MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2050 plasmid p09EL50

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018651	TGAAC	2	10	4542	4551	40 %	20 %	20 %	20 %	410485114
2	NC_018651	CGACA	2	10	6976	6985	40 %	0 %	20 %	40 %	410485118
3	NC_018651	TACGA	2	10	7128	7137	40 %	20 %	20 %	20 %	410485118
4	NC_018651	CGGAA	2	10	13844	13853	40 %	0 %	40 %	20 %	410485126
5	NC_018651	ACACC	2	10	17963	17972	40 %	0 %	0 %	60 %	410485130
6	NC_018651	GAAAA	2	10	18048	18057	80 %	0 %	20 %	0 %	410485131
7	NC_018651	TGAAA	2	10	18529	18538	60 %	20 %	20 %	0 %	410485132
8	NC_018651	ATCGC	2	10	21984	21993	20 %	20 %	20 %	40 %	410485138
9	NC_018651	TTTTG	2	10	22444	22453	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018651	TACAA	2	10	24559	24568	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_018651	GGAAG	2	10	27247	27256	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018651	AGATG	2	10	27324	27333	40 %	20 %	40 %	0 %	410485145
13	NC_018651	CAATG	2	10	30756	30765	40 %	20 %	20 %	20 %	410485148
14	NC_018651	CAGCC	2	10	37206	37215	20 %	0 %	20 %	60 %	410485161
15	NC_018651	TCCAG	2	10	38280	38289	20 %	20 %	20 %	40 %	410485163
16	NC_018651	GGGTA	2	10	38649	38658	20 %	20 %	60 %	0 %	410485163
17	NC_018651	ACCGA	2	10	42323	42332	40 %	0 %	20 %	40 %	410485168
18	NC_018651	CATCC	2	10	42561	42570	20 %	20 %	0 %	60 %	410485169
19	NC_018651	GCGCC	2	10	43756	43765	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_018651	CTGAA	2	10	43852	43861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018651	ACTGA	2	10	47270	47279	40 %	20 %	20 %	20 %	410485175
22	NC_018651	CAGCG	2	10	48724	48733	20 %	0 %	40 %	40 %	410485178
23	NC_018651	CTACG	2	10	49360	49369	20 %	20 %	20 %	40 %	410485179
24	NC_018651	CAGTT	2	10	49418	49427	20 %	40 %	20 %	20 %	410485179
25	NC_018651	CAAAT	2	10	50299	50308	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018651	CTGAA	2	10	52158	52167	40 %	20 %	20 %	20 %	410485181
27	NC_018651	GGAAT	2	10	54002	54011	40 %	20 %	40 %	0 %	410485182
28	NC_018651	TTTGC	2	10	54396	54405	0 %	60 %	20 %	20 %	410485182
29	NC_018651	CCAGC	2	10	57436	57445	20 %	0 %	20 %	60 %	410485185
30	NC_018651	TTAAC	2	10	65966	65975	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018651	CCATT	2	10	66117	66126	20 %	40 %	0 %	40 %	410485197
32	NC_018651	CTTTG	2	10	66902	66911	0 %	60 %	20 %	20 %	410485198
33	NC_018651	TACGA	2	10	68098	68107	40 %	20 %	20 %	20 %	410485199
34	NC_018651	TCACG	2	10	68620	68629	20 %	20 %	20 %	40 %	410485201
35	NC_018651	GATCA	2	10	69938	69947	40 %	20 %	20 %	20 %	410485202
36	NC_018651	CGTTG	2	10	74283	74292	0 %	40 %	40 %	20 %	410485204
37	NC_018651	TGCAG	2	10	76151	76160	20 %	20 %	40 %	20 %	410485205
38	NC_018651	ATCAA	2	10	76387	76396	60 %	20 %	0 %	20 %	410485206
39	NC_018651	GGTTG	2	10	80630	80639	0 %	40 %	60 %	0 %	410485210
40	NC_018651	CCTGT	2	10	80880	80889	0 %	40 %	20 %	40 %	410485210
41	NC_018651	GATGT	2	10	81501	81510	20 %	40 %	40 %	0 %	410485210
42	NC_018651	GCAAC	2	10	83278	83287	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_018651	AATGT	2	10	83774	83783	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018651	TTCAC	2	10	88898	88907	20 %	40 %	0 %	40 %	410485218
45	NC_018651	AAAAG	2	10	89097	89106	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018651	TATTT	2	10	92420	92429	20 %	80 %	0 %	0 %	410485221
47	NC_018651	TATTT	2	10	92541	92550	20 %	80 %	0 %	0 %	410485221
48	NC_018651	TTTGC	2	10	99103	99112	0 %	60 %	20 %	20 %	410485230
49	NC_018651	GCTTT	2	10	99899	99908	0 %	60 %	20 %	20 %	410485230
50	NC_018651	ACCAA	2	10	101245	101254	60 %	0 %	0 %	40 %	410485231
51	NC_018651	CGCAA	2	10	102547	102556	40 %	0 %	20 %	40 %	410485231
52	NC_018651	TTCCC	2	10	103648	103657	0 %	40 %	0 %	60 %	410485231

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.