MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Bacillus thuringiensis MC28 plasmid pMC429

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018689	TTGAAG	2	12	3015	3026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407702827
2	NC_018689	GAACCA	2	12	8257	8268	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407702831
3	NC_018689	TGGGAT	2	12	25350	25361	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407702847
4	NC_018689	TTTTTC	2	12	26286	26297	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407702848
5	NC_018689	TATTTA	2	12	26908	26919	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407702848
6	NC_018689	AAAGAT	2	12	28727	28738	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702851
7	NC_018689	AATATC	2	12	29352	29363	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702851
8	NC_018689	ACAGTT	2	12	40757	40768	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407702861
9	NC_018689	ATAAAA	2	12	44709	44720	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407702863
10	NC_018689	TGAAAT	2	12	46317	46328	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702864
11	NC_018689	ATTTTT	2	12	47015	47026	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407702865
12	NC_018689	AATATC	2	12	56382	56393	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702877
13	NC_018689	TAATTA	2	12	58698	58709	50 %	50 %	0 %	0 %	407702878
14	NC_018689	AAATGT	2	12	61240	61251	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702880
15	NC_018689	AATTTA	2	12	64214	64225	50 %	50 %	0 %	0 %	407702881
16	NC_018689	CCGAAT	2	12	71615	71626	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407702887
17	NC_018689	GCTTTG	2	12	72208	72219	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407702887
18	NC_018689	GTTAAA	2	12	76397	76408	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702891
19	NC_018689	AAGAGA	2	12	77815	77826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407702892
20	NC_018689	GAATTT	2	12	80150	80161	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407702894
21	NC_018689	AGAAAA	2	12	81394	81405	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702895
22	NC_018689	TAGATG	2	12	82303	82314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407702897
23	NC_018689	ATAAAG	2	12	86097	86108	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702901
24	NC_018689	TGATAT	2	12	90049	90060	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407702905
25	NC_018689	ATACCT	2	12	91221	91232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407702906
26	NC_018689	CATTTA	2	12	104441	104452	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702917
27	NC_018689	TACGTT	2	12	104650	104661	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407702918
28	NC_018689	ACTATT	2	12	106817	106828	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702920
29	NC_018689	TTTATT	2	12	110015	110026	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407702925
30	NC_018689	CAGGTG	2	12	111795	111806	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407702928
31	NC_018689	AGAAAT	2	12	117019	117030	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702933
32	NC_018689	GCGAAA	2	12	118734	118745	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407702935
33	NC_018689	AAAATC	2	12	119707	119718	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407702937
34	NC_018689	GGGTAT	2	12	119879	119890	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407702937
35	NC_018689	GGAAAA	2	12	125019	125030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407702941
36	NC_018689	GCAAGT	2	12	138780	138791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407702955
37	NC_018689	TTTACT	2	12	140064	140075	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702956
38	NC_018689	TTTCAT	2	12	141959	141970	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702959
39	NC_018689	CCTACT	2	12	142432	142443	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407702959
40	NC_018689	CAAGTC	2	12	144518	144529	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407702961
41	NC_018689	AAAGTA	2	12	157806	157817	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702968
42	NC_018689	TCATTT	2	12	158515	158526	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702968
43	NC_018689	AACAAA	2	12	163336	163347	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407702972
44	NC_018689	AAAAAT	2	12	163348	163359	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407702972
45	NC_018689	TTTTCA	2	12	168520	168531	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702976
46	NC_018689	TTTTTA	2	12	173689	173700	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407702980
47	NC_018689	AAAGCA	2	12	175338	175349	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407702981
48	NC_018689	GGAAGA	2	12	175686	175697	50 %	0 %	50 %	0 %	407702981
49	NC_018689	ATCTTC	2	12	181480	181491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407702986
50	NC_018689	ACGTAT	2	12	186338	186349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407702990
51	NC_018689	CTTATT	2	12	190434	190445	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702994
52	NC_018689	GAACAA	2	12	191916	191927	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407702995
53	NC_018689	TTTGAC	2	12	195584	195595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407702999
54	NC_018689	TCGAAA	2	12	197774	197785	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407703000
55	NC_018689	TACTTG	2	12	202140	202151	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407703003
56	NC_018689	AAATCC	2	12	206591	206602	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407703006
57	NC_018689	TAACCA	2	12	207051	207062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407703006
58	NC_018689	ACAAAT	2	12	207399	207410	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407703006
59	NC_018689	TAAAAG	2	12	214276	214287	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407703012
60	NC_018689	ATAAAA	2	12	215808	215819	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407703013
61	NC_018689	TATAAA	2	12	216118	216129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407703013
62	NC_018689	TTTCAT	2	12	221842	221853	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407703017
63	NC_018689	TCCAAT	2	12	222056	222067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407703017
