MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia psittaci 01DC12

Total Repeats: 401

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019391	CTGTGG	2	12	4819	4830	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410857992
2	NC_019391	GAGAAA	2	12	8591	8602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410857995
3	NC_019391	AGGAAG	2	12	11321	11332	50 %	0 %	50 %	0 %	410857996
4	NC_019391	AAGAGT	2	12	12924	12935	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410857996
5	NC_019391	ATAGTT	2	12	13146	13157	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410857996
6	NC_019391	AAAAGC	2	12	17201	17212	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410857999
7	NC_019391	TCAAGC	2	12	22574	22585	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410858003
8	NC_019391	TAGAAA	2	12	27590	27601	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858005
9	NC_019391	TAAGTG	2	12	29027	29038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858005
10	NC_019391	ATTTAA	2	12	33592	33603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019391	TTTTTA	2	12	39391	39402	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410858017
12	NC_019391	CGATTT	2	12	40261	40272	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858019
13	NC_019391	GATAAA	2	12	40412	40423	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858019
14	NC_019391	TTTTAA	2	12	42715	42726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410858021
15	NC_019391	TGCTGG	2	12	44634	44645	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410858024
16	NC_019391	CTTATC	2	12	54347	54358	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858031
17	NC_019391	AAATTT	2	12	55115	55126	50 %	50 %	0 %	0 %	410858032
18	NC_019391	TTATGG	2	12	62243	62254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858037
19	NC_019391	ATTTGG	2	12	62627	62638	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858037
20	NC_019391	AAGTTG	2	12	65584	65595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858039
21	NC_019391	TAGGGC	2	12	72919	72930	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410858046
22	NC_019391	CCTGAT	2	12	72944	72955	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410858046
23	NC_019391	TGTTTC	2	12	75000	75011	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858049
24	NC_019391	ATTATA	2	12	77755	77766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019391	CACCTC	2	12	78324	78335	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	410858051
26	NC_019391	GCTGAT	2	12	80154	80165	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410858052
27	NC_019391	TCAAAA	2	12	85887	85898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410858059
28	NC_019391	GATATC	3	18	90709	90726	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858062
29	NC_019391	CATTTC	2	12	90940	90951	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858062
30	NC_019391	TTGGGG	2	12	91292	91303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410858062
31	NC_019391	CTTTTG	2	12	91989	92000	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858062
32	NC_019391	ACCACA	2	12	98180	98191	50 %	0 %	0 %	50 %	410858068
33	NC_019391	TGAATA	2	12	102276	102287	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410858073
34	NC_019391	CTCTTC	2	12	103789	103800	0 %	50 %	0 %	50 %	410858074
35	NC_019391	AAATTA	2	12	107048	107059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410858078
36	NC_019391	TAAAGG	2	12	108833	108844	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858080
37	NC_019391	GTAAAG	2	12	112629	112640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858087
38	NC_019391	ATTCCT	2	12	115364	115375	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858094
39	NC_019391	TTTCTT	2	12	123033	123044	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019391	TGCATT	2	12	124574	124585	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858106
41	NC_019391	TATACT	2	12	124781	124792	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410858107
42	NC_019391	ATATGA	2	12	127970	127981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410858110
43	NC_019391	AGCAAC	2	12	129741	129752	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858111
44	NC_019391	TTTCTT	2	12	131892	131903	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410858113
45	NC_019391	TGATTC	2	12	134338	134349	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858114
46	NC_019391	TGTTTT	2	12	145525	145536	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858125
47	NC_019391	ATAGGC	2	12	146927	146938	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_019391	AAGTAA	2	12	147809	147820	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858127
49	NC_019391	TTCCGT	2	12	148022	148033	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_019391	CTCTAT	2	12	152295	152306	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858129
51	NC_019391	TGGATT	2	12	160814	160825	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858137
52	NC_019391	AGAAAA	2	12	163057	163068	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019391	AAGAGA	2	12	166633	166644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410858142
54	NC_019391	TAAAGA	2	12	173138	173149	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858149
55	NC_019391	GTTTTT	2	12	173476	173487	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858150
56	NC_019391	TGCTGG	2	12	174171	174182	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410858151
57	NC_019391	GATAGA	2	12	174459	174470	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858151
58	NC_019391	ACCAAC	2	12	182870	182881	50 %	0 %	0 %	50 %	410858158
59	NC_019391	TCCCTG	2	12	183864	183875	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410858159
60	NC_019391	AAGGAG	2	12	188854	188865	50 %	0 %	50 %	0 %	410858163
61	NC_019391	GCCTTG	2	12	190273	190284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410858163
62	NC_019391	ACAATC	2	12	194583	194594	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410858165
63	NC_019391	TGCAGA	2	12	202263	202274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410858171
64	NC_019391	AAAGAC	2	12	205393	205404	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410858174
65	NC_019391	TATTAC	2	12	206395	206406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410858176
66	NC_019391	AGGAAA	2	12	207781	207792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410858176
67	NC_019391	CAGGAA	2	12	209304	209315	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410858178
68	NC_019391	TTTTTA	2	12	210486	210497	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019391	AATGGT	2	12	221549	221560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858188
70	NC_019391	AGTAGA	2	12	222278	222289	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858188
71	NC_019391	CAGGAG	2	12	222559	222570	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410858188
72	NC_019391	GCCAAC	2	12	226314	226325	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410858190
73	NC_019391	TAAAGA	2	12	226843	226854	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019391	AAGACC	2	12	227309	227320	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858192
75	NC_019391	ATATTT	2	12	228649	228660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410858193
76	NC_019391	AATTGA	2	12	230836	230847	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410858197
77	NC_019391	ATTTTG	2	12	232879	232890	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410858199
78	NC_019391	TGCGAA	2	12	235269	235280	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410858201
79	NC_019391	TAGGAA	2	12	235796	235807	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858201
80	NC_019391	ATTATA	2	12	239714	239725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019391	TTGAAT	2	12	244027	244038	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019391	TTTCCT	2	12	244840	244851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410858210
