MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Rif1 chromosome

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018937	ACTTAG	2	12	44968	44979	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_018937	AGAAAA	2	12	62309	62320	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018937	AAAAGA	2	12	62432	62443	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018937	AGAAAA	2	12	62540	62551	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018937	TACAAA	2	12	97145	97156	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018937	GTTTTA	2	12	138217	138228	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018937	TAAAAA	2	12	174560	174571	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018937	CAAAAC	2	12	230928	230939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018937	ATTAAA	2	12	232434	232445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018937	TCAATA	2	12	238695	238706	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018937	ATTTTA	2	12	255512	255523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018937	AAATTT	2	12	271002	271013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018937	TGCATT	2	12	334143	334154	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_018937	ATCCAT	2	12	352250	352261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018937	TTAATT	2	12	399228	399239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018937	TTAAAG	2	12	448348	448359	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018937	CTAAGT	2	12	448924	448935	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_018937	AAAGAA	2	12	452321	452332	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018937	GTTTGT	2	12	452763	452774	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018937	AAGATA	2	12	454796	454807	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018937	GCCAAA	2	12	467697	467708	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018937	AGAAAA	2	12	467732	467743	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018937	TTTCTT	2	12	479955	479966	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018937	TAAAAA	2	12	485969	485980	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018937	TATTTT	2	12	510967	510978	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018937	TTTAAT	2	12	522694	522705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018937	TAAAGA	2	12	531216	531227	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018937	TTGTAA	2	12	561588	561599	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018937	TTTTAT	2	12	567647	567658	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018937	TTTAAA	2	12	567766	567777	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018937	TTTAAA	2	12	586933	586944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018937	ATTTTA	2	12	620087	620098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018937	AAATCA	2	12	630228	630239	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018937	ACTTTC	2	12	649615	649626	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018937	TTTAAT	2	12	651595	651606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018937	CCAAAC	2	12	651906	651917	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_018937	ATTTGA	2	12	652004	652015	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018937	GCGAAT	2	12	654886	654897	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_018937	ATGTGG	2	12	656168	656179	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018937	CTCAAT	2	12	677856	677867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018937	ACACCA	2	12	684102	684113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_018937	AAGAAA	2	12	731472	731483	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018937	ATGGTA	2	12	767855	767866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018937	AATAAG	2	12	768052	768063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018937	ACTTTT	2	12	900677	900688	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_018937	GTTCCA	2	12	900834	900845	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018937	CTTTTT	2	12	925568	925579	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_018937	ATTTTT	2	12	927364	927375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018937	AGCAAT	2	12	941930	941941	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_018937	ATTATA	2	12	970818	970829	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018937	ATTGAA	2	12	978309	978320	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018937	ACATAT	2	12	1020409	1020420	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_018937	TTAAAA	2	12	1020432	1020443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018937	TATGGG	2	12	1026305	1026316	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018937	CTAAGT	2	12	1045532	1045543	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018937	CAAGAG	2	12	1048086	1048097	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018937	AAGATA	2	12	1051518	1051529	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018937	AGTGGC	2	12	1052852	1052863	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_018937	AAACCA	2	12	1054746	1054757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_018937	TAAATC	2	12	1057348	1057359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_018937	CAAAAT	2	12	1057858	1057869	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_018937	GTTTTT	2	12	1058183	1058194	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018937	TTTTTC	2	12	1065957	1065968	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_018937	CATGCG	2	12	1066327	1066338	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018937	AAACCC	2	12	1071673	1071684	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_018937	AAAGAA	3	18	1071832	1071849	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018937	TATTTT	2	12	1079911	1079922	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018937	AAAAAC	2	12	1153543	1153554	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_018937	GCATTA	2	12	1206874	1206885	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_018937	AAATTA	2	12	1210497	1210508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018937	AACGCT	2	12	1211015	1211026	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018937	ACAGAA	2	12	1241826	1241837	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018937	AAATCA	2	12	1249250	1249261	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_018937	ATCCTT	2	12	1259549	1259560	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018937	AAACTT	2	12	1302604	1302615	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_018937	TGTTAT	2	12	1312101	1312112	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018937	TGCATT	2	12	1320083	1320094	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_018937	AAAATC	2	12	1407175	1407186	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_018937	CAAATG	2	12	1413385	1413396	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018937	TGGCTT	2	12	1413664	1413675	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018937	CTTTAA	2	12	1473757	1473768	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018937	GTTTTA	2	12	1494995	1495006	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018937	TAGCTT	2	12	1496520	1496531	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_018937	TAAAAA	2	12	1496635	1496646	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018937	TAAAAA	2	12	1496833	1496844	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018937	CTAAGT	6	36	1508323	1508358	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018937	TGTTTA	2	12	1516929	1516940	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018937	TACGAT	2	12	1595171	1595182	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_018937	TTGAAT	2	12	1595310	1595321	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018937	TTTTGA	2	12	1595900	1595911	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018937	TTCTAA	2	12	1596688	1596699	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018937	TTTTAC	2	12	1596843	1596854	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_018937	AAATTG	2	12	1597128	1597139	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.