MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 854

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	408501913
2	NC_018722	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	408501914
3	NC_018722	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	408501917
4	NC_018722	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	408501918
5	NC_018722	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018722	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	408501919
7	NC_018722	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	408501919
8	NC_018722	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018722	CTGCG	2	10	15900	15909	0 %	20 %	40 %	40 %	408501922
10	NC_018722	GTTTT	2	10	18343	18352	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018722	TTGCG	2	10	19719	19728	0 %	40 %	40 %	20 %	408501924
12	NC_018722	GTTTT	2	10	20298	20307	0 %	80 %	20 %	0 %	408501924
13	NC_018722	TGCGA	2	10	22062	22071	20 %	20 %	40 %	20 %	408501925
14	NC_018722	TACCG	2	10	22202	22211	20 %	20 %	20 %	40 %	408501925
15	NC_018722	GCCAC	2	10	22297	22306	20 %	0 %	20 %	60 %	408501925
16	NC_018722	AAGGG	2	10	22899	22908	40 %	0 %	60 %	0 %	408501925
17	NC_018722	CGGTG	2	10	23466	23475	0 %	20 %	60 %	20 %	408501925
18	NC_018722	GTATC	2	10	26076	26085	20 %	40 %	20 %	20 %	408501927
19	NC_018722	GGTGG	2	10	26983	26992	0 %	20 %	80 %	0 %	408501927
20	NC_018722	TATTT	2	10	27709	27718	20 %	80 %	0 %	0 %	408501928
21	NC_018722	CTGCG	2	10	27775	27784	0 %	20 %	40 %	40 %	408501928
22	NC_018722	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	408501930
23	NC_018722	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	408501930
24	NC_018722	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	408501930
25	NC_018722	AAGAT	2	10	33653	33662	60 %	20 %	20 %	0 %	408501931
26	NC_018722	AAAGT	2	10	36213	36222	60 %	20 %	20 %	0 %	408501933
27	NC_018722	GTTGT	2	10	36313	36322	0 %	60 %	40 %	0 %	408501933
28	NC_018722	GATGT	2	10	37376	37385	20 %	40 %	40 %	0 %	408501934
29	NC_018722	TGCAT	2	10	38016	38025	20 %	40 %	20 %	20 %	408501934
30	NC_018722	GGTCA	2	10	39203	39212	20 %	20 %	40 %	20 %	408501935
31	NC_018722	CGGGT	2	10	39313	39322	0 %	20 %	60 %	20 %	408501935
32	NC_018722	TTTTC	2	10	40339	40348	0 %	80 %	0 %	20 %	408501937
33	NC_018722	TGCTG	2	10	43280	43289	0 %	40 %	40 %	20 %	408501940
34	NC_018722	ACGTA	2	10	43481	43490	40 %	20 %	20 %	20 %	408501940
35	NC_018722	CGTCG	2	10	44173	44182	0 %	20 %	40 %	40 %	408501941
36	NC_018722	ACATA	2	10	45644	45653	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_018722	TTTTG	2	10	46798	46807	0 %	80 %	20 %	0 %	408501944
38	NC_018722	TGTTT	2	10	47645	47654	0 %	80 %	20 %	0 %	408501945
39	NC_018722	AGTTG	2	10	49269	49278	20 %	40 %	40 %	0 %	408501945
40	NC_018722	GCGCA	2	10	49578	49587	20 %	0 %	40 %	40 %	408501946
41	NC_018722	GCGCA	2	10	50738	50747	20 %	0 %	40 %	40 %	408501947
42	NC_018722	TGCAG	2	10	52869	52878	20 %	20 %	40 %	20 %	408501948
43	NC_018722	CGCTG	2	10	53793	53802	0 %	20 %	40 %	40 %	408501948
44	NC_018722	GCTAC	2	10	54157	54166	20 %	20 %	20 %	40 %	408501948
45	NC_018722	TCGCT	2	10	54194	54203	0 %	40 %	20 %	40 %	408501948
46	NC_018722	ATGCT	2	10	55485	55494	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018722	CTGCA	2	10	56888	56897	20 %	20 %	20 %	40 %	408501951
