MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bordetella bronchiseptica MO149

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018829	CCGGCC	2	12	78550	78561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_018829	CCGCGT	2	12	99534	99545	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_018829	TGGGCC	2	12	177051	177062	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018829	CGGCCG	2	12	202726	202737	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_018829	TCCGCC	2	12	234657	234668	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_018829	ACGTAT	2	12	248503	248514	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_018829	TGAGTG	2	12	283849	283860	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018829	CCACGG	2	12	290985	290996	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_018829	TTGCGC	2	12	329512	329523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018829	CAGCGC	2	12	330968	330979	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_018829	CAGCGC	2	12	344153	344164	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_018829	TGCGCG	2	12	403816	403827	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018829	TCAGGT	2	12	419735	419746	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_018829	CAGGCC	2	12	420099	420110	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_018829	CGAGGG	2	12	489569	489580	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_018829	CTGTAC	2	12	497849	497860	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_018829	GCCGTT	2	12	507143	507154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_018829	CAGCGT	2	12	570703	570714	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_018829	GGCCGT	2	12	587477	587488	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_018829	AAGGGG	2	12	692054	692065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018829	CGGTGG	2	12	713138	713149	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_018829	CCGGCG	2	12	713348	713359	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_018829	CTGGTG	2	12	730854	730865	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018829	CGCGTG	2	12	731091	731102	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018829	TGCCGG	2	12	731347	731358	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018829	AAGTCG	2	12	732045	732056	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_018829	CGGTGC	2	12	732346	732357	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018829	CATGTC	2	12	738866	738877	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018829	GTTGGC	2	12	846063	846074	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_018829	GCCGGC	2	12	950783	950794	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_018829	TCGACA	2	12	961747	961758	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018829	AAAAAG	2	12	1048905	1048916	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018829	GATCGC	2	12	1187913	1187924	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018829	CGCGGG	2	12	1209983	1209994	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018829	TAGGAA	2	12	1239095	1239106	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018829	TCCTGG	2	12	1243929	1243940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018829	CCGCGC	2	12	1246047	1246058	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_018829	GGGCCG	2	12	1259986	1259997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018829	GGTGCT	2	12	1280260	1280271	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018829	GCCTGG	2	12	1280276	1280287	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018829	GATGGC	2	12	1284943	1284954	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_018829	GGCCGG	2	12	1291377	1291388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018829	GCCCGC	2	12	1303141	1303152	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_018829	GCGGTG	2	12	1363438	1363449	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_018829	GCGGAG	2	12	1393384	1393395	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_018829	GCGGAG	2	12	1408225	1408236	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018829	TGGCGG	2	12	1436735	1436746	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_018829	CGCCAG	2	12	1494027	1494038	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_018829	TGCGCG	2	12	1494550	1494561	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018829	TCCGTT	2	12	1496017	1496028	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_018829	CCCCTC	2	12	1503176	1503187	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
52	NC_018829	CATGCC	2	12	1510785	1510796	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_018829	CAGCCG	2	12	1527917	1527928	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_018829	GCACGG	2	12	1549934	1549945	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_018829	AGCGCG	2	12	1589163	1589174	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_018829	GCCAGC	2	12	1712718	1712729	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_018829	GGCGCG	3	18	1734811	1734828	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018829	CGCTGG	2	12	1806864	1806875	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018829	CGCCCG	2	12	1807218	1807229	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_018829	CGCGGC	2	12	1808102	1808113	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_018829	CCCGGC	2	12	1836194	1836205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_018829	GCCGCG	2	12	1876614	1876625	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_018829	GCGCCG	4	24	1905466	1905489	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_018829	AGCGCC	2	12	1911633	1911644	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_018829	CGGGCC	2	12	1997174	1997185	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_018829	GTCGGG	2	12	2007999	2008010	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_018829	CGATGG	2	12	2008544	2008555	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_018829	GGCGCG	2	12	2046984	2046995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018829	AACGGC	2	12	2147140	2147151	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018829	GCGCGG	2	12	2190195	2190206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018829	GCAGTC	2	12	2207009	2207020	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018829	GCCAGG	2	12	2253944	2253955	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018829	ATACCG	2	12	2295435	2295446	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018829	GCGCCG	2	12	2301879	2301890	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_018829	GGGCGC	2	12	2318094	2318105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018829	CGGGCG	2	12	2439166	2439177	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_018829	ACAGGC	2	12	2443452	2443463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018829	CCGGAG	2	12	2447962	2447973	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018829	CGTGCC	2	12	2520982	2520993	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_018829	CGCGGG	2	12	2595132	2595143	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018829	CGCGCC	2	12	2687834	2687845	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_018829	TTCGCC	2	12	2688254	2688265	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_018829	AACGTA	2	12	2713418	2713429	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_018829	CCTGTC	2	12	2742302	2742313	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_018829	CATCGA	2	12	2759511	2759522	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018829	CCCGCC	2	12	2802620	2802631	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
