MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Simiduia agarivorans SA1 = DSM 21679

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018868	GAAGG	2	10	9727	9736	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018868	TAGGG	2	10	11075	11084	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018868	CGGTC	2	10	14039	14048	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_018868	AGGGC	2	10	19519	19528	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018868	ATTTT	2	10	21090	21099	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018868	TCCAA	2	10	22772	22781	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018868	TCCAA	2	10	22788	22797	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_018868	CAGGG	2	10	22821	22830	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018868	TCACC	2	10	24327	24336	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_018868	GGGTG	2	10	62812	62821	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018868	CATCC	2	10	64420	64429	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_018868	GTGGG	2	10	66563	66572	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018868	CGGAC	2	10	66914	66923	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_018868	AAAAT	2	10	73741	73750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018868	GTCCG	2	10	123163	123172	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_018868	CCGGT	3	15	127603	127617	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018868	GACAA	2	10	132037	132046	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018868	GAGGC	2	10	137734	137743	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018868	GGATG	2	10	138301	138310	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018868	GATTA	2	10	166334	166343	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018868	TGCGC	2	10	170679	170688	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_018868	AGCGC	2	10	170728	170737	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_018868	AGCGC	2	10	170846	170855	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_018868	ACCCC	2	10	197793	197802	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
25	NC_018868	GCAGG	2	10	221873	221882	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018868	TTGCC	2	10	241589	241598	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_018868	TTGGG	2	10	265696	265705	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018868	TGGTT	2	10	289415	289424	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018868	TTTGC	2	10	290610	290619	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_018868	ACCCC	2	10	300904	300913	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
31	NC_018868	GGAGC	2	10	320064	320073	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_018868	GCCGT	2	10	336435	336444	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_018868	CGTAA	2	10	341311	341320	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018868	GCTAT	2	10	374009	374018	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018868	TCAGT	2	10	378852	378861	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018868	AAGAA	2	10	420525	420534	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018868	CAGGC	2	10	430938	430947	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_018868	GAAGG	2	10	448593	448602	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018868	ATTAT	2	10	484976	484985	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018868	GGAAG	2	10	485309	485318	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018868	CTGAA	2	10	525265	525274	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018868	TAGGC	2	10	528966	528975	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018868	GCCGC	2	10	566490	566499	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_018868	TCTGA	2	10	597934	597943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018868	GGAAG	2	10	612609	612618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018868	TTAGG	2	10	616917	616926	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018868	AATGG	2	10	625445	625454	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018868	AACTC	2	10	643134	643143	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_018868	CTGTG	2	10	647948	647957	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_018868	GAGAT	2	10	647968	647977	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018868	ACTCA	2	10	648515	648524	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_018868	AGGGC	2	10	648715	648724	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018868	CGAGC	2	10	656716	656725	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_018868	TTCTA	2	10	667975	667984	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018868	CGGCT	2	10	670320	670329	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_018868	CTTAT	2	10	671135	671144	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018868	GGCCG	2	10	751453	751462	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
58	NC_018868	TGAAC	2	10	783287	783296	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018868	CGGCG	2	10	833206	833215	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_018868	CAAAA	2	10	837106	837115	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018868	GCCGT	2	10	873681	873690	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_018868	AAAGT	2	10	893934	893943	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018868	CAAGG	2	10	938028	938037	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018868	GAACA	2	10	993150	993159	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_018868	TGCCC	2	10	997456	997465	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_018868	GCCCC	2	10	1010046	1010055	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
67	NC_018868	ACTGC	2	10	1026870	1026879	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_018868	GGATT	2	10	1028475	1028484	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018868	ATCTT	2	10	1034398	1034407	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018868	CGACT	2	10	1036063	1036072	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_018868	CTCAT	2	10	1037289	1037298	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_018868	CTTTT	2	10	1037679	1037688	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_018868	CACGA	2	10	1038442	1038451	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_018868	CAGAC	2	10	1038775	1038784	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_018868	AACGC	2	10	1088186	1088195	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_018868	CACAC	2	10	1100578	1100587	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_018868	GCTAT	2	10	1110988	1110997	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018868	TTTGC	2	10	1128889	1128898	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018868	TTCCC	2	10	1132177	1132186	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_018868	TTTTA	2	10	1133803	1133812	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018868	GTCCT	2	10	1140575	1140584	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_018868	ATCCG	2	10	1140623	1140632	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_018868	CACCC	2	10	1154290	1154299	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
