MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 3028

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	408501913
2	NC_018722	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	408501913
3	NC_018722	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	408501913
4	NC_018722	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	408501913
5	NC_018722	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	408501913
6	NC_018722	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018722	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_018722	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	408501914
9	NC_018722	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	408501914
10	NC_018722	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	408501915
11	NC_018722	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	408501916
12	NC_018722	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	408501916
13	NC_018722	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_018722	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	408501917
15	NC_018722	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	408501917
16	NC_018722	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	408501917
17	NC_018722	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	408501917
18	NC_018722	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	408501917
19	NC_018722	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	408501917
20	NC_018722	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	408501917
21	NC_018722	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	408501917
22	NC_018722	GCGT	2	8	6765	6772	0 %	25 %	50 %	25 %	408501917
23	NC_018722	AGTT	2	8	7082	7089	25 %	50 %	25 %	0 %	408501918
24	NC_018722	TTAC	2	8	7267	7274	25 %	50 %	0 %	25 %	408501918
25	NC_018722	TTGC	2	8	7317	7324	0 %	50 %	25 %	25 %	408501918
26	NC_018722	GTCA	2	8	7488	7495	25 %	25 %	25 %	25 %	408501918
27	NC_018722	GGTT	2	8	8562	8569	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018722	CCGT	2	8	9126	9133	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_018722	GGTA	2	8	9207	9214	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018722	GCAT	2	8	10132	10139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_018722	ATGT	2	8	10211	10218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018722	GTGG	2	8	10238	10245	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018722	GCTT	2	8	10621	10628	0 %	50 %	25 %	25 %	408501919
34	NC_018722	TGGA	2	8	11618	11625	25 %	25 %	50 %	0 %	408501919
35	NC_018722	AAGT	2	8	11842	11849	50 %	25 %	25 %	0 %	408501919
36	NC_018722	GAGC	2	8	12343	12350	25 %	0 %	50 %	25 %	408501919
37	NC_018722	GCGT	2	8	13219	13226	0 %	25 %	50 %	25 %	408501920
38	NC_018722	GTTT	2	8	13596	13603	0 %	75 %	25 %	0 %	408501920
39	NC_018722	GAAG	2	8	13654	13661	50 %	0 %	50 %	0 %	408501920
40	NC_018722	ACAT	2	8	13689	13696	50 %	25 %	0 %	25 %	408501920
41	NC_018722	AGGG	2	8	14107	14114	25 %	0 %	75 %	0 %	408501921
42	NC_018722	TTTC	2	8	14322	14329	0 %	75 %	0 %	25 %	408501921
43	NC_018722	AGAT	2	8	14980	14987	50 %	25 %	25 %	0 %	408501921
44	NC_018722	GCTC	2	8	15782	15789	0 %	25 %	25 %	50 %	408501921
45	NC_018722	GCTG	2	8	16212	16219	0 %	25 %	50 %	25 %	408501922