87	NC_018829	CCCGCC	2	12	2802706	2802717	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
88	NC_018829	CGCCCC	2	12	2872087	2872098	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
89	NC_018829	CCAGCA	2	12	2905130	2905141	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_018829	CCTCGG	2	12	2996553	2996564	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_018829	TCGAGG	2	12	3047794	3047805	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018829	GATTTC	2	12	3072626	3072637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_018829	GATCGG	2	12	3072975	3072986	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018829	CCCCGC	2	12	3084940	3084951	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
95	NC_018829	CGCCGG	2	12	3140902	3140913	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_018829	ATCGGG	2	12	3148192	3148203	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_018829	ACGGAT	2	12	3206586	3206597	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_018829	AATCAA	2	12	3208967	3208978	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_018829	TGGCGC	2	12	3227697	3227708	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018829	CTGCGA	2	12	3231717	3231728	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018829	CGGGGC	2	12	3249239	3249250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018829	GCGCCG	2	12	3287632	3287643	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_018829	CCGCGC	2	12	3295369	3295380	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_018829	GCCCGC	2	12	3304893	3304904	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_018829	GCCCGC	2	12	3312548	3312559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_018829	CGGGAG	2	12	3312573	3312584	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_018829	CGAAAT	2	12	3335124	3335135	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_018829	GCGGGC	2	12	3342957	3342968	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_018829	GCCCGG	2	12	3404945	3404956	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_018829	CGCCGG	2	12	3416809	3416820	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_018829	CCCAGT	2	12	3421332	3421343	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
112	NC_018829	GGCGCT	2	12	3455424	3455435	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_018829	GGCGCA	2	12	3494530	3494541	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018829	GCGCCT	2	12	3507168	3507179	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_018829	GATAAG	2	12	3508687	3508698	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018829	AAGCGG	2	12	3547918	3547929	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_018829	GCGCCG	2	12	3560841	3560852	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_018829	CGGAAT	2	12	3597275	3597286	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_018829	CTTATC	2	12	3600458	3600469	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018829	ACCGCC	2	12	3613860	3613871	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_018829	TTCAGG	2	12	3652016	3652027	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_018829	TAATGA	2	12	3718682	3718693	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018829	ATGCCG	2	12	3758397	3758408	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_018829	GCCATC	2	12	3789548	3789559	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_018829	CAGCCT	2	12	3828561	3828572	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_018829	GCCCGC	2	12	3838399	3838410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_018829	CTGCCG	2	12	3838428	3838439	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_018829	CGGCGC	2	12	3852925	3852936	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_018829	GCCCAC	2	12	3863508	3863519	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_018829	TGGCGG	2	12	3899070	3899081	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_018829	ATGCAT	2	12	3899537	3899548	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_018829	GCAATG	2	12	3904657	3904668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_018829	GCATAT	2	12	3930211	3930222	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_018829	TCTACC	2	12	3981428	3981439	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_018829	CGCGGC	2	12	4000616	4000627	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_018829	CGCCTG	2	12	4018629	4018640	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_018829	AAGAAC	2	12	4018799	4018810	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_018829	GGCGCG	2	12	4052783	4052794	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_018829	ATAAGG	2	12	4172676	4172687	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018829	AGCCGA	2	12	4240386	4240397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_018829	GGCGCT	2	12	4263482	4263493	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_018829	GCGGCC	2	12	4306965	4306976	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_018829	GGCCGC	2	12	4333595	4333606	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_018829	ACAGCG	2	12	4405932	4405943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_018829	GCCGGC	2	12	4415853	4415864	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
146	NC_018829	CCCGGA	2	12	4436803	4436814	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
147	NC_018829	CGCCGG	2	12	4486018	4486029	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_018829	GCCGCG	2	12	4503306	4503317	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_018829	GGCGCC	2	12	4510764	4510775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_018829	GGCAAC	2	12	4520825	4520836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_018829	GCAAAC	2	12	4575067	4575078	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_018829	ACGCCG	2	12	4604626	4604637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
153	NC_018829	GCGCCG	2	12	4678088	4678099	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_018829	CGGCGC	2	12	4690233	4690244	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_018829	CCGGCG	2	12	4707573	4707584	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
156	NC_018829	GCGCCC	2	12	4710468	4710479	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_018829	GGCGCG	2	12	4737126	4737137	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_018829	CGCTGA	2	12	4746585	4746596	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_018829	CGGCGC	2	12	4844882	4844893	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
160	NC_018829	CGTCCA	2	12	4873967	4873978	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
161	NC_018829	CATCGG	2	12	4878998	4879009	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_018829	GACCGC	2	12	4884708	4884719	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
163	NC_018829	GGCCCG	2	12	4915072	4915083	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
164	NC_018829	CCGTCC	2	12	4965578	4965589	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_018829	AATGAG	2	12	4983887	4983898	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_018829	TTTACG	2	12	5009412	5009423	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_018829	TTTACG	2	12	5009880	5009891	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_018829	CGTTTC	2	12	5074042	5074053	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.