MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS6

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019436	TAT	2	6	6	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075269
2	NC_019436	ATA	2	6	74	79	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075269
3	NC_019436	ATA	2	6	173	178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075269
4	NC_019436	ATT	2	6	201	206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075269
5	NC_019436	AAG	2	6	251	256	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075269
6	NC_019436	AGA	2	6	297	302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075269
7	NC_019436	ATG	3	9	368	376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075269
8	NC_019436	TAT	2	6	399	404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075269
9	NC_019436	AGA	2	6	681	686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075269
10	NC_019436	GAA	2	6	771	776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075269
11	NC_019436	GAT	2	6	787	792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075269
12	NC_019436	TTA	2	6	859	864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075269
13	NC_019436	CTA	2	6	898	903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075269
14	NC_019436	AGA	2	6	965	970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075269
15	NC_019436	AAG	2	6	1055	1060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075269
16	NC_019436	GAA	2	6	1224	1229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075270
17	NC_019436	TAG	2	6	1279	1284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075270
18	NC_019436	GTT	2	6	1304	1309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075270
19	NC_019436	ACA	2	6	1313	1318	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075270
20	NC_019436	AAC	2	6	1408	1413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075270
21	NC_019436	CAA	3	9	1485	1493	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075270
22	NC_019436	AGA	2	6	1523	1528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075270
23	NC_019436	AGG	2	6	1573	1578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414075270
24	NC_019436	GAA	2	6	1602	1607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075270
25	NC_019436	AAT	2	6	1671	1676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075270
26	NC_019436	GGA	2	6	1893	1898	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414075271
27	NC_019436	AGA	2	6	1921	1926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075271
28	NC_019436	TCA	3	9	2306	2314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075272
29	NC_019436	ATC	2	6	2422	2427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075272
30	NC_019436	TGT	2	6	2491	2496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075272
31	NC_019436	TGT	2	6	2540	2545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075272
32	NC_019436	TAA	2	6	2790	2795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075272
33	NC_019436	GTC	2	6	3145	3150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075272
34	NC_019436	AAT	2	6	3273	3278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075272
35	NC_019436	AAT	2	6	3316	3321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075272
36	NC_019436	TGA	2	6	3389	3394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075272
37	NC_019436	AAT	2	6	3472	3477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075272
38	NC_019436	ATC	2	6	3553	3558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075272
39	NC_019436	TCA	2	6	3653	3658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075272
40	NC_019436	TCA	2	6	3726	3731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075272
41	NC_019436	GAA	2	6	3761	3766	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075272
42	NC_019436	CTT	2	6	3842	3847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075273
43	NC_019436	ATT	2	6	3909	3914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075273
44	NC_019436	GAA	2	6	3985	3990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075273
45	NC_019436	ATA	2	6	4000	4005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075273
46	NC_019436	ATT	2	6	4077	4082	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075273
47	NC_019436	ATC	2	6	4099	4104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075273
48	NC_019436	ATT	2	6	4174	4179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075273
49	NC_019436	CAA	3	9	5125	5133	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075274
50	NC_019436	ATA	2	6	5167	5172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075274
51	NC_019436	ATA	2	6	5308	5313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075274
52	NC_019436	GTT	2	6	5392	5397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075274
53	NC_019436	TAA	2	6	5424	5429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075274
54	NC_019436	AAC	2	6	5494	5499	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075274
55	NC_019436	TAA	2	6	5514	5519	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075274
56	NC_019436	TCG	2	6	5612	5617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075274
57	NC_019436	CTG	2	6	5647	5652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075274
58	NC_019436	TTC	2	6	5834	5839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075275
59	NC_019436	CGT	2	6	5923	5928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075275
60	NC_019436	GCT	2	6	6112	6117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075275
61	NC_019436	TCT	2	6	6257	6262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075275
62	NC_019436	GTA	2	6	6313	6318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075275
63	NC_019436	GTA	2	6	6387	6392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075275
64	NC_019436	AAT	2	6	6405	6410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075275
65	NC_019436	AAT	2	6	6672	6677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075276
66	NC_019436	CGG	2	6	6757	6762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075276
67	NC_019436	TAT	2	6	6992	6997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075276
68	NC_019436	ACT	2	6	7120	7125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075277
69	NC_019436	TAA	2	6	7126	7131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075277
70	NC_019436	TTG	2	6	7133	7138	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075277
71	NC_019436	TCA	2	6	7189	7194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075277
72	NC_019436	TAT	2	6	7237	7242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075277
73	NC_019436	ATC	2	6	7298	7303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075277
74	NC_019436	CAG	2	6	7527	7532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414075277
75	NC_019436	TGG	2	6	7546	7551	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075277
76	NC_019436	ATA	2	6	7593	7598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075277
77	NC_019436	TGA	2	6	7614	7619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075277
78	NC_019436	ATA	2	6	7650	7655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075277
79	NC_019436	ATG	2	6	7737	7742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075277
80	NC_019436	TAG	2	6	7746	7751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075277
81	NC_019436	AAG	2	6	7792	7797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075277
82	NC_019436	AGT	2	6	7876	7881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075277
83	NC_019436	GAT	2	6	7900	7905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075277
84	NC_019436	AAT	2	6	8087	8092	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075277
85	NC_019436	CGG	2	6	8191	8196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075277
86	NC_019436	CAT	2	6	8207	8212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075277
87	NC_019436	GGT	2	6	8400	8405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075278
88	NC_019436	TCA	2	6	8544	8549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075278
