MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium meliloti Rm41 plasmid pRM41A

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018682	CCCCT	2	10	1529	1538	0 %	20 %	0 %	80 %	407689768
2	NC_018682	GACAG	2	10	1563	1572	40 %	0 %	40 %	20 %	407689768
3	NC_018682	GCTTG	2	10	2655	2664	0 %	40 %	40 %	20 %	407689769
4	NC_018682	GCTCA	2	10	2734	2743	20 %	20 %	20 %	40 %	407689769
5	NC_018682	AGGGG	2	10	5150	5159	20 %	0 %	80 %	0 %	407689771
6	NC_018682	GAGGG	2	10	5778	5787	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018682	TTCAA	2	10	8012	8021	40 %	40 %	0 %	20 %	407689774
8	NC_018682	CTTGG	2	10	12560	12569	0 %	40 %	40 %	20 %	407689778
9	NC_018682	CTAAA	2	10	13251	13260	60 %	20 %	0 %	20 %	407689778
10	NC_018682	TTTCG	2	10	15146	15155	0 %	60 %	20 %	20 %	407689778
11	NC_018682	GGTTC	2	10	16173	16182	0 %	40 %	40 %	20 %	407689779
12	NC_018682	GCGCT	2	10	16211	16220	0 %	20 %	40 %	40 %	407689779
13	NC_018682	TGGAC	2	10	17328	17337	20 %	20 %	40 %	20 %	407689780
14	NC_018682	CTTGG	2	10	25186	25195	0 %	40 %	40 %	20 %	407689788
15	NC_018682	CCGGT	2	10	25808	25817	0 %	20 %	40 %	40 %	407689788
16	NC_018682	TGGGG	2	10	28612	28621	0 %	20 %	80 %	0 %	407689792
17	NC_018682	TGCTG	2	10	29316	29325	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018682	GCCGG	2	10	31142	31151	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_018682	TGCGC	2	10	31612	31621	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018682	GACTG	2	10	32077	32086	20 %	20 %	40 %	20 %	407689798
21	NC_018682	GCGTC	2	10	34394	34403	0 %	20 %	40 %	40 %	407689801
22	NC_018682	AAGCG	2	10	34516	34525	40 %	0 %	40 %	20 %	407689802
23	NC_018682	GGAAT	2	10	34707	34716	40 %	20 %	40 %	0 %	407689802
24	NC_018682	ATAGG	2	10	37241	37250	40 %	20 %	40 %	0 %	407689804
25	NC_018682	GGCCG	2	10	38152	38161	0 %	0 %	60 %	40 %	407689805
26	NC_018682	GGCGC	2	10	38502	38511	0 %	0 %	60 %	40 %	407689806
27	NC_018682	CGATC	2	10	44068	44077	20 %	20 %	20 %	40 %	407689810
28	NC_018682	GCGGT	2	10	44576	44585	0 %	20 %	60 %	20 %	407689811
29	NC_018682	CGATG	2	10	47206	47215	20 %	20 %	40 %	20 %	407689813
30	NC_018682	CCGAG	2	10	50508	50517	20 %	0 %	40 %	40 %	407689816
31	NC_018682	CCCAG	2	10	50700	50709	20 %	0 %	20 %	60 %	407689817
32	NC_018682	ATCGA	2	10	52387	52396	40 %	20 %	20 %	20 %	407689818
33	NC_018682	CGTCG	2	10	59500	59509	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_018682	CGAAA	2	10	62008	62017	60 %	0 %	20 %	20 %	407689826
35	NC_018682	AGGAG	2	10	65284	65293	40 %	0 %	60 %	0 %	407689829
36	NC_018682	AATGG	2	10	66049	66058	40 %	20 %	40 %	0 %	407689830
37	NC_018682	TGTCG	2	10	68130	68139	0 %	40 %	40 %	20 %	407689832
38	NC_018682	CAGGA	2	10	68524	68533	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018682	CGGCC	2	10	71731	71740	0 %	0 %	40 %	60 %	407689835
40	NC_018682	GGGAC	2	10	72328	72337	20 %	0 %	60 %	20 %	407689836
