MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Bordetella parapertussis Bpp5 plasmid BPP5P1

Total Repeats: 193

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018830	CAC	2	6	40	45	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_018830	GAC	2	6	80	85	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
3	NC_018830	CGA	2	6	127	132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
4	NC_018830	CAT	2	6	157	162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
5	NC_018830	GGC	2	6	175	180	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500991
6	NC_018830	TAC	2	6	185	190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
7	NC_018830	GGC	2	6	193	198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500991
8	NC_018830	TTG	2	6	255	260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500991
9	NC_018830	GTC	2	6	281	286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500991
10	NC_018830	GCC	2	6	312	317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500991
11	NC_018830	AGC	2	6	336	341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
12	NC_018830	GAC	2	6	494	499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
13	NC_018830	CCG	2	6	508	513	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500991
14	NC_018830	CAT	2	6	598	603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
15	NC_018830	AGC	2	6	707	712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
16	NC_018830	GCT	2	6	726	731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_018830	GGC	2	6	778	783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
18	NC_018830	AGG	2	6	808	813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500992
19	NC_018830	GCC	2	6	857	862	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500992
20	NC_018830	GGC	2	6	863	868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
21	NC_018830	GCG	2	6	983	988	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
22	NC_018830	TCA	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500992
23	NC_018830	GCT	2	6	1076	1081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500992
24	NC_018830	GCC	2	6	1226	1231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500992
25	NC_018830	GCA	2	6	1243	1248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500992
26	NC_018830	AAG	2	6	1422	1427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410500993
27	NC_018830	CGA	2	6	1442	1447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500993
28	NC_018830	GCC	2	6	1457	1462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500993
29	NC_018830	GCA	2	6	1588	1593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500993
30	NC_018830	TAG	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500993
31	NC_018830	AAT	2	6	1747	1752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018830	AAG	2	6	1855	1860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410500994
33	NC_018830	TCA	2	6	1862	1867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500994
34	NC_018830	TTG	2	6	1891	1896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500994
35	NC_018830	TGG	2	6	1899	1904	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500994
36	NC_018830	TTC	2	6	2008	2013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500994
37	NC_018830	GCT	2	6	2037	2042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500994
38	NC_018830	GCG	2	6	2114	2119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500994
39	NC_018830	GGT	2	6	2191	2196	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018830	GAA	2	6	2234	2239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018830	CGG	2	6	2355	2360	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
42	NC_018830	ACC	2	6	2516	2521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500995
43	NC_018830	CGC	2	6	2564	2569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
44	NC_018830	CCT	2	6	2593	2598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	410500995
45	NC_018830	GCC	2	6	2633	2638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
46	NC_018830	GGC	3	9	2659	2667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
47	NC_018830	TGC	2	6	2670	2675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500995
48	NC_018830	AGG	2	6	2688	2693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500995
49	NC_018830	GTG	2	6	2918	2923	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500995
50	NC_018830	AGC	3	9	3015	3023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
51	NC_018830	GCA	2	6	3066	3071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
52	NC_018830	GGA	2	6	3124	3129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500995
53	NC_018830	GCG	3	9	3153	3161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
54	NC_018830	GCA	2	6	3181	3186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
55	NC_018830	GCA	2	6	3297	3302	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
56	NC_018830	TGA	2	6	3309	3314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500995
57	NC_018830	CGG	2	6	3364	3369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
58	NC_018830	TCA	2	6	3411	3416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500995
59	NC_018830	CGA	3	9	3433	3441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
60	NC_018830	TCA	2	6	3462	3467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500995
61	NC_018830	GCC	2	6	3600	3605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
62	NC_018830	CGG	2	6	3733	3738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
63	NC_018830	CCG	2	6	3779	3784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_018830	AGC	2	6	3958	3963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018830	CGT	2	6	3965	3970	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018830	TTA	2	6	3997	4002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018830	TTG	2	6	4110	4115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500996
68	NC_018830	GGT	2	6	4199	4204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500996
69	NC_018830	GCT	2	6	4208	4213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500996
