MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Bacillus thuringiensis MC28 plasmid pMC319

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018688	CACTTT	2	12	326	337	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407702536
2	NC_018688	TAAAAC	2	12	629	640	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407702536
3	NC_018688	TTTTTA	2	12	1384	1395	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407702536
4	NC_018688	TTCCAT	2	12	1771	1782	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407702537
5	NC_018688	TCCTTT	2	12	1847	1858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407702537
6	NC_018688	TCTTTT	3	18	1859	1876	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407702537
7	NC_018688	TTGAAG	2	12	1938	1949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407702537
8	NC_018688	TTTTCG	2	12	3032	3043	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407702537
9	NC_018688	TTTCAT	2	12	5045	5056	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702540
10	NC_018688	TTTGTT	2	12	5612	5623	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407702540
11	NC_018688	ATGAAT	2	12	5733	5744	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702540
12	NC_018688	TGTTTT	2	12	5862	5873	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407702540
13	NC_018688	TTTCAC	2	12	9518	9529	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407702545
14	NC_018688	TTTGGT	2	12	12444	12455	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407702546
15	NC_018688	TTTTTC	2	12	14604	14615	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407702548
16	NC_018688	GTTCTG	2	12	18205	18216	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407702552
17	NC_018688	ATATCT	2	12	18306	18317	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702552
18	NC_018688	TTTTAT	2	12	18526	18537	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407702552
19	NC_018688	AATAGA	2	12	19049	19060	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702552
20	NC_018688	CTTCGT	2	12	20783	20794	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407702553
21	NC_018688	ATATTC	2	12	23418	23429	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702555
22	NC_018688	CTGTTG	2	12	24014	24025	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407702556
23	NC_018688	TCTTTT	2	12	24148	24159	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407702556
24	NC_018688	ACCAAT	2	12	26314	26325	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407702559
25	NC_018688	ATAAAC	2	12	29626	29637	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407702567
26	NC_018688	TTTATC	2	12	31144	31155	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702570
27	NC_018688	ACCTTC	2	12	32345	32356	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407702571
28	NC_018688	TTTTGA	2	12	43174	43185	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407702575
29	NC_018688	TCAATT	2	12	44113	44124	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702575
30	NC_018688	TAGAAA	2	12	46919	46930	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702578
31	NC_018688	CTAATT	2	12	62379	62390	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702591
32	NC_018688	TCACCA	2	12	66039	66050	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407702593
33	NC_018688	TGGAAT	2	12	66572	66583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407702593
34	NC_018688	AAAAGA	2	12	68240	68251	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702594
35	NC_018688	AATTGC	2	12	69551	69562	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407702595
36	NC_018688	ATTATA	2	12	75902	75913	50 %	50 %	0 %	0 %	407702599
37	NC_018688	TAGAAA	2	12	76478	76489	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702599
38	NC_018688	CATTTG	2	12	79270	79281	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407702600
39	NC_018688	TTTTGT	2	12	79892	79903	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407702601
40	NC_018688	TTTAGG	2	12	88686	88697	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407702608
41	NC_018688	ATTTGC	2	12	89993	90004	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407702609
42	NC_018688	AAAACT	2	12	90501	90512	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407702610
43	NC_018688	TATGAA	2	12	93035	93046	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702616
44	NC_018688	AAAAGA	2	12	94059	94070	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702616
45	NC_018688	AAAAAT	2	12	99511	99522	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407702619
46	NC_018688	ATGAAA	2	12	100431	100442	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702619
47	NC_018688	ATAGAA	2	12	102430	102441	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702620
48	NC_018688	AAAGAA	2	12	116704	116715	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702633
49	NC_018688	TAAAAA	2	12	117291	117302	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407702633
50	NC_018688	TACTTT	2	12	118966	118977	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702634
51	NC_018688	TAGTTT	2	12	133120	133131	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407702647
52	NC_018688	TTGCTT	2	12	133988	133999	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407702649
