MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Dehalobacter sp. CF chromosome

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018867	GCAAGT	2	12	4072	4083	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_018867	CAAAAA	2	12	22582	22593	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018867	ATCCTC	2	12	68304	68315	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_018867	CTTTAT	2	12	71112	71123	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018867	CAGATA	2	12	74422	74433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018867	GGAATA	2	12	124639	124650	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018867	TATTCC	2	12	165332	165343	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018867	GCGGAA	2	12	185652	185663	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_018867	TTTGGT	2	12	194440	194451	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018867	AGATGA	2	12	238823	238834	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018867	AGAAAA	2	12	262599	262610	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018867	TAAAAA	2	12	348688	348699	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018867	AAGCGA	2	12	371147	371158	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_018867	CGCAGG	2	12	373270	373281	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018867	ATTGCA	2	12	378517	378528	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_018867	ATTCTT	2	12	406479	406490	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018867	ATTAAG	2	12	453858	453869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018867	GTTTAA	2	12	483321	483332	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018867	TGGAAA	2	12	496034	496045	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018867	CACAGA	2	12	500903	500914	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018867	GACGGT	2	12	519797	519808	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_018867	TGCCTG	2	12	550146	550157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018867	ACGTAT	2	12	560839	560850	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018867	CCGTTT	2	12	566969	566980	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018867	CTGCTA	2	12	570952	570963	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018867	TATTTT	2	12	572816	572827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018867	CGTTAA	2	12	615229	615240	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_018867	AAACTT	2	12	626236	626247	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018867	CGAAAA	2	12	670404	670415	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_018867	TTGTAT	2	12	683755	683766	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018867	TAACGA	2	12	684041	684052	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018867	AAGTAA	2	12	685570	685581	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018867	AATATA	2	12	686412	686423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018867	TTTCTC	2	12	687653	687664	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018867	GCCCAA	2	12	688562	688573	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_018867	TCTATG	2	12	763870	763881	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_018867	GCTTTC	2	12	782040	782051	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018867	AACGTA	2	12	816889	816900	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_018867	ATTTAT	2	12	833465	833476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018867	TATCCT	2	12	840107	840118	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018867	AACAAA	2	12	872878	872889	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_018867	ATTTGA	2	12	873007	873018	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018867	CTCAAC	2	12	1008049	1008060	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_018867	AATTAA	2	12	1040088	1040099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018867	CATTGC	2	12	1070290	1070301	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018867	TTAATT	2	12	1070306	1070317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018867	TAAAAA	2	12	1086090	1086101	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018867	TTATAT	2	12	1096239	1096250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018867	CTACTC	2	12	1168082	1168093	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018867	TCTGTA	2	12	1168216	1168227	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_018867	AATATA	2	12	1174454	1174465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018867	AAAATA	2	12	1232299	1232310	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018867	AAAAGT	2	12	1259069	1259080	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018867	CAGAAA	2	12	1262677	1262688	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_018867	CTTTTC	2	12	1266693	1266704	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_018867	CTTTTT	2	12	1270216	1270227	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018867	GTACAT	2	12	1282455	1282466	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_018867	GGGAAG	2	12	1297667	1297678	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018867	TCCCCC	2	12	1297683	1297694	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
60	NC_018867	TTTTTC	2	12	1299506	1299517	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_018867	TATACA	2	12	1311573	1311584	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_018867	TAAAAC	2	12	1330597	1330608	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_018867	CCTTCC	2	12	1334492	1334503	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_018867	AAACAA	2	12	1334646	1334657	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018867	ATCTAC	2	12	1357382	1357393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018867	GCGCTT	2	12	1364055	1364066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018867	GTTTGA	2	12	1381959	1381970	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018867	TTTCCT	2	12	1414740	1414751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018867	GCTTTT	2	12	1426407	1426418	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_018867	AAAAAT	2	12	1430003	1430014	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018867	