MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018722	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_018722	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
4	NC_018722	GGTT	2	8	8562	8569	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018722	CCGT	2	8	9126	9133	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_018722	GGTA	2	8	9207	9214	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018722	GCAT	2	8	10132	10139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_018722	ATGT	2	8	10211	10218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018722	GTGG	2	8	10238	10245	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018722	TTTA	2	8	18325	18332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018722	CTTC	2	8	24290	24297	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_018722	TAAG	2	8	36816	36823	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018722	ACCC	2	8	44492	44499	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
14	NC_018722	TTAC	2	8	47161	47168	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_018722	TCCC	2	8	47205	47212	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_018722	AGCG	2	8	49427	49434	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_018722	CGGG	2	8	49495	49502	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_018722	CAGG	2	8	54522	54529	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_018722	GTAC	2	8	54535	54542	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_018722	ACGA	2	8	58549	58556	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_018722	GAGC	2	8	58768	58775	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_018722	TGTC	2	8	62882	62889	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_018722	ATGC	2	8	70146	70153	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_018722	GCTT	2	8	71718	71725	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_018722	TCCA	2	8	73448	73455	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_018722	TGAG	2	8	73815	73822	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018722	GCGT	2	8	80863	80870	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_018722	TTGC	2	8	90731	90738	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_018722	TACA	2	8	90939	90946	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_018722	CGGG	2	8	91090	91097	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
31	NC_018722	TTCG	2	8	91710	91717	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_018722	GCGA	2	8	91775	91782	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_018722	GGAC	2	8	92752	92759	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_018722	GTTT	2	8	92856	92863	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018722	ACGT	2	8	93074	93081	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_018722	GTTT	2	8	93167	93174	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018722	CGTC	2	8	94440	94447	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_018722	CTCC	2	8	94691	94698	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
39	NC_018722	TCCT	2	8	98685	98692	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_018722	GAGG	2	8	99891	99898	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018722	TTGA	2	8	102852	102859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018722	CACC	2	8	106319	106326	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
43	NC_018722	TGCT	2	8	106697	106704	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_018722	AGTG	2	8	108318	108325	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018722	GGGT	2	8	109750	109757	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018722	CGCC	2	8	122193	122200	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
47	NC_018722	ACTG	2	8	124709	124716	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_018722	TGAG	2	8	124852	124859	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018722	CCTC	2	8	124906	124913	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
50	NC_018722	TGAG	2	8	129785	129792	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018722	GCAT	2	8	139712	139719	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_018722	TAAA	2	8	142971	142978	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018722	TCTT	2	8	149204	149211	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_018722	GTAC	2	8	150643	150650	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018722	TCTT	2	8	151601	151608	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_018722	TCTT	2	8	159483	159490	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_018722	GGTG	2	8	159714	159721	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018722	TCTG	2	8	162959	162966	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_018722	AGGG	2	8	162970	162977	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018722	CGAG	2	8	162982	162989	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_018722	GTGG	2	8	169448	169455	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018722	TCCC	2	8	169802	169809	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
63	NC_018722	CGTA	2	8	169856	169863	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018722	ATGT	2	8	169913	169920	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018722	TGCA	2	8	176540	176547	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_018722	GTAT	2	8	190988	190995	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018722	GTAC	2	8	195807	195814	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_018722	GAAG	2	8	195977	195984	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018722	CGTG	2	8	195993	196000	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_018722	AAAT	2	8	196038	196045	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018722	AGAA	2	8	196140	196147	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018722	CCGT	2	8	196284	196291	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_018722	GGGA	2	8	202251	202258	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018722	GTGC	2	8	202997	203004	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_018722	GGTG	2	8	205802	205809	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018722	AGGT	2	8	206180	206187	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018722	CAGG	2	8	219826	219833	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_018722	GCAG	2	8	219901	219908	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_018722	GGGA	2	8	221864	221871	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018722	CGTG	2	8	223260	223267	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_018722	TTTC	2	8	223271	223278	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_018722	AGTG	2	8	230324	230331	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018722	GGGA	2	8	231235	231242	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018722	GAAC	2	8	231324	231331	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018722	GGGA	2	8	231762	231769	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018722	