46	NC_018722	GTAC	2	8	16310	16317	25 %	25 %	25 %	25 %	408501922
47	NC_018722	TGCG	2	8	16694	16701	0 %	25 %	50 %	25 %	408501922
48	NC_018722	TTGG	2	8	17146	17153	0 %	50 %	50 %	0 %	408501922
49	NC_018722	GCAG	2	8	17501	17508	25 %	0 %	50 %	25 %	408501922
50	NC_018722	AAGG	2	8	17680	17687	50 %	0 %	50 %	0 %	408501922
51	NC_018722	GTGC	2	8	18154	18161	0 %	25 %	50 %	25 %	408501922
52	NC_018722	TTTA	2	8	18325	18332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018722	CGAT	2	8	18415	18422	25 %	25 %	25 %	25 %	408501923
54	NC_018722	CGTT	2	8	18638	18645	0 %	50 %	25 %	25 %	408501923
55	NC_018722	TATG	2	8	18684	18691	25 %	50 %	25 %	0 %	408501923
56	NC_018722	GTTA	2	8	19789	19796	25 %	50 %	25 %	0 %	408501924
57	NC_018722	GAAA	2	8	20641	20648	75 %	0 %	25 %	0 %	408501924
58	NC_018722	TGCG	2	8	20853	20860	0 %	25 %	50 %	25 %	408501924
59	NC_018722	GCTT	2	8	21173	21180	0 %	50 %	25 %	25 %	408501924
60	NC_018722	ACAA	2	8	22719	22726	75 %	0 %	0 %	25 %	408501925
61	NC_018722	GCAC	2	8	22858	22865	25 %	0 %	25 %	50 %	408501925
62	NC_018722	ATGT	2	8	23079	23086	25 %	50 %	25 %	0 %	408501925
63	NC_018722	CTTC	2	8	24290	24297	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_018722	AAAG	2	8	25260	25267	75 %	0 %	25 %	0 %	408501926
65	NC_018722	TTAT	2	8	25313	25320	25 %	75 %	0 %	0 %	408501926
66	NC_018722	GATT	2	8	25859	25866	25 %	50 %	25 %	0 %	408501927
67	NC_018722	AGCG	2	8	25997	26004	25 %	0 %	50 %	25 %	408501927
68	NC_018722	CCTT	2	8	26833	26840	0 %	50 %	0 %	50 %	408501927
69	NC_018722	GCAC	2	8	26939	26946	25 %	0 %	25 %	50 %	408501927
70	NC_018722	AGCG	2	8	27252	27259	25 %	0 %	50 %	25 %	408501927
71	NC_018722	CAGT	2	8	27343	27350	25 %	25 %	25 %	25 %	408501927
72	NC_018722	TGCG	2	8	27791	27798	0 %	25 %	50 %	25 %	408501928
73	NC_018722	CATC	2	8	27820	27827	25 %	25 %	0 %	50 %	408501928
74	NC_018722	AGTG	2	8	28053	28060	25 %	25 %	50 %	0 %	408501928
75	NC_018722	TTTG	2	8	28437	28444	0 %	75 %	25 %	0 %	408501928
76	NC_018722	AAAG	2	8	30937	30944	75 %	0 %	25 %	0 %	408501930
77	NC_018722	GCGG	2	8	31113	31120	0 %	0 %	75 %	25 %	408501930
78	NC_018722	TCGT	2	8	31279	31286	0 %	50 %	25 %	25 %	408501930
79	NC_018722	TGTC	2	8	31419	31426	0 %	50 %	25 %	25 %	408501930
80	NC_018722	ATCC	2	8	32109	32116	25 %	25 %	0 %	50 %	408501930
81	NC_018722	CTCG	2	8	32118	32125	0 %	25 %	25 %	50 %	408501930
82	NC_018722	GTAC	2	8	32142	32149	25 %	25 %	25 %	25 %	408501930
83	NC_018722	TTCA	2	8	32454	32461	25 %	50 %	0 %	25 %	408501930
84	NC_018722	GTTG	2	8	32483	32490	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
85	NC_018722	CAAA	2	8	32792	32799	75 %	0 %	0 %	25 %	408501930
86	NC_018722	TGCG	2	8	33239	33246	0 %	25 %	50 %	25 %	408501931
87	NC_018722	CCGC	2	8	33642	33649	0 %	0 %	25 %	75 %	408501931
88	NC_018722	GCCG	2	8	34517	34524	0 %	0 %	50 %	50 %	408501932
89	NC_018722	ATTG	2	8	34803	34810	25 %	50 %	25 %	0 %	408501932
90	NC_018722	GACG	2	8	34954	34961	25 %	0 %	50 %	25 %	408501932
91	NC_018722	CGTG	2	8	35748	35755	0 %	25 %	50 %	25 %	408501933
92	NC_018722	GGGT	2	8	36291	36298	0 %	25 %	75 %	0 %	408501933
93	NC_018722	GACA	2	8	36433	36440	50 %	0 %	25 %	25 %	408501933
94	NC_018722	TAAG	2	8	36816	36823	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018722	GTGC	2	8	37192	37199	0 %	25 %	50 %	25 %	408501934
