MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-B-HRs chromosome

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018677	AGATAA	2	12	4442	4453	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681638
2	NC_018677	CCTATA	2	12	4563	4574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407681638
3	NC_018677	TGCATT	2	12	4842	4853	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407681638
4	NC_018677	ATTAAA	2	12	5544	5555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681638
5	NC_018677	TTCCTG	2	12	6072	6083	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407681639
6	NC_018677	TAAAAA	2	12	6844	6855	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681639
7	NC_018677	TAAATA	2	12	7416	7427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681640
8	NC_018677	AAAATA	2	12	7541	7552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681640
9	NC_018677	AGATAA	2	12	7992	8003	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681640
10	NC_018677	CATAAA	2	12	8442	8453	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407681640
11	NC_018677	AAATTA	2	12	9101	9112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681640
12	NC_018677	AACATA	2	12	9284	9295	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407681641
13	NC_018677	ACCTAT	2	12	13149	13160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407681645
14	NC_018677	CGATTA	2	12	13249	13260	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407681645
15	NC_018677	TTTTAT	2	12	19564	19575	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407681652
16	NC_018677	AATTAT	2	12	24291	24302	50 %	50 %	0 %	0 %	407681653
17	NC_018677	CAGATG	2	12	24305	24316	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407681653
18	NC_018677	ATAAAA	2	12	31352	31363	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681655
19	NC_018677	CTTTAT	2	12	35138	35149	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407681657
20	NC_018677	TTTTAT	2	12	35283	35294	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407681657
21	NC_018677	AAATAT	2	12	36576	36587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681660
22	NC_018677	TCCATC	2	12	39992	40003	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407681663
23	NC_018677	TAAAGT	2	12	41958	41969	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407681665
24	NC_018677	ACAGCA	2	12	47321	47332	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407681671
25	NC_018677	AGTAAA	2	12	47463	47474	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681672
26	NC_018677	TTATAG	2	12	48169	48180	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407681673
27	NC_018677	GTAAAA	2	12	48949	48960	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681674
28	NC_018677	ATTTAT	2	12	50792	50803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681675
29	NC_018677	ATTTTA	2	12	53428	53439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681676
30	NC_018677	TAGAAA	2	12	58354	58365	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681678
31	NC_018677	CAAATA	2	12	58753	58764	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407681678
32	NC_018677	ATAAAA	2	12	68720	68731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681685
33	NC_018677	TTAATA	2	12	70153	70164	50 %	50 %	0 %	0 %	407681686
34	NC_018677	AAAAAT	2	12	72501	72512	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681689
35	NC_018677	AATAGT	2	12	73682	73693	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407681690
36	NC_018677	TATATT	2	12	73958	73969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681690
37	NC_018677	TTAAAA	2	12	78824	78835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681696
38	NC_018677	TAAAAA	2	12	80314	80325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681698
39	NC_018677	TATAAC	2	12	88807	88818	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407681702
40	NC_018677	AAACGG	2	12	88992	89003	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407681702
41	NC_018677	CAGTTC	2	12	89124	89135	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407681702
42	NC_018677	ATGCTA	2	12	89736	89747	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407681702
43	NC_018677	ACAAAC	2	12	96813	96824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407681715
44	NC_018677	TAAAAT	2	12	98517	98528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681719
45	NC_018677	AATAGT	2	12	98635	98646	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407681719
46	NC_018677	AGGTAA	2	12	100419	100430	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407681722
47	NC_018677	CAGGAA	2	12	100975	100986	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407681723
48	NC_018677	ATAGAT	2	12	101169	101180	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407681723
49	NC_018677	TAAAAA	2	12	101249	101260	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681723
50	NC_018677	TTGCTA	2	12	103989	104000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407681728
51	NC_018677	AAATTA	2	12	107393	107404	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681731
52	NC_018677	CGTAAA	2	12	107657	107668	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407681732
53	NC_018677	TAGTGG	3	18	112251	112268	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407681735
54	NC_018677	AAACAG	2	12	112693	112704	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407681736
55	NC_018677	ATTTTG	2	12	116058	116069	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407681739
56	NC_018677	AAAAGA	2	12	128303	128314	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407681744
57	NC_018677	AAATGA	2	12	129187	129198	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681744
58	NC_018677	AAGGTC	2	12	131416	131427	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407681745
59	NC_018677	AGCACA	2	12	132345	132356	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407681746
60	NC_018677	ATAAAA	2	12	133581	133592	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681747
61	NC_018677	AAGGAA	2	12	135958	135969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407681749
