MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes serotype 4b str. LL195

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019556	TACAT	2	10	291	300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_019556	AAATG	2	10	26105	26114	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019556	AAAGG	2	10	37664	37673	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019556	CTATT	2	10	38160	38169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_019556	GACTT	2	10	53457	53466	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_019556	ATGGT	2	10	55709	55718	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019556	AAATA	2	10	57765	57774	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019556	TAAAA	2	10	58747	58756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019556	TTATG	2	10	60954	60963	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019556	AAATG	2	10	82260	82269	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019556	AATAG	2	10	84799	84808	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019556	ATAGC	2	10	85957	85966	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_019556	AGTAG	2	10	88080	88089	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019556	AGTAA	2	10	88331	88340	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019556	ATTTT	2	10	98022	98031	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019556	ATATC	2	10	119970	119979	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019556	AGAGA	2	10	130796	130805	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019556	TTACT	2	10	132235	132244	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_019556	AAAGT	2	10	134476	134485	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019556	AGTAG	2	10	156182	156191	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019556	ATAAA	2	10	157393	157402	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019556	ATATG	2	10	166551	166560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019556	TTGTA	2	10	178590	178599	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019556	ATAGA	2	10	199306	199315	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019556	TTGTC	2	10	204831	204840	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_019556	ACAAA	2	10	205196	205205	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_019556	ATATA	2	10	212938	212947	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019556	GAGTG	2	10	220963	220972	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019556	AGCCG	2	10	229140	229149	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_019556	GAAAA	2	10	237268	237277	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019556	GAAAA	2	10	237677	237686	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019556	GAATA	2	10	240765	240774	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019556	AAATT	2	10	242451	242460	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019556	TAATT	2	10	242652	242661	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019556	TCGTG	2	10	243811	243820	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_019556	AAGGT	2	10	245279	245288	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019556	TAATT	2	10	248671	248680	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019556	TCGTG	2	10	249830	249839	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_019556	AAGGT	2	10	251298	251307	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019556	GGCAT	2	10	268590	268599	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_019556	AGTGA	2	10	290706	290715	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019556	AATTA	2	10	292864	292873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019556	TGGCT	2	10	303004	303013	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019556	ACTAA	2	10	304380	304389	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_019556	GGAAT	2	10	305915	305924	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019556	TATAA	2	10	309606	309615	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019556	AAAGA	2	10	312834	312843	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019556	TTATT	2	10	335390	335399	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019556	TAGAT	2	10	337817	337826	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019556	TTTAT	2	10	347995	348004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019556	TAAAA	2	10	351168	351177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019556	AATAA	2	10	360357	360366	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019556	ATTGT	2	10	361715	361724	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019556	TTTTA	2	10	371722	371731	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019556	AGGAG	2	10	375353	375362	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019556	ATAGA	2	10	375656	375665	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019556	AAATG	2	10	384534	384543	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019556	CACAC	2	10	385468	385477	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_019556	AAATT	2	10	386098	386107	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019556	GTGAT	2	10	400748	400757	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019556	CAAAA	2	10	421402	421411	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019556	TAGAT	2	10	430629	430638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019556	AGGTG	2	10	452681	452690	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019556	GGAAA	2	10	457807	457816	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019556	AACAT	2	10	484129	484138	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_019556	TTTAT	2	10	499722	499731	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019556	TTTCT	2	10	504095	504104	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_019556	AATTT	2	10	518558	518567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019556	ATAGT	2	10	518593	518602	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019556	TTATT	2	10	522691	522700	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019556	CTATG	2	10	522857	522866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_019556	ATACA	2	10	527952	527961	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_019556	AAAAC	2	10	552783	552792	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_019556	GTTTT	2	10	552805	552814	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019556	AAACA	2	10	555311	555320	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_019556	TATAG	2	10	565114	565123	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019556	GAAAA	2	10	569224	569233	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019556	TAGAC	2	10	585433	585442	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_019556	TAAAA	2	10	591362	591371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019556	CTATG	2	10	598807	598816	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_019556	AAAGA	2	10	604261	604270	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019556	TAAAA	2	10	612481	612490	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019556	ATAAA	2	10	619233	619242	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019556	AGAAT	2	10	620103	620112	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019556	TGGAA	2	10	620231	620240	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019556	AATCA	2	10	623234	623243	