MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium meliloti Rm41 plasmid pRM41A

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018682	CTGGAC	2	12	529	540	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689767
2	NC_018682	GATCGG	2	12	6107	6118	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407689772
3	NC_018682	TTGCCG	2	12	9443	9454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407689776
4	NC_018682	ACCGTG	2	12	10154	10165	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689776
5	NC_018682	CGTTCT	2	12	13933	13944	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407689778
6	NC_018682	GCCGCG	2	12	14741	14752	0 %	0 %	50 %	50 %	407689778
7	NC_018682	GCAGTT	2	12	16082	16093	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407689779
8	NC_018682	TTCGCC	2	12	19208	19219	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407689782
9	NC_018682	TTGTAG	2	12	20075	20086	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407689783
10	NC_018682	GTCGCG	2	12	23807	23818	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	407689787
11	NC_018682	GAGGAT	2	12	36552	36563	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	407689804
12	NC_018682	TCGAGG	2	12	36665	36676	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407689804
13	NC_018682	GGCAAG	2	12	42453	42464	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407689809
14	NC_018682	GGCCAT	2	12	43475	43486	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689810
15	NC_018682	GTCGAC	2	12	43810	43821	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689810
16	NC_018682	GACATG	2	12	45280	45291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407689812
17	NC_018682	GGCAAG	2	12	54242	54253	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407689819
18	NC_018682	CTTGGC	2	12	63477	63488	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407689828
19	NC_018682	CCACCG	2	12	66866	66877	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	407689831
20	NC_018682	AGCGCC	2	12	67024	67035	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	407689831
21	NC_018682	GCCGGC	2	12	67161	67172	0 %	0 %	50 %	50 %	407689831
22	NC_018682	CGATGG	2	12	71571	71582	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407689835
23	NC_018682	TCTCGG	2	12	73200	73211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407689838
24	NC_018682	GAAGGC	2	12	73368	73379	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407689838
25	NC_018682	GTAGTT	2	12	81334	81345	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407689845
26	NC_018682	AACTGA	2	12	81456	81467	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407689845
27	NC_018682	CTTAGC	2	12	97115	97126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407689859
28	NC_018682	GAAGCC	2	12	98684	98695	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407689860
29	NC_018682	TTGGCA	2	12	98836	98847	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407689860
30	NC_018682	CGGCGT	2	12	100799	100810	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	407689862
31	NC_018682	CTGTGG	2	12	106877	106888	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407689869
32	NC_018682	GGGCGA	2	12	112046	112057	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	407689875
33	NC_018682	CGGCTG	2	12	121217	121228	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	407689886
34	NC_018682	CGTCAT	2	12	124260	124271	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407689888
35	NC_018682	GGCGCA	2	12	125920	125931	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	407689889
36	NC_018682	AAGGGA	2	12	128200	128211	50 %	0 %	50 %	0 %	407689892
37	NC_018682	CTCAGC	2	12	138015	138026	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407689899
38	NC_018682	CGATGA	2	12	149227	149238	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407689906
39	NC_018682	CGAGAA	2	12	150429	150440	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407689907
40	NC_018682	GCGTCG	2	12	151520	151531	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	407689908
41	NC_018682	GGCCGA	2	12	155227	155238	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	407689913
42	NC_018682	ACGAAC	2	12	160213	160224	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407689918
43	NC_018682	TTCATC	2	12	161982	161993	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407689920
44	NC_018682	GCCGTT	2	12	162255	162266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407689920
45	NC_018682	CGCTGA	2	12	167937	167948	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689925
46	NC_018682	GATCGA	2	12	169903	169914	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407689927
47	NC_018682	CGATAT	2	12	170020	170031	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407689927
48	NC_018682	GATCGC	2	12	170068	170079	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689927
49	NC_018682	GAGCTG	2	12	171187	171198	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407689928
50	NC_018682	CGGTCA	2	12	174309	174320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689931
51	NC_018682	CGCTGA	2	12	176780	176791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689933
52	NC_018682	TCCCGT	2	12	183365	183376	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407689941
53	NC_018682	GACTAC	2	12	185112	185123	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407689944
54	NC_018682	GTGCCA	2	12	185509	185520	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407689944
55	NC_018682	GCGGGC	2	12	189425	189436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	407689947
56	NC_018682	CCAGAT	2	12	197513	197524	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407689953
57	NC_018682	CTCGAT	2	12	204723	204734	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407689959
58	NC_018682	TCGATC	2	12	206377	206388	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407689960
59	NC_018682	GTGCCT	2	12	208329	208340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407689962
60	NC_018682	TCGCCA	2	12	212863	212874	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407689967
61	NC_018682	GAGCGC	2	12	213234	213245	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	407689967
62	NC_018682	GTCACC	2	12	213321	213332	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407689967
63	NC_018682	TCGACA	2	12	215554	215565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407689970
64	NC_018682	GGCTGC	2	12	216607	216618	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	407689971
65	NC_018682	CCGACG	2	12	220631	220642	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	407689977
66	NC_018682	CGCCGG	2	12	226530	226541	0 %	0 %	50 %	50 %	407689982
67	NC_018682	AGGCGA	2	12	227328	227339	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407689982
68	NC_018682	TCGCCG	2	12	228934	228945	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	407689983
69	NC_018682	GGATGG	2	12	229591	229602	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	407689984
70	NC_018682	GGCGAT	2	12	230518	230529	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407689985
71	NC_018682	ATCGAA	2	12	232354	232365	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407689987
72	NC_018682	ATGTGG	2	12	233763	233774	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407689988
73	NC_018682	TGGCAA	2	12	234585	234596	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407689991
74	NC_018682	GCTGTC	2	12	236321	236332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407689992
75	NC_018682	CCTTGC	2	12	238295	238306	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407689995
76	NC_018682	TTGGCG	2	12	238906	238917	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407689996
77	NC_018682	CATTGT	2	12	240949	240960	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407689998
78	NC_018682	CGATCT	2	12	241210	241221	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407689999
79	NC_018682	TGAAGA	2	12	242956	242967	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407689999
80	NC_018682	CGGCCG	2	12	244912	244923	0 %	0 %	50 %	50 %	407690002

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.