MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2011C-3493 plasmid pESBL-EA11

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018659	TTAAC	2	10	2127	2136	40 %	40 %	0 %	20 %	407484677
2	NC_018659	ACCGG	2	10	3440	3449	20 %	0 %	40 %	40 %	407484680
3	NC_018659	CCAGT	2	10	12059	12068	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_018659	GACAG	2	10	12601	12610	40 %	0 %	40 %	20 %	407484688
5	NC_018659	AAAGG	2	10	14530	14539	60 %	0 %	40 %	0 %	407484690
6	NC_018659	TGAAT	2	10	20043	20052	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018659	CTATA	2	10	22747	22756	40 %	40 %	0 %	20 %	407484698
8	NC_018659	TGACA	2	10	24179	24188	40 %	20 %	20 %	20 %	407484701
9	NC_018659	ATCAC	2	10	26762	26771	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_018659	GTTGT	2	10	27152	27161	0 %	60 %	40 %	0 %	407484703
11	NC_018659	ACTGA	2	10	27349	27358	40 %	20 %	20 %	20 %	407484704
12	NC_018659	TCCAG	2	10	29179	29188	20 %	20 %	20 %	40 %	407484705
13	NC_018659	GCTGT	2	10	31471	31480	0 %	40 %	40 %	20 %	407484707
14	NC_018659	TGGTG	2	10	32033	32042	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018659	TTGAA	2	10	34067	34076	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018659	GCCCG	2	10	34081	34090	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_018659	CAGCA	2	10	35141	35150	40 %	0 %	20 %	40 %	407484711
18	NC_018659	GCTTC	2	10	35192	35201	0 %	40 %	20 %	40 %	407484711
19	NC_018659	TATGG	2	10	35540	35549	20 %	40 %	40 %	0 %	407484712
20	NC_018659	ATTTT	2	10	36105	36114	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018659	GAAGA	2	10	36166	36175	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018659	GCAGC	2	10	37322	37331	20 %	0 %	40 %	40 %	407484713
23	NC_018659	GCCGC	2	10	37902	37911	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_018659	TGAAT	2	10	39102	39111	40 %	40 %	20 %	0 %	407484714
25	NC_018659	TCTTT	2	10	39584	39593	0 %	80 %	0 %	20 %	407484715
26	NC_018659	TTTGT	2	10	41886	41895	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018659	TGATC	2	10	43075	43084	20 %	40 %	20 %	20 %	407484717
28	NC_018659	CTGTA	2	10	45646	45655	20 %	40 %	20 %	20 %	407484719
29	NC_018659	TTTAA	2	10	49778	49787	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018659	TGCTT	2	10	50180	50189	0 %	60 %	20 %	20 %	407484725
31	NC_018659	GTTAA	2	10	50939	50948	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018659	TGTTA	2	10	50992	51001	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018659	GTTCA	2	10	51249	51258	20 %	40 %	20 %	20 %	407484727
34	NC_018659	CGTAC	2	10	51712	51721	20 %	20 %	20 %	40 %	407484727
35	NC_018659	CGCGG	2	10	54483	54492	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_018659	ACGGG	2	10	54534	54543	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_018659	CCGGC	2	10	55148	55157	0 %	0 %	40 %	60 %	407484731
38	NC_018659	GCTGG	2	10	55180	55189	0 %	20 %	60 %	20 %	407484731
39	NC_018659	CCGCC	2	10	56853	56862	0 %	0 %	20 %	80 %	407484734
40	NC_018659	GGCAC	2	10	57319	57328	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_018659	ACCGT	2	10	57609	57618	20 %	20 %	20 %	40 %	407484735
42	NC_018659	TGTAC	2	10	57844	57853	20 %	40 %	20 %	20 %	407484736
43	NC_018659	CCGGC	2	10	58551	58560	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_018659	CCGCC	2	10	59768	59777	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
45	NC_018659	CTGTC	2	10	60169	60178	0 %	40 %	20 %	40 %	407484740
46	NC_018659	AAGTG	2	10	60806	60815	40 %	20 %	40 %	0 %	407484740
47	NC_018659	CCGCC	2	10	62070	62079	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
48	NC_018659	CTGGT	2	10	63046	63055	0 %	40 %	40 %	20 %	407484742
49	NC_018659	GGCAC	2	10	64266	64275	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_018659	TGACC	2	10	64394	64403	20 %	20 %	20 %	40 %	407484744
51	NC_018659	GTTAC	2	10	67199	67208	20 %	40 %	20 %	20 %	407484748
52	NC_018659	TTTAT	2	10	68400	68409	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018659	ATGAC	2	10	70873	70882	40 %	20 %	20 %	20 %	407484754
54	NC_018659	ATCGT	2	10	71440	71449	20 %	40 %	20 %	20 %	407484754
55	NC_018659	CAGGG	2	10	77073	77082	20 %	0 %	60 %	20 %	407484757
56	NC_018659	CTTTT	2	10	78961	78970	0 %	80 %	0 %	20 %	407484758
57	NC_018659	AGTAT	2	10	79088	79097	40 %	40 %	20 %	0 %	407484758
58	NC_018659	TGTTT	2	10	81512	81521	0 %	80 %	20 %	0 %	407484764
59	NC_018659	CATAA	2	10	84081	84090	60 %	20 %	0 %	20 %	407484766
60	NC_018659	TGAGC	2	10	84091	84100	20 %	20 %	40 %	20 %	407484766
61	NC_018659	GTCTG	2	10	85134	85143	0 %	40 %	40 %	20 %	407484767
62	NC_018659	TCTTT	2	10	88355	88364	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.