48	NC_018722	ACCCA	2	10	58689	58698	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_018722	GCAGG	2	10	58862	58871	20 %	0 %	60 %	20 %	408501954
50	NC_018722	TCGTG	2	10	59513	59522	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_018722	CTGCA	2	10	59842	59851	20 %	20 %	20 %	40 %	408501955
52	NC_018722	TCAAA	2	10	60365	60374	60 %	20 %	0 %	20 %	408501955
53	NC_018722	CCGCG	2	10	61707	61716	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_018722	GCCAC	2	10	63809	63818	20 %	0 %	20 %	60 %	408501958
55	NC_018722	TGCCT	2	10	65582	65591	0 %	40 %	20 %	40 %	408501960
56	NC_018722	TGAAG	2	10	66059	66068	40 %	20 %	40 %	0 %	408501960
57	NC_018722	TGGGG	2	10	66661	66670	0 %	20 %	80 %	0 %	408501961
58	NC_018722	CGTTG	2	10	67716	67725	0 %	40 %	40 %	20 %	408501962
59	NC_018722	TGAGT	2	10	67737	67746	20 %	40 %	40 %	0 %	408501962
60	NC_018722	CACGG	2	10	68035	68044	20 %	0 %	40 %	40 %	408501962
61	NC_018722	CAGAG	2	10	68854	68863	40 %	0 %	40 %	20 %	408501962
62	NC_018722	CGCTT	2	10	69199	69208	0 %	40 %	20 %	40 %	408501964
63	NC_018722	AGCGT	2	10	71085	71094	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018722	AGTGT	2	10	72711	72720	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018722	GAAAA	2	10	76672	76681	80 %	0 %	20 %	0 %	408501974
66	NC_018722	AATAA	2	10	77726	77735	80 %	20 %	0 %	0 %	408501974
67	NC_018722	GCGCC	2	10	79361	79370	0 %	0 %	40 %	60 %	408501976
68	NC_018722	TGGTG	2	10	80875	80884	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018722	CGTGT	2	10	81017	81026	0 %	40 %	40 %	20 %	408501977
70	NC_018722	ATGCA	2	10	83682	83691	40 %	20 %	20 %	20 %	408501979
71	NC_018722	GCACC	2	10	86622	86631	20 %	0 %	20 %	60 %	408501981
72	NC_018722	CGCAC	2	10	87083	87092	20 %	0 %	20 %	60 %	408501981
73	NC_018722	GTACC	2	10	88959	88968	20 %	20 %	20 %	40 %	408501982
74	NC_018722	TTTGC	2	10	90661	90670	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018722	TGGTG	2	10	92031	92040	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018722	CGTGT	2	10	92287	92296	0 %	40 %	40 %	20 %	408501985
77	NC_018722	GGTAT	2	10	92301	92310	20 %	40 %	40 %	0 %	408501985
78	NC_018722	TCGCT	2	10	93137	93146	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_018722	GCACA	2	10	94776	94785	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_018722	CGTAT	2	10	96115	96124	20 %	40 %	20 %	20 %	408501989
81	NC_018722	CGTAC	2	10	96406	96415	20 %	20 %	20 %	40 %	408501990
82	NC_018722	CCCGT	2	10	96573	96582	0 %	20 %	20 %	60 %	408501990
83	NC_018722	AAGGA	2	10	98358	98367	60 %	0 %	40 %	0 %	408501992
84	NC_018722	ACTGC	2	10	100333	100342	20 %	20 %	20 %	40 %	408501994
85	NC_018722	TCCTC	2	10	102366	102375	0 %	40 %	0 %	60 %	408501996
86	NC_018722	CTGCT	2	10	103462	103471	0 %	40 %	20 %	40 %	408501997
87	NC_018722	CTACT	2	10	103525	103534	20 %	40 %	0 %	40 %	408501997
88	NC_018722	GCGGT	2	10	104033	104042	0 %	20 %	60 %	20 %	408501998
89	NC_018722	GTGCT	2	10	105715	105724	0 %	40 %	40 %	20 %	408501998
90	NC_018722	GCGTC	2	10	107123	107132	0 %	20 %	40 %	40 %	408502001
91	NC_018722	ACCTG	2	10	107738	107747	20 %	20 %	20 %	40 %	408502002
92	NC_018722	GAACG	2	10	108054	108063	40 %	0 %	40 %	20 %	408502002
93	NC_018722	GTTCC	2	10	108383	108392	0 %	40 %	20 %	40 %	408502003
