MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2071 plasmid pAA-09EL71

Total Repeats: 212

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018662	TGTT	2	8	10	17	0 %	75 %	25 %	0 %	407471877
2	NC_018662	TCAG	2	8	325	332	25 %	25 %	25 %	25 %	407471877
3	NC_018662	GCTG	2	8	1209	1216	0 %	25 %	50 %	25 %	407471878
4	NC_018662	GCGA	2	8	1346	1353	25 %	0 %	50 %	25 %	407471878
5	NC_018662	CACT	2	8	1461	1468	25 %	25 %	0 %	50 %	407471878
6	NC_018662	TTAT	2	8	2269	2276	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018662	GAAA	2	8	2591	2598	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018662	GAGC	2	8	2833	2840	25 %	0 %	50 %	25 %	407471881
9	NC_018662	CGAA	2	8	2995	3002	50 %	0 %	25 %	25 %	407471882
10	NC_018662	TTAT	2	8	3494	3501	25 %	75 %	0 %	0 %	407471883
11	NC_018662	CGAC	2	8	3769	3776	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_018662	AAAC	2	8	4126	4133	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_018662	AGAC	2	8	4205	4212	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018662	ATGA	2	8	4399	4406	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018662	TCAG	2	8	4622	4629	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_018662	CAGG	2	8	4678	4685	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_018662	TGGG	2	8	4984	4991	0 %	25 %	75 %	0 %	407471884
18	NC_018662	TCAT	2	8	4994	5001	25 %	50 %	0 %	25 %	407471884
19	NC_018662	AGTC	2	8	5622	5629	25 %	25 %	25 %	25 %	407471884
20	NC_018662	AGTG	2	8	5774	5781	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018662	CGTC	2	8	6034	6041	0 %	25 %	25 %	50 %	407471885
22	NC_018662	CCAG	2	8	6127	6134	25 %	0 %	25 %	50 %	407471885
23	NC_018662	GGCG	2	8	6400	6407	0 %	0 %	75 %	25 %	407471885
24	NC_018662	CGCA	2	8	6417	6424	25 %	0 %	25 %	50 %	407471885
25	NC_018662	TCCA	2	8	6459	6466	25 %	25 %	0 %	50 %	407471885
26	NC_018662	CACT	2	8	6578	6585	25 %	25 %	0 %	50 %	407471885
27	NC_018662	TTTG	2	8	6833	6840	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018662	AAGG	2	8	6988	6995	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018662	TGAT	2	8	8422	8429	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018662	CCAG	2	8	8598	8605	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_018662	GAGG	2	8	8699	8706	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018662	TCTG	2	8	8820	8827	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_018662	AATG	2	8	8863	8870	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018662	CTGT	2	8	9502	9509	0 %	50 %	25 %	25 %	407471890
35	NC_018662	GTCG	2	8	9598	9605	0 %	25 %	50 %	25 %	407471890
36	NC_018662	GGTA	2	8	9642	9649	25 %	25 %	50 %	0 %	407471890
37	NC_018662	GAGC	2	8	10038	10045	25 %	0 %	50 %	25 %	407471892
38	NC_018662	AGAA	2	8	10048	10055	75 %	0 %	25 %	0 %	407471892
39	NC_018662	GCCA	2	8	10239	10246	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_018662	TCTG	2	8	10555	10562	0 %	50 %	25 %	25 %	407471893
41	NC_018662	CGGG	2	8	10758	10765	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
42	NC_018662	TGCA	2	8	11041	11048	25 %	25 %	25 %	25 %	407471894
43	NC_018662	GCTG	2	8	11228	11235	0 %	25 %	50 %	25 %	407471894
44	NC_018662	ATAA	2	8	12004	12011	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018662	AAAT	2	8	12051	12058	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018662	TCCA	2	8	12392	12399	25 %	25 %	0 %	50 %	407471895
47	NC_018662	TGCC	2	8	12769	12776	0 %	25 %	25 %	50 %	407471896
48	NC_018662	GCCG	2	8	13147	13154	0 %	0 %	50 %	50 %	407471896
49	NC_018662	CTGG	2	8	13263	13270	0 %	25 %	50 %	25 %	407471897
