MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS5

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019432	AAC	2	6	31	36	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073303
2	NC_019432	TTG	2	6	92	97	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073303
3	NC_019432	AGA	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
4	NC_019432	TAC	2	6	359	364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073303
5	NC_019432	TAT	2	6	510	515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073303
6	NC_019432	CAT	2	6	690	695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073303
7	NC_019432	GAA	2	6	798	803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
8	NC_019432	TGA	2	6	852	857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073303
9	NC_019432	AGA	2	6	870	875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
10	NC_019432	TTA	2	6	925	930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073303
11	NC_019432	TAT	2	6	960	965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073303
12	NC_019432	CAA	2	6	974	979	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073303
13	NC_019432	ACT	2	6	1088	1093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073303
14	NC_019432	AGA	2	6	1097	1102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073303
15	NC_019432	TAG	2	6	1280	1285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073304
16	NC_019432	AGA	2	6	1307	1312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
17	NC_019432	GAA	2	6	1674	1679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
18	NC_019432	AGA	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
19	NC_019432	CAA	3	9	1752	1760	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073304
20	NC_019432	AGA	2	6	1790	1795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
21	NC_019432	AGG	2	6	1840	1845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073304
22	NC_019432	GAA	2	6	1869	1874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073304
23	NC_019432	AAT	2	6	1938	1943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073304
24	NC_019432	GGA	2	6	2160	2165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073305
25	NC_019432	AGA	2	6	2188	2193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073305
26	NC_019432	TAT	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019432	ATT	2	6	2430	2435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019432	TCA	2	6	2539	2544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_019432	CTT	2	6	2590	2595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019432	TTC	2	6	2665	2670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073306
31	NC_019432	CGT	2	6	2754	2759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414073306
32	NC_019432	AGC	2	6	2942	2947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073306
33	NC_019432	GAT	2	6	3100	3105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073306
34	NC_019432	ATA	2	6	3218	3223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073306
35	NC_019432	AAT	2	6	3236	3241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073306
36	NC_019432	AGC	2	6	3567	3572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073307
37	NC_019432	ACA	2	6	3583	3588	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
38	NC_019432	TAG	2	6	3603	3608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
39	NC_019432	AAT	2	6	3609	3614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073307
40	NC_019432	CAG	2	6	3671	3676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073307
41	NC_019432	GAT	2	6	3723	3728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
42	NC_019432	CAT	2	6	3780	3785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073307
43	NC_019432	TTG	2	6	3829	3834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073307
44	NC_019432	TGT	2	6	3864	3869	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073307
45	NC_019432	CAG	2	6	3896	3901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073307
46	NC_019432	AGT	2	6	4011	4016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
47	NC_019432	CAA	2	6	4103	4108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
48	NC_019432	CAA	2	6	4121	4126	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
49	NC_019432	CAA	2	6	4155	4160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073307
50	NC_019432	TGA	2	6	4199	4204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
51	NC_019432	ACT	2	6	4288	4293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073307
52	NC_019432	AAT	2	6	4414	4419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073307
53	NC_019432	TGC	2	6	4428	4433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414073307
54	NC_019432	GAT	2	6	4461	4466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073307
55	NC_019432	TTC	2	6	4521	4526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073307
56	NC_019432	TCT	2	6	4574	4579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073308
57	NC_019432	TAC	2	6	4621	4626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073308
58	NC_019432	GCA	2	6	4805	4810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073308
59	NC_019432	ATG	2	6	4948	4953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073308
60	NC_019432	TGT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073308
61	NC_019432	TTC	2	6	5020	5025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073308
62	NC_019432	AAT	2	6	5069	5074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073308
63	NC_019432	CAG	2	6	5100	5105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073308
64	NC_019432	GCA	2	6	5232	5237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073308
65	NC_019432	TTC	2	6	5338	5343	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073308
66	NC_019432	GTC	2	6	5401	5406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414073308
67	NC_019432	ACC	2	6	5425	5430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	414073308
68	NC_019432	TAA	2	6	5520	5525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019432	CCG	2	6	5938	5943	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	414073309
70	NC_019432	ATT	2	6	6023	6028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073309
71	NC_019432	GAA	2	6	6343	6348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073309
72	NC_019432	TTC	2	6	6457	6462	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073309
73	NC_019432	AAT	2	6	6582	6587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073309
74	NC_019432	ATG	3	9	6788	6796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019432	AGA	3	9	6837	6845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019432	TAT	2	6	6972	6977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019432	CAA	2	6	7143	7148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_019432	CTA	2	6	7153	7158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019432	TAG	2	6	7217	7222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019432	ACT	2	6	7236	7241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_019432	ATA	2	6	7320	7325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019432	TCG	2	6	7335	7340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019432	TAG	2	6	7410	7415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019432	TAG	2	6	7514	7519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019432	TTA	2	6	7614	7619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019432	CTT	2	6	7709	7714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019432	TTG	2	6	8009	8014	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073310
88	NC_019432	GAA	2	6	8036	8041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073310
89	NC_019432	GGA	2	6	8046	8051	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073310
90	NC_019432	GAC	2	6	8243	8248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	414073310
91	NC_019432	GGA	2	6	8251	8256	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073310
92	NC_019432	CTT	2	6	8290	8295	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073310
93	NC_019432	AAC	2	6	8358	8363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073310
94	NC_019432	TAA	2	6	8379	8384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073310
95	NC_019432	ATT	2	6	8407	8412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019432	ATC	2	6	8451	8456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019432	TCT	2	6	8536	8541	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_019432	CAA	2	6	8588	8593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019432	TTA	2	6	8701	8706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073311
100	NC_019432	GTT	2	6	8751	8756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073311
101	NC_019432	TAA	2	6	8834	8839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073311
102	NC_019432	TTA	2	6	8975	8980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073311
103	NC_019432	ATT	2	6	9054	9059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073311
104	NC_019432	TTA	2	6	9066	9071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073311
105	NC_019432	GTA	2	6	9097	9102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073311
106	NC_019432	CTT	2	6	9311	9316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073312
107	NC_019432	ATT	2	6	9378	9383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073312
108	NC_019432	ATT	2	6	9420	9425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073312
109	NC_019432	GAA	2	6	9454	9459	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073312
110	NC_019432	ATA	2	6	9469	9474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073312
111	NC_019432	ATC	2	6	9568	9573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073312
112	NC_019432	GAA	2	6	9606	9611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073312
113	NC_019432	AAT	2	6	9621	9626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073312
114	NC_019432	ACT	2	6	9670	9675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019432	AAT	2	6	9751	9756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019432	TGG	2	6	9828	9833	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019432	ATT	2	6	9880	9885	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019432	ATT	2	6	9980	9985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019432	TTC	2	6	9989	9994	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_019432	TCT	2	6	10029	10034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019432	CAA	2	6	10297	10302	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073313
122	NC_019432	AGA	2	6	10307	10312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073313
123	NC_019432	CTT	2	6	10409	10414	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073313
124	NC_019432	TAA	2	6	10539	10544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073313
125	NC_019432	TTC	2	6	10652	10657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073313
126	NC_019432	GAG	2	6	10699	10704	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414073313
127	NC_019432	TGA	2	6	10797	10802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073313
128	NC_019432	GAA	2	6	10822	10827	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073313
129	NC_019432	TTA	2	6	10956	10961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019432	TAA	2	6	10977	10982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019432	ATT	2	6	11143	11148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019432	ATA	2	6	11598	11603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019432	GAA	2	6	11611	11616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019432	TTC	2	6	11635	11640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_019432	AGG	2	6	11662	11667	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.