MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Nitrosopumilus sp. AR2 chromosome

Total Repeats: 885

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018656	GTATCT	2	12	198	209	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_018656	GAAGTT	2	12	2247	2258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018656	TCAAAA	2	12	7168	7179	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407463881
4	NC_018656	TTTCTG	2	12	10210	10221	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407463882
5	NC_018656	AATTAA	2	12	11829	11840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407463884
6	NC_018656	AAAGAA	2	12	12757	12768	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407463886
7	NC_018656	AAAAGA	2	12	13739	13750	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407463887
8	NC_018656	ATTGAA	2	12	14080	14091	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407463887
9	NC_018656	GATGGA	2	12	17123	17134	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	407463890
10	NC_018656	GTTTTT	2	12	17914	17925	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407463892
11	NC_018656	CTAATT	2	12	18490	18501	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407463893
12	NC_018656	CAAAAT	2	12	20699	20710	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407463895
13	NC_018656	TTCTCT	2	12	21532	21543	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407463896
14	NC_018656	TTAAAA	2	12	23815	23826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018656	AATATC	2	12	23935	23946	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407463899
16	NC_018656	ATTGGC	2	12	25428	25439	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407463900
17	NC_018656	TAAAAC	2	12	33474	33485	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407463906
18	NC_018656	ATTTGA	2	12	33958	33969	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018656	TTTTCA	2	12	34374	34385	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407463907
20	NC_018656	CAGAAT	2	12	36334	36345	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407463909
21	NC_018656	GAATCT	2	12	37826	37837	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407463910
22	NC_018656	AAAAGG	2	12	39679	39690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407463911
23	NC_018656	TATTGG	2	12	43307	43318	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407463914
24	NC_018656	AATTTC	2	12	45100	45111	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407463915
25	NC_018656	TCTACT	2	12	46285	46296	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407463916
26	NC_018656	TAATGA	2	12	51405	51416	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407463923
27	NC_018656	TTCTGC	2	12	52283	52294	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407463925
28	NC_018656	TCATTT	2	12	54913	54924	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018656	CAAAAC	2	12	55051	55062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407463928
30	NC_018656	TAAAAA	2	12	55474	55485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018656	ACAAAA	2	12	55589	55600	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018656	TATAAT	2	12	64854	64865	50 %	50 %	0 %	0 %	407463940
33	NC_018656	ATTTTT	2	12	66551	66562	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407463942
34	NC_018656	TCTAGT	2	12	69275	69286	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407463947
35	NC_018656	TGCAGG	2	12	72277	72288	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407463951
36	NC_018656	GGAAAA	2	12	72662	72673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407463951
37	NC_018656	GTAACT	2	12	73484	73495	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407463952
38	NC_018656	TTTTAA	2	12	75520	75531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018656	TTGCAT	2	12	78502	78513	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018656	TTTCCA	2	12	78791	78802	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407463959
41	NC_018656	TCCATA	2	12	79300	79311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407463959
42	NC_018656	TAGGAA	2	12	79871	79882	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407463960
43	NC_018656	GATGGA	2	12	85379	85390	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	407463967
44	NC_018656	GTGCAT	2	12	93772	93783	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407463977
45	NC_018656	CGGTGG	2	12	95596	95607	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	407463979
46	NC_018656	TGCTAA	2	12	100059	100070	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407463984
47	NC_018656	TTTTTG	2	12	100359	100370	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407463984
48	NC_018656	CTTTTG	2	12	101190	101201	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407463986
49	NC_018656	TGTACA	2	12	101269	101280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407463986
50	NC_018656	ATTCCA	2	12	102390	102401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407463988
51	NC_018656	ATTTGT	2	12	102614	102625	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407463988
52	NC_018656	TGCAAT	2	12	104850	104861	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407463990
53	NC_018656	ATGTTT	2	12	105029	105040	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407463991
54	NC_018656	TAGAAA	2	12	109333	109344	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407463996
55	NC_018656	TTGATT	2	12	110616	110627	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407463997
56	NC_018656	AATTTC	2	12	111166	111177	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407463998
57	NC_018656	ACCTGG	2	12	112113	112124	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407464000