94	NC_018722	CCTCG	2	10	110529	110538	0 %	20 %	20 %	60 %	408502005
95	NC_018722	CTGCG	2	10	112603	112612	0 %	20 %	40 %	40 %	408502006
96	NC_018722	TTCGT	2	10	112685	112694	0 %	60 %	20 %	20 %	408502006
97	NC_018722	GGACG	2	10	113202	113211	20 %	0 %	60 %	20 %	408502006
98	NC_018722	GATGT	2	10	113383	113392	20 %	40 %	40 %	0 %	408502006
99	NC_018722	GATTT	2	10	114214	114223	20 %	60 %	20 %	0 %	408502007
100	NC_018722	TCAGA	2	10	117441	117450	40 %	20 %	20 %	20 %	408502008
101	NC_018722	GCAGA	2	10	118441	118450	40 %	0 %	40 %	20 %	408502008
102	NC_018722	ACAGA	2	10	119796	119805	60 %	0 %	20 %	20 %	408502009
103	NC_018722	GGGAG	2	10	120002	120011	20 %	0 %	80 %	0 %	408502009
104	NC_018722	GTGCG	2	10	120133	120142	0 %	20 %	60 %	20 %	408502009
105	NC_018722	AGGAA	2	10	120290	120299	60 %	0 %	40 %	0 %	408502009
106	NC_018722	TACTG	2	10	120827	120836	20 %	40 %	20 %	20 %	408502010
107	NC_018722	CGTCA	2	10	121740	121749	20 %	20 %	20 %	40 %	408502010
108	NC_018722	TCTTT	2	10	122595	122604	0 %	80 %	0 %	20 %	408502011
109	NC_018722	CGCAG	2	10	124399	124408	20 %	0 %	40 %	40 %	408502012
110	NC_018722	AGCAC	2	10	124435	124444	40 %	0 %	20 %	40 %	408502012
111	NC_018722	CATTG	2	10	126729	126738	20 %	40 %	20 %	20 %	408502013
112	NC_018722	CCGTG	2	10	127090	127099	0 %	20 %	40 %	40 %	408502014
113	NC_018722	AACCA	2	10	128814	128823	60 %	0 %	0 %	40 %	408502015
114	NC_018722	AAAAG	2	10	129465	129474	80 %	0 %	20 %	0 %	408502015
115	NC_018722	TTATC	2	10	130080	130089	20 %	60 %	0 %	20 %	408502016
116	NC_018722	CGCGC	2	10	132215	132224	0 %	0 %	40 %	60 %	408502018
117	NC_018722	TATCG	2	10	133502	133511	20 %	40 %	20 %	20 %	408502019
118	NC_018722	GCGAT	2	10	134538	134547	20 %	20 %	40 %	20 %	408502019
119	NC_018722	TGTTT	2	10	135960	135969	0 %	80 %	20 %	0 %	408502020
120	NC_018722	GTCTT	2	10	137147	137156	0 %	60 %	20 %	20 %	408502021
121	NC_018722	GGTGC	2	10	139684	139693	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018722	ACCAA	2	10	142271	142280	60 %	0 %	0 %	40 %	408502025
123	NC_018722	AGCCA	2	10	142743	142752	40 %	0 %	20 %	40 %	408502025
124	NC_018722	GCAGC	2	10	145457	145466	20 %	0 %	40 %	40 %	408502026
125	NC_018722	TCCGT	2	10	146700	146709	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_018722	GGATC	2	10	147518	147527	20 %	20 %	40 %	20 %	408502028
127	NC_018722	CTTGC	2	10	148905	148914	0 %	40 %	20 %	40 %	408502030
128	NC_018722	GTTTG	2	10	150976	150985	0 %	60 %	40 %	0 %	408502033
129	NC_018722	TGCGC	2	10	153138	153147	0 %	20 %	40 %	40 %	408502036
130	NC_018722	TGTTT	2	10	153412	153421	0 %	80 %	20 %	0 %	408502036
131	NC_018722	GGTCT	2	10	154487	154496	0 %	40 %	40 %	20 %	408502037
132	NC_018722	GGTCT	2	10	155716	155725	0 %	40 %	40 %	20 %	408502038
133	NC_018722	CGGGG	2	10	157090	157099	0 %	0 %	80 %	20 %	408502039
134	NC_018722	AACGG	2	10	159353	159362	40 %	0 %	40 %	20 %	408502040
135	NC_018722	GCAAG	2	10	159631	159640	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_018722	TGCCT	2	10	164157	164166	0 %	40 %	20 %	40 %	408502045
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138	NC_018722	GCAGC	2	10	166949	166958	20 %	0 %	40 %	40 %	408502047
139	NC_018722	TGAAG	2	10	168445	168454	40 %	20 %	40 %	0 %	408502048