70	NC_018830	GGC	2	6	4254	4259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500996
71	NC_018830	GGT	2	6	4260	4265	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500996
72	NC_018830	TTG	2	6	4287	4292	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500996
73	NC_018830	AGC	2	6	4318	4323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500996
74	NC_018830	CGC	2	6	4499	4504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_018830	CGC	2	6	4605	4610	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_018830	ATT	2	6	4798	4803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018830	ATA	2	6	4826	4831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018830	GCC	2	6	4890	4895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_018830	CGG	2	6	5024	5029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018830	CAG	2	6	5058	5063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018830	CGG	3	9	5094	5102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
82	NC_018830	GCC	2	6	5105	5110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500997
83	NC_018830	CGG	2	6	5116	5121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
84	NC_018830	AGC	2	6	5170	5175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
85	NC_018830	CGG	2	6	5269	5274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
86	NC_018830	TGC	2	6	5292	5297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500997
87	NC_018830	GGC	2	6	5360	5365	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
88	NC_018830	GGA	2	6	5431	5436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500997
89	NC_018830	GCG	2	6	5443	5448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
90	NC_018830	GCA	2	6	5471	5476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
91	NC_018830	AGC	2	6	5520	5525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
92	NC_018830	CAG	2	6	5560	5565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
93	NC_018830	GGC	2	6	5620	5625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
94	NC_018830	AGC	3	9	5697	5705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
95	NC_018830	AGC	2	6	5729	5734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
96	NC_018830	ATG	2	6	5761	5766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500997
97	NC_018830	CTG	2	6	5785	5790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500998
98	NC_018830	ACC	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500998
99	NC_018830	AAC	2	6	5896	5901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410500998
100	NC_018830	CCA	2	6	5921	5926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500998
101	NC_018830	AGG	2	6	6010	6015	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500998
102	NC_018830	TCA	2	6	6079	6084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
103	NC_018830	TCG	2	6	6093	6098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
104	NC_018830	TCA	2	6	6151	6156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
105	NC_018830	TCA	2	6	6169	6174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
106	NC_018830	CAT	2	6	6233	6238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
107	NC_018830	CGG	2	6	6352	6357	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
108	NC_018830	GGC	2	6	6374	6379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
109	NC_018830	TCA	2	6	6469	6474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
110	NC_018830	CTG	2	6	6519	6524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
111	NC_018830	GTT	2	6	6563	6568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500999
112	NC_018830	CAT	2	6	6569	6574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
113	NC_018830	CTG	2	6	6579	6584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
114	NC_018830	TCT	2	6	6641	6646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500999
115	NC_018830	ATG	2	6	6678	6683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500999
116	NC_018830	CGG	2	6	6692	6697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
117	NC_018830	CTT	2	6	6736	6741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500999
118	NC_018830	GGA	2	6	6750	6755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500999
119	NC_018830	CGG	2	6	6824	6829	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
120	NC_018830	GGC	2	6	6894	6899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
121	NC_018830	GCT	2	6	6915	6920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
122	NC_018830	GCT	2	6	6981	6986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
123	NC_018830	GCT	2	6	6993	6998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
124	NC_018830	GCT	2	6	7011	7016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
125	NC_018830	ATG	2	6	7043	7048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500999
126	NC_018830	CAT	2	6	7061	7066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018830	CAT	2	6	7083	7088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_018830	CAT	2	6	7103	7108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_018830	CAT	2	6	7125	7130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018830	CAT	2	6	7136	7141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018830	GCC	2	6	7446	7451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
132	NC_018830	GCG	2	6	7532	7537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501000
133	NC_018830	GCC	2	6	7575	7580	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
134	NC_018830	CCG	2	6	7621	7626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
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137	NC_018830	TCA	2	6	7937	7942	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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142	NC_018830	ATC	2	6	8302	8307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_018830	GTC	2	6	8359	8364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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163	NC_018830	TCA	2	6	9590	9595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_018830	TGA	3	9	9753	9761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.