96	NC_018722	GCGA	2	8	37474	37481	25 %	0 %	50 %	25 %	408501934
97	NC_018722	ACGT	2	8	37682	37689	25 %	25 %	25 %	25 %	408501934
98	NC_018722	GAGC	2	8	37737	37744	25 %	0 %	50 %	25 %	408501934
99	NC_018722	TGCG	2	8	38051	38058	0 %	25 %	50 %	25 %	408501934
100	NC_018722	CTTG	2	8	38425	38432	0 %	50 %	25 %	25 %	408501935
101	NC_018722	ACGA	2	8	38552	38559	50 %	0 %	25 %	25 %	408501935
102	NC_018722	GACT	2	8	39609	39616	25 %	25 %	25 %	25 %	408501935
103	NC_018722	GGTT	2	8	39628	39635	0 %	50 %	50 %	0 %	408501935
104	NC_018722	GTAT	2	8	39939	39946	25 %	50 %	25 %	0 %	408501935
105	NC_018722	TTTC	2	8	40099	40106	0 %	75 %	0 %	25 %	408501936
106	NC_018722	TCGG	2	8	40172	40179	0 %	25 %	50 %	25 %	408501936
107	NC_018722	TCCA	2	8	40476	40483	25 %	25 %	0 %	50 %	408501937
108	NC_018722	GAAA	2	8	41029	41036	75 %	0 %	25 %	0 %	408501937
109	NC_018722	AGAA	2	8	41220	41227	75 %	0 %	25 %	0 %	408501938
110	NC_018722	GAAA	2	8	41628	41635	75 %	0 %	25 %	0 %	408501938
111	NC_018722	CATC	2	8	43825	43832	25 %	25 %	0 %	50 %	408501941
112	NC_018722	GCTC	2	8	44241	44248	0 %	25 %	25 %	50 %	408501941
113	NC_018722	GGGT	2	8	44283	44290	0 %	25 %	75 %	0 %	408501941
114	NC_018722	ACCC	2	8	44492	44499	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_018722	GCAC	2	8	45362	45369	25 %	0 %	25 %	50 %	408501942
116	NC_018722	AGGA	2	8	45744	45751	50 %	0 %	50 %	0 %	408501943
117	NC_018722	TTAC	2	8	47161	47168	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_018722	TCCC	2	8	47205	47212	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
119	NC_018722	TGGG	2	8	47829	47836	0 %	25 %	75 %	0 %	408501945
120	NC_018722	GTCG	2	8	48722	48729	0 %	25 %	50 %	25 %	408501945
121	NC_018722	GGAC	2	8	48772	48779	25 %	0 %	50 %	25 %	408501945
122	NC_018722	CGCC	2	8	49296	49303	0 %	0 %	25 %	75 %	408501945
123	NC_018722	AGCG	2	8	49427	49434	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_018722	CGGG	2	8	49495	49502	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
125	NC_018722	GAGG	2	8	49932	49939	25 %	0 %	75 %	0 %	408501946
126	NC_018722	GCAG	2	8	50848	50855	25 %	0 %	50 %	25 %	408501947
127	NC_018722	TTCT	2	8	51462	51469	0 %	75 %	0 %	25 %	408501947
128	NC_018722	GGGC	2	8	52166	52173	0 %	0 %	75 %	25 %	408501947
129	NC_018722	ATGC	2	8	52823	52830	25 %	25 %	25 %	25 %	408501948
130	NC_018722	AATC	2	8	53325	53332	50 %	25 %	0 %	25 %	408501948
131	NC_018722	ATTA	2	8	53353	53360	50 %	50 %	0 %	0 %	408501948
132	NC_018722	CAAA	2	8	53695	53702	75 %	0 %	0 %	25 %	408501948
133	NC_018722	GGAA	2	8	54318	54325	50 %	0 %	50 %	0 %	408501948
134	NC_018722	CAGG	2	8	54522	54529	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018722	GTAC	2	8	54535	54542	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_018722	CATC	2	8	54679	54686	25 %	25 %	0 %	50 %	408501949
137	NC_018722	TTTC	2	8	54768	54775	0 %	75 %	0 %	25 %	408501949
138	NC_018722	CTTT	2	8	54898	54905	0 %	75 %	0 %	25 %	408501949
139	NC_018722	TCGT	2	8	55364	55371	0 %	50 %	25 %	25 %	408501949
140	NC_018722	CTAA	2	8	56044	56051	50 %	25 %	0 %	25 %	408501950
141	NC_018722	TATG	2	8	56201	56208	25 %	50 %	25 %	0 %	408501950
142	NC_018722	TCCT	2	8	56418	56425	0 %	50 %	0 %	50 %	408501950
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