MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018722	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018722	GTTTT	2	10	18343	18352	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018722	ACATA	2	10	45644	45653	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018722	ATGCT	2	10	55485	55494	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018722	ACCCA	2	10	58689	58698	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_018722	TCGTG	2	10	59513	59522	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018722	CCGCG	2	10	61707	61716	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_018722	AGCGT	2	10	71085	71094	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018722	AGTGT	2	10	72711	72720	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018722	TGGTG	2	10	80875	80884	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018722	TTTGC	2	10	90661	90670	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018722	TGGTG	2	10	92031	92040	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018722	TCGCT	2	10	93137	93146	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_018722	GCACA	2	10	94776	94785	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_018722	GGTGC	2	10	139684	139693	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018722	TCCGT	2	10	146700	146709	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_018722	GCAAG	2	10	159631	159640	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018722	TTTTC	2	10	185715	185724	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018722	AGAGG	2	10	190191	190200	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018722	GCATG	2	10	232865	232874	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018722	CCCTT	2	10	232941	232950	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_018722	TTTGT	2	10	233062	233071	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018722	GGGTG	2	10	233116	233125	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018722	TGAAC	2	10	233342	233351	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018722	AGGTT	2	10	234801	234810	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018722	AGAGG	2	10	235050	235059	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018722	TTGAA	2	10	235079	235088	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018722	GAGGG	2	10	242303	242312	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018722	TCGGT	2	10	246764	246773	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018722	GCGCG	2	10	268365	268374	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_018722	CGTGA	2	10	273468	273477	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018722	GCATG	2	10	281310	281319	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018722	CCCTT	2	10	281386	281395	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_018722	TTTGT	2	10	281497	281506	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018722	GGGTG	2	10	281551	281560	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018722	TGAAC	2	10	281777	281786	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018722	AGGTT	2	10	283236	283245	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018722	AGAGG	2	10	283485	283494	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018722	TTGAA	2	10	283514	283523	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018722	TTTCC	2	10	295307	295316	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_018722	GTGCG	2	10	299038	299047	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018722	AAACG	2	10	331602	331611	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018722	TGTTT	2	10	332785	332794	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018722	GAAAT	2	10	373197	373206	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018722	GGTTT	2	10	379029	379038	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018722	GTGTC	2	10	383850	383859	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018722	TTGGT	2	10	390716	390725	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018722	GTTCG	2	10	390734	390743	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_018722	TGCGC	2	10	402562	402571	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_018722	CTGTG	2	10	423931	423940	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018722	GAGGG	2	10	424430	424439	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018722	AGGAA	2	10	439676	439685	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018722	GGAAG	2	10	463727	463736	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018722	CGGAG	2	10	484708	484717	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018722	TTTCT	2	10	484836	484845	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018722	GCGGG	2	10	493974	493983	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018722	GAAGA	2	10	521606	521615	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018722	ACGGC	2	10	532715	532724	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_018722	AAGGA	2	10	539422	539431	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018722	TGGTG	2	10	546245	546254	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018722	ACTTT	2	10	546277	546286	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018722	CCCAA	2	10	581870	581879	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_018722	ACCGC	2	10	586854	586863	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_018722	GTGCT	2	10	610443	610452	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018722	CGCAC	2	10	644316	644325	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_018722	GTCTT	2	10	698635	698644	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018722	ACAGC	2	10	736133	736142	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_018722	GGCAC	2	10	750010	750019	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_018722	ACCCC	2	10	767091	767100	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_018722	TCACC	2	10	767721	767730	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_018722	CGCGC	2	10	769163	769172	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_018722	ACTGT	2	10	865153	865162	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018722	ATCGC	2	10	881571	881580	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_018722	GAGGG	2	10	885632	885641	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018722	CCTCA	2	10	901230	901239	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_018722	TCCTT	2	10	917695	917704	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_018722	ATGTC	2	10	922314	922323	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018722	TCCCT	2	10	946829	946838	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_018722	CTTGC	2	10	976383	976392	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_018722	AACAA	2	10	1001173	1001182	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018722	AGCGC	2	10	1006780	1006789	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_018722	GCACT	2	10	1056081	1056090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_018722	CGGTA	2	10	1073740	1073749	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_018722	GAGAC	2	10	1080407	1080416	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_018722	CATGC	2	10	1084569	1084578	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_018722	CCCCT	2	10	1103760	1103769	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
88	NC_018722	GCCCG	2	10	1117022	1117031	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
89	NC_018722	CCGCA	2	10	1125091	1125100	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_018722	TGCGC	2	10	1125901	1125910	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018722	GGGGC	2	10	1126005	1126014	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.