MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrososphaera gargensis Ga9.2 chromosome

Total Repeats: 194

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018719	AAAAGA	2	12	35	46	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018719	TATTTT	2	12	9310	9321	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018719	CTCTTT	2	12	22629	22640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018719	GAAAAA	2	12	36739	36750	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018719	CAATAG	2	12	52078	52089	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018719	AGTAAC	2	12	52274	52285	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_018719	ATCATG	2	12	67321	67332	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_018719	TGGCAA	2	12	84588	84599	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_018719	GGTTAC	2	12	84752	84763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_018719	TGTGCG	2	12	163106	163117	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018719	CTTTTT	2	12	173063	173074	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_018719	TATATT	2	12	186203	186214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018719	AAGAAA	2	12	197182	197193	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018719	CAAGCA	2	12	244559	244570	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018719	AGCGCC	2	12	250590	250601	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_018719	CGGTAA	2	12	251034	251045	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018719	AGCGCC	2	12	268319	268330	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_018719	CGGTAA	2	12	268763	268774	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_018719	TCCTCT	2	12	288123	288134	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_018719	AGTCAT	2	12	306335	306346	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_018719	AGACAG	2	12	312668	312679	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_018719	TTTCTT	2	12	336206	336217	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018719	AGTTAA	2	12	352968	352979	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018719	TTAGTA	2	12	377472	377483	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018719	AAGAGA	2	12	389855	389866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018719	AAGGAA	2	12	390177	390188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018719	TTGTTC	2	12	408811	408822	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_018719	TTGACA	2	12	424564	424575	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018719	CTTGAC	2	12	425822	425833	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018719	GGTATT	2	12	440296	440307	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018719	ATCGTT	2	12	444626	444637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018719	TACCAA	2	12	460976	460987	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018719	TCATGT	2	12	461241	461252	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018719	GTAATA	4	24	462659	462682	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018719	ATCTTT	2	12	467649	467660	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_018719	TTTCCC	2	12	499972	499983	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_018719	CAAACG	2	12	516020	516031	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018719	AAGCAC	2	12	516763	516774	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018719	GTTTCC	2	12	537945	537956	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_018719	GGCTTG	2	12	593498	593509	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_018719	GGTTAT	2	12	594723	594734	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018719	ACCACT	2	12	598707	598718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_018719	GGAAAA	2	12	601859	601870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018719	GTTCCA	2	12	616956	616967	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018719	TAGTCC	2	12	630837	630848	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018719	CTTTTT	2	12	638475	638486	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018719	CTTTTC	2	12	647828	647839	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018719	TTGCAG	2	12	662244	662255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018719	TGTAGA	2	12	696992	697003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018719	TGTAGA	2	12	708510	708521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018719	AGCCGG	2	12	717041	717052	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018719	TAGCAG	2	12	740015	740026	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_018719	TCTTAT	2	12	744810	744821	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018719	TCTTAT	2	12	748452	748463	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_018719	TATACA	2	12	749687	749698	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018719	TGGCTG	2	12	768930	768941	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018719	AAATAC	2	12	773901	773912	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_018719	ACAGTA	2	12	779061	779072	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_018719	TGCATG	2	12	815102	815113	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_018719	TCTTAC	2	12	829062	829073	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018719	ACTGGC	2	12	836485	836496	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018719	TCGCAG	2	12	842362	842373	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_018719	TTTTGT	2	12	879410	879421	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018719	GTGCTA	2	12	889699	889710	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018719	TTGCAT	2	12	912208	912219	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_018719	TGCTAT	2	12	923619	923630	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_018719	TTACTG	2	12	928120	928131	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_018719	ACAAGT	2	12	932686	932697	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_018719	AGCATT	2	12	938365	938376	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_018719	TATTTT	2	12	946455	946466	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018719	CCCGCG	2	12	949294	949305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_018719	CAAAAT	2	12	968577	968588	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018719	TCGATG	2	12	970937	970948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_018719	CTTTTT	2	12	993524	993535	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018719	GCTCCT	2	12	1008545	1008556	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_018719	CCCTTG	2	12	1008973	1008984	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_018719	CTTACG	2	12	1010008	1010019	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018719	TTCCTC	2	12	1015464	1015475	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_018719	TCTTGC	2	12	1027513	1027524	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018719	TTTCTG	2	12	1054491	1054502	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018719	TATCAT	2	12	1054615	1054626	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018719	TGAAAA	2	12	1056212	1056223	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018719	TGCCTT	2	12	1059829	1059840	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018719	