MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2050 plasmid pAA-09EL50

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018654	CTGA	2	8	568	575	25 %	25 %	25 %	25 %	410480054
2	NC_018654	ATCA	2	8	862	869	50 %	25 %	0 %	25 %	410480054
3	NC_018654	AACA	2	8	883	890	75 %	0 %	0 %	25 %	410480054
4	NC_018654	AACA	2	8	959	966	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018654	TACA	2	8	1568	1575	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_018654	GAAA	3	12	2060	2071	75 %	0 %	25 %	0 %	410480056
7	NC_018654	AAAT	2	8	2687	2694	75 %	25 %	0 %	0 %	410480057
8	NC_018654	GTTA	2	8	2807	2814	25 %	50 %	25 %	0 %	410480057
9	NC_018654	CAGC	2	8	3321	3328	25 %	0 %	25 %	50 %	410480058
10	NC_018654	GTGA	2	8	4397	4404	25 %	25 %	50 %	0 %	410480060
11	NC_018654	AGAA	2	8	4632	4639	75 %	0 %	25 %	0 %	410480060
12	NC_018654	TAAA	2	8	5436	5443	75 %	25 %	0 %	0 %	410480061
13	NC_018654	AATT	2	8	5447	5454	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018654	CAGC	2	8	5578	5585	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_018654	ATAA	2	8	6070	6077	75 %	25 %	0 %	0 %	410480062
16	NC_018654	TTCG	2	8	6753	6760	0 %	50 %	25 %	25 %	410480063
17	NC_018654	AAAT	2	8	6824	6831	75 %	25 %	0 %	0 %	410480063
18	NC_018654	ATTA	2	8	7327	7334	50 %	50 %	0 %	0 %	410480064
19	NC_018654	CCAC	2	8	7494	7501	25 %	0 %	0 %	75 %	410480064
20	NC_018654	TATG	2	8	8190	8197	25 %	50 %	25 %	0 %	410480064
21	NC_018654	AAGT	2	8	8234	8241	50 %	25 %	25 %	0 %	410480064
22	NC_018654	CATT	2	8	8446	8453	25 %	50 %	0 %	25 %	410480064
23	NC_018654	GAAA	2	8	9385	9392	75 %	0 %	25 %	0 %	410480064
24	NC_018654	CAGT	2	8	9498	9505	25 %	25 %	25 %	25 %	410480064
25	NC_018654	TTAT	2	8	10034	10041	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018654	ATTA	2	8	10055	10062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018654	TAGT	2	8	10184	10191	25 %	50 %	25 %	0 %	410480066
28	NC_018654	ATTG	2	8	10656	10663	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018654	ATTT	2	8	11294	11301	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018654	TCGC	2	8	11681	11688	0 %	25 %	25 %	50 %	410480069
31	NC_018654	CGGC	2	8	12815	12822	0 %	0 %	50 %	50 %	410480072
32	NC_018654	ATGC	2	8	12865	12872	25 %	25 %	25 %	25 %	410480072
33	NC_018654	CTGA	2	8	12918	12925	25 %	25 %	25 %	25 %	410480072
34	NC_018654	CATC	2	8	13085	13092	25 %	25 %	0 %	50 %	410480072
35	NC_018654	CGCC	2	8	13202	13209	0 %	0 %	25 %	75 %	410480072
36	NC_018654	GCTG	2	8	13378	13385	0 %	25 %	50 %	25 %	410480072
37	NC_018654	ACTG	2	8	13886	13893	25 %	25 %	25 %	25 %	410480073
38	NC_018654	AATC	2	8	14946	14953	50 %	25 %	0 %	25 %	410480076
39	NC_018654	CAGT	2	8	15099	15106	25 %	25 %	25 %	25 %	410480076
40	NC_018654	TTTA	2	8	15912	15919	25 %	75 %	0 %	0 %	410480077
41	NC_018654	AAAG	2	8	16068	16075	75 %	0 %	25 %	0 %	410480077
42	NC_018654	TCAA	2	8	17494	17501	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_018654	ATGC	2	8	17736	17743	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_018654	CATT	2	8	17890	17897	25 %	50 %	0 %	25 %	410480080
45	NC_018654	ATCA	2	8	17912	17919	50 %	25 %	0 %	25 %	410480080
46	NC_018654	AAGG	2	8	18010	18017	50 %	0 %	50 %	0 %	410480081
47	NC_018654	TGCA	2	8	18272	18279	25 %	25 %	25 %	25 %	410480082
48	NC_018654	GCTG	2	8	18459	18466	0 %	25 %	50 %	25 %	410480082
49	NC_018654	TTTC	2	8	19220	19227	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_018654	GTTC	2	8	19475	19482	0 %	50 %	25 %	25 %	410480083
51	NC_018654	ATGC	2	8	19659	19666	25 %	25 %	25 %	25 %	410480083