41	NC_018682	CGCGC	2	10	74661	74670	0 %	0 %	40 %	60 %	407689838
42	NC_018682	CGATC	2	10	75346	75355	20 %	20 %	20 %	40 %	407689839
43	NC_018682	TTGGC	2	10	80250	80259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018682	AACCC	2	10	80810	80819	40 %	0 %	0 %	60 %	407689845
45	NC_018682	GACAG	2	10	82623	82632	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_018682	ATTTC	2	10	83168	83177	20 %	60 %	0 %	20 %	407689847
47	NC_018682	AATGA	2	10	85377	85386	60 %	20 %	20 %	0 %	407689848
48	NC_018682	CGACG	2	10	88139	88148	20 %	0 %	40 %	40 %	407689851
49	NC_018682	TGCGC	2	10	88681	88690	0 %	20 %	40 %	40 %	407689851
50	NC_018682	GAGCA	2	10	88778	88787	40 %	0 %	40 %	20 %	407689851
51	NC_018682	GATCA	2	10	90681	90690	40 %	20 %	20 %	20 %	407689853
52	NC_018682	CATGC	2	10	91066	91075	20 %	20 %	20 %	40 %	407689853
53	NC_018682	ACTGC	2	10	93803	93812	20 %	20 %	20 %	40 %	407689856
54	NC_018682	AGGGC	2	10	95229	95238	20 %	0 %	60 %	20 %	407689857
55	NC_018682	TCGCG	2	10	95631	95640	0 %	20 %	40 %	40 %	407689857
56	NC_018682	CCTGA	2	10	98261	98270	20 %	20 %	20 %	40 %	407689859
57	NC_018682	CTGGA	2	10	98886	98895	20 %	20 %	40 %	20 %	407689860
58	NC_018682	GTTCG	2	10	105655	105664	0 %	40 %	40 %	20 %	407689868
59	NC_018682	GCTCG	2	10	106339	106348	0 %	20 %	40 %	40 %	407689869
60	NC_018682	GGCGG	2	10	107688	107697	0 %	0 %	80 %	20 %	407689870
61	NC_018682	GACCG	2	10	107878	107887	20 %	0 %	40 %	40 %	407689870
62	NC_018682	ATCGG	2	10	111227	111236	20 %	20 %	40 %	20 %	407689873
63	NC_018682	GCCGC	2	10	113915	113924	0 %	0 %	40 %	60 %	407689878
64	NC_018682	TCGCG	2	10	113982	113991	0 %	20 %	40 %	40 %	407689878
65	NC_018682	GGGCG	2	10	114443	114452	0 %	0 %	80 %	20 %	407689879
66	NC_018682	CCGCG	2	10	116326	116335	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
67	NC_018682	ATCTG	2	10	117168	117177	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018682	GAGGC	2	10	117876	117885	20 %	0 %	60 %	20 %	407689882
69	NC_018682	TACGA	2	10	120054	120063	40 %	20 %	20 %	20 %	407689885
70	NC_018682	GCGGA	2	10	123172	123181	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018682	GTATC	2	10	124932	124941	20 %	40 %	20 %	20 %	407689889
72	NC_018682	CTGCA	2	10	125184	125193	20 %	20 %	20 %	40 %	407689889
73	NC_018682	CCTCG	2	10	130748	130757	0 %	20 %	20 %	60 %	407689894
74	NC_018682	CTTTG	2	10	132360	132369	0 %	60 %	20 %	20 %	407689895
75	NC_018682	GATCG	2	10	132871	132880	20 %	20 %	40 %	20 %	407689895
76	NC_018682	CAAGC	2	10	134313	134322	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_018682	GTGAT	2	10	137748	137757	20 %	40 %	40 %	0 %	407689898
78	NC_018682	GGTTT	2	10	139555	139564	0 %	60 %	40 %	0 %	407689899
79	NC_018682	TCCGC	2	10	141233	141242	0 %	20 %	20 %	60 %	407689901