84	NC_018868	CAGCC	2	10	1159561	1159570	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_018868	TAAAG	2	10	1211755	1211764	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018868	ATCAG	2	10	1215256	1215265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018868	TCCCC	2	10	1238564	1238573	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
88	NC_018868	GATGC	2	10	1261645	1261654	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018868	CCCCA	2	10	1261671	1261680	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
90	NC_018868	TCAGA	2	10	1266666	1266675	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018868	TTGTT	2	10	1268151	1268160	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018868	CCAAT	2	10	1268366	1268375	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_018868	CTTCG	2	10	1280907	1280916	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_018868	TTTCA	2	10	1281152	1281161	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018868	TTCGC	2	10	1282295	1282304	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_018868	CGCGG	2	10	1295787	1295796	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_018868	AGCGC	2	10	1333404	1333413	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_018868	TGGTC	2	10	1335728	1335737	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_018868	CACAC	2	10	1335854	1335863	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_018868	GCGCA	2	10	1348686	1348695	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_018868	CAATC	2	10	1354903	1354912	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_018868	GCGCA	2	10	1354930	1354939	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_018868	GCGCA	2	10	1356473	1356482	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_018868	GCGTT	2	10	1371141	1371150	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018868	CGGGC	2	10	1389430	1389439	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
106	NC_018868	GCGGG	2	10	1400794	1400803	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018868	CCGTT	2	10	1409999	1410008	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_018868	CCTCC	2	10	1476516	1476525	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_018868	AAGCG	2	10	1477409	1477418	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018868	AAATT	2	10	1501010	1501019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018868	CCTGT	2	10	1515302	1515311	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_018868	ATACC	2	10	1548610	1548619	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_018868	CAAAT	2	10	1611382	1611391	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018868	CCCCG	2	10	1618080	1618089	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
115	NC_018868	AACGT	2	10	1639737	1639746	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_018868	ACCAA	2	10	1640482	1640491	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_018868	GGTGC	2	10	1656701	1656710	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018868	AAAAG	2	10	1657754	1657763	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018868	ACAAA	2	10	1660428	1660437	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018868	ACACA	2	10	1683980	1683989	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_018868	TCGGT	2	10	1717517	1717526	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018868	TGATG	2	10	1719077	1719086	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018868	CCACC	2	10	1749378	1749387	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
124	NC_018868	ACCGG	2	10	1754687	1754696	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_018868	GCCAG	2	10	1754954	1754963	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_018868	AGAAT	2	10	1756101	1756110	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018868	AGCGA	2	10	1768245	1768254	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_018868	AAATT	2	10	1788889	1788898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018868	GGTGC	2	10	1815491	1815500	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018868	CCTGC	2	10	1815625	1815634	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_018868	CGCCT	2	10	1818695	1818704	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
132	NC_018868	ATCTT	2	10	1906430	1906439	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018868	CGACT	2	10	1908096	1908105	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_018868	CTTTT	2	10	1909685	1909694	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_018868	AGCGT	2	10	1909734	1909743	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_018868	CACGA	2	10	1910449	1910458	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_018868	CAGAC	2	10	1910782	1910791	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_018868	TAGCC	2	10	1935170	1935179	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_018868	ATGAA	2	10	1943014	1943023	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018868	CGTGC	2	10	1947322	1947331	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_018868	CACTT	2	10	1987796	1987805	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_018868	GCCCT	2	10	1996778	1996787	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
143	NC_018868	AGGCC	2	10	2007286	2007295	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_018868	GTGCT	2	10	2048731	2048740	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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282	NC_018868	TGGGT	2	10	4176869	4176878	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
283	NC_018868	AAGCG	2	10	4196656	4196665	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
284	NC_018868	CCCGG	2	10	4201427	4201436	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
285	NC_018868	TGAAA	2	10	4216747	4216756	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_018868	CATGC	2	10	4219248	4219257	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_018868	GGCTC	2	10	4232519	4232528	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
288	NC_018868	GCCTT	2	10	4249541	4249550	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_018868	GCATG	2	10	4252189	4252198	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
290	NC_018868	CTTGG	2	10	4260789	4260798	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_018868	TTGGG	2	10	4277723	4277732	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
292	NC_018868	AGAAC	2	10	4281033	4281042	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.