MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Helicobacter pylori Rif1 chromosome

Total Repeats: 790

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018937	AAAGCG	2	12	494	505	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410023237
2	NC_018937	ATTATA	2	12	2001	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	410023240
3	NC_018937	GCTTGC	2	12	6274	6285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410023244
4	NC_018937	GAAACC	2	12	7721	7732	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023245
5	NC_018937	AGAAAA	2	12	18673	18684	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023254
6	NC_018937	GATAAA	2	12	22229	22240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410023257
7	NC_018937	ATAAAC	2	12	22601	22612	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023257
8	NC_018937	TTTCTT	2	12	22952	22963	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023258
9	NC_018937	ATTTTT	2	12	25052	25063	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410023259
10	NC_018937	CAATTC	2	12	27035	27046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410023260
11	NC_018937	TATCAA	2	12	30208	30219	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023264
12	NC_018937	TCTTAT	2	12	30922	30933	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023264
13	NC_018937	CAAAGC	2	12	32626	32637	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023266
14	NC_018937	GCGTGG	2	12	32975	32986	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	410023267
15	NC_018937	TTGGAT	2	12	33085	33096	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410023267
16	NC_018937	TAATGA	2	12	33120	33131	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410023267
17	NC_018937	TTGAAT	2	12	34171	34182	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410023267
18	NC_018937	TAAGGA	2	12	34470	34481	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410023267
19	NC_018937	TAGGGG	2	12	35977	35988	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	410023270
20	NC_018937	AAAGAA	2	12	37489	37500	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023271
21	NC_018937	AAAGAA	2	12	39063	39074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023273
22	NC_018937	CAAAAT	2	12	41409	41420	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023275
23	NC_018937	ACTTAG	2	12	44968	44979	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018937	CGCAAA	2	12	45823	45834	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023279
25	NC_018937	GGCTAG	2	12	50066	50077	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023283
26	NC_018937	TGAAAT	2	12	51799	51810	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410023285
27	NC_018937	CTTTTT	2	12	53909	53920	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023287
28	NC_018937	ATTTGC	2	12	56033	56044	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023287
29	NC_018937	TAAAAA	2	12	57629	57640	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023288
30	NC_018937	CCACGC	2	12	59384	59395	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023289
31	NC_018937	AGAAAA	2	12	62309	62320	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018937	AAAAGA	2	12	62432	62443	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018937	AGAAAA	2	12	62540	62551	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018937	AGAAAA	2	12	62645	62656	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023291
35	NC_018937	AAAAGA	2	12	63516	63527	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023292
36	NC_018937	GATGTG	2	12	64325	64336	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410023293
37	NC_018937	AGCCAA	2	12	64403	64414	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023293
38	NC_018937	CCAACA	2	12	66291	66302	50 %	0 %	0 %	50 %	410023293
39	NC_018937	TTTTGT	2	12	66629	66640	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410023294
40	NC_018937	AAAGAG	2	12	66908	66919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410023294
41	NC_018937	AGAAAA	2	12	68428	68439	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023296
42	NC_018937	AGCGGG	2	12	70590	70601	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	410023299
43	NC_018937	ACGCCC	2	12	78357	78368	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023308
44	NC_018937	AAGGGC	2	12	81084	81095	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410023311
45	NC_018937	CGCCCA	2	12	81620	81631	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023311
46	NC_018937	AGGATA	2	12	82465	82476	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410023313
47	NC_018937	GTGAGC	2	12	83067	83078	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023313
48	NC_018937	CAACGA	2	12	83413	83424	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023313
49	NC_018937	GGCATG	2	12	84911	84922	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023314
50	NC_018937	GGCATG	2	12	84935	84946	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023314
51	NC_018937	GCAACG	2	12	85983	85994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410023314
52	NC_018937	AATATT	2	12	86857	86868	50 %	50 %	0 %	0 %	410023316
53	NC_018937	TACAAA	2	12	97145	97156	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018937	AAAAAT	2	12	97349	97360	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023325
55	NC_018937	CAAGAT	2	12	99193	99204	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410023327
56	NC_018937	GATTTT	2	12	100623	100634	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023330
57	NC_018937	AAACTC	2	12	100740	100751	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023330
