MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter pylori Rif1 chromosome

Total Repeats: 697

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018937	AAAGCG	2	12	494	505	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410023237
2	NC_018937	ATTATA	2	12	2001	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	410023240
3	NC_018937	GCTTGC	2	12	6274	6285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410023244
4	NC_018937	GAAACC	2	12	7721	7732	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023245
5	NC_018937	AGAAAA	2	12	18673	18684	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023254
6	NC_018937	GATAAA	2	12	22229	22240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410023257
7	NC_018937	ATAAAC	2	12	22601	22612	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023257
8	NC_018937	TTTCTT	2	12	22952	22963	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023258
9	NC_018937	ATTTTT	2	12	25052	25063	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410023259
10	NC_018937	CAATTC	2	12	27035	27046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410023260
11	NC_018937	TATCAA	2	12	30208	30219	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023264
12	NC_018937	TCTTAT	2	12	30922	30933	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023264
13	NC_018937	CAAAGC	2	12	32626	32637	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023266
14	NC_018937	GCGTGG	2	12	32975	32986	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	410023267
15	NC_018937	TTGGAT	2	12	33085	33096	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410023267
16	NC_018937	TAATGA	2	12	33120	33131	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410023267
17	NC_018937	TTGAAT	2	12	34171	34182	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410023267
18	NC_018937	TAAGGA	2	12	34470	34481	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410023267
19	NC_018937	TAGGGG	2	12	35977	35988	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	410023270
20	NC_018937	AAAGAA	2	12	37489	37500	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023271
21	NC_018937	AAAGAA	2	12	39063	39074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023273
22	NC_018937	CAAAAT	2	12	41409	41420	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023275
23	NC_018937	CGCAAA	2	12	45823	45834	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023279
24	NC_018937	GGCTAG	2	12	50066	50077	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023283
25	NC_018937	TGAAAT	2	12	51799	51810	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410023285
26	NC_018937	CTTTTT	2	12	53909	53920	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023287
27	NC_018937	ATTTGC	2	12	56033	56044	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023287
28	NC_018937	TAAAAA	2	12	57629	57640	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023288
29	NC_018937	CCACGC	2	12	59384	59395	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023289
30	NC_018937	AGAAAA	2	12	62645	62656	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023291
31	NC_018937	AAAAGA	2	12	63516	63527	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023292
32	NC_018937	GATGTG	2	12	64325	64336	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410023293
33	NC_018937	AGCCAA	2	12	64403	64414	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023293
34	NC_018937	CCAACA	2	12	66291	66302	50 %	0 %	0 %	50 %	410023293
35	NC_018937	TTTTGT	2	12	66629	66640	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410023294
36	NC_018937	AAAGAG	2	12	66908	66919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410023294
37	NC_018937	AGAAAA	2	12	68428	68439	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023296
38	NC_018937	AGCGGG	2	12	70590	70601	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	410023299
39	NC_018937	ACGCCC	2	12	78357	78368	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023308
40	NC_018937	AAGGGC	2	12	81084	81095	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410023311
41	NC_018937	CGCCCA	2	12	81620	81631	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023311
42	NC_018937	AGGATA	2	12	82465	82476	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410023313
43	NC_018937	GTGAGC	2	12	83067	83078	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023313
44	NC_018937	CAACGA	2	12	83413	83424	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410023313
45	NC_018937	GGCATG	2	12	84911	84922	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023314
46	NC_018937	GGCATG	2	12	84935	84946	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023314
47	NC_018937	GCAACG	2	12	85983	85994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410023314
48	NC_018937	AATATT	2	12	86857	86868	50 %	50 %	0 %	0 %	410023316
49	NC_018937	AAAAAT	2	12	97349	97360	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023325
50	NC_018937	CAAGAT	2	12	99193	99204	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410023327
51	NC_018937	GATTTT	2	12	100623	100634	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023330
52	NC_018937	AAACTC	2	12	100740	100751	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023330
53	NC_018937	TCAAAA	2	12	102034	102045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023331
54	NC_018937	TTATCG	2	12	102612	102623	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023332
55	NC_018937	CAATAT	2	12	105940	105951	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023333
56	NC_018937	TGGAGC	2	12	116846	116857	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023343
57	NC_018937	TTTTCT	2	12	118346	118357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410023344
58	NC_018937	CGCTCG	2	12	123518	123529	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	410023349