80	NC_018682	GTCCG	2	10	143716	143725	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_018682	GGCTC	2	10	144173	144182	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_018682	TCCGA	2	10	146144	146153	20 %	20 %	20 %	40 %	407689905
83	NC_018682	GCCTG	2	10	146718	146727	0 %	20 %	40 %	40 %	407689905
84	NC_018682	CGGCT	2	10	147426	147435	0 %	20 %	40 %	40 %	407689905
85	NC_018682	TGGCA	2	10	149391	149400	20 %	20 %	40 %	20 %	407689906
86	NC_018682	ATCCG	2	10	149509	149518	20 %	20 %	20 %	40 %	407689906
87	NC_018682	CGGCC	2	10	153797	153806	0 %	0 %	40 %	60 %	407689910
88	NC_018682	CGAAG	2	10	156197	156206	40 %	0 %	40 %	20 %	407689914
89	NC_018682	GCTCG	2	10	156392	156401	0 %	20 %	40 %	40 %	407689914
90	NC_018682	TCTAG	2	10	157951	157960	20 %	40 %	20 %	20 %	407689916
91	NC_018682	GTGAT	2	10	159689	159698	20 %	40 %	40 %	0 %	407689918
92	NC_018682	CCCTG	2	10	160115	160124	0 %	20 %	20 %	60 %	407689918
93	NC_018682	TGTTC	2	10	162461	162470	0 %	60 %	20 %	20 %	407689920
94	NC_018682	TGTTC	2	10	162914	162923	0 %	60 %	20 %	20 %	407689920
95	NC_018682	GGCGA	2	10	165797	165806	20 %	0 %	60 %	20 %	407689923
96	NC_018682	CGCTT	2	10	168093	168102	0 %	40 %	20 %	40 %	407689925
97	NC_018682	GGGCA	2	10	168831	168840	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018682	GCTTC	2	10	169346	169355	0 %	40 %	20 %	40 %	407689926
99	NC_018682	CCTGC	2	10	170213	170222	0 %	20 %	20 %	60 %	407689927
100	NC_018682	CGCGG	2	10	170392	170401	0 %	0 %	60 %	40 %	407689927
101	NC_018682	TCTCG	2	10	170917	170926	0 %	40 %	20 %	40 %	407689927
102	NC_018682	TCGCC	2	10	171242	171251	0 %	20 %	20 %	60 %	407689928
103	NC_018682	GGCGA	2	10	174640	174649	20 %	0 %	60 %	20 %	407689931
104	NC_018682	CGCTT	2	10	176936	176945	0 %	40 %	20 %	40 %	407689933
105	NC_018682	ACGCC	2	10	178667	178676	20 %	0 %	20 %	60 %	407689936
106	NC_018682	TAAGC	2	10	181060	181069	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018682	TGGCT	2	10	182555	182564	0 %	40 %	40 %	20 %	407689940
108	NC_018682	CGTTC	2	10	183621	183630	0 %	40 %	20 %	40 %	407689941
109	NC_018682	AATTT	2	10	184621	184630	40 %	60 %	0 %	0 %	407689943
110	NC_018682	GATGC	2	10	186840	186849	20 %	20 %	40 %	20 %	407689945
111	NC_018682	CTGAT	2	10	188593	188602	20 %	40 %	20 %	20 %	407689946
112	NC_018682	AGCGC	2	10	190099	190108	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_018682	TGGCA	2	10	193242	193251	20 %	20 %	40 %	20 %	407689950
114	NC_018682	GAAGC	2	10	194245	194254	40 %	0 %	40 %	20 %	407689951
115	NC_018682	GCCGC	2	10	194446	194455	0 %	0 %	40 %	60 %	407689951
116	NC_018682	CCGAA	2	10	195207	195216	40 %	0 %	20 %	40 %	407689951
117	NC_018682	GGCAC	2	10	195413	195422	20 %	0 %	40 %	40 %	407689951
118	NC_018682	GCCGG	2	10	195824	195833	0 %	0 %	60 %	40 %	407689952
119	NC_018682	CGAGG	2	10	195963	195972	20 %	0 %	60 %	20 %	407689952
120	NC_018682	ATGCG	2	10	197626	197635	20 %	20 %	40 %	20 %	407689953
