MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2011C-3493 plasmid pAA-EA11

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018666	TCATT	2	10	654	663	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_018666	GAGTA	2	10	3119	3128	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018666	ACACG	2	10	3498	3507	40 %	0 %	20 %	40 %	407484808
4	NC_018666	TTGTT	2	10	4557	4566	0 %	80 %	20 %	0 %	407484808
5	NC_018666	AAAAC	2	10	6873	6882	80 %	0 %	0 %	20 %	407484810
6	NC_018666	TCATT	2	10	9493	9502	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_018666	ATGGT	2	10	11191	11200	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018666	CAAAA	2	10	13043	13052	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018666	CCGAA	2	10	15084	15093	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_018666	CAGCC	2	10	15162	15171	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_018666	TTTTG	2	10	18208	18217	0 %	80 %	20 %	0 %	407484827
12	NC_018666	CTTTA	2	10	20049	20058	20 %	60 %	0 %	20 %	407484829
13	NC_018666	AAACT	2	10	22633	22642	60 %	20 %	0 %	20 %	407484831
14	NC_018666	GTACG	2	10	24974	24983	20 %	20 %	40 %	20 %	407484834
15	NC_018666	TGAAC	2	10	25437	25446	40 %	20 %	20 %	20 %	407484834
16	NC_018666	GGTCT	2	10	25613	25622	0 %	40 %	40 %	20 %	407484835
17	NC_018666	CTCTG	2	10	25644	25653	0 %	40 %	20 %	40 %	407484835
18	NC_018666	TATCT	2	10	25922	25931	20 %	60 %	0 %	20 %	407484835
19	NC_018666	AGGAA	2	10	27247	27256	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018666	TCCCA	2	10	27874	27883	20 %	20 %	0 %	60 %	407484838
21	NC_018666	TGTCG	2	10	30874	30883	0 %	40 %	40 %	20 %	407484843
22	NC_018666	TTATG	2	10	33712	33721	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018666	ACGCA	2	10	34840	34849	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_018666	GTCTG	2	10	40293	40302	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_018666	GAACG	2	10	41322	41331	40 %	0 %	40 %	20 %	407484858
26	NC_018666	GATGT	2	10	41794	41803	20 %	40 %	40 %	0 %	407484859
27	NC_018666	CCGGA	2	10	42270	42279	20 %	0 %	40 %	40 %	407484859
28	NC_018666	GACCA	2	10	45486	45495	40 %	0 %	20 %	40 %	407484864
29	NC_018666	CGTGT	2	10	45543	45552	0 %	40 %	40 %	20 %	407484864
30	NC_018666	CAGGT	2	10	45825	45834	20 %	20 %	40 %	20 %	407484866
31	NC_018666	CCGGT	2	10	46434	46443	0 %	20 %	40 %	40 %	407484866
32	NC_018666	CGCTG	2	10	47693	47702	0 %	20 %	40 %	40 %	407484866
33	NC_018666	TATTT	2	10	51988	51997	20 %	80 %	0 %	0 %	407484869
34	NC_018666	GAATC	2	10	52114	52123	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018666	ATCAC	2	10	52161	52170	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_018666	AAGAG	2	10	55456	55465	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018666	GTCAG	2	10	63599	63608	20 %	20 %	40 %	20 %	407484878
38	NC_018666	ATTTT	2	10	64700	64709	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018666	TAATA	2	10	64907	64916	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018666	TATGT	2	10	66177	66186	20 %	60 %	20 %	0 %	407484880
41	NC_018666	TCTTT	2	10	67847	67856	0 %	80 %	0 %	20 %	407484882
42	NC_018666	ATAAA	2	10	69076	69085	80 %	20 %	0 %	0 %	407484883
43	NC_018666	TGATT	2	10	70102	70111	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.