59	NC_018937	TAGGCA	2	12	126055	126066	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410023350
60	NC_018937	CTTCTA	2	12	128384	128395	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410023352
61	NC_018937	GTTCTA	2	12	128729	128740	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023352
62	NC_018937	CTTCTA	2	12	129843	129854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410023353
63	NC_018937	CTTCTA	2	12	131513	131524	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410023354
64	NC_018937	GTTCTA	2	12	131792	131803	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023354
65	NC_018937	GTTCTA	2	12	131855	131866	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023354
66	NC_018937	CTAAAG	2	12	133168	133179	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410023355
67	NC_018937	TGAATT	2	12	133702	133713	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410023355
68	NC_018937	TTTCAA	2	12	133861	133872	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023355
69	NC_018937	AGCAAA	2	12	137207	137218	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410023358
70	NC_018937	TGGTTT	2	12	138731	138742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410023361
71	NC_018937	TCATGA	2	12	139983	139994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410023363
72	NC_018937	AAAAAT	2	12	146563	146574	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023369
73	NC_018937	ATTCAA	2	12	147654	147665	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023371
74	NC_018937	TTAGCG	2	12	151612	151623	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410023374
75	NC_018937	TATCGC	2	12	151824	151835	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410023374
76	NC_018937	TTTTAG	2	12	152947	152958	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023375
77	NC_018937	ATCGCT	2	12	153540	153551	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410023375
78	NC_018937	CCTAAA	2	12	155765	155776	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023378
79	NC_018937	TTGTTT	2	12	159912	159923	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410023384
80	NC_018937	CTTGGG	2	12	160574	160585	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410023386
81	NC_018937	ATTGGA	2	12	161946	161957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410023387
82	NC_018937	TTGGGT	2	12	165348	165359	0 %	50 %	50 %	0 %	410023391
83	NC_018937	GATGGC	2	12	169087	169098	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023396
84	NC_018937	CCGCTC	2	12	171475	171486	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	410023398
85	NC_018937	GCTCTC	2	12	173902	173913	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410023400
86	NC_018937	TAGTGG	2	12	175672	175683	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410023403
87	NC_018937	TTCTAA	2	12	176225	176236	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023403
88	NC_018937	CGTTTT	2	12	178058	178069	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410023405
89	NC_018937	ATCGTT	2	12	178371	178382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023405
90	NC_018937	AATTTC	2	12	178722	178733	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023406
91	NC_018937	TAAAAT	2	12	180246	180257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410023407
92	NC_018937	ATTTTG	2	12	182056	182067	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023410
93	NC_018937	CGCTTT	2	12	182534	182545	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	410023410
94	NC_018937	ACTTAT	2	12	182631	182642	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023410
95	NC_018937	CCGCTC	2	12	186345	186356	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	410023414
96	NC_018937	AAAGCA	2	12	187541	187552	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410023415
97	NC_018937	AATAAA	2	12	188514	188525	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410023416
98	NC_018937	GAAAAA	2	12	189969	189980	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023417
99	NC_018937	AGGCAT	2	12	190058	190069	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410023417
100	NC_018937	GCATTT	2	12	191771	191782	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023419
101	NC_018937	TCAAAC	2	12	192338	192349	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023420
102	NC_018937	ATAAAG	2	12	192499	192510	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410023420
103	NC_018937	GGTATT	2	12	196262	196273	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410023425
104	NC_018937	TCTAAA	2	12	196492	196503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023425
105	NC_018937	TGGGCA	2	12	197561	197572	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023426
106	NC_018937	ATTTTC	2	12	199985	199996	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023427
107	NC_018937	TGGGGC	2	12	207392	207403	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	410023437
108	NC_018937	CTATGG	2	12	207781	207792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410023437
109	NC_018937	AAATCC	2	12	209172	209183	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023440
110	NC_018937	CTGTAT	2	12	210918	210929	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023441
111	NC_018937	AATTTT	2	12	211638	211649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410023441
112	NC_018937	GGGAAC	2	12	215695	215706	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410023446
113	NC_018937	ATTCTA	2	12	219363	219374	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410023449
114	NC_018937	CATAGC	2	12	221103	221114	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410023450
115	NC_018937	GTTTTG	2	12	221608	221619	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410023450
116	NC_018937	TAATTA	2	12	226111	226122	50 %	50 %	0 %	0 %	410023455