58	NC_018937	TCAAAA	2	12	102034	102045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023331
59	NC_018937	TTATCG	2	12	102612	102623	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023332
60	NC_018937	CAATAT	2	12	105940	105951	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023333
61	NC_018937	TGGAGC	2	12	116846	116857	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023343
62	NC_018937	TTTTCT	2	12	118346	118357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023344
63	NC_018937	CGCTCG	2	12	123518	123529	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	410023349
64	NC_018937	TAGGCA	2	12	126055	126066	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410023350
65	NC_018937	CTTCTA	2	12	128384	128395	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410023352
66	NC_018937	GTTCTA	2	12	128729	128740	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023352
67	NC_018937	CTTCTA	2	12	129843	129854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410023353
68	NC_018937	CTTCTA	2	12	131513	131524	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410023354
69	NC_018937	GTTCTA	2	12	131792	131803	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023354
70	NC_018937	GTTCTA	2	12	131855	131866	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023354
71	NC_018937	CTAAAG	2	12	133168	133179	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410023355
72	NC_018937	TGAATT	2	12	133702	133713	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410023355
73	NC_018937	TTTCAA	2	12	133861	133872	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023355
74	NC_018937	AGCAAA	2	12	137207	137218	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410023358
75	NC_018937	GTTTTA	2	12	138217	138228	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018937	TGGTTT	2	12	138731	138742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410023361
77	NC_018937	TCATGA	2	12	139983	139994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410023363
78	NC_018937	AAAAAT	2	12	146563	146574	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023369
79	NC_018937	ATTCAA	2	12	147654	147665	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023371
80	NC_018937	TTAGCG	2	12	151612	151623	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410023374
81	NC_018937	TATCGC	2	12	151824	151835	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410023374
82	NC_018937	TTTTAG	2	12	152947	152958	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023375
83	NC_018937	ATCGCT	2	12	153540	153551	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410023375
84	NC_018937	CCTAAA	2	12	155765	155776	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023378
85	NC_018937	TTGTTT	2	12	159912	159923	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410023384
86	NC_018937	CTTGGG	2	12	160574	160585	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410023386
87	NC_018937	ATTGGA	2	12	161946	161957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410023387
88	NC_018937	TTGGGT	2	12	165348	165359	0 %	50 %	50 %	0 %	410023391
89	NC_018937	GATGGC	2	12	169087	169098	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023396
90	NC_018937	CCGCTC	2	12	171475	171486	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	410023398
91	NC_018937	GCTCTC	2	12	173902	173913	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410023400
92	NC_018937	TAAAAA	2	12	174560	174571	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018937	TAGTGG	2	12	175672	175683	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410023403
94	NC_018937	TTCTAA	2	12	176225	176236	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023403
95	NC_018937	CGTTTT	2	12	178058	178069	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410023405
96	NC_018937	ATCGTT	2	12	178371	178382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023405
97	NC_018937	AATTTC	2	12	178722	178733	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023406
98	NC_018937	TAAAAT	2	12	180246	180257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410023407
99	NC_018937	ATTTTG	2	12	182056	182067	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023410
100	NC_018937	CGCTTT	2	12	182534	182545	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	410023410
101	NC_018937	ACTTAT	2	12	182631	182642	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023410
102	NC_018937	CCGCTC	2	12	186345	186356	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	410023414
103	NC_018937	AAAGCA	2	12	187541	187552	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410023415
104	NC_018937	AATAAA	2	12	188514	188525	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023416
105	NC_018937	GAAAAA	2	12	189969	189980	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023417
106	NC_018937	AGGCAT	2	12	190058	190069	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410023417
107	NC_018937	GCATTT	2	12	191771	191782	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023419
108	NC_018937	TCAAAC	2	12	192338	192349	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023420
109	NC_018937	ATAAAG	2	12	192499	192510	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410023420
110	NC_018937	GGTATT	2	12	196262	196273	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410023425
111	NC_018937	TCTAAA	2	12	196492	196503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023425
112	NC_018937	TGGGCA	2	12	197561	197572	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023426
113	NC_018937	ATTTTC	2	12	199985	199996	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023427