121	NC_018682	CTCAC	2	10	199117	199126	20 %	20 %	0 %	60 %	407689954
122	NC_018682	TTCGG	2	10	199628	199637	0 %	40 %	40 %	20 %	407689954
123	NC_018682	TTGGT	2	10	199903	199912	0 %	60 %	40 %	0 %	407689954
124	NC_018682	GAGCC	2	10	201990	201999	20 %	0 %	40 %	40 %	407689956
125	NC_018682	AGCCG	2	10	204266	204275	20 %	0 %	40 %	40 %	407689958
126	NC_018682	GTGCC	2	10	204496	204505	0 %	20 %	40 %	40 %	407689958
127	NC_018682	CGACC	2	10	205691	205700	20 %	0 %	20 %	60 %	407689959
128	NC_018682	GCGCC	2	10	209747	209756	0 %	0 %	40 %	60 %	407689963
129	NC_018682	TCGCT	2	10	210724	210733	0 %	40 %	20 %	40 %	407689964
130	NC_018682	GGACA	2	10	212072	212081	40 %	0 %	40 %	20 %	407689966
131	NC_018682	TTCGG	2	10	212559	212568	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018682	GCAGC	2	10	213591	213600	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_018682	CAAGC	2	10	215157	215166	40 %	0 %	20 %	40 %	407689969
134	NC_018682	CGGTT	2	10	215518	215527	0 %	40 %	40 %	20 %	407689969
135	NC_018682	CGCCC	2	10	216234	216243	0 %	0 %	20 %	80 %	407689971
136	NC_018682	GGACC	2	10	217202	217211	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_018682	CCGCG	2	10	217278	217287	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
138	NC_018682	TCCGC	2	10	218316	218325	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_018682	CATTT	2	10	219879	219888	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018682	AGCCG	2	10	223075	223084	20 %	0 %	40 %	40 %	407689980
141	NC_018682	CCCTC	2	10	223111	223120	0 %	20 %	0 %	80 %	407689980
142	NC_018682	GCCCC	2	10	223791	223800	0 %	0 %	20 %	80 %	407689980
143	NC_018682	TCGGC	2	10	224095	224104	0 %	20 %	40 %	40 %	407689980
144	NC_018682	GGCAA	2	10	224391	224400	40 %	0 %	40 %	20 %	407689980
145	NC_018682	ACCAA	2	10	227791	227800	60 %	0 %	0 %	40 %	407689982
146	NC_018682	TCCTT	2	10	230321	230330	0 %	60 %	0 %	40 %	407689984
147	NC_018682	GAACG	2	10	232383	232392	40 %	0 %	40 %	20 %	407689987
148	NC_018682	CCTTC	2	10	234107	234116	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
149	NC_018682	AGCTG	2	10	235466	235475	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_018682	CGCGA	2	10	235705	235714	20 %	0 %	40 %	40 %	407689992
151	NC_018682	CGCGG	2	10	236545	236554	0 %	0 %	60 %	40 %	407689992
152	NC_018682	CCTCC	2	10	237341	237350	0 %	20 %	0 %	80 %	407689994
153	NC_018682	GCTGT	2	10	238172	238181	0 %	40 %	40 %	20 %	407689995
154	NC_018682	CGAGA	2	10	240349	240358	40 %	0 %	40 %	20 %	407689998
155	NC_018682	TTGCG	2	10	241756	241765	0 %	40 %	40 %	20 %	407689999
156	NC_018682	CCCCT	2	10	242866	242875	0 %	20 %	0 %	80 %	407689999
157	NC_018682	CCCCT	2	10	243754	243763	0 %	20 %	0 %	80 %	407690001
158	NC_018682	GACGC	2	10	244750	244759	20 %	0 %	40 %	40 %	407690002
159	NC_018682	AAGCC	2	10	245808	245817	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.