117	NC_018937	AGGGCC	2	12	236658	236669	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	410023465
118	NC_018937	CACGCC	2	12	239175	239186	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	410023467
119	NC_018937	GCTAGG	2	12	241795	241806	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023469
120	NC_018937	TCTTTA	2	12	248415	248426	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023476
121	NC_018937	GTTTTT	2	12	254052	254063	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410023482
122	NC_018937	ATTGTC	2	12	257212	257223	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023486
123	NC_018937	TCCCGC	2	12	259414	259425	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	410023488
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126	NC_018937	TGAGCG	2	12	268084	268095	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023497
127	NC_018937	CTTTAG	2	12	268390	268401	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023497
128	NC_018937	AAATTC	2	12	270612	270623	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023499
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130	NC_018937	TGAGCG	2	12	278016	278027	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023505
131	NC_018937	AGCTTT	2	12	278164	278175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023505
132	NC_018937	GATTTT	2	12	282703	282714	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410023512
133	NC_018937	ATTAGA	2	12	282825	282836	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410023512
134	NC_018937	TCAAAA	2	12	284936	284947	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023514
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137	NC_018937	GAATAA	2	12	287289	287300	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410023517
138	NC_018937	AGCTCA	2	12	295127	295138	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410023523
139	NC_018937	AGCGAG	2	12	296645	296656	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410023524
140	NC_018937	ATCAAA	2	12	298061	298072	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023527
141	NC_018937	TTTTAA	2	12	298941	298952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410023527
142	NC_018937	ACTTTT	2	12	299047	299058	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410023527
143	NC_018937	TAACAT	2	12	304485	304496	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410023527
144	NC_018937	CTACAA	2	12	306198	306209	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410023527
145	NC_018937	TTGTGG	2	12	307603	307614	0 %	50 %	50 %	0 %	410023528
146	NC_018937	GTAGCG	2	12	311656	311667	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023532
147	NC_018937	TTATCG	2	12	313922	313933	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410023533
148	NC_018937	GTTTGT	2	12	314064	314075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410023533
149	NC_018937	GGCATG	2	12	316062	316073	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410023536
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152	NC_018937	GCTATG	2	12	319607	319618	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410023539
153	NC_018937	GTTGGA	2	12	321574	321585	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410023541
154	NC_018937	TGCGTT	2	12	321955	321966	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410023542
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231	NC_018937	TGAATG	2	12	548377	548388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410023756
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233	NC_018937	GAAAAA	2	12	549140	549151	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410023756
234	NC_018937	AAATCA	2	12	550976	550987	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410023758
235	NC_018937	ATAGTA	2	12	552213	552224	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410023758
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339	NC_018937	AATGGC	2	12	819038	819049	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410023991
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342	NC_018937	AGCGTA	2	12	825291	825302	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410023998
343	NC_018937	ACTGCC	2	12	828176	828187	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	410024001
344	NC_018937	AAGTGT	2	12	828734	828745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410024001
345	NC_018937	TTCCAC	2	12	834266	834277	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	410024005
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457	NC_018937	ACAGCG	2	12	1127575	1127586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410024296
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460	NC_018937	TAATTT	2	12	1133801	1133812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410024302
461	NC_018937	ATCTCA	2	12	1137084	1137095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410024306
462	NC_018937	TTTCAA	2	12	1137475	1137486	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410024306
463	NC_018937	TCCATT	2	12	1141415	1141426	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410024310
464	NC_018937	GCGTTT	2	12	1142199	1142210	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410024311
465	NC_018937	GCTAAC	2	12	1142468	1142479	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410024311
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467	NC_018937	GATTTT	2	12	1147562	1147573	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410024316
468	NC_018937	GCTTTT	2	12	1148751	1148762	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410024317
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489	NC_018937	TTTTAG	2	12	1191202	1191213	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410024355
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