MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2050 plasmid pAA-09EL50

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018654	TGGGA	2	10	786	795	20 %	20 %	60 %	0 %	410480054
2	NC_018654	CTTTC	2	10	1411	1420	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_018654	CAGAG	2	10	3016	3025	40 %	0 %	40 %	20 %	410480057
4	NC_018654	AGACC	2	10	3047	3056	40 %	0 %	20 %	40 %	410480057
5	NC_018654	GTTCA	2	10	3223	3232	20 %	40 %	20 %	20 %	410480058
6	NC_018654	CGTAC	2	10	3685	3694	20 %	20 %	20 %	40 %	410480059
7	NC_018654	AGTTT	2	10	6026	6035	20 %	60 %	20 %	0 %	410480062
8	NC_018654	TAAAG	2	10	8598	8607	60 %	20 %	20 %	0 %	410480064
9	NC_018654	CAAAA	2	10	10439	10448	80 %	0 %	0 %	20 %	410480066
10	NC_018654	GGCTG	2	10	13485	13494	0 %	20 %	60 %	20 %	410480072
11	NC_018654	ACCAT	2	10	17456	17465	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_018654	ATTAT	2	10	17871	17880	40 %	60 %	0 %	0 %	410480080
13	NC_018654	TGTTT	2	10	21773	21782	0 %	80 %	20 %	0 %	410480085
14	NC_018654	AACAA	2	10	24097	24106	80 %	0 %	0 %	20 %	410480089
15	NC_018654	CGTGT	2	10	25156	25165	0 %	40 %	40 %	20 %	410480089
16	NC_018654	GGCAA	2	10	25331	25340	40 %	0 %	40 %	20 %	410480089
17	NC_018654	TACTC	2	10	25535	25544	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_018654	TGCAC	2	10	29529	29538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_018654	AAATC	2	10	32768	32777	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018654	TTTTA	2	10	33794	33803	20 %	80 %	0 %	0 %	410480094
21	NC_018654	AGAAA	2	10	33863	33872	80 %	0 %	20 %	0 %	410480094
22	NC_018654	ACATA	2	10	36694	36703	60 %	20 %	0 %	20 %	410480097
23	NC_018654	TAAAA	2	10	38170	38179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018654	CTGAC	2	10	39272	39281	20 %	20 %	20 %	40 %	410480099
25	NC_018654	CTCTT	2	10	47416	47425	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_018654	GTTAT	2	10	48176	48185	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018654	GGTTT	2	10	48430	48439	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018654	GTGAT	2	10	50711	50720	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018654	CGATT	2	10	50757	50766	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_018654	ACCGG	2	10	56439	56448	20 %	0 %	40 %	40 %	410480112
31	NC_018654	ACCTG	2	10	57048	57057	20 %	20 %	20 %	40 %	410480112
32	NC_018654	TCTGG	2	10	57385	57394	0 %	40 %	40 %	20 %	410480114
33	NC_018654	TCCGG	2	10	60603	60612	0 %	20 %	40 %	40 %	410480119
34	NC_018654	ACATC	2	10	61079	61088	40 %	20 %	0 %	40 %	410480119
35	NC_018654	CGTTC	2	10	61551	61560	0 %	40 %	20 %	40 %	410480120
36	NC_018654	CAGAC	2	10	62580	62589	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_018654	TCATT	2	10	63181	63190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018654	CCTGT	2	10	66273	66282	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_018654	TTGCG	2	10	68032	68041	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018654	ACATA	2	10	69160	69169	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018654	CGACA	2	10	71999	72008	40 %	0 %	20 %	40 %	410480135

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.