MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Bordetella parapertussis Bpp5 plasmid BPP5P1

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018830	GAC	2	6	80	85	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
2	NC_018830	CGA	2	6	127	132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
3	NC_018830	CAT	2	6	157	162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
4	NC_018830	GGC	2	6	175	180	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500991
5	NC_018830	TAC	2	6	185	190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
6	NC_018830	GGC	2	6	193	198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500991
7	NC_018830	TTG	2	6	255	260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500991
8	NC_018830	GTC	2	6	281	286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500991
9	NC_018830	GCC	2	6	312	317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500991
10	NC_018830	AGC	2	6	336	341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
11	NC_018830	GAC	2	6	494	499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
12	NC_018830	CCG	2	6	508	513	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500991
13	NC_018830	CAT	2	6	598	603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500991
14	NC_018830	AGC	2	6	707	712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500991
15	NC_018830	GGC	2	6	778	783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
16	NC_018830	AGG	2	6	808	813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500992
17	NC_018830	GCC	2	6	857	862	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500992
18	NC_018830	GGC	2	6	863	868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
19	NC_018830	GCG	2	6	983	988	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500992
20	NC_018830	TCA	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500992
21	NC_018830	GCT	2	6	1076	1081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500992
22	NC_018830	GCC	2	6	1226	1231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500992
23	NC_018830	GCA	2	6	1243	1248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500992
24	NC_018830	AAG	2	6	1422	1427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410500993
25	NC_018830	CGA	2	6	1442	1447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500993
26	NC_018830	GCC	2	6	1457	1462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500993
27	NC_018830	GCA	2	6	1588	1593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500993
28	NC_018830	TAG	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500993
29	NC_018830	AAG	2	6	1855	1860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410500994
30	NC_018830	TCA	2	6	1862	1867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500994
31	NC_018830	TTG	2	6	1891	1896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500994
32	NC_018830	TGG	2	6	1899	1904	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500994
33	NC_018830	TTC	2	6	2008	2013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500994
34	NC_018830	GCT	2	6	2037	2042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500994
35	NC_018830	GCG	2	6	2114	2119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500994
36	NC_018830	CGG	2	6	2355	2360	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
37	NC_018830	ACC	2	6	2516	2521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500995
38	NC_018830	CGC	2	6	2564	2569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
39	NC_018830	CCT	2	6	2593	2598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	410500995
40	NC_018830	GCC	2	6	2633	2638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
41	NC_018830	GGC	3	9	2659	2667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
42	NC_018830	TGC	2	6	2670	2675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500995
43	NC_018830	AGG	2	6	2688	2693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500995
44	NC_018830	GTG	2	6	2918	2923	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500995
45	NC_018830	AGC	3	9	3015	3023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
46	NC_018830	GCA	2	6	3066	3071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
47	NC_018830	GGA	2	6	3124	3129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500995
48	NC_018830	GCG	3	9	3153	3161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
49	NC_018830	GCA	2	6	3181	3186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
50	NC_018830	GCA	2	6	3297	3302	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
51	NC_018830	TGA	2	6	3309	3314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500995
52	NC_018830	CGG	2	6	3364	3369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
53	NC_018830	TCA	2	6	3411	3416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500995
54	NC_018830	CGA	3	9	3433	3441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500995
55	NC_018830	TCA	2	6	3462	3467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500995
56	NC_018830	GCC	2	6	3600	3605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500995
57	NC_018830	CGG	2	6	3733	3738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500995
58	NC_018830	TTG	2	6	4110	4115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500996
59	NC_018830	GGT	2	6	4199	4204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500996
60	NC_018830	GCT	2	6	4208	4213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500996
61	NC_018830	GGC	2	6	4254	4259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500996
62	NC_018830	GGT	2	6	4260	4265	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410500996
63	NC_018830	TTG	2	6	4287	4292	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500996
64	NC_018830	AGC	2	6	4318	4323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500996
65	NC_018830	CGG	3	9	5094	5102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
66	NC_018830	GCC	2	6	5105	5110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410500997
67	NC_018830	CGG	2	6	5116	5121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
68	NC_018830	AGC	2	6	5170	5175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
69	NC_018830	CGG	2	6	5269	5274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