58	NC_018656	TGTGGG	2	12	114677	114688	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407464003
59	NC_018656	ATTCTA	2	12	115927	115938	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407464004
60	NC_018656	ACAATT	2	12	117110	117121	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407464005
61	NC_018656	AAATTC	2	12	123287	123298	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407464012
62	NC_018656	AAAATG	2	12	124388	124399	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407464013
63	NC_018656	ATACCC	2	12	128548	128559	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407464016
64	NC_018656	TACAAT	2	12	128566	128577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407464016
65	NC_018656	AATTAA	2	12	135273	135284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407464025
66	NC_018656	TGATGT	2	12	136045	136056	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407464025
67	NC_018656	CAATCA	2	12	136559	136570	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407464026
68	NC_018656	TCCATG	2	12	137782	137793	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464030
69	NC_018656	ATCAAA	2	12	138023	138034	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407464030
70	NC_018656	TAAACC	2	12	138388	138399	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407464030
71	NC_018656	TTATCA	2	12	142283	142294	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407464038
72	NC_018656	GATTCT	2	12	145826	145837	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407464040
73	NC_018656	CCGACA	2	12	147479	147490	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407464041
74	NC_018656	TTCCTT	2	12	149600	149611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407464045
75	NC_018656	ATGTGG	2	12	150538	150549	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407464046
76	NC_018656	AACTCA	2	12	150915	150926	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407464046
77	NC_018656	TGATAT	2	12	151520	151531	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407464047
78	NC_018656	CAGGTT	2	12	152625	152636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407464048
79	NC_018656	TGAGAA	2	12	153469	153480	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407464049
80	NC_018656	ACAAAA	2	12	155618	155629	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018656	TTTGCA	2	12	161679	161690	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407464060
82	NC_018656	AAGCTA	2	12	165999	166010	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407464066
83	NC_018656	AAAAGA	2	12	166012	166023	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407464066
84	NC_018656	TATGAA	2	12	166315	166326	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407464066
85	NC_018656	TTTTGA	2	12	166763	166774	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407464067
86	NC_018656	ATCTTT	2	12	169593	169604	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018656	TTTCCT	2	12	172543	172554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407464075
88	NC_018656	AGTATT	2	12	173531	173542	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407464077
89	NC_018656	ATTGAA	2	12	173667	173678	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407464077
90	NC_018656	ATCTGG	2	12	174365	174376	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407464077
91	NC_018656	TCTTTT	2	12	176596	176607	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018656	TCAAGA	2	12	176967	176978	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407464080
93	NC_018656	AAATAA	2	12	177838	177849	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018656	TTACTT	2	12	178232	178243	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407464082
95	NC_018656	ATCAAA	2	12	182123	182134	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407464088
96	NC_018656	AGATAC	2	12	183278	183289	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407464090
97	NC_018656	GCAGAT	2	12	185132	185143	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407464092
98	NC_018656	CACACG	2	12	186147	186158	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407464093
99	NC_018656	GCAAGA	2	12	189713	189724	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407464096
100	NC_018656	CAATTT	2	12	193264	193275	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407464099
101	NC_018656	ATTTTA	2	12	193353	193364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407464099
102	NC_018656	AACTTT	2	12	193402	193413	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407464099
103	NC_018656	TTCATG	2	12	194504	194515	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407464102
104	NC_018656	ATCCAA	2	12	195308	195319	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407464103
105	NC_018656	GGATTA	2	12	202062	202073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407464111
106	NC_018656	TGCAAT	2	12	202352	202363	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407464111
107	NC_018656	AGCTGA	2	12	205858	205869	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407464116
108	NC_018656	AGCTGA	2	12	205879	205890	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407464116
109	NC_018656	AGCAGA	2	12	206053	206064	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407464116
110	NC_018656	ATTGAT	2	12	206851	206862	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407464117
111	NC_018656	TTTTTA	2	12	210796	210807	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407464121
112	NC_018656	AATCAA	2	12	215969	215980	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407464126
113	NC_018656	ACTGAA	2	12	217556	217567	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407464130
114	NC_018656	TGATCC	2	12	218285	218296	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464131
