MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci WC plasmid pcpWC

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018639	TCA	2	6	502	507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598929
2	NC_018639	GCT	2	6	556	561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598929
3	NC_018639	TGA	2	6	588	593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598929
4	NC_018639	TAA	2	6	600	605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598929
5	NC_018639	CTG	2	6	610	615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598929
6	NC_018639	TTG	2	6	758	763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598929
7	NC_018639	CTT	2	6	851	856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598929
8	NC_018639	AGG	2	6	876	881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598929
9	NC_018639	TCT	2	6	982	987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598929
10	NC_018639	ATC	2	6	1089	1094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598929
11	NC_018639	TAC	2	6	1184	1189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598929
12	NC_018639	GTT	2	6	1207	1212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598929
13	NC_018639	ACC	2	6	1221	1226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598929
14	NC_018639	ATT	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598930
15	NC_018639	TTA	2	6	1687	1692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598931
16	NC_018639	ACC	2	6	1804	1809	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598931
17	NC_018639	GTT	2	6	1846	1851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598931
18	NC_018639	TGA	2	6	1888	1893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598931
19	NC_018639	ATG	2	6	1976	1981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598931
20	NC_018639	CAG	2	6	1983	1988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598931
21	NC_018639	ATT	2	6	2159	2164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598931
22	NC_018639	CTT	2	6	2175	2180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598931
23	NC_018639	TGG	2	6	2286	2291	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598931
24	NC_018639	GCT	2	6	2351	2356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598931
25	NC_018639	GTT	2	6	2385	2390	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598931
26	NC_018639	TGT	2	6	2552	2557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598932
27	NC_018639	TTG	2	6	2575	2580	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598932
28	NC_018639	CTT	2	6	2617	2622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
29	NC_018639	CTA	2	6	2959	2964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598932
30	NC_018639	ATG	2	6	2982	2987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598932
31	NC_018639	TTC	2	6	3026	3031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
32	NC_018639	CTT	2	6	3121	3126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
33	NC_018639	CTT	2	6	3211	3216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
34	NC_018639	TTG	2	6	3379	3384	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598932
35	NC_018639	GCT	2	6	3405	3410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598932
36	NC_018639	TCT	2	6	3498	3503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598932
37	NC_018639	CTT	2	6	3585	3590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
38	NC_018639	GTT	2	6	3632	3637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598933
39	NC_018639	CTA	2	6	3666	3671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598933
40	NC_018639	AAT	2	6	3705	3710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598933
41	NC_018639	ACA	2	6	3780	3785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598933
42	NC_018639	TCT	2	6	3806	3811	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
43	NC_018639	AAG	2	6	4131	4136	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598933
44	NC_018639	GCA	2	6	4280	4285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598933
45	NC_018639	AAC	2	6	4288	4293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598933
46	NC_018639	ATA	2	6	4308	4313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598933
47	NC_018639	GAA	2	6	4334	4339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598933
48	NC_018639	ATG	2	6	4648	4653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598933
49	NC_018639	TCT	2	6	4729	4734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
50	NC_018639	GTG	2	6	4834	4839	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598933
51	NC_018639	AAC	3	9	4855	4863	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598933
52	NC_018639	AAT	2	6	4878	4883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598933
53	NC_018639	TCT	2	6	4931	4936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598933
54	NC_018639	AAC	2	6	5120	5125	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598934
55	NC_018639	TCT	2	6	5219	5224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598934
56	NC_018639	AGT	2	6	5371	5376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598934
57	NC_018639	AGC	2	6	5407	5412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598934
58	NC_018639	AAT	2	6	5458	5463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598934
59	NC_018639	TCA	2	6	5482	5487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598934
60	NC_018639	TAT	2	6	5559	5564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598934
61	NC_018639	TTC	2	6	5619	5624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598934
62	NC_018639	ACA	2	6	5660	5665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598934
63	NC_018639	ACA	2	6	5732	5737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598934
64	NC_018639	ATT	2	6	5738	5743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598934
65	NC_018639	CTA	2	6	6021	6026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598934
66	NC_018639	AGA	2	6	6220	6225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598935
67	NC_018639	ATA	3	9	6355	6363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598935
68	NC_018639	TGT	2	6	6383	6388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598935
69	NC_018639	AAC	2	6	6650	6655	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598935
70	NC_018639	TAA	2	6	6747	6752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598935
71	NC_018639	GCT	2	6	6800	6805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598935
72	NC_018639	CTA	2	6	6942	6947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598935
73	NC_018639	GCT	2	6	7013	7018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598935
74	NC_018639	AAT	2	6	7034	7039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598935
75	NC_018639	TGG	2	6	7049	7054	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598935

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.