MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium acidurici 9a chromosome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018664	AAAGAA	2	12	10876	10887	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018664	AAACTT	2	12	31863	31874	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018664	TTTTAT	2	12	36721	36732	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018664	ATTTAT	2	12	41181	41192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018664	TCTTAA	2	12	41624	41635	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018664	AAAATA	2	12	50479	50490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018664	TAGATA	2	12	50614	50625	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018664	ATAAGT	2	12	55309	55320	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018664	AATATA	2	12	61438	61449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018664	AAAGTA	2	12	63126	63137	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018664	TTAACT	2	12	94997	95008	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_018664	TTTTTA	2	12	101615	101626	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018664	ATATAA	2	12	105457	105468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018664	TTTTAA	2	12	106187	106198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018664	AAAGTT	2	12	128740	128751	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018664	TACAAA	2	12	132288	132299	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018664	TTATAC	2	12	154920	154931	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_018664	TATTTA	2	12	158425	158436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018664	AAAAAT	2	12	165268	165279	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018664	AGATAA	2	12	183847	183858	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018664	AAAGAG	2	12	183866	183877	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018664	AGAGAA	2	12	183922	183933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018664	AAAGGA	2	12	183934	183945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018664	AAAGAA	2	12	183986	183997	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018664	AAAGAA	2	12	184051	184062	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018664	AAAGAA	2	12	184084	184095	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018664	GAAAGA	2	12	184104	184115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018664	AAAGAA	2	12	184126	184137	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018664	TTGAAA	2	12	200046	200057	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018664	TTTTTG	2	12	203769	203780	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018664	ATAAAT	2	12	211446	211457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018664	ATATTT	2	12	282086	282097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018664	GCAAGT	2	12	282205	282216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018664	AGAAAA	2	12	296869	296880	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018664	TATAAT	2	12	298805	298816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018664	AAAATA	2	12	303361	303372	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018664	TATACT	2	12	306957	306968	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_018664	AATATA	2	12	313381	313392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018664	TATAAA	2	12	313834	313845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018664	TTATTT	2	12	331518	331529	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018664	TAAATA	2	12	332624	332635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018664	TCTTTA	2	12	347283	347294	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_018664	TGTATT	2	12	348890	348901	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018664	ATCTTA	2	12	358471	358482	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_018664	TATGAA	2	12	358506	358517	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018664	TAAGTC	2	12	373804	373815	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018664	TAAAAA	2	12	374828	374839	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018664	CAAGTA	2	12	374887	374898	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018664	AATGAT	2	12	379338	379349	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018664	AAAATG	2	12	392694	392705	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018664	GATTTA	2	12	401109	401120	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018664	TTAATG	2	12	404805	404816	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018664	CTTTTT	2	12	406449	406460	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018664	AATAGC	2	12	408328	408339	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_018664	ATTATC	2	12	410038	410049	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018664	GAATCA	2	12	420535	420546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018664	ATTTTA	2	12	420810	420821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018664	GATAAT	2	12	433950	433961	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018664	AATATT	2	12	436834	436845	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018664	AAAATA	2	12	444572	444583	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018664	ATAATC	2	12	447569	447580	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_018664	TTAACT	2	12	461856	461867	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_018664	AATTTT	2	12	464843	464854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018664	TTATAA	2	12	478694	478705	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018664	AGTTAA	2	12	479024	479035	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018664	AGTATC	2	12	487583	487594	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_018664	TATGAA	2	12	497899	497910	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018664	ATAAAA	2	12	503456	503467	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018664	AATAAG	2	12	505435	505446	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018664	ATTAAA	2	12	505743	505754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018664	AATTTA	2	12	537555	537566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018664	AGATGA	2	12	537753	537764	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018664	TTTTAT	2	12	541944	541955	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018664	TTTACT	2	12	561008	561019	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018664	GTATTA	2	12	566957	566968	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018664	ATAATT	2	12	567871	567882	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018664	AATAGC	2	12	574218	574229	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_018664	CTTATT	2	12	578193	578204	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_018664	TATTTA	2	12	582339	582350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018664	ATTATA	2	12	593370	593381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018664	TATGAT	2	12	605565	605576	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018664	ATTACT	2	12	620200	620211	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_018664	TAAAGA	2	12	646486	646497	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018664	TATATC	2	12	652763	652774	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_018664	CAAGGT	2	12	653020	653031	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_018664	GAAAAA	2	12	653575	653586	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018664	TAAAAA	2	12	653592	653603	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018664	TTTTAT	2	12	658701	658712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018664	TAATAT	2	12	674120	674131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018664	AAGCTA	2	12	677907	677918	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_018664	TCCTAC	2	12	690246	690257	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_018664	TACCTC	2	12	690625	690636	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_018664	ATTAAG	2	12	690775	690786	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018664	AATAGC	2	12	705872	705883	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018664	TAGTGA	2	12	718008	718019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018664	AAGTAA	2	12	718678	718689	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018664	AAATTA	2	12	722584	722595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018664	ATAAAA	2	12	733829	733840	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018664	TTATAA	2	12	750225	750236	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018664	ATTAAA	2	12	755703	755714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018664	TAAATA	2	12	773517	773528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018664	ATAAAA	2	12	781707	781718	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018664	ATAAAA	2	12	789451	789462	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018664	CATGAA	2	12	819708	819719	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_018664	TATAAA	2	12	834160	834171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018664	TAGAAA	2	12	842083	842094	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018664	AGTAAA	2	12	846964	846975	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018664	ATGAAA	2	12	848871	848882	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018664	ATTCAT	2	12	857648	857659	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_018664	GTAAAA	2	12	869975	869986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018664	TATAAA	2	12	870091	870102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018664	CATATT	2	12	887046	887057	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_018664	TAATAT	2	12	888354	888365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018664	TATACC	2	12	913380	913391	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_018664	AGCTGG	2	12	914045	914056	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_018664	ATTTTT	2	12	925565	925576	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018664	AGAATA	2	12	934542	934553	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018664	TAATAT	2	12	943072	943083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018664	TTATAT	2	12	950419	950430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018664	CCTATA	2	12	960236	960247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_018664	TTTTAT	2	12	965472	965483	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018664	AAAAAT	2	12	980581	980592	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018664	GATTTT	2	12	986775	986786	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018664	ACCAAG	2	12	1000824	1000835	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018664	AGAATA	2	12	1012805	1012816	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018664	CTTAAT	2	12	1020744	1020755	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_018664	TTTTTA	2	12	1040228	1040239	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018664	TATAGA	2	12	1041274	1041285	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018664	AGTAAT	2	12	1055723	1055734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018664	TTTATA	2	12	1056109	1056120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018664	TAAGGG	2	12	1065943	1065954	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_018664	AATATT	2	12	2454526	2454537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_018664	TTTCTT	2	12	2473691	2473702	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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260	NC_018664	TAATGT	2	12	2490531	2490542	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
261	NC_018664	TCTTTT	2	12	2490556	2490567	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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264	NC_018664	TTTTAA	2	12	2524764	2524775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.