89	NC_019436	TCA	2	6	8564	8569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075278
90	NC_019436	AAT	2	6	8572	8577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075278
91	NC_019436	TAA	2	6	8643	8648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075278
92	NC_019436	TTC	2	6	8680	8685	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075278
93	NC_019436	CTT	2	6	8829	8834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075278
94	NC_019436	ATA	2	6	8867	8872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075278
95	NC_019436	TCC	2	6	8944	8949	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	414075278
96	NC_019436	TTA	2	6	8976	8981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075278
97	NC_019436	TAT	2	6	9006	9011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075278
98	NC_019436	TCT	2	6	9068	9073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075278
99	NC_019436	CAT	3	9	9450	9458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075279
100	NC_019436	CTG	2	6	9603	9608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075279
101	NC_019436	CTG	2	6	9618	9623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075279
102	NC_019436	CCA	2	6	9800	9805	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	414075279
103	NC_019436	TCG	2	6	9971	9976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075279
104	NC_019436	ATT	2	6	10185	10190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075280
105	NC_019436	ATC	2	6	10280	10285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075280
106	NC_019436	TTC	2	6	10424	10429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075280
107	NC_019436	AAT	2	6	10744	10749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075280
108	NC_019436	ACT	2	6	10756	10761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075280
109	NC_019436	CGG	2	6	10829	10834	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075280
110	NC_019436	TAT	2	6	11064	11069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075280
111	NC_019436	AGT	2	6	11285	11290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075281
112	NC_019436	TAT	2	6	11396	11401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075281
113	NC_019436	TGG	2	6	11495	11500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075281
114	NC_019436	TAT	2	6	11523	11528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075281
115	NC_019436	TAT	2	6	11591	11596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075281
116	NC_019436	GCT	2	6	11748	11753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075281
117	NC_019436	TGT	2	6	11759	11764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075281
118	NC_019436	ATC	2	6	11775	11780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075281
119	NC_019436	ATT	2	6	11789	11794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075281
120	NC_019436	ATG	2	6	11832	11837	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075281
121	NC_019436	TCT	2	6	11860	11865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075281
122	NC_019436	TTG	2	6	11932	11937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075281
123	NC_019436	TTG	2	6	11955	11960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075281
124	NC_019436	TTG	2	6	11992	11997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075281
125	NC_019436	CTA	2	6	12013	12018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075281
126	NC_019436	ATT	2	6	12050	12055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075281
127	NC_019436	ATT	2	6	12250	12255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075282
128	NC_019436	ATC	2	6	12345	12350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075282
129	NC_019436	TTC	2	6	12489	12494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075282
130	NC_019436	AAT	2	6	12809	12814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075282
131	NC_019436	CGG	2	6	12894	12899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075282
132	NC_019436	TAT	2	6	13129	13134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075282
133	NC_019436	AAG	2	6	13794	13799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075283
134	NC_019436	AAT	2	6	13843	13848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075283
135	NC_019436	TCA	2	6	14006	14011	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075283
136	NC_019436	ATT	2	6	14012	14017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075283
137	NC_019436	GTT	2	6	14099	14104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075283
138	NC_019436	ATC	2	6	14191	14196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075283
139	NC_019436	TCC	2	6	14270	14275	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	414075283
140	NC_019436	ATT	2	6	14281	14286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075283
141	NC_019436	ACA	2	6	14381	14386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075283
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143	NC_019436	ATC	2	6	14474	14479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075283
144	NC_019436	ATC	2	6	14497	14502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075283
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147	NC_019436	ACT	2	6	14621	14626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075283
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151	NC_019436	TCT	2	6	15656	15661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075284
152	NC_019436	GTA	2	6	15712	15717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075284
153	NC_019436	GTA	2	6	15786	15791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075284
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156	NC_019436	TGT	2	6	16359	16364	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075285
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158	NC_019436	ATT	2	6	16519	16524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075285
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161	NC_019436	AAT	2	6	16633	16638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075285
162	NC_019436	TGG	2	6	16758	16763	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075285
163	NC_019436	AAC	2	6	16768	16773	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075285
164	NC_019436	TGG	2	6	16779	16784	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075285
165	NC_019436	AGA	2	6	16795	16800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075285
166	NC_019436	TGA	2	6	16839	16844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075285
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170	NC_019436	AAT	2	6	17152	17157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075285
171	NC_019436	TCG	2	6	17178	17183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075285
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243	NC_019436	CAA	2	6	26987	26992	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075290
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247	NC_019436	CGT	2	6	27261	27266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075290
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249	NC_019436	TGT	2	6	27346	27351	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075290
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251	NC_019436	TTG	2	6	27454	27459	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075290
252	NC_019436	GCG	2	6	27559	27564	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075290
253	NC_019436	GCA	2	6	27610	27615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414075290
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255	NC_019436	CCG	3	9	27769	27777	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	414075290
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379	NC_019436	CAA	2	6	37399	37404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075295
380	NC_019436	TCC	2	6	37431	37436	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	414075295

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.