MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Rif2 chromosome

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018938	ACTTAG	2	12	44968	44979	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_018938	TGAAAT	2	12	51799	51810	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018938	AGAAAA	2	12	62310	62321	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018938	AAAAGA	2	12	62433	62444	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018938	AGAAAA	2	12	62541	62552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018938	TACAAA	2	12	97146	97157	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_018938	GTTTTA	2	12	138218	138229	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018938	TAAAAA	2	12	174561	174572	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018938	CAAAAC	2	12	230929	230940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018938	ATTAAA	2	12	232435	232446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018938	TCAATA	2	12	238696	238707	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_018938	ATTTTA	2	12	255514	255525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018938	AAATTT	2	12	271004	271015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018938	TGCATT	2	12	334146	334157	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_018938	ATCCAT	2	12	352253	352264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018938	TTAATT	2	12	399230	399241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018938	TTAAAG	2	12	448350	448361	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018938	CTAAGT	2	12	448926	448937	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_018938	AAAGAA	2	12	452323	452334	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018938	GTTTGT	2	12	452765	452776	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018938	AAGATA	2	12	454798	454809	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018938	GCCAAA	2	12	467699	467710	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018938	AGAAAA	2	12	467734	467745	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018938	TTTCTT	2	12	479957	479968	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_018938	TAAAAA	2	12	485971	485982	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018938	TATTTT	2	12	510968	510979	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018938	TTTAAT	2	12	522695	522706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018938	TAAAGA	2	12	531217	531228	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018938	TTGTAA	2	12	561589	561600	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018938	TTTTAT	2	12	567648	567659	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018938	TTTAAA	2	12	567767	567778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018938	TTTAAA	2	12	586934	586945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018938	ATTTTA	2	12	620088	620099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018938	AAATCA	2	12	630229	630240	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018938	ACTTTC	2	12	649616	649627	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018938	TTTAAT	2	12	651596	651607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018938	CCAAAC	2	12	651907	651918	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_018938	ATTTGA	2	12	652005	652016	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018938	GCGAAT	2	12	654887	654898	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018938	ATGTGG	2	12	656169	656180	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018938	CTCAAT	2	12	677857	677868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018938	ACACCA	2	12	684103	684114	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_018938	AAGAAA	2	12	731473	731484	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018938	ATGGTA	2	12	767856	767867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018938	AATAAG	2	12	768053	768064	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018938	ACTTTT	2	12	900678	900689	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018938	GTTCCA	2	12	900835	900846	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018938	CTTTTT	2	12	925569	925580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018938	ATTTTT	2	12	927365	927376	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018938	AGCAAT	2	12	941931	941942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_018938	ATTATA	2	12	970819	970830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018938	ATTGAA	2	12	978310	978321	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018938	ACATAT	2	12	1020410	1020421	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018938	TTAAAA	2	12	1020433	1020444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018938	TATGGG	2	12	1026306	1026317	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018938	CTAAGT	2	12	1045533	1045544	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018938	CAAGAG	2	12	1048087	1048098	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_018938	AAGATA	2	12	1051520	1051531	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018938	AGTGGC	2	12	1052854	1052865	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_018938	AAACCA	2	12	1054748	1054759	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018938	TAAATC	2	12	1057350	1057361	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_018938	CAAAAT	2	12	1057859	1057870	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_018938	GTTTTT	2	12	1058184	1058195	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018938	TTTTTC	2	12	1065958	1065969	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018938	CATGCG	2	12	1066328	1066339	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018938	AAACCC	2	12	1071674	1071685	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_018938	AAAGAA	3	18	1071833	1071850	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018938	TATTTT	2	12	1079912	1079923	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018938	AAAAAC	2	12	1153545	1153556	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_018938	GCATTA	2	12	1206876	1206887	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_018938	AAATTA	2	12	1210499	1210510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018938	AACGCT	2	12	1211017	1211028	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018938	ACAGAA	2	12	1241827	1241838	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_018938	AAATCA	2	12	1249251	1249262	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018938	ATCCTT	2	12	1259550	1259561	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018938	AAACTT	2	12	1302607	1302618	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_018938	TGTTAT	2	12	1312104	1312115	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018938	TGCATT	2	12	1320086	1320097	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_018938	AAAATC	2	12	1407179	1407190	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018938	CAAATG	2	12	1413389	1413400	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018938	TGGCTT	2	12	1413668	1413679	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018938	CTTTAA	2	12	1473763	1473774	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_018938	GTTTTA	2	12	1495001	1495012	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018938	TAGCTT	2	12	1496526	1496537	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_018938	TAAAAA	2	12	1496641	1496652	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018938	TAAAAA	2	12	1496839	1496850	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018938	CTAAGT	6	36	1508330	1508365	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018938	TGTTTA	2	12	1516936	1516947	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018938	TACGAT	2	12	1595178	1595189	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_018938	TTGAAT	2	12	1595317	1595328	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018938	TTTTGA	2	12	1595907	1595918	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018938	TTCTAA	2	12	1596695	1596706	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_018938	TTTTAC	2	12	1596850	1596861	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018938	AAATTG	2	12	1597135	1597146	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.