MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bordetella bronchiseptica 253

Total Repeats: 229

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019382	TCCTTT	2	12	60	71	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019382	TGGCGC	2	12	1336	1347	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_019382	CTTGAC	2	12	23104	23115	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019382	ATCGTG	2	12	24931	24942	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_019382	AAGGGG	2	12	27862	27873	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019382	AAGGGG	2	12	29584	29595	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019382	GACGGC	2	12	29737	29748	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_019382	GCCACG	2	12	57130	57141	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_019382	GACCTC	2	12	104783	104794	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
10	NC_019382	GCCAGC	2	12	105219	105230	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_019382	GGGGTG	2	12	147762	147773	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019382	GCGCCG	2	12	251470	251481	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_019382	TGCTGG	2	12	266718	266729	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_019382	GGGGCG	2	12	299715	299726	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_019382	CATCCG	2	12	331584	331595	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_019382	ACTCGA	2	12	410944	410955	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019382	TCGATG	2	12	412057	412068	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019382	TTACGT	2	12	458394	458405	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_019382	ACGCGC	2	12	464037	464048	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_019382	GGGCGC	2	12	483971	483982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_019382	AGCGGG	4	24	487844	487867	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_019382	GGCACG	2	12	661477	661488	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_019382	CGTCGC	3	18	706237	706254	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_019382	GGCTCC	2	12	732063	732074	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_019382	GCCTGT	2	12	736575	736586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_019382	AAACAA	2	12	765977	765988	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_019382	CCCAGT	2	12	779028	779039	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_019382	CACGCC	2	12	779348	779359	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_019382	GCGCTG	2	12	779669	779680	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019382	TCGAGC	2	12	780294	780305	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019382	GCACCG	2	12	780433	780444	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_019382	TCGCCA	2	12	781023	781034	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_019382	CGGCGC	2	12	784933	784944	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_019382	TGCCGC	2	12	806717	806728	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_019382	CGGTAT	2	12	887342	887353	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_019382	CCCGGT	2	12	921923	921934	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_019382	CCTGGC	2	12	934053	934064	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_019382	CGCCGG	2	12	955262	955273	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_019382	CGGAAT	2	12	970971	970982	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019382	GCCTGT	2	12	971802	971813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019382	CGGCGC	2	12	975562	975573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_019382	CCGGCG	2	12	981963	981974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_019382	TGCGCC	2	12	981998	982009	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_019382	GGCATC	2	12	991825	991836	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_019382	CCGCGC	2	12	993799	993810	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_019382	GCCGTT	2	12	1036364	1036375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_019382	CCAGCG	2	12	1091859	1091870	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_019382	TGGCCG	2	12	1092096	1092107	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_019382	CCGCGC	2	12	1136466	1136477	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_019382	TCGCCC	2	12	1176319	1176330	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_019382	CCATCG	2	12	1176802	1176813	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_019382	GGCCCG	2	12	1177383	1177394	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_019382	GGCGCT	2	12	1273185	1273196	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_019382	GCGCCT	2	12	1325013	1325024	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_019382	GATAAG	2	12	1326530	1326541	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019382	AAGCGG	2	12	1365847	1365858	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_019382	GCGCCG	2	12	1378780	1378791	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_019382	CTGCAT	2	12	1390006	1390017	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019382	CACCTA	2	12	1398493	1398504	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_019382	GCCGTC	2	12	1406203	1406214	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_019382	CCCCTT	2	12	1406356	1406367	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_019382	TGCCCT	2	12	1407404	1407415	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_019382	CACGAT	2	12	1409128	1409139	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019382	CCCCTT	2	12	1409925	1409936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_019382	CCGACG	2	12	1417260	1417271	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_019382	CGCCGG	2	12	1465823	1465834	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_019382	ATCGGG	2	12	1472873	1472884	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_019382	CGCAGG	2	12	1511632	1511643	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019382	ACGGAT	2	12	1531481	1531492	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_019382	AATCAA	2	12	1533862	1533873	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_019382	TGGCGC	2	12	1552986	1552997	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_019382	CTGCGA	3	18	1557011	1557028	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019382	CGGGGC	2	12	1574424	1574435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_019382	TGCAGG	2	12	1577442	1577453	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_019382	CGTAGT	2	12	1577902	1577913	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019382	GCCCGC	2	12	1629854	1629865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_019382	GCCCGC	2	12	1637484	1637495	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_019382	CGGGAG	2	12	1637509	1637520	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_019382	CGTGCT	2	12	1644276	1644287	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_019382	CACCAG	2	12	1645063	1645074	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_019382	CGATTT	2	12	1645467	1645478	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_019382	GAAGCC	2	12	1645849	1645860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019382	CGCGGC	2	12	1668742	1668753	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_019382	GCCCGG	2	12	1727149	1727160	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_019382	CGCCGG	2	12	1742935	1742946	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_019382	GGCGCT	2	12	1779449	1779460	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019382	CGGCGC	2	12	1785594	1785605	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_019382	CGCGGC	2	12	1814444	1814455	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_019382	GCCATC	2	12	1849018	1849029	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_019382	AAGGCG	2	12	1849477	1849488	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_019382	TGGCCG	2	12	1849759	1849770	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_019382	CGCGCC	2	12	1956265	1956276	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_019382	TCCTTG	2	12	1964762	1964773	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_019382	CGCGCT	2	12	1966385	1966396	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_019382	CATCGA	2	12	1969549	1969560	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_019382	CGGCTG	2	12	2162368	2162379	