MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 37

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	ATTGAA	2	12	8548	8559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018722	TTTCCG	2	12	34172	34183	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018722	CCTCCC	2	12	49439	49450	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
4	NC_018722	GCACGA	2	12	59449	59460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018722	CGCTTG	2	12	92933	92944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018722	TCTCAA	2	12	125132	125143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018722	GGCTGG	2	12	150592	150603	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_018722	TCGGGC	2	12	150607	150618	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018722	CTGCGG	4	24	151811	151834	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018722	CGGCTC	2	12	152316	152327	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_018722	TAAAAA	2	12	154223	154234	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018722	GTGCGA	2	12	234732	234743	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_018722	TCCTTC	2	12	236113	236124	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_018722	GTTTGT	2	12	259162	259173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018722	GTGCGA	2	12	283167	283178	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_018722	TCCTTC	2	12	284548	284559	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_018722	GCACCG	2	12	331667	331678	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_018722	CCGGAG	2	12	333041	333052	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_018722	CAGCTG	2	12	333265	333276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_018722	AATATA	2	12	355156	355167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018722	TTTCCG	2	12	372419	372430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018722	GCACCG	2	12	522108	522119	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_018722	CGTGCG	2	12	525756	525767	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018722	TAACCC	2	12	562663	562674	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_018722	ATACTG	2	12	562757	562768	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_018722	TTCTCC	2	12	699571	699582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_018722	CCTCCG	2	12	717140	717151	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_018722	ACGCGC	2	12	767069	767080	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_018722	ACGCAG	2	12	810976	810987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018722	ACACGC	2	12	819811	819822	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_018722	GCAGGG	2	12	828263	828274	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018722	CAGAGA	2	12	854008	854019	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_018722	GTGCAC	2	12	870289	870300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018722	AAAGAC	2	12	882848	882859	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018722	CCATCC	2	12	890797	890808	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_018722	GGCGCA	2	12	908093	908104	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018722	GAGCAG	2	12	995921	995932	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.