53	NC_018688	GTATTT	2	12	134209	134220	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407702649
54	NC_018688	AAAACT	2	12	135393	135404	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407702651
55	NC_018688	CAAAAA	2	12	146525	146536	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407702659
56	NC_018688	AAATGA	2	12	151318	151329	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702662
57	NC_018688	AGTAAA	2	12	156016	156027	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702666
58	NC_018688	AAAACC	2	12	157334	157345	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407702667
59	NC_018688	GTAGGT	2	12	157470	157481	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407702667
60	NC_018688	TCTATA	2	12	160287	160298	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407702669
61	NC_018688	TTTAGG	2	12	160870	160881	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407702670
62	NC_018688	CTTCAA	2	12	166218	166229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407702674
63	NC_018688	TATAGG	2	12	167381	167392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407702676
64	NC_018688	TTAAAT	2	12	167856	167867	50 %	50 %	0 %	0 %	407702676
65	NC_018688	AAAAGA	2	12	167966	167977	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702676
66	NC_018688	TAAAAA	2	12	168023	168034	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407702676
67	NC_018688	ACGTTT	2	12	170132	170143	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407702678
68	NC_018688	GCTTAG	2	12	184269	184280	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407702693
69	NC_018688	AATGAA	2	12	184537	184548	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702694
70	NC_018688	ACATAT	2	12	184876	184887	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702694
71	NC_018688	AACATT	2	12	184953	184964	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702694
72	NC_018688	ATTTTT	2	12	195319	195330	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407702704
73	NC_018688	TTTTGT	2	12	201952	201963	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407702710
74	NC_018688	ATGACT	2	12	202388	202399	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407702711
75	NC_018688	GTAATA	2	12	204101	204112	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702712
76	NC_018688	GAAAAA	2	12	206400	206411	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702714
77	NC_018688	ATTACA	2	12	208032	208043	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702715
78	NC_018688	AGAACT	2	12	212099	212110	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407702721
79	NC_018688	AATATT	2	12	212970	212981	50 %	50 %	0 %	0 %	407702721
80	NC_018688	AATTTT	2	12	213360	213371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407702721
81	NC_018688	TAAAGA	2	12	213593	213604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407702721
82	NC_018688	GGTACA	2	12	217488	217499	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407702724
83	NC_018688	TACAGG	2	12	218159	218170	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407702724
84	NC_018688	AAATTG	2	12	242989	243000	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702752
85	NC_018688	CTGGCG	2	12	246197	246208	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	407702756
86	NC_018688	TTTTCT	2	12	246350	246361	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407702756
87	NC_018688	TCGTTA	2	12	250457	250468	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407702760
88	NC_018688	CCAGTA	2	12	251709	251720	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407702760
89	NC_018688	TTCTTT	2	12	253130	253141	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407702762
90	NC_018688	AGTGTT	2	12	254379	254390	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407702762
91	NC_018688	AAAATC	2	12	256740	256751	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407702766
92	NC_018688	ATCATA	2	12	257709	257720	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702767
93	NC_018688	GCAATT	2	12	260616	260627	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407702769
94	NC_018688	AAAGTT	2	12	267830	267841	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407702775
95	NC_018688	TCCAAT	2	12	269115	269126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407702776
96	NC_018688	TAATCC	2	12	272772	272783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407702781
97	NC_018688	TATATT	2	12	274606	274617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407702783
98	NC_018688	CAATAC	2	12	285194	285205	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407702792
99	NC_018688	AAAAAG	2	12	291420	291431	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407702797
100	NC_018688	TACCTT	2	12	309241	309252	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407702814
101	NC_018688	TATGAT	2	12	312240	312251	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407702817
102	NC_018688	AATTAC	2	12	312515	312526	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407702817
103	NC_018688	ATTTTC	2	12	319582	319593	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407702823

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.