GTCAGC	2	12	1491465	1491476	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018867	ATTCCT	5	30	1611027	1611056	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018867	TTCAAA	2	12	1643918	1643929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_018867	CATTTT	2	12	1678237	1678248	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018867	TGGAAA	2	12	1709493	1709504	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018867	CAATTT	2	12	1746741	1746752	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_018867	ATTCGG	2	12	1748773	1748784	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_018867	TGATTA	2	12	1767116	1767127	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018867	TTAACG	2	12	1795592	1795603	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018867	GATAAT	2	12	1803138	1803149	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018867	GTCGTT	2	12	1813920	1813931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018867	TGTTTT	2	12	1868164	1868175	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018867	TCTGTG	2	12	1902196	1902207	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_018867	ATAATT	2	12	1939938	1939949	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018867	CCTGCG	2	12	1986201	1986212	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_018867	TCGCTT	2	12	1988324	1988335	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018867	ATCTAA	2	12	1989532	1989543	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018867	AGTAAG	2	12	2001923	2001934	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018867	ATAAGA	2	12	2003245	2003256	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018867	CGGCTC	2	12	2018279	2018290	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_018867	TCTTAT	2	12	2043490	2043501	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018867	TTTGTT	2	12	2061679	2061690	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018867	ATACAT	2	12	2068472	2068483	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018867	TGTGGT	2	12	2078893	2078904	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018867	CCTGCG	2	12	2088833	2088844	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_018867	TCGCTT	2	12	2090956	2090967	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_018867	TAAAAC	2	12	2117696	2117707	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_018867	TGATTG	2	12	2205099	2205110	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018867	AATTTG	2	12	2222951	2222962	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018867	GCCGAA	2	12	2228719	2228730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018867	ATTTGC	2	12	2231071	2231082	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_018867	TTGATT	2	12	2281871	2281882	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018867	TTTGCA	2	12	2285663	2285674	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_018867	AGAGTC	2	12	2285798	2285809	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_018867	TTTCTT	2	12	2377370	2377381	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_018867	TAAGAA	2	12	2379370	2379381	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018867	AGAAAT	2	12	2423803	2423814	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018867	AATTAA	2	12	2430961	2430972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018867	AAAAAT	2	12	2456064	2456075	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018867	ATTTGT	2	12	2460837	2460848	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018867	TTGATG	2	12	2480505	2480516	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018867	TGATGT	2	12	2490039	2490050	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018867	CCCTAT	2	12	2493954	2493965	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_018867	TGTTAA	2	12	2536986	2536997	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018867	TAAATA	2	12	2583238	2583249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018867	ATCTTC	2	12	2586085	2586096	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018867	CTACAA	2	12	2600597	2600608	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_018867	GAACAT	2	12	2631392	2631403	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_018867	ACGGCG	2	12	2631506	2631517	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018867	TTTAAT	2	12	2658725	2658736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018867	TCCCAG	2	12	2664032	2664043	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_018867	AAATAA	2	12	2684826	2684837	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018867	GCAGGA	2	12	2703247	2703258	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_018867	TTTTTG	2	12	2717709	2717720	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018867	TCTATT	2	12	2731435	2731446	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_018867	CCCTAT	2	12	2751978	2751989	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_018867	TGTATT	2	12	2762639	2762650	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018867	CTCAGG	2	12	2815535	2815546	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_018867	TTTTTG	2	12	2815944	2815955	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018867	CAAAAA	2	12	2852613	2852624	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_018867	TAATGA	2	12	2857240	2857251	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018867	CCATAA	2	12	2863050	2863061	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018867	TCATTC	2	12	2910126	2910137	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018867	CAAAAT	2	12	2913394	2913405	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_018867	TAATTT	2	12	2916493	2916504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018867	TATTTT	2	12	2916660	2916671	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018867	TCTTAT	6	36	3014977	3015012	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_018867	ATCGTA	2	12	3064873	3064884	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_018867	CAAAAA	2	12	3067567	3067578	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_018867	TGATTT	2	12	3082075	3082086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.