52	NC_018654	GAAC	2	8	19742	19749	50 %	0 %	25 %	25 %	410480083
53	NC_018654	TCAG	2	8	20108	20115	25 %	25 %	25 %	25 %	410480083
54	NC_018654	CTGG	2	8	20260	20267	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018654	ATCA	2	8	20478	20485	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_018654	TTCC	2	8	20620	20627	0 %	50 %	0 %	50 %	410480084
57	NC_018654	CTGA	2	8	20854	20861	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_018654	CTTC	2	8	21673	21680	0 %	50 %	0 %	50 %	410480085
59	NC_018654	TTAC	2	8	23258	23265	25 %	50 %	0 %	25 %	410480088
60	NC_018654	GGGC	2	8	23284	23291	0 %	0 %	75 %	25 %	410480088
61	NC_018654	GTCT	2	8	23315	23322	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_018654	GCAA	2	8	23700	23707	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_018654	CAGG	2	8	23751	23758	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018654	GCTG	2	8	23812	23819	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_018654	TGGC	2	8	24028	24035	0 %	25 %	50 %	25 %	410480089
66	NC_018654	CTGG	2	8	25182	25189	0 %	25 %	50 %	25 %	410480089
67	NC_018654	GTAT	2	8	25721	25728	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018654	GTGG	2	8	25901	25908	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018654	ATCA	2	8	26138	26145	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_018654	GACA	2	8	26369	26376	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_018654	CATA	2	8	26408	26415	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_018654	AATA	2	8	26617	26624	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018654	AAGG	2	8	26856	26863	50 %	0 %	50 %	0 %	410480090
74	NC_018654	TGCA	2	8	27118	27125	25 %	25 %	25 %	25 %	410480091
75	NC_018654	GCTG	2	8	27305	27312	0 %	25 %	50 %	25 %	410480091
76	NC_018654	AAAC	2	8	28168	28175	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_018654	ATCA	2	8	28841	28848	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_018654	GCTG	2	8	29696	29703	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_018654	GGCT	2	8	29894	29901	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_018654	CCAA	2	8	30025	30032	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_018654	TCCA	2	8	30167	30174	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_018654	TAAT	2	8	30184	30191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018654	GCCT	2	8	30567	30574	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_018654	AACT	2	8	31094	31101	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018654	GAAA	2	8	31273	31280	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018654	ATGG	2	8	31421	31428	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018654	TGAC	2	8	32577	32584	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_018654	CTGA	2	8	32720	32727	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_018654	TTCT	3	12	33247	33258	0 %	75 %	0 %	25 %	410480094
90	NC_018654	TCTT	2	8	33601	33608	0 %	75 %	0 %	25 %	410480094
91	NC_018654	TTTC	2	8	34207	34214	0 %	75 %	0 %	25 %	410480095
92	NC_018654	ACAG	2	8	34358	34365	50 %	0 %	25 %	25 %	410480095
93	NC_018654	TTTA	2	8	34371	34378	25 %	75 %	0 %	0 %	410480095
94	NC_018654	TAAT	2	8	34491	34498	50 %	50 %	0 %	0 %	410480095
95	NC_018654	TTTA	2	8	34890	34897	25 %	75 %	0 %	0 %	410480095
96	NC_018654	GAAA	2	8	35068	35075	75 %	0 %	25 %	0 %	410480095
97	NC_018654	AACT	2	8	35157	35164	50 %	25 %	0 %	25 %	410480095
98	NC_018654	AAAG	2	8	35507	35514	75 %	0 %	25 %	0 %	410480096
99	NC_018654	CTAG	2	8	35553	35560	25 %	25 %	25 %	25 %	410480096
