MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrosopumilus sp. AR2 chromosome

Total Repeats: 261

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018656	AGCCA	2	10	2224	2233	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_018656	AAAAT	2	10	2916	2925	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018656	ACTAA	2	10	12056	12065	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018656	TTACA	2	10	27214	27223	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018656	AAATA	2	10	27657	27666	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018656	AAAAG	2	10	27793	27802	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018656	AAATT	2	10	28694	28703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018656	ATTGA	2	10	40893	40902	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018656	TATTT	2	10	41242	41251	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018656	TTCCT	2	10	41605	41614	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_018656	ATTTC	2	10	47847	47856	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018656	AATCC	2	10	54894	54903	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_018656	TAAAT	2	10	55555	55564	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018656	CATAT	2	10	55569	55578	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018656	TAAAA	2	10	55633	55642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018656	TTTGA	2	10	57956	57965	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018656	CAATT	2	10	62234	62243	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018656	TAATT	2	10	65686	65695	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018656	TTAAA	2	10	82770	82779	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018656	TATCT	2	10	83886	83895	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018656	TCATT	2	10	85005	85014	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018656	TAAAA	2	10	85983	85992	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018656	AAATA	2	10	86101	86110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018656	ATGCT	2	10	86249	86258	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_018656	CAATT	2	10	92377	92386	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018656	CAAAA	2	10	98194	98203	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_018656	TATTT	2	10	132597	132606	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018656	TTTTC	2	10	146594	146603	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018656	CTTTA	2	10	157079	157088	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_018656	AACTT	2	10	167263	167272	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018656	TTGTT	2	10	171265	171274	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018656	ATTAA	2	10	173209	173218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018656	AAATC	2	10	174974	174983	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018656	TGATC	2	10	175004	175013	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018656	ATCAT	2	10	177193	177202	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018656	TTTAT	2	10	177874	177883	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018656	TTTAC	2	10	179107	179116	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018656	ATTGT	2	10	185605	185614	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018656	GCATG	2	10	197704	197713	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018656	TACTT	2	10	198692	198701	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018656	TGCTA	2	10	228962	228971	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018656	CTATT	2	10	229301	229310	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018656	AGTAA	2	10	230696	230705	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018656	TTTAA	2	10	230994	231003	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018656	ATTTT	2	10	232162	232171	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018656	CGTTA	2	10	240010	240019	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018656	GATTG	2	10	240199	240208	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018656	ATTGC	2	10	247711	247720	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_018656	CTTTA	2	10	266047	266056	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_018656	ATATC	2	10	298667	298676	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_018656	CTTTT	2	10	318646	318655	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018656	AATTT	2	10	318659	318668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018656	TTTTC	2	10	318717	318726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018656	AAAAC	2	10	331629	331638	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018656	TTTGT	2	10	341508	341517	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018656	TACAA	2	10	341670	341679	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018656	AAAAC	2	10	346257	346266	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018656	TAAAA	2	10	350876	350885	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018656	TTTAT	2	10	351370	351379	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018656	TGTAT	2	10	353210	353219	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018656	TAAAT	2	10	355032	355041	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018656	ATCAA	2	10	356120	356129	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018656	ATTCA	2	10	362733	362742	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018656	TAAAA	2	10	390113	390122	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018656	TTTCA	2	10	394639	394648	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018656	TGACT	2	10	414646	414655	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018656	AAACA	2	10	415111	415120	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018656	TATAA	2	10	418231	418240	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018656	CAGAT	2	10	427570	427579	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018656	TTAGG	2	10	427904	427913	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018656	ACTTT	2	10	438224	438233	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018656	TGGAA	2	10	445502	445511	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018656	GGGTT	2	10	462183	462192	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018656	ATTTT	2	10	476205	476214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018656	ACTTT	2	10	476731	476740	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018656	GAAAT	2	10	476994	477003	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018656	TAAAA	2	10	479045	479054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018656	GTCTG	2	10	481920	481929	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018656	TTTAA	2	10	484267	484276	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018656	AAAAG	2	10	489098	489107	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018656	TAAAC	2	10	492797	492806	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018656	TTACT	2	10	505517	505526	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018656	TTAAA	2	10	507233	507242	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018656	TGATC	2	10	516876	516885	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_018656	TCTAA	2	10	519453	519462	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_018656	TTGGA	2	10	519891	519900	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018656	TCAAT	2	10	521156	521165	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_018656	AATCA	2	10	521187	521196	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018656	TTGAT	2	10	548970	548979	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018656	AAAAT	2	10	568821	568830	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018656	AAAAT	2	10	569529	569538	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018656	AAAAT	2	10	576550	576559	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018656	AACTA	2	10	584992	585001	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018656	GTTTT	2	10	585850	585859	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018656	ATTGA	2	10	586625	586634	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018656	TTGAA	2	10	589738	589747	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018656	CTTTG	2	10	589754	589763	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018656	TTTGT	2	10	590462	590471	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018656	TTCTT	2	10	594140	594149	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018656	TTATT	2	10	594236	594245	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018656	TTTAC	2	10	606184	606193	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018656	ATATT	2	10	609702	609711	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018656	TTTGA	2	10	611839	611848	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018656	TTTTA	2	10	617723	617732	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018656	TTATC	2	10	620009	620018	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018656	TGATT	2	10	624389	624398	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018656	AATTG	2	10	633837	633846	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018656	ATATG	2	10	645112	645121	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018656	GGTGT	2	10	671180	671189	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018656	ATTTG	2	10	671251	671260	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018656	TTTGC	2	10	683397	683406	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018656	AATTT	2	10	692733	692742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018656	TGATT	2	10	694002	694011	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018656	AAATT	2	10	697188	697197	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018656	TAAAA	2	10	705992	706001	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018656	GAAAA	2	10	706164	706173	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018656	TTTCT	2	10	745475	745484	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018656	CGGAT	2	10	764423	764432	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_018656	GGTGG	2	10	764729	764738	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018656	GATTT	2	10	786579	786588	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018656	TTTGC	2	10	788216	788225	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018656	ATTAA	2	10	807037	807046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018656	ATTTC	2	10	818667	818676	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018656	TTTTA	2	10	821084	821093	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018656	ATCAA	2	10	822266	822275	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018656	ACAAT	2	10	822733	822742	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018656	AAGAT	2	10	822973	822982	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018656	AAAAT	2	10	829542	829551	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018656	ATACA	2	10	832301	832310	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018656	ACTCT	2	10	835562	835571	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_018656	GTACC	2	10	835677	835686	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_018656	ATCAG	2	10	835737	835746	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018656	GCAAA	2	10	850554	850563	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018656	AAAAG	2	10	850593	850602	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018656	GATTA	2	10	853959	853968	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018656	ATGAA	2	10	863079	863088	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018656	TCATT	2	10	876254	876263	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018656	AGAAA	2	10	876288	876297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018656	GTTTG	2	10	878775	878784	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018656	AAAAT	2	10	883809	883818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018656	CCAAT	2	10	884234	884243	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_018656	TAAAT	2	10	884545	884554	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018656	AGAAA	2	10	892988	892997	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018656	AATTT	2	10	900664	900673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018656	TGTTA	2	10	916900	916909	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018656	AAAAG	2	10	929557	929566	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018656	ATCAA	2	10	949649	949658	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_018656	TGAAA	2	10	949687	949696	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.