114	NC_018937	TGGGGC	2	12	207392	207403	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	410023437
115	NC_018937	CTATGG	2	12	207781	207792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410023437
116	NC_018937	AAATCC	2	12	209172	209183	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023440
117	NC_018937	CTGTAT	2	12	210918	210929	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023441
118	NC_018937	AATTTT	2	12	211638	211649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410023441
119	NC_018937	GGGAAC	2	12	215695	215706	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410023446
120	NC_018937	ATTCTA	2	12	219363	219374	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023449
121	NC_018937	CATAGC	2	12	221103	221114	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410023450
122	NC_018937	GTTTTG	2	12	221608	221619	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410023450
123	NC_018937	TAATTA	2	12	226111	226122	50 %	50 %	0 %	0 %	410023455
124	NC_018937	CAAAAC	2	12	230928	230939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018937	ATTAAA	2	12	232434	232445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018937	AGGGCC	2	12	236658	236669	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	410023465
127	NC_018937	TCAATA	2	12	238695	238706	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_018937	CACGCC	2	12	239175	239186	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023467
129	NC_018937	GCTAGG	2	12	241795	241806	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023469
130	NC_018937	TCTTTA	2	12	248415	248426	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023476
131	NC_018937	GTTTTT	2	12	254052	254063	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410023482
132	NC_018937	ATTTTA	2	12	255512	255523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018937	ATTGTC	2	12	257212	257223	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023486
134	NC_018937	TCCCGC	2	12	259414	259425	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	410023488
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140	NC_018937	AAATTT	2	12	271002	271013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018937	ATGGAA	2	12	274039	274050	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410023502
142	NC_018937	TGAGCG	2	12	278016	278027	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023505
143	NC_018937	AGCTTT	2	12	278164	278175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023505
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149	NC_018937	GAATAA	2	12	287289	287300	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410023517
150	NC_018937	AGCTCA	2	12	295127	295138	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410023523
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157	NC_018937	TTGTGG	2	12	307603	307614	0 %	50 %	50 %	0 %	410023528
158	NC_018937	GTAGCG	2	12	311656	311667	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023532
159	NC_018937	TTATCG	2	12	313922	313933	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023533
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173	NC_018937	CTTTAG	2	12	335295	335306	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023559
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180	NC_018937	ATCCAT	2	12	352250	352261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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213	NC_018937	CTAAGT	2	12	448924	448935	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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216	NC_018937	GTTTGT	2	12	452763	452774	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_018937	GCCAAA	2	12	467697	467708	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
220	NC_018937	AGAAAA	2	12	467732	467743	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
221	NC_018937	GGCTAG	2	12	472992	473003	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023682
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225	NC_018937	TTTCTT	2	12	479955	479966	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
226	NC_018937	TAAATA	2	12	480305	480316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410023693
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231	NC_018937	TTCTTT	2	12	488201	488212	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023698
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235	NC_018937	AAAATC	2	12	493593	493604	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023703
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345	NC_018937	AAGAAA	2	12	731472	731483	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
346	NC_018937	TTTCTT	2	12	733471	733482	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023915
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352	NC_018937	GTGAAT	2	12	741554	741565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410023921
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451	NC_018937	TTTGGG	2	12	972330	972341	0 %	50 %	50 %	0 %	410024142
452	NC_018937	TAGAGC	2	12	973762	973773	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410024145
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498	NC_018937	AAACCC	2	12	1071673	1071684	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
499	NC_018937	AAAGAA	3	18	1071832	1071849	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
500	NC_018937	CAAAGA	2	12	1072897	1072908	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410024238

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