_019566	AGGCTT	2	12	1350010	1350021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426401934
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325	NC_019566	AGTACC	2	12	1432203	1432214	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	426401964
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333	NC_019566	TTAATG	2	12	1462984	1462995	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	426401993
334	NC_019566	ACAAGA	2	12	1470297	1470308	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	426402000
335	NC_019566	TTTCAA	2	12	1479435	1479446	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	426402007
336	NC_019566	ATTTTT	2	12	1480679	1480690	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	426402009

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.