TGACGA	2	12	1060528	1060539	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_018719	TCAGGC	2	12	1073138	1073149	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018719	AGAAAG	2	12	1081567	1081578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018719	AGAAAA	2	12	1096126	1096137	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018719	CTTTTT	2	12	1106535	1106546	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_018719	TAATTT	2	12	1135958	1135969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018719	ATGTGC	2	12	1138464	1138475	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_018719	AAATTA	2	12	1138502	1138513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018719	ATAACA	2	12	1178465	1178476	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_018719	TGCGAC	2	12	1204502	1204513	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018719	ATTTGA	2	12	1219597	1219608	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018719	CAGGAG	2	12	1228854	1228865	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_018719	TGATAA	2	12	1279194	1279205	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018719	CGGTGG	2	12	1299308	1299319	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_018719	CAAGGC	2	12	1299332	1299343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018719	CCCCCT	2	12	1299476	1299487	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
100	NC_018719	GCTTCT	2	12	1303715	1303726	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018719	ATGGTT	2	12	1332643	1332654	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018719	CAAAGT	2	12	1334026	1334037	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_018719	TAGTAT	2	12	1344664	1344675	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018719	ATTTCT	2	12	1349273	1349284	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_018719	GATGAG	2	12	1389044	1389055	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018719	TTAAAA	2	12	1395543	1395554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018719	GCGGCT	2	12	1420645	1420656	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018719	TCATGC	2	12	1422399	1422410	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_018719	CATTAT	2	12	1427145	1427156	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_018719	TACTGC	2	12	1427485	1427496	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018719	AAATAT	2	12	1433979	1433990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018719	TATACA	2	12	1438922	1438933	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_018719	ATTGTA	2	12	1464548	1464559	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018719	CCAGAG	2	12	1468002	1468013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_018719	ACTGTC	2	12	1468682	1468693	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_018719	ATGCTC	2	12	1493829	1493840	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018719	TTCCGC	2	12	1538394	1538405	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_018719	CCAAAG	2	12	1544881	1544892	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_018719	CAATAA	2	12	1544928	1544939	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_018719	ATTATC	2	12	1545119	1545130	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_018719	GGGGTC	2	12	1560211	1560222	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_018719	AATTCT	2	12	1593024	1593035	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_018719	TATTGT	2	12	1626959	1626970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018719	CAATGC	2	12	1660742	1660753	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018719	GTGTAT	4	24	1730653	1730676	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018719	GTTCTG	2	12	1741318	1741329	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_018719	AAATTT	2	12	1748663	1748674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018719	GATTTT	2	12	1755160	1755171	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018719	GTCCTA	2	12	1773182	1773193	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018719	GCCGTG	2	12	1778442	1778453	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018719	GAATGT	2	12	1780353	1780364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018719	GAAAAC	2	12	1784852	1784863	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_018719	TCTCAC	2	12	1815856	1815867	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_018719	CTTTTT	2	12	1827289	1827300	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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136	NC_018719	AAAGAA	2	12	1897842	1897853	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018719	CCTATC	2	12	1939813	1939824	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_018719	AATAGC	2	12	1940507	1940518	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_018719	AAGAGC	2	12	1959486	1959497	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_018719	CCACCG	2	12	1975334	1975345	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_018719	AAGCAA	2	12	2010260	2010271	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_018719	ATAACA	2	12	2015071	2015082	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_018719	TCTATT	2	12	2016677	2016688	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_018719	GAACAT	2	12	2040050	2040061	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_018719	TTGCAT	2	12	2073229	2073240	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_018719	TTAAAA	2	12	2078146	2078157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018719	CCACAA	2	12	2126765	2126776	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_018719	TACATA	2	12	2136797	2136808	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_018719	TGTATA	2	12	2139539	2139550	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018719	TCGCAG	2	12	2159722	2159733	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_018719	TCTTTT	2	12	2206368	2206379	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_018719	TCATAA	2	12	2229455	2229466	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_018719	CTTGAC	2	12	2231349	2231360	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_018719	TAATAG	2	12	2237897	2237908	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018719	TGATTA	2	12	2240259	2240270	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018719	TCAAGC	2	12	2247721	2247732	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_018719	AAAAAT	2	12	2288986	2288997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_018719	TTTGAG	2	12	2298313	2298324	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_018719	GGGAAA	2	12	2298996	2299007	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_018719	AACATC	2	12	2302636	2302647	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_018719	AAAAAG	2	12	2316793	2316804	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_018719	TTCTCC	2	12	2351190	2351201	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
163	NC_018719	AAAAGA	2	12	2374535	2374546	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018719	TGGCTG	2	12	2375796	2375807	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_018719	CTCTTC	2	12	2388314	2388325	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_018719	CTATGC	2	12	2392995	2393006	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.