115	NC_018656	TAAAAC	2	12	219034	219045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407464131
116	NC_018656	TGGATT	2	12	219542	219553	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407464132
117	NC_018656	TGCAGC	2	12	219758	219769	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407464132
118	NC_018656	ACAAAA	2	12	220843	220854	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407464133
119	NC_018656	CAATTG	2	12	221759	221770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407464135
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234	NC_018656	GAATCT	2	12	402867	402878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407464346
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236	NC_018656	AATTTA	2	12	412726	412737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_018656	CTGGTT	2	12	414333	414344	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
238	NC_018656	TTTCTG	2	12	414360	414371	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
239	NC_018656	ATTAGT	2	12	418362	418373	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407464364
240	NC_018656	ATGCTG	2	12	421223	421234	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407464366
241	NC_018656	TTTACA	2	12	422564	422575	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407464367
242	NC_018656	ATTGAC	2	12	422766	422777	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407464368
243	NC_018656	CCTGCA	2	12	423696	423707	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407464370
244	NC_018656	ATGATA	2	12	425721	425732	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407464372
245	NC_018656	CTGCTC	2	12	429687	429698	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407464379
246	NC_018656	ATCTGA	2	12	434091	434102	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407464384
247	NC_018656	TTTTAA	2	12	435817	435828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_018656	TTTCTA	2	12	436018	436029	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407464386
249	NC_018656	CTAATC	2	12	436919	436930	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
250	NC_018656	ACTCTT	2	12	437592	437603	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407464388
251	NC_018656	ATAATG	2	12	443438	443449	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407464398
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254	NC_018656	AGTTGC	2	12	450656	450667	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407464408
255	NC_018656	ATTGGA	2	12	450699	450710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407464408
256	NC_018656	CATCTG	2	12	451725	451736	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464409
257	NC_018656	CCTCAT	2	12	452809	452820	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407464410
258	NC_018656	CTGCTA	2	12	454100	454111	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464412
259	NC_018656	GCTTTG	2	12	454156	454167	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407464412
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265	NC_018656	TTGCAA	2	12	466776	466787	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407464426
266	NC_018656	AATGAT	2	12	467691	467702	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407464427
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282	NC_018656	ATCCTG	2	12	513179	513190	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464487
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285	NC_018656	AATTAA	2	12	516185	516196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_018656	ATTTTG	2	12	516950	516961	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407464493
287	NC_018656	ATCTGC	2	12	522289	522300	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464500
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341	NC_018656	ATAATT	2	12	621730	621741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_018656	AAAATG	2	12	621743	621754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
343	NC_018656	AAACTA	2	12	622278	622289	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407464616
344	NC_018656	ATTTCA	2	12	625056	625067	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
345	NC_018656	ATAAAC	2	12	626966	626977	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407464621
346	NC_018656	CATTTC	2	12	628258	628269	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407464624
347	NC_018656	TTAAAA	2	12	628321	628332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407464624
348	NC_018656	TCCAAG	2	12	630378	630389	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407464625
349	NC_018656	AATTTG	2	12	632562	632573	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407464627
350	NC_018656	AGAATT	2	12	634650	634661	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407464629
351	NC_018656	CTGCAA	2	12	640360	640371	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407464637
352	NC_018656	TAATTT	2	12	645636	645647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407464644
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354	NC_018656	TAATTT	2	12	647166	647177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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456	NC_018656	GCATCT	2	12	858285	858296	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407464912
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459	NC_018656	AAAACA	2	12	862161	862172	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407464915
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461	NC_018656	AGCTGT	2	12	863264	863275	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407464917
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