MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Rif2 chromosome

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018938	TTTTA	2	10	5116	5125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018938	AAATT	2	10	7274	7283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018938	GCTTT	2	10	13576	13585	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018938	AAAAG	2	10	23259	23268	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018938	CTATT	2	10	44351	44360	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018938	GATAA	2	10	52412	52421	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018938	AACGA	2	10	61561	61570	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018938	TTAAA	2	10	61573	61582	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018938	TTACA	2	10	80168	80177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018938	TTTGT	2	10	84182	84191	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018938	ATAAG	2	10	95019	95028	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018938	ATTAT	2	10	95076	95085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018938	CAAAA	2	10	110813	110822	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018938	ATTTA	2	10	119811	119820	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018938	GATCT	2	10	119821	119830	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018938	CAATC	2	10	129202	129211	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018938	CAATC	2	10	130872	130881	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_018938	GATGT	2	10	141686	141695	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018938	TTTTA	2	10	141865	141874	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018938	AGATT	2	10	142204	142213	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018938	CAAAT	2	10	162895	162904	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018938	AACAA	2	10	170406	170415	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018938	AATAA	2	10	170428	170437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018938	GAATG	2	10	181724	181733	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018938	AAATC	2	10	184732	184741	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018938	TTTAA	2	10	187781	187790	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018938	TTCAA	2	10	200889	200898	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_018938	TTTAT	2	10	208658	208667	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018938	ATTTA	2	10	212193	212202	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018938	AAACA	2	10	212215	212224	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018938	TAAAA	2	10	222205	222214	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018938	TTTAG	2	10	230896	230905	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018938	TGTTT	2	10	240173	240182	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018938	CTAAC	2	10	244868	244877	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_018938	CAAAA	2	10	246204	246213	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018938	AAATT	2	10	255554	255563	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018938	AAATA	2	10	283124	283133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018938	GTCAT	2	10	285025	285034	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018938	TTATA	2	10	330130	330139	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018938	AAGTT	2	10	340712	340721	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018938	GATTT	2	10	345541	345550	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018938	TGAAT	2	10	349297	349306	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018938	TTTTA	2	10	352227	352236	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018938	TAAAA	2	10	367053	367062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018938	GAATA	2	10	369459	369468	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018938	AGATA	2	10	376708	376717	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018938	TTTTA	2	10	384235	384244	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018938	TTTAT	2	10	395184	395193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018938	CAATT	2	10	399266	399275	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_018938	AAAAG	2	10	399929	399938	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018938	GTTTT	2	10	426006	426015	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018938	GCATC	2	10	427493	427502	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_018938	AAAAG	2	10	438182	438191	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018938	AGTAA	2	10	445204	445213	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018938	AGTGA	2	10	445502	445511	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018938	AGATG	2	10	446978	446987	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018938	TTGAA	2	10	447210	447219	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018938	GATAA	2	10	448225	448234	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018938	TTGTT	2	10	448622	448631	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018938	TCTCT	2	10	448745	448754	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_018938	AAATA	2	10	468136	468145	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018938	TAACA	2	10	492752	492761	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018938	TAAAA	2	10	494235	494244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018938	TTTTA	2	10	497465	497474	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018938	AAAAT	2	10	498907	498916	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018938	TATCC	2	10	509172	509181	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_018938	ACACC	2	10	512529	512538	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_018938	TTTGT	2	10	516638	516647	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018938	AGTTT	2	10	518230	518239	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018938	TAACT	2	10	522555	522564	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018938	TATCT	2	10	530469	530478	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018938	GTTTT	2	10	530640	530649	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018938	TACTA	2	10	537451	537460	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018938	TTCAA	2	10	537572	537581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018938	ATAAA	2	10	538052	538061	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018938	ATCAT	2	10	564073	564082	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018938	ATTGA	2	10	583594	583603	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018938	TTATT	2	10	