AGGG	2	8	232756	232763	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018722	TGAA	2	8	233310	233317	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018722	AGGG	2	8	233319	233326	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018722	GCGA	2	8	233401	233408	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_018722	GGTG	2	8	233469	233476	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018722	AAAC	2	8	233997	234004	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_018722	TGCG	2	8	234155	234162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_018722	TTCC	2	8	234497	234504	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_018722	AGGT	2	8	234838	234845	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018722	GTAG	2	8	236247	236254	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018722	TGCA	2	8	236999	237006	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_018722	CTGT	2	8	242334	242341	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_018722	CTTT	2	8	242973	242980	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_018722	GGCC	2	8	243058	243065	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_018722	CTGT	2	8	243087	243094	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_018722	TCCT	2	8	243483	243490	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_018722	TGCC	2	8	244307	244314	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_018722	TTTC	2	8	266650	266657	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_018722	GTTC	2	8	270526	270533	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_018722	GCTC	2	8	272004	272011	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_018722	GTGA	2	8	275927	275934	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018722	CAGG	2	8	276389	276396	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_018722	GCAG	2	8	276481	276488	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_018722	GGGT	2	8	276843	276850	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018722	GAGG	2	8	277699	277706	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018722	GGGA	2	8	279680	279687	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018722	GAAC	2	8	279769	279776	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_018722	GGGA	2	8	280207	280214	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018722	AGGG	2	8	281201	281208	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018722	AAGG	2	8	281441	281448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018722	TGAA	2	8	281745	281752	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018722	AGGG	2	8	281754	281761	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018722	GCGA	2	8	281836	281843	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_018722	GGTG	2	8	281904	281911	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018722	AAAC	2	8	282432	282439	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_018722	TGCG	2	8	282590	282597	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_018722	TTCC	2	8	282932	282939	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_018722	AGGT	2	8	283273	283280	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018722	GTAG	2	8	284682	284689	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018722	TAAA	3	12	290483	290494	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018722	GCAC	2	8	293680	293687	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_018722	GACC	2	8	293716	293723	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_018722	AGGT	2	8	298156	298163	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018722	GGGA	2	8	324040	324047	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018722	AGAA	2	8	328053	328060	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018722	AGCA	2	8	332427	332434	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_018722	TCGT	2	8	332795	332802	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_018722	AGGA	2	8	332966	332973	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018722	GGAA	2	8	333189	333196	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018722	GAGT	2	8	333456	333463	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018722	CCTG	2	8	333522	333529	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_018722	CACT	2	8	333532	333539	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_018722	CCCG	2	8	337269	337276	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
139	NC_018722	GAGG	2	8	337313	337320	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018722	TGCG	2	8	356676	356683	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_018722	ATGG	2	8	366214	366221	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018722	AGGA	2	8	371195	371202	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018722	AGGG	2	8	372311	372318	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018722	CGAG	2	8	372343	372350	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_018722	CTTG	2	8	373546	373553	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_018722	GGAT	2	8	373554	373561	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018722	CTGC	2	8	373709	373716	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_018722	GTCT	2	8	378096	378103	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_018722	ATAG	2	8	380203	380210	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018722	CCCA	2	8	383731	383738	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
151	NC_018722	GCGA	2	8	383914	383921	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_018722	TGCG	2	8	390594	390601	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_018722	GTCT	2	8	401849	401856	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_018722	CTTG	2	8	402274	402281	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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182	NC_018722	GTTT	2	8	546292	546299	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_018722	CTAC	2	8	1020851	1020858	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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282	NC_018722	TACC	2	8	1072564	1072571	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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292	NC_018722	CGGG	2	8	1126070	1126077	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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294	NC_018722	CTCG	2	8	1135885	1135892	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
295	NC_018722	CAAC	2	8	1136726	1136733	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
296	NC_018722	CCTC	2	8	1136735	1136742	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
297	NC_018722	GTAC	2	8	1136816	1136823	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
298	NC_018722	TTCT	2	8	1137372	1137379	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
299	NC_018722	GAAA	2	8	1137420	1137427	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
300	NC_018722	ATTT	2	8	1137492	1137499	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.