100	NC_018654	GAAT	2	8	36023	36030	50 %	25 %	25 %	0 %	410480096
101	NC_018654	GAGT	2	8	36777	36784	25 %	25 %	50 %	0 %	410480098
102	NC_018654	ATTG	2	8	37021	37028	25 %	50 %	25 %	0 %	410480098
103	NC_018654	AAAT	2	8	38006	38013	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018654	AAAG	2	8	38097	38104	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018654	TCCT	2	8	38267	38274	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_018654	CTTC	2	8	38348	38355	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_018654	TTAT	2	8	38807	38814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018654	GACA	2	8	39186	39193	50 %	0 %	25 %	25 %	410480099
109	NC_018654	AATC	2	8	39433	39440	50 %	25 %	0 %	25 %	410480099
110	NC_018654	ACCG	2	8	39833	39840	25 %	0 %	25 %	50 %	410480099
111	NC_018654	TCAG	2	8	40013	40020	25 %	25 %	25 %	25 %	410480099
112	NC_018654	TTTC	2	8	40292	40299	0 %	75 %	0 %	25 %	410480100
113	NC_018654	CTGC	2	8	40720	40727	0 %	25 %	25 %	50 %	410480100
114	NC_018654	AATA	2	8	42815	42822	75 %	25 %	0 %	0 %	410480103
115	NC_018654	AATG	2	8	42882	42889	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018654	CATT	2	8	42946	42953	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_018654	CCAC	2	8	43707	43714	25 %	0 %	0 %	75 %	410480104
118	NC_018654	TAAA	2	8	43783	43790	75 %	25 %	0 %	0 %	410480104
119	NC_018654	CATT	2	8	43879	43886	25 %	50 %	0 %	25 %	410480104
120	NC_018654	AAGG	2	8	43964	43971	50 %	0 %	50 %	0 %	410480104
121	NC_018654	CTGG	2	8	44187	44194	0 %	25 %	50 %	25 %	410480104
122	NC_018654	CTGG	2	8	45173	45180	0 %	25 %	50 %	25 %	410480104
123	NC_018654	GGCT	2	8	45360	45367	0 %	25 %	50 %	25 %	410480104
124	NC_018654	CTTT	2	8	46156	46163	0 %	75 %	0 %	25 %	410480104
125	NC_018654	TAGT	2	8	46335	46342	25 %	50 %	25 %	0 %	410480104
126	NC_018654	AGGC	2	8	46862	46869	25 %	0 %	50 %	25 %	410480104
127	NC_018654	ATTA	2	8	47242	47249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018654	TGGA	2	8	47259	47266	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018654	TCAG	2	8	47730	47737	25 %	25 %	25 %	25 %	410480105
130	NC_018654	TTCT	2	8	48305	48312	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_018654	ATTT	2	8	49324	49331	25 %	75 %	0 %	0 %	410480106
132	NC_018654	ATTT	2	8	50580	50587	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018654	AAAT	2	8	50797	50804	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018654	ATAA	2	8	50882	50889	75 %	25 %	0 %	0 %	410480108
135	NC_018654	ATTA	2	8	51304	51311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018654	TAAA	2	8	51460	51467	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018654	GCCA	2	8	52072	52079	25 %	0 %	25 %	50 %	410480109
138	NC_018654	CAGC	2	8	52205	52212	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_018654	CGCA	2	8	52923	52930	25 %	0 %	25 %	50 %	410480111
140	NC_018654	TCGC	2	8	53430	53437	0 %	25 %	25 %	50 %	410480112
141	NC_018654	CTGG	2	8	53931	53938	0 %	25 %	50 %	25 %	410480112
142	NC_018654	CCGG	2	8	54135	54142	0 %	0 %	50 %	50 %	410480112
143	NC_018654	GCGA	2	8	54164	54171	25 %	0 %	50 %	25 %	410480112
144	NC_018654	GGGC	2	8	54271	54278	0 %	0 %	75 %	25 %	410480112
145	NC_018654	CCTG	2	8	54291	54298	0 %	25 %	25 %	50 %	410480112
146	NC_018654	CGGA	2	8	56144	56151	25 %	0 %	50 %	25 %	410480112
147	NC_018654	GTGG	2	8	57711	57718	0 %	25 %	75 %	0 %	410480114
148	NC_018654	GCCT	2	8	57860	57867	0 %	25 %	25 %	50 %	410480114
149	NC_018654	GCTG	2	8	57868	57875	0 %	25 %	50 %	25 %	410480114
150	NC_018654	TGCC	2	8	58531	58538	0 %	25 %	25 %	50 %	410480115