50	NC_018662	CGCC	2	8	13627	13634	0 %	0 %	25 %	75 %	407471898
51	NC_018662	CCGG	2	8	13972	13979	0 %	0 %	50 %	50 %	407471898
52	NC_018662	CCTG	2	8	13994	14001	0 %	25 %	25 %	50 %	407471898
53	NC_018662	ATCC	2	8	14516	14523	25 %	25 %	0 %	50 %	407471898
54	NC_018662	TGCA	2	8	14655	14662	25 %	25 %	25 %	25 %	407471898
55	NC_018662	TTAT	2	8	15226	15233	25 %	75 %	0 %	0 %	407471899
56	NC_018662	TTTC	2	8	15415	15422	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_018662	GGCA	2	8	16575	16582	25 %	0 %	50 %	25 %	407471902
58	NC_018662	CAGC	2	8	17238	17245	25 %	0 %	25 %	50 %	407471903
59	NC_018662	AGGC	2	8	17246	17253	25 %	0 %	50 %	25 %	407471903
60	NC_018662	CCAC	2	8	17395	17402	25 %	0 %	0 %	75 %	407471903
61	NC_018662	CAGC	2	8	18337	18344	25 %	0 %	25 %	50 %	407471905
62	NC_018662	TCCG	2	8	18962	18969	0 %	25 %	25 %	50 %	407471905
63	NC_018662	CAGG	2	8	20815	20822	25 %	0 %	50 %	25 %	407471905
64	NC_018662	GCCC	2	8	20835	20842	0 %	0 %	25 %	75 %	407471905
65	NC_018662	TCGC	2	8	20942	20949	0 %	25 %	25 %	50 %	407471905
66	NC_018662	CCGG	2	8	20971	20978	0 %	0 %	50 %	50 %	407471905
67	NC_018662	CCAG	2	8	21175	21182	25 %	0 %	25 %	50 %	407471905
68	NC_018662	GCGA	2	8	21676	21683	25 %	0 %	50 %	25 %	407471905
69	NC_018662	TGCG	2	8	22183	22190	0 %	25 %	50 %	25 %	407471906
70	NC_018662	ACTC	2	8	22484	22491	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_018662	GCTG	2	8	22914	22921	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_018662	TATT	2	8	23657	23664	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018662	TAAT	2	8	23815	23822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018662	ATTT	2	8	24322	24329	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018662	AAAT	2	8	24539	24546	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018662	AAAT	2	8	25795	25802	75 %	25 %	0 %	0 %	407471911
77	NC_018662	AGAA	2	8	26814	26821	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018662	AATA	2	8	27341	27348	75 %	25 %	0 %	0 %	407471912
79	NC_018662	GACT	2	8	27387	27394	25 %	25 %	25 %	25 %	407471912
80	NC_018662	TCCA	2	8	27860	27867	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_018662	TAAT	2	8	27877	27884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018662	GCCT	2	8	28257	28264	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_018662	AACT	2	8	28784	28791	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_018662	GAAA	2	8	28963	28970	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018662	ATGG	2	8	29111	29118	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018662	CCAG	2	8	29947	29954	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_018662	AAAC	2	8	30926	30933	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_018662	TCCT	2	8	31155	31162	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_018662	AATG	2	8	31241	31248	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018662	ATTT	2	8	31336	31343	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018662	GTGG	2	8	31413	31420	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018662	AATG	2	8	32174	32181	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018662	CATT	2	8	32238	32245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_018662	TTAT	2	8	32304	32311	25 %	75 %	0 %	0 %	407471913
95	NC_018662	GCAG	2	8	34401	34408	25 %	0 %	50 %	25 %	407471916
96	NC_018662	GTCT	2	8	34819	34826	0 %	50 %	25 %	25 %	407471916
97	NC_018662	GAAA	2	8	34829	34836	75 %	0 %	25 %	0 %	407471916
98	NC_018662	CGGT	2	8	35287	35294	0 %	25 %	50 %	25 %	407471917
