MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrosopumilus sp. AR2 chromosome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018656	GTATCT	2	12	198	209	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_018656	GAAGTT	2	12	2247	2258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018656	TTAAAA	2	12	23815	23826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018656	ATTTGA	2	12	33958	33969	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018656	TCATTT	2	12	54913	54924	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018656	TAAAAA	2	12	55474	55485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018656	ACAAAA	2	12	55589	55600	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_018656	TTTTAA	2	12	75520	75531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018656	TTGCAT	2	12	78502	78513	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_018656	ACAAAA	2	12	155618	155629	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018656	ATCTTT	2	12	169593	169604	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_018656	TCTTTT	2	12	176596	176607	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_018656	AAATAA	2	12	177838	177849	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018656	AACCTT	2	12	228853	228864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018656	ACAAAA	2	12	248372	248383	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_018656	TAATGT	2	12	353854	353865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018656	ATATGG	2	12	358915	358926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018656	AGAATT	2	12	360416	360427	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018656	AATCAA	2	12	360483	360494	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_018656	CTAATT	2	12	363513	363524	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_018656	TTAAAA	2	12	368794	368805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018656	TTCTTT	2	12	370557	370568	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018656	TGCAAT	2	12	388016	388027	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018656	GATTTA	2	12	388296	388307	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018656	ATCCAA	2	12	394566	394577	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018656	ATTACT	2	12	402212	402223	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_018656	AATTTA	2	12	412726	412737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018656	CTGGTT	2	12	414333	414344	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018656	TTTCTG	2	12	414360	414371	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_018656	TTTTAA	2	12	435817	435828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018656	CTAATC	2	12	436919	436930	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018656	AATTAA	2	12	516185	516196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018656	AAATGA	2	12	559183	559194	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018656	TCTAAA	2	12	569446	569457	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018656	AAAAGA	2	12	590395	590406	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018656	ATGTAC	2	12	590536	590547	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_018656	ACTAAA	2	12	602721	602732	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_018656	ATAATT	2	12	621730	621741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018656	AAAATG	2	12	621743	621754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018656	ATTTCA	2	12	625056	625067	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_018656	TAATTT	2	12	647166	647177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018656	ACTGAA	2	12	652074	652085	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_018656	TGTGAT	2	12	692719	692730	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018656	TCATAT	2	12	713736	713747	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_018656	TTTACG	2	12	718799	718810	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_018656	CAATAG	2	12	744542	744553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018656	TAAAAA	2	12	745692	745703	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018656	AATCAA	2	12	764777	764788	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018656	ACAAGA	2	12	846826	846837	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_018656	AAAAGG	2	12	867518	867529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018656	TTATTT	2	12	872761	872772	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018656	ATCTGG	2	12	878644	878655	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_018656	CCATTA	2	12	882854	882865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_018656	TACACC	2	12	884718	884729	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_018656	CTTTTT	2	12	885110	885121	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018656	GAATTA	2	12	885874	885885	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018656	CTGTCT	2	12	900237	900248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018656	ATGATT	2	12	900445	900456	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018656	ACATAG	2	12	901693	901704	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_018656	AAACAA	2	12	934652	934663	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_018656	CACAAG	2	12	950575	950586	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018656	ACCGGC	2	12	950810	950821	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_018656	AAAAAG	2	12	972002	972013	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018656	AAAATT	2	12	985981	985992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018656	TTATTT	2	12	1007461	1007472	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018656	TTCTTT	2	12	1032764	1032775	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_018656	AAAATC	2	12	1034499	1034510	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_018656	TAAAAA	2	12	1034528	1034539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018656	CATCTA	2	12	1047199	1047210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018656	CAGATA	2	12	1047866	1047877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_018656	ATGCAA	2	12	1060290	1060301	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_018656	CAGATT	2	12	1082770	1082781	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018656	AGTGGA	2	12	1090997	1091008	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018656	AATCAG	2	12	1091506	1091517	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018656	CAAAGT	2	12	1093460	1093471	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_018656	ATGATA	2	12	1096796	1096807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018656	TGAAAA	2	12	1114104	1114115	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018656	TTTATT	2	12	1118182	1118193	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018656	TTTAAA	2	12	1125285	1125296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018656	ATTTTC	2	12	1144845	1144856	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018656	TAAAAA	2	12	1170029	1170040	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018656	ATTGCA	2	12	1197453	1197464	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_018656	AATTTC	2	12	1274204	1274215	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_018656	GTCGAC	2	12	1285617	1285628	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_018656	AGTAGA	2	12	1297953	1297964	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018656	CTTTTT	2	12	1338038	1338049	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018656	ATGTGA	2	12	1351463	1351474	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018656	AATATT	2	12	1355782	1355793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018656	ACAATG	2	12	1356913	1356924	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_018656	ATAATT	2	12	1375072	1375083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018656	AATAAA	2	12	1378541	1378552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018656	ATTTTA	2	12	1378563	1378574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018656	GAAAAG	2	12	1382467	1382478	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018656	TATTAC	2	12	1400653	1400664	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018656	TCCCTT	2	12	1477256	1477267	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_018656	CTTTAA	2	12	1483645	1483656	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_018656	GATTTT	2	12	1495153	1495164	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018656	TAAAAA	2	12	1499487	1499498	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018656	AATTAT	2	12	1589045	1589056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018656	TCATAT	2	12	1636714	1636725	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_018656	AAAATA	2	12	1638155	1638166	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018656	TTTCTT	2	12	1657139	1657150	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_018656	TTCTTT	2	12	1658384	1658395	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_018656	TTCTTT	2	12	1658519	1658530	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_018656	TGGAAT	2	12	1664149	1664160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018656	ATAATT	2	12	1682222	1682233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018656	CAATAA	2	12	1683409	1683420	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_018656	TCTATT	2	12	1690326	1690337	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.