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189	NC_018722	GCATG	2	10	232865	232874	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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197	NC_018722	AGAAA	2	10	236733	236742	80 %	0 %	20 %	0 %	408502121
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264	NC_018722	GTGTG	2	10	328475	328484	0 %	40 %	60 %	0 %	408502197
265	NC_018722	ACACT	2	10	329563	329572	40 %	20 %	0 %	40 %	408502198
266	NC_018722	AAACG	2	10	331602	331611	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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268	NC_018722	AGTGT	2	10	335476	335485	20 %	40 %	40 %	0 %	408502200
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301	NC_018722	GGTTT	2	10	379029	379038	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018722	CGCTG	2	10	383205	383214	0 %	20 %	40 %	40 %	408502239
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395	NC_018722	TGCTG	2	10	500007	500016	0 %	40 %	40 %	20 %	408502344
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398	NC_018722	TGCGC	2	10	501031	501040	0 %	20 %	40 %	40 %	408502345
399	NC_018722	TGCAG	2	10	501957	501966	20 %	20 %	40 %	20 %	408502346
400	NC_018722	TGCAG	2	10	502511	502520	20 %	20 %	40 %	20 %	408502346
401	NC_018722	GTATG	2	10	502771	502780	20 %	40 %	40 %	0 %	408502346
402	NC_018722	AAGAA	2	10	503261	503270	80 %	0 %	20 %	0 %	408502346
403	NC_018722	AGGGA	2	10	503288	503297	40 %	0 %	60 %	0 %	408502346
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407	NC_018722	ACACA	2	10	507722	507731	60 %	0 %	0 %	40 %	408502350
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421	NC_018722	GAAGA	2	10	521606	521615	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
422	NC_018722	GTCTG	2	10	523323	523332	0 %	40 %	40 %	20 %	408502361
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432	NC_018722	AAGGA	2	10	539422	539431	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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438	NC_018722	GTCTT	2	10	546024	546033	0 %	60 %	20 %	20 %	408502379
439	NC_018722	TGGTG	2	10	546245	546254	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
440	NC_018722	ACTTT	2	10	546277	546286	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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458	NC_018722	CGAGC	2	10	578674	578683	20 %	0 %	40 %	40 %	408502402
459	NC_018722	TCCAC	2	10	579341	579350	20 %	20 %	0 %	60 %	408502403
460	NC_018722	CCCAA	2	10	581870	581879	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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463	NC_018722	ACCGC	2	10	586854	586863	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
464	NC_018722	CGGTA	2	10	588232	588241	20 %	20 %	40 %	20 %	408502413
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483	NC_018722	GTGCT	2	10	610443	610452	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
484	NC_018722	ACTGC	2	10	612013	612022	20 %	20 %	20 %	40 %	408502431
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497	NC_018722	GAATG	2	10	637619	637628	40 %	20 %	40 %	0 %	408502452
498	NC_018722	CCACC	2	10	637813	637822	20 %	0 %	0 %	80 %	408502452
499	NC_018722	ATTGG	2	10	639619	639628	20 %	40 %	40 %	0 %	408502453
500	NC_018722	CAATC	2	10	639914	639923	40 %	20 %	0 %	40 %	408502453

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