99	NC_018662	TGAT	2	8	35686	35693	25 %	50 %	25 %	0 %	407471917
100	NC_018662	TCTG	2	8	35932	35939	0 %	50 %	25 %	25 %	407471917
101	NC_018662	GAAG	2	8	36772	36779	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018662	AGGA	2	8	36853	36860	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018662	CTTT	2	8	37023	37030	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_018662	ATTT	2	8	37114	37121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018662	TAAA	2	8	37211	37218	75 %	25 %	0 %	0 %	407471918
106	NC_018662	CAAT	2	8	38099	38106	50 %	25 %	0 %	25 %	407471918
107	NC_018662	ACTC	2	8	38343	38350	25 %	25 %	0 %	50 %	407471918
108	NC_018662	ATTC	2	8	39097	39104	25 %	50 %	0 %	25 %	407471920
109	NC_018662	CTAG	2	8	39567	39574	25 %	25 %	25 %	25 %	407471920
110	NC_018662	TCTT	2	8	39612	39619	0 %	75 %	0 %	25 %	407471920
111	NC_018662	AGTT	2	8	39963	39970	25 %	50 %	25 %	0 %	407471921
112	NC_018662	TTTC	2	8	40052	40059	0 %	75 %	0 %	25 %	407471921
113	NC_018662	ATAA	2	8	40229	40236	75 %	25 %	0 %	0 %	407471921
114	NC_018662	ATTA	2	8	40629	40636	50 %	50 %	0 %	0 %	407471921
115	NC_018662	ATAA	2	8	40748	40755	75 %	25 %	0 %	0 %	407471921
116	NC_018662	CTGT	2	8	40762	40769	0 %	50 %	25 %	25 %	407471921
117	NC_018662	ATTG	2	8	40784	40791	25 %	50 %	25 %	0 %	407471921
118	NC_018662	GAAA	2	8	40913	40920	75 %	0 %	25 %	0 %	407471921
119	NC_018662	TTTC	2	8	41251	41258	0 %	75 %	0 %	25 %	407471922
120	NC_018662	CAGA	2	8	41347	41354	50 %	0 %	25 %	25 %	407471922
121	NC_018662	AAGA	2	8	41519	41526	75 %	0 %	25 %	0 %	407471922
122	NC_018662	GAAA	2	8	41870	41877	75 %	0 %	25 %	0 %	407471922
123	NC_018662	TCAG	2	8	42400	42407	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_018662	AGTC	2	8	42542	42549	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_018662	CTTT	2	8	43846	43853	0 %	75 %	0 %	25 %	407471925
126	NC_018662	TAGT	2	8	44025	44032	25 %	50 %	25 %	0 %	407471925
127	NC_018662	AGGC	2	8	44552	44559	25 %	0 %	50 %	25 %	407471925
128	NC_018662	ATTA	2	8	44935	44942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018662	TTGG	2	8	45094	45101	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018662	AGCC	2	8	45225	45232	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_018662	CAGC	2	8	45423	45430	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_018662	ATAA	2	8	45529	45536	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018662	TGAT	2	8	46278	46285	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018662	GTTT	2	8	46951	46958	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018662	GCCA	2	8	47812	47819	25 %	0 %	25 %	50 %	407471927
136	NC_018662	CCTT	2	8	48263	48270	0 %	50 %	0 %	50 %	407471928
137	NC_018662	GTAT	2	8	48710	48717	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018662	TGTC	2	8	48750	48757	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_018662	TGAT	2	8	48981	48988	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018662	CCAC	2	8	49218	49225	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
141	NC_018662	ATAC	2	8	49398	49405	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_018662	GCCA	2	8	49936	49943	25 %	0 %	25 %	50 %	407471929
143	NC_018662	GGCT	2	8	51252	51259	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_018662	CAGC	2	8	52438	52445	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_018662	GCCA	2	8	52654	52661	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_018662	CCTG	2	8	52717	52724	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_018662	CTTG	2	8	52767	52774	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.