151	NC_018654	GTCT	2	8	59681	59688	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_018654	GAAA	2	8	59691	59698	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_018654	TGGA	2	8	60589	60596	25 %	25 %	50 %	0 %	410480119
155	NC_018654	CCGG	2	8	61134	61141	0 %	0 %	50 %	50 %	410480119
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159	NC_018654	AGGC	2	8	62336	62343	25 %	0 %	50 %	25 %	410480121
160	NC_018654	TGGA	2	8	62714	62721	25 %	25 %	50 %	0 %	410480122
161	NC_018654	ATTT	2	8	63055	63062	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_018654	GCCA	2	8	63876	63883	25 %	0 %	25 %	50 %	410480123
163	NC_018654	CCCG	2	8	64348	64355	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
164	NC_018654	CAGA	2	8	64551	64558	50 %	0 %	25 %	25 %	410480124
165	NC_018654	TGGC	2	8	64867	64874	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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167	NC_018654	TACC	2	8	65464	65471	25 %	25 %	0 %	50 %	410480127
168	NC_018654	CCGA	2	8	65507	65514	25 %	0 %	25 %	50 %	410480127
169	NC_018654	ACAG	2	8	65604	65611	50 %	0 %	25 %	25 %	410480127
170	NC_018654	CATT	2	8	66243	66250	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
171	NC_018654	GACA	2	8	66284	66291	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
172	NC_018654	CCCT	2	8	66406	66413	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
173	NC_018654	ATCA	2	8	66684	66691	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
174	NC_018654	TCCT	2	8	68117	68124	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
175	NC_018654	CAAA	2	8	68273	68280	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
176	NC_018654	AGTG	2	8	68528	68535	25 %	25 %	50 %	0 %	410480132
177	NC_018654	TGGA	2	8	68647	68654	25 %	25 %	50 %	0 %	410480132
178	NC_018654	GTGC	2	8	68688	68695	0 %	25 %	50 %	25 %	410480132
179	NC_018654	CGCC	2	8	68706	68713	0 %	0 %	25 %	75 %	410480132
180	NC_018654	CTGG	2	8	68979	68986	0 %	25 %	50 %	25 %	410480132
181	NC_018654	GACG	2	8	69072	69079	25 %	0 %	50 %	25 %	410480132
182	NC_018654	CACT	2	8	69332	69339	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
183	NC_018654	GACT	2	8	69484	69491	25 %	25 %	25 %	25 %	410480133
184	NC_018654	GAAT	2	8	70110	70117	50 %	25 %	25 %	0 %	410480133
185	NC_018654	CCCA	2	8	70122	70129	25 %	0 %	0 %	75 %	410480133
186	NC_018654	ACTG	2	8	70483	70490	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
187	NC_018654	TCAT	2	8	70707	70714	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
188	NC_018654	TGTC	2	8	70900	70907	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
189	NC_018654	TGTT	2	8	70979	70986	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
190	NC_018654	GTCG	2	8	71337	71344	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
191	NC_018654	AATA	2	8	71611	71618	75 %	25 %	0 %	0 %	410480134
192	NC_018654	GGCG	2	8	71908	71915	0 %	0 %	75 %	25 %	410480135
193	NC_018654	TTCG	2	8	72111	72118	0 %	50 %	25 %	25 %	410480135
194	NC_018654	CTTC	2	8	72140	72147	0 %	50 %	0 %	50 %	410480136
195	NC_018654	GCTC	2	8	72273	72280	0 %	25 %	25 %	50 %	410480136
196	NC_018654	TTTC	2	8	72515	72522	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
197	NC_018654	ATAA	2	8	72837	72844	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_018654	AGTG	2	8	73645	73652	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
199	NC_018654	TCGC	2	8	73760	73767	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
200	NC_018654	CAGC	2	8	73897	73904	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.