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019382	GGCATG	2	12	2179535	2179546	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_019382	GAGGGG	2	12	2187131	2187142	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019382	GAAACG	2	12	2193741	2193752	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_019382	CTGGCG	2	12	2195733	2195744	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019382	GGCCCG	2	12	2320278	2320289	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_019382	CACCGC	2	12	2321760	2321771	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_019382	TGCGCG	2	12	2338488	2338499	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_019382	CCGGCC	2	12	2393198	2393209	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_019382	CCAGGC	2	12	2405253	2405264	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_019382	CCAGCA	2	12	2405273	2405284	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019382	ATTCCT	2	12	2431341	2431352	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_019382	CGCCCG	2	12	2456218	2456229	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_019382	GGGGCC	2	12	2540074	2540085	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019382	GCGCCG	2	12	2544632	2544643	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_019382	ATCGGC	2	12	2544907	2544918	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_019382	CGTGGC	2	12	2588853	2588864	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019382	CTTTTT	2	12	2616780	2616791	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_019382	AAGCAG	2	12	2624202	2624213	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_019382	CGATGA	2	12	2660706	2660717	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_019382	CGCGCC	2	12	2695243	2695254	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_019382	TGCCCT	2	12	2721747	2721758	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_019382	GGCAAA	2	12	2737491	2737502	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_019382	CTCGGC	2	12	2773351	2773362	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_019382	CGCGCC	2	12	2822499	2822510	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_019382	GCCAAC	2	12	2836378	2836389	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_019382	GCCGGG	2	12	2858357	2858368	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019382	GGCCGG	2	12	2942360	2942371	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_019382	GCCACG	2	12	3096800	3096811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_019382	CACCGA	2	12	3129002	3129013	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_019382	CCTCCC	2	12	3162518	3162529	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
127	NC_019382	CTCGCG	2	12	3174319	3174330	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_019382	GCCCGC	2	12	3213443	3213454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_019382	CGCGCA	2	12	3266168	3266179	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_019382	CGGGCG	2	12	3277733	3277744	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019382	GCGCCG	2	12	3290134	3290145	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_019382	CCGTGG	2	12	3376334	3376345	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019382	CACTCA	2	12	3383470	3383481	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019382	CCAGCG	2	12	3386148	3386159	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_019382	GGCGAT	2	12	3386335	3386346	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_019382	CCGCGA	2	12	3386499	3386510	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_019382	GGCAGC	2	12	3386597	3386608	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_019382	ATACGT	2	12	3418826	3418837	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_019382	CCTGTC	2	12	3420604	3420615	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
140	NC_019382	CTCGGC	2	12	3480138	3480149	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
141	NC_019382	TGCGCG	2	12	3480598	3480609	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_019382	CGCCAG	2	12	3480624	3480635	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
143	NC_019382	GCGGCC	2	12	3490250	3490261	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_019382	GTCACC	2	12	3562088	3562099	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
145	NC_019382	CGTCAC	2	12	3562123	3562134	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
146	NC_019382	TCGGCG	2	12	3562182	3562193	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_019382	CGTCGG	2	12	3562311	3562322	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_019382	GACCTT	2	12	3562357	3562368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_019382	GGCACG	2	12	3562442	3562453	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_019382	CGGTCA	2	12	3562917	3562928	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_019382	CAGGCG	2	12	3577458	3577469	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_019382	ACGCGG	2	12	3578891	3578902	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_019382	GGGCCG	2	12	3599803	3599814	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_019382	GAAACG	2	12	3697291	3697302	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_019382	GCCGGC	2	12	3714584	3714595	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
156	NC_019382	TTACGT	2	12	3764116	3764127	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_019382	ACGTAA	2	12	3764592	3764603	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_019382	CTCATT	2	12	3790184	3790195	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_019382	CCGATG	2	12	3907378	3907389	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_019382	ACGCAT	2	12	3908781	3908792	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_019382	AGGAGA	2	12	3917650	3917661	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_019382	TCATGA	2	12	3951276	3951287	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_019382	CGCACG	2	12	3959847	3959858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
164	NC_019382	CCGGCC	2	12	4005790	4005801	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_019382	TGAATG	2	12	4016576	4016587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_019382	CGCGCC	2	12	4049405	4049416	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
167	NC_019382	GGGCGC	2	12	4074911	4074922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_019382	CGCCGG	2	12	4077807	4077818	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
169	NC_019382	GGCGCC	2	12	4095146	4095157	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
170	NC_019382	GCCGGC	2	12	4107290	4107301	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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175	NC_019382	GCCGCG	2	12	4279529	4279540	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
176	NC_019382	GTCCGG	2	12	4346017	4346028	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_019382	GCGGCC	2	12	4449868	4449879	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
180	NC_019382	TGCCGA	2	12	4474427	4474438	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_019382	CCGTTT	2	12	4474473	4474484	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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183	NC_019382	GGCCGC	2	12	4476480	4476491	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
184	NC_019382	AGCGCC	2	12	4519953	4519964	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
185	NC_019382	TCGGCT	2	12	4542873	4542884	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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194	NC_019382	CGAGCG	2	12	4787141	4787152	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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220	NC_019382	CTGCAT	2	12	5238434	5238445	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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222	NC_019382	GCCATC	2	12	5244723	5244734	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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225	NC_019382	GCCGTC	2	12	5254631	5254642	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
226	NC_019382	CCCCTT	2	12	5254784	5254795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
227	NC_019382	TCGTTG	2	12	5257584	5257595	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
228	NC_019382	CACGAT	2	12	5258273	5258284	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
229	NC_019382	GCGTTT	2	12	5258751	5258762	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.