MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2071 plasmid pAA-09EL71

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018662	TCCCA	2	10	105	114	20 %	20 %	0 %	60 %	407471877
2	NC_018662	TGTCG	2	10	3105	3114	0 %	40 %	40 %	20 %	407471882
3	NC_018662	TTATG	2	10	5943	5952	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018662	ACGCA	2	10	7071	7080	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_018662	GTCTG	2	10	12524	12533	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018662	GAACG	2	10	13553	13562	40 %	0 %	40 %	20 %	407471897
7	NC_018662	GATGT	2	10	14025	14034	20 %	40 %	40 %	0 %	407471898
8	NC_018662	CCGGA	2	10	14501	14510	20 %	0 %	40 %	40 %	407471898
9	NC_018662	GACCA	2	10	17717	17726	40 %	0 %	20 %	40 %	407471903
10	NC_018662	CGTGT	2	10	17774	17783	0 %	40 %	40 %	20 %	407471903
11	NC_018662	CAGGT	2	10	18056	18065	20 %	20 %	40 %	20 %	407471905
12	NC_018662	CCGGT	2	10	18665	18674	0 %	20 %	40 %	40 %	407471905
13	NC_018662	CGCTG	2	10	19924	19933	0 %	20 %	40 %	40 %	407471905
14	NC_018662	TATTT	2	10	24233	24242	20 %	80 %	0 %	0 %	407471909
15	NC_018662	GAATC	2	10	24359	24368	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018662	ATCAC	2	10	24406	24415	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018662	AAGAG	2	10	27701	27710	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018662	GTCAG	2	10	35846	35855	20 %	20 %	40 %	20 %	407471917
19	NC_018662	ATTTT	2	10	36947	36956	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018662	TAATA	2	10	37154	37163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018662	TATGT	2	10	38424	38433	20 %	60 %	20 %	0 %	407471919
22	NC_018662	TCTTT	2	10	40094	40103	0 %	80 %	0 %	20 %	407471921
23	NC_018662	ATAAA	2	10	41323	41332	80 %	20 %	0 %	0 %	407471922
24	NC_018662	TGATT	2	10	42349	42358	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018662	TCATT	2	10	47117	47126	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018662	GAGTA	2	10	49582	49591	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018662	ACACG	2	10	49961	49970	40 %	0 %	20 %	40 %	407471929
28	NC_018662	TTGTT	2	10	51020	51029	0 %	80 %	20 %	0 %	407471929
29	NC_018662	AAAAC	2	10	54685	54694	80 %	0 %	0 %	20 %	407471931
30	NC_018662	TCATT	2	10	57305	57314	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018662	ATGGT	2	10	59003	59012	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018662	CAAAA	2	10	60855	60864	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018662	CCGAA	2	10	62896	62905	40 %	0 %	20 %	40 %	407471944
34	NC_018662	CAGCC	2	10	62974	62983	20 %	0 %	20 %	60 %	407471944
35	NC_018662	TTTTG	2	10	66019	66028	0 %	80 %	20 %	0 %	407471949
36	NC_018662	CTTTA	2	10	67860	67869	20 %	60 %	0 %	20 %	407471951
37	NC_018662	AAACT	2	10	70438	70447	60 %	20 %	0 %	20 %	407471953
38	NC_018662	GTACG	2	10	72779	72788	20 %	20 %	40 %	20 %	407471957
39	NC_018662	TGAAC	2	10	73241	73250	40 %	20 %	20 %	20 %	407471958
40	NC_018662	GGTCT	2	10	73417	73426	0 %	40 %	40 %	20 %	407471959
41	NC_018662	CTCTG	2	10	73448	73457	0 %	40 %	20 %	40 %	407471959
42	NC_018662	TATCT	2	10	73726	73735	20 %	60 %	0 %	20 %	407471959
43	NC_018662	AGGAA	2	10	75051	75060	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.