62	NC_018677	GTTGGG	3	18	135987	136004	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407681749
63	NC_018677	AATTTA	2	12	136638	136649	50 %	50 %	0 %	0 %	407681750
64	NC_018677	TTAAAT	2	12	137996	138007	50 %	50 %	0 %	0 %	407681753
65	NC_018677	GAAGAT	2	12	142859	142870	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407681756
66	NC_018677	TTTTAA	2	12	144100	144111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681758
67	NC_018677	ATTTTA	2	12	144879	144890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681758
68	NC_018677	GTGCAG	2	12	145030	145041	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407681758
69	NC_018677	TATAAA	2	12	146699	146710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681760
70	NC_018677	ATTAAA	2	12	147357	147368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681761
71	NC_018677	AACCAC	2	12	147947	147958	50 %	0 %	0 %	50 %	407681762
72	NC_018677	TAAAAA	2	12	158577	158588	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681771
73	NC_018677	CACTTA	2	12	159391	159402	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407681772
74	NC_018677	TATTTT	2	12	161071	161082	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407681773
75	NC_018677	CTTTTA	2	12	167219	167230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407681775
76	NC_018677	ATAACA	2	12	168262	168273	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407681776
77	NC_018677	TTTATA	2	12	168592	168603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681776
78	NC_018677	ATTTTA	2	12	168790	168801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681776
79	NC_018677	CTTTTA	2	12	170771	170782	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407681778
80	NC_018677	CATCTT	2	12	171437	171448	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407681778
81	NC_018677	TAACTT	2	12	171852	171863	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407681778
82	NC_018677	TGTTTT	2	12	171979	171990	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407681778
83	NC_018677	ACAGTT	3	18	173582	173599	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407681779
84	NC_018677	GCCGTT	3	18	173600	173617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407681779
85	NC_018677	GTTGCC	2	12	173621	173632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407681779
86	NC_018677	CAGTTG	4	24	173637	173660	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407681779
87	NC_018677	GTTGCA	2	12	173663	173674	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407681779
88	NC_018677	GTTGCC	4	24	173675	173698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407681779
89	NC_018677	ATTTAA	2	12	174089	174100	50 %	50 %	0 %	0 %	407681780
90	NC_018677	TTGTTT	2	12	175349	175360	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407681780
91	NC_018677	TTTACA	2	12	177778	177789	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407681782
92	NC_018677	TTAATG	2	12	177827	177838	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407681782
93	NC_018677	TTTTGT	2	12	184502	184513	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407681785
94	NC_018677	CAAAAT	2	12	185307	185318	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407681785
95	NC_018677	AGAAGT	2	12	188052	188063	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407681786
96	NC_018677	ATTTAT	2	12	189036	189047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681788
97	NC_018677	TTTGTT	2	12	197803	197814	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407681797
98	NC_018677	ATAAAC	2	12	202637	202648	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407681800
99	NC_018677	TTATAT	2	12	203199	203210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681801
100	NC_018677	ATTTAT	2	12	209673	209684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681805
101	NC_018677	TTTAAT	2	12	212549	212560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681807
102	NC_018677	GTTTTG	2	12	212653	212664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407681807
103	NC_018677	ATGTTA	2	12	213563	213574	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407681808
104	NC_018677	TTTATA	2	12	214001	214012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681808
105	NC_018677	CAAAAA	2	12	215737	215748	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407681811
106	NC_018677	ATTTAT	2	12	217497	217508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681812
107	NC_018677	AATAGA	2	12	218311	218322	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407681812
108	NC_018677	GCAAAT	2	12	220157	220168	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407681814
109	NC_018677	AGGCGG	2	12	220598	220609	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	407681814
110	NC_018677	GAAAAA	2	12	221022	221033	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407681814
111	NC_018677	AAATTA	2	12	223040	223051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681815
112	NC_018677	TAAAAA	2	12	223632	223643	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681816
113	NC_018677	TTGTTT	2	12	231228	231239	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407681820
114	NC_018677	TTTTTA	2	12	233401	233412	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407681824
115	NC_018677	TTTACC	2	12	236590	236601	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407681828
116	NC_018677	TAAAAA	2	12	237097	237108	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407681828
117	NC_018677	TATAAA	2	12	239421	239432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407681830
118	NC_018677	TTTTTA	2	12	239614	239625	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407681830
119	NC_018677	TTATAT	2	12	240505	240516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407681831
120	NC_018677	TGTTAT	2	12	240517	240528	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407681831
121	NC_018677	TGTAGT	3	18	240535	240552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407681831
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.