83	NC_019391	TTTAGG	2	12	245448	245459	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858211
84	NC_019391	TAAAAG	2	12	245540	245551	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858211
85	NC_019391	GTTAAT	2	12	257071	257082	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410858223
86	NC_019391	TTTCAT	2	12	257586	257597	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410858223
87	NC_019391	GACTTT	2	12	258049	258060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858224
88	NC_019391	AATTTA	2	12	258670	258681	50 %	50 %	0 %	0 %	410858225
89	NC_019391	GTGTAA	2	12	261439	261450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858226
90	NC_019391	ATATAA	2	12	261779	261790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019391	GGGAAA	2	12	267746	267757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019391	TATTTC	2	12	271278	271289	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410858234
93	NC_019391	TGAAAA	2	12	272452	272463	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858236
94	NC_019391	TCTAGA	2	12	273373	273384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858237
95	NC_019391	CTGTTT	2	12	275568	275579	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858238
96	NC_019391	TTTTAT	2	12	276268	276279	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410858238
97	NC_019391	TAAGAA	2	12	277665	277676	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019391	CTAAGT	2	12	279111	279122	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858240
99	NC_019391	AGCACG	2	12	283938	283949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410858244
100	NC_019391	GGATTA	2	12	289970	289981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858248
101	NC_019391	ATAGAA	2	12	290510	290521	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858248
102	NC_019391	TCTTTT	2	12	294264	294275	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410858250
103	NC_019391	TTTTTG	2	12	297750	297761	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858251
104	NC_019391	ATTTGT	2	12	300731	300742	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410858252
105	NC_019391	GCTGCA	2	12	305726	305737	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410858254
106	NC_019391	TTTTTC	2	12	306415	306426	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410858254
107	NC_019391	GCAATC	2	12	312382	312393	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410858255
108	NC_019391	GGCTCC	2	12	312640	312651	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	410858255
109	NC_019391	AGAACC	2	12	320479	320490	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858258
110	NC_019391	AGAACC	2	12	323163	323174	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858259
111	NC_019391	GTCTTT	2	12	325070	325081	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858260
112	NC_019391	CCGTTG	2	12	329414	329425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410858261
113	NC_019391	ACCAAT	2	12	331507	331518	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410858262
114	NC_019391	TGAAAA	2	12	336804	336815	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019391	TGTTGC	2	12	337062	337073	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410858264
116	NC_019391	AGCAAT	2	12	341743	341754	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858268
117	NC_019391	TTGACT	2	12	347742	347753	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858274
118	NC_019391	ATGTTC	2	12	350083	350094	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858275
119	NC_019391	TATTAA	2	12	352302	352313	50 %	50 %	0 %	0 %	410858277
120	NC_019391	ATGATC	2	12	353930	353941	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858277
121	NC_019391	GCTAAA	2	12	354628	354639	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858278
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127	NC_019391	GAATGT	2	12	372357	372368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858294
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224	NC_019391	CATGAA	2	12	652870	652881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858527
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228	NC_019391	TTAGGG	2	12	662461	662472	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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234	NC_019391	ACGGCT	2	12	685600	685611	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410858557
235	NC_019391	TTCATT	2	12	690236	690247	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410858560
236	NC_019391	ACGTTC	2	12	690893	690904	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410858560
237	NC_019391	AAAGCA	2	12	693816	693827	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410858562
238	NC_019391	CTTTGA	2	12	694948	694959	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858563
239	NC_019391	ACGATG	2	12	701338	701349	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410858565
240	NC_019391	AAGGGA	2	12	703197	703208	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
241	NC_019391	TGCTAC	2	12	704487	704498	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410858567
242	NC_019391	ATTAAT	2	12	705887	705898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
243	NC_019391	AAAGAC	2	12	714883	714894	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410858572
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246	NC_019391	ATTCAG	2	12	726793	726804	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858582
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248	NC_019391	TAACTG	2	12	728190	728201	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
249	NC_019391	GGAAAA	2	12	728640	728651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
250	NC_019391	TTCTCA	2	12	737262	737273	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858588
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253	NC_019391	AACCGC	2	12	744304	744315	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410858594
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262	NC_019391	CCTTCC	2	12	757372	757383	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	410858605
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271	NC_019391	ATCCTA	2	12	784882	784893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410858622
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282	NC_019391	TTGATT	2	12	820490	820501	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410858653
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330	NC_019391	TTGCTG	2	12	953652	953663	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410858762
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333	NC_019391	CAGTTA	2	12	962078	962089	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858770
334	NC_019391	ATCTAT	2	12	965455	965466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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339	NC_019391	ATAAAA	2	12	981903	981914	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_019391	AAGAAT	2	12	985126	985137	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858791
341	NC_019391	AACGCA	2	12	987689	987700	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858793
342	NC_019391	CTAAGA	2	12	990208	990219	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858795
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345	NC_019391	TGAGAA	2	12	994753	994764	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
346	NC_019391	TCTATT	2	12	996678	996689	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410858801
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348	NC_019391	TTGCTT	2	12	1000382	1000393	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858804
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.