70	NC_018830	TGC	2	6	5292	5297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500997
71	NC_018830	GGC	2	6	5360	5365	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
72	NC_018830	GGA	2	6	5431	5436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500997
73	NC_018830	GCG	2	6	5443	5448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
74	NC_018830	GCA	2	6	5471	5476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
75	NC_018830	AGC	2	6	5520	5525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
76	NC_018830	CAG	2	6	5560	5565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
77	NC_018830	GGC	2	6	5620	5625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500997
78	NC_018830	AGC	3	9	5697	5705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
79	NC_018830	AGC	2	6	5729	5734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410500997
80	NC_018830	ATG	2	6	5761	5766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500997
81	NC_018830	CTG	2	6	5785	5790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500998
82	NC_018830	ACC	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500998
83	NC_018830	AAC	2	6	5896	5901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410500998
84	NC_018830	CCA	2	6	5921	5926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410500998
85	NC_018830	AGG	2	6	6010	6015	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500998
86	NC_018830	TCA	2	6	6079	6084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
87	NC_018830	TCG	2	6	6093	6098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
88	NC_018830	TCA	2	6	6151	6156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
89	NC_018830	TCA	2	6	6169	6174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
90	NC_018830	CAT	2	6	6233	6238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
91	NC_018830	CGG	2	6	6352	6357	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
92	NC_018830	GGC	2	6	6374	6379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
93	NC_018830	TCA	2	6	6469	6474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
94	NC_018830	CTG	2	6	6519	6524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
95	NC_018830	GTT	2	6	6563	6568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410500999
96	NC_018830	CAT	2	6	6569	6574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410500999
97	NC_018830	CTG	2	6	6579	6584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
98	NC_018830	TCT	2	6	6641	6646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500999
99	NC_018830	ATG	2	6	6678	6683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500999
100	NC_018830	CGG	2	6	6692	6697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
101	NC_018830	CTT	2	6	6736	6741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410500999
102	NC_018830	GGA	2	6	6750	6755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410500999
103	NC_018830	CGG	2	6	6824	6829	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
104	NC_018830	GGC	2	6	6894	6899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410500999
105	NC_018830	GCT	2	6	6915	6920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
106	NC_018830	GCT	2	6	6981	6986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
107	NC_018830	GCT	2	6	6993	6998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
108	NC_018830	GCT	2	6	7011	7016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410500999
109	NC_018830	ATG	2	6	7043	7048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410500999
110	NC_018830	GCC	2	6	7446	7451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
111	NC_018830	GCG	2	6	7532	7537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501000
112	NC_018830	GCC	2	6	7575	7580	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
113	NC_018830	CCG	2	6	7621	7626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501000
114	NC_018830	CTG	2	6	7644	7649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501000
115	NC_018830	TCA	2	6	8614	8619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410501001
116	NC_018830	CTT	2	6	8669	8674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410501001
117	NC_018830	CAG	2	6	8763	8768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501001
118	NC_018830	TCA	2	6	8782	8787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410501001
119	NC_018830	TCA	2	6	8921	8926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410501001
120	NC_018830	TGC	2	6	10388	10393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501002
121	NC_018830	CAA	2	6	10401	10406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410501002
122	NC_018830	TGT	2	6	10436	10441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410501002
123	NC_018830	CCG	2	6	10531	10536	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501002
124	NC_018830	CGA	2	6	10583	10588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501002
125	NC_018830	CGG	2	6	10682	10687	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501003
126	NC_018830	ACG	2	6	10752	10757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501003
127	NC_018830	TCG	2	6	10866	10871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501003
128	NC_018830	ACC	2	6	10884	10889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410501003
129	NC_018830	GCT	2	6	10903	10908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410501003
130	NC_018830	CGC	2	6	10948	10953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501003
131	NC_018830	CAG	2	6	11041	11046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501004
132	NC_018830	GGC	2	6	11091	11096	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501004
133	NC_018830	AGC	2	6	11150	11155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501004
134	NC_018830	GCC	2	6	11182	11187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501004
135	NC_018830	CTT	2	6	11869	11874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410501005
136	NC_018830	GCC	3	9	11969	11977	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	410501005
137	NC_018830	CGG	2	6	11987	11992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410501005
138	NC_018830	GCA	2	6	12017	12022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410501005

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.