584562	584571	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018938	ATTTT	2	10	585378	585387	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018938	TGCTA	2	10	586843	586852	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018938	CAAGC	2	10	589950	589959	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_018938	GATGC	2	10	590530	590539	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018938	TTGTA	2	10	591095	591104	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018938	TCCAA	2	10	597831	597840	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_018938	ATTTT	2	10	600166	600175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018938	TAAGG	2	10	629935	629944	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018938	ATTTT	2	10	630162	630171	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018938	CAACA	2	10	637025	637034	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_018938	ATAAG	2	10	647136	647145	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018938	GCAGA	2	10	649425	649434	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018938	AACCA	2	10	650084	650093	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018938	AATCA	2	10	655325	655334	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018938	TGGGG	2	10	656731	656740	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018938	TTGGA	2	10	656748	656757	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018938	TAGCG	2	10	658393	658402	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018938	AATTT	2	10	659051	659060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018938	TTTAA	2	10	684633	684642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018938	CACAA	2	10	688677	688686	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_018938	TGCAA	2	10	715314	715323	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018938	GCTTT	2	10	715772	715781	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018938	TCTAT	2	10	716247	716256	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018938	GAAAA	2	10	716361	716370	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018938	TGTTT	2	10	728039	728048	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018938	GTTTT	2	10	732584	732593	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018938	CAAAA	2	10	740458	740467	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018938	TAAAA	2	10	740470	740479	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018938	GTTTT	2	10	744560	744569	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018938	AATAA	2	10	751058	751067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018938	GGAAT	2	10	760262	760271	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018938	ATCAA	2	10	766082	766091	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018938	ATTCT	2	10	774183	774192	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018938	TATAG	2	10	777551	777560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018938	TTTTA	2	10	839482	839491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018938	ATTTT	2	10	865835	865844	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018938	TTTTA	2	10	888051	888060	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018938	TCTTA	2	10	888063	888072	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018938	TAAAA	2	10	888248	888257	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018938	TTAAA	2	10	888363	888372	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018938	TTTTA	2	10	896773	896782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018938	ATTTT	2	10	927279	927288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018938	ACTTA	2	10	932181	932190	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018938	TCGTA	2	10	952837	952846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018938	TTTGT	2	10	968788	968797	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018938	TTTAT	2	10	973560	973569	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018938	TCAAG	2	10	988566	988575	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018938	GGCTT	2	10	1023586	1023595	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018938	AGTTT	2	10	1034703	1034712	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018938	TTGTT	2	10	1045229	1045238	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018938	TCTCT	2	10	1045352	1045361	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_018938	TGCTA	2	10	1050620	1050629	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018938	ACTTT	2	10	1053664	1053673	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018938	TTTCA	2	10	1054205	1054214	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018938	ATTAA	2	10	1054312	1054321	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018938	ATTTA	2	10	1054594	1054603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018938	TAACT	2	10	1054623	1054632	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_018938	AATCA	2	10	1054781	1054790	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_018938	TCATG	2	10	1057656	1057665	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018938	GTTTA	2	10	1057810	1057819	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018938	TTTGA	2	10	1058055	1058064	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018938	CTTAT	2	10	1058210	1058219	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_018938	TAGAT	2	10	1060271	1060280	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018938	ATAAC	2	10	1062575	1062584	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_018938	TCCAT	2	10	1064966	1064975	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_018938	TTTCA	2	10	1065430	1065439	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_018938	TTTAA	2	10	1067784	1067793	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018938	ATTTA	2	10	1068740	1068749	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018938	GTTTT	2	10	1069098	1069107	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_018938	TATTT	2	10	1243185	1243194	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_018938	CATTA	2	10	1282529	1282538	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_018938	CTTAA	2	10	1288074	1288083	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_018938	ACAAA	2	10	1307927	1307936	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_018938	AATTG	2	10	1397058	1397067	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
193	NC_018938	TTTTC	2	10	1403172	1403181	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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196	NC_018938	GTTAT	2	10	1449778	1449787	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.