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019556	TATAA	2	10	631172	631181	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019556	ATTGA	2	10	631210	631219	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019556	ATTAA	2	10	644518	644527	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019556	ATATA	2	10	675964	675973	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019556	ATTTT	2	10	684195	684204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019556	TACAT	2	10	684632	684641	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_019556	TATAA	2	10	685686	685695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019556	GAAAT	2	10	709514	709523	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019556	TTACT	2	10	717537	717546	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_019556	ATTTA	2	10	723189	723198	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019556	GGGGA	2	10	732942	732951	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019556	TATTT	2	10	739180	739189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019556	AGAGA	2	10	739331	739340	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019556	CTTTT	2	10	740306	740315	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_019556	CTTTT	2	10	789950	789959	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_019556	TAGTT	2	10	789963	789972	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019556	TGAAA	2	10	802145	802154	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019556	AATGA	2	10	819240	819249	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019556	GTATA	2	10	838757	838766	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019556	AATAA	2	10	845195	845204	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019556	ATTTT	2	10	848781	848790	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019556	GTTTT	2	10	861717	861726	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019556	AAATT	2	10	862794	862803	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019556	AGGAA	2	10	863317	863326	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019556	GATGA	2	10	875408	875417	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019556	ATAGA	2	10	884069	884078	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019556	ATCTT	2	10	885249	885258	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_019556	TAATT	2	10	889458	889467	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019556	ATTTT	2	10	889725	889734	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019556	AATGT	2	10	897126	897135	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019556	TTATA	2	10	920864	920873	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019556	ATAAC	2	10	936855	936864	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019556	TTTTA	2	10	938321	938330	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019556	ATAGA	2	10	942233	942242	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019556	TATAA	2	10	956494	956503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019556	TGAAA	2	10	965986	965995	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019556	TTTAT	2	10	972614	972623	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019556	TTTTA	2	10	999523	999532	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019556	TAAAA	2	10	999588	999597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019556	TATAA	2	10	1014059	1014068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019556	TCTAT	2	10	1026830	1026839	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_019556	AGATA	2	10	1030519	1030528	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019556	GAGAG	2	10	1039462	1039471	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019556	AAATG	2	10	1044120	1044129	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019556	TTCTA	2	10	1044135	1044144	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_019556	ATTTT	2	10	1044430	1044439	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019556	TTTTC	2	10	1048020	1048029	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_019556	AGTTT	2	10	1057915	1057924	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019556	CAAAA	2	10	1060281	1060290	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_019556	ACTAA	2	10	1060460	1060469	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_019556	TAGGA	2	10	1074907	1074916	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019556	GTTTT	2	10	1074917	1074926	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019556	TAAAC	2	10	1078931	1078940	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_019556	CTTTT	2	10	1079415	1079424	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019556	AAAGC	2	10	1085348	1085357	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_019556	TTATT	2	10	1085391	1085400	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019556	GCTAT	2	10	1090019	1090028	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_019556	AATAA	2	10	1092080	1092089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019556	TTTGA	2	10	1141740	1141749	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019556	TTGAT	2	10	1149188	1149197	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019556	AAATA	2	10	1177291	1177300	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_019556	ATTTA	2	10	1210996	1211005	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_019556	TAAAA	2	10	1245527	1245536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_019556	CTATA	2	10	1245932	1245941	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_019556	ATTTA	2	10	1269970	1269979	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_019556	TAAAA	2	10	1415120	1415129	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_019556	TCTAT	2	10	1618033	1618042	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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193	NC_019556	TAAAA	2	10	1680097	1680106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_019556	TATCA	2	10	2534620	2534629	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_019556	TACCA	2	10	2536070	2536079	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
290	NC_019556	AAACA	2	10	2547093	2547102	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_019556	GCTTT	2	10	2549092	2549101	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
292	NC_019556	ATAAA	2	10	2549105	2549114	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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297	NC_019556	TTTAT	2	10	2592641	2592650	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_019556	TTACC	2	10	2623426	2623435	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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326	NC_019556	TAAAA	2	10	2834889	2834898	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
327	NC_019556	AAACC	2	10	2835774	2835783	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
328	NC_019556	GGTTT	2	10	2844213	2844222	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
329	NC_019556	TAAAT	2	10	2847776	2847785	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
330	NC_019556	ATAAA	2	10	2851542	2851551	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_019556	CACTC	2	10	2860448	2860457	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
332	NC_019556	TATCA	2	10	2903960	2903969	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.