64	NC_018689	TACAAG	2	12	223498	223509	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407703019
65	NC_018689	TTTATT	2	12	223829	223840	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407703019
66	NC_018689	ACTTAT	2	12	226084	226095	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407703021
67	NC_018689	TGTAGT	2	12	229490	229501	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407703022
68	NC_018689	TTGCTT	2	12	233904	233915	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407703025
69	NC_018689	TTAGAT	2	12	247380	247391	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407703040
70	NC_018689	TATCTT	3	18	249735	249752	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407703042
71	NC_018689	ACTTTT	2	12	253148	253159	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407703047
72	NC_018689	CTGGAA	2	12	257690	257701	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407703055
73	NC_018689	GGTAAT	2	12	258632	258643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407703056
74	NC_018689	GTTACT	2	12	261755	261766	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407703060
75	NC_018689	GTTACT	2	12	261998	262009	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407703060
76	NC_018689	GCTTCT	2	12	263920	263931	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407703061
77	NC_018689	GCTTCT	2	12	264304	264315	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407703061
78	NC_018689	TGCTTC	2	12	264543	264554	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407703061
79	NC_018689	TATCTA	2	12	265638	265649	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407703062
80	NC_018689	CATATC	2	12	267018	267029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407703064
81	NC_018689	TGTACC	2	12	272953	272964	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407703067
82	NC_018689	ATGTCA	2	12	274434	274445	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407703069
83	NC_018689	TTCATT	2	12	274522	274533	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407703069
84	NC_018689	TTTTAT	2	12	275573	275584	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407703070
85	NC_018689	ATGAAG	2	12	276032	276043	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407703070
86	NC_018689	TACAGA	2	12	279391	279402	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407703071
87	NC_018689	TTTTCT	2	12	281174	281185	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407703073
88	NC_018689	TGAAAA	2	12	290864	290875	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407703082
89	NC_018689	TATTTC	2	12	290960	290971	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407703082
90	NC_018689	TACACA	2	12	294349	294360	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407703083
91	NC_018689	TTTTAA	2	12	294930	294941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407703085
92	NC_018689	AGAAAA	2	12	299844	299855	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407703088
93	NC_018689	TTTAGG	2	12	301308	301319	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407703089
94	NC_018689	TTATAT	2	12	306345	306356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407703093
95	NC_018689	TCAACT	2	12	306388	306399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407703093
96	NC_018689	AATATT	2	12	313573	313584	50 %	50 %	0 %	0 %	407703100
97	NC_018689	AAATAA	2	12	316391	316402	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407703105
98	NC_018689	TTTAGG	2	12	321765	321776	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407703113
99	NC_018689	AAATAA	2	12	322242	322253	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407703113
100	NC_018689	TCTTCA	2	12	324113	324124	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407703114
101	NC_018689	AAGGAA	2	12	327592	327603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407703118
102	NC_018689	TCAGGT	2	12	327630	327641	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407703118
103	NC_018689	ATCGTT	2	12	330196	330207	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407703120
104	NC_018689	TGATAT	2	12	333255	333266	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407703123
105	NC_018689	AAAATA	2	12	334965	334976	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407703125
106	NC_018689	TTGGTG	2	12	340659	340670	0 %	50 %	50 %	0 %	407703131
107	NC_018689	AATGAA	2	12	362201	362212	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407703157
108	NC_018689	GGATAT	2	12	363823	363834	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407703159
109	NC_018689	TGAAAA	2	12	364499	364510	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407703160
110	NC_018689	TATGCA	2	12	365476	365487	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407703162
111	NC_018689	TTGAGG	2	12	365495	365506	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407703162
112	NC_018689	AAGAGG	2	12	366156	366167	50 %	0 %	50 %	0 %	407703163
113	NC_018689	ACGGGA	2	12	371861	371872	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407703168
114	NC_018689	GTAGAT	2	12	374528	374539	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407703174
115	NC_018689	TGGGAT	2	12	380075	380086	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407703179
116	NC_018689	TAAGTG	2	12	380991	381002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407703181
117	NC_018689	AATGGT	2	12	383515	383526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407703184
118	NC_018689	TTGAAA	2	12	384368	384379	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407703184
119	NC_018689	ATTTCA	2	12	384819	384830	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407703185
120	NC_018689	TTGAAG	2	12	384994	385005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407703185
121	NC_018689	AACCAG	2	12	386976	386987	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407703186
122	NC_018689	AGAACC	2	12	387406	387417	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407703186
123	NC_018689	GTATTT	2	12	394024	394035	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407703193
124	NC_018689	GAAGGT	2	12	394156	394167	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	407703193
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133	NC_018689	ATAAAA	2	12	428051	428062	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407703233

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.