MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci CP3 plasmid pcpCP3

Total Repeats: 78

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018634	CAA	2	6	543	548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598884
2	NC_018634	CAG	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598884
3	NC_018634	CCA	2	6	643	648	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598884
4	NC_018634	AAG	2	6	754	759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598884
5	NC_018634	AAT	2	6	770	775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598884
6	NC_018634	CTG	2	6	946	951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598884
7	NC_018634	CAT	2	6	953	958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598884
8	NC_018634	TCA	2	6	1041	1046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598884
9	NC_018634	ACA	2	6	1084	1089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598884
10	NC_018634	TGG	2	6	1124	1129	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598884
11	NC_018634	GTG	2	6	1138	1143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598884
12	NC_018634	ACA	2	6	1226	1231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598884
13	NC_018634	TAA	2	6	1242	1247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598884
14	NC_018634	ATA	2	6	1570	1575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598885
15	NC_018634	GGT	2	6	1707	1712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598886
16	NC_018634	AAC	2	6	1721	1726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598886
17	NC_018634	GTA	2	6	1744	1749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
18	NC_018634	GAT	2	6	1839	1844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
19	NC_018634	AGA	2	6	1884	1889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598886
20	NC_018634	AGA	2	6	1946	1951	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598886
21	NC_018634	ATG	2	6	2029	2034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
22	NC_018634	CCT	2	6	2052	2057	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598886
23	NC_018634	AAG	2	6	2077	2082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598886
24	NC_018634	CAA	2	6	2170	2175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598886
25	NC_018634	CAA	2	6	2233	2238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598886
26	NC_018634	CAG	2	6	2318	2323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598886
27	NC_018634	TTA	2	6	2328	2333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598886
28	NC_018634	ATC	2	6	2339	2344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598886
29	NC_018634	TAA	2	6	2347	2352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598886
30	NC_018634	AGC	2	6	2372	2377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598886
31	NC_018634	TGA	2	6	2426	2431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
32	NC_018634	AAG	2	6	2469	2474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598887
33	NC_018634	TAG	2	6	2595	2600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598887
34	NC_018634	GAA	2	6	2624	2629	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598887
35	NC_018634	ACA	2	6	2689	2694	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598887
36	NC_018634	ACA	2	6	2762	2767	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598887
37	NC_018634	CCT	2	6	3011	3016	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598887
38	NC_018634	TCT	2	6	3023	3028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598887
39	NC_018634	TCT	2	6	3107	3112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598887
40	NC_018634	CAC	3	9	3430	3438	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598888
41	NC_018634	ATT	2	6	3447	3452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598888
42	NC_018634	AGC	2	6	3468	3473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598888
43	NC_018634	TAG	2	6	3539	3544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598888
44	NC_018634	TGT	2	6	3589	3594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598888
45	NC_018634	AGC	2	6	3681	3686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598888
46	NC_018634	TTA	2	6	3734	3739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598888
47	NC_018634	GTT	2	6	3831	3836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598888
48	NC_018634	ACA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598888
49	NC_018634	TAT	3	9	4123	4131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598888
50	NC_018634	TCT	2	6	4261	4266	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598888
51	NC_018634	TAG	2	6	4460	4465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598889
52	NC_018634	TAA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598889
53	NC_018634	TTG	2	6	4748	4753	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
54	NC_018634	TGT	2	6	4821	4826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
55	NC_018634	GAA	2	6	4862	4867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598889
56	NC_018634	ATA	2	6	4922	4927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598889
57	NC_018634	TGA	2	6	4999	5004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598889
58	NC_018634	ATT	2	6	5023	5028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598889
59	NC_018634	TGC	2	6	5073	5078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598889
60	NC_018634	TGT	2	6	5150	5155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
61	NC_018634	AGA	2	6	5262	5267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598889
62	NC_018634	GTT	2	6	5361	5366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
63	NC_018634	GAA	3	9	5548	5556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598890
64	NC_018634	ATT	2	6	5603	5608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598890
65	NC_018634	TGT	3	9	5622	5630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598890
66	NC_018634	CAC	2	6	5647	5652	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598890
67	NC_018634	AGA	2	6	5752	5757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598890
68	NC_018634	ATC	2	6	5831	5836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598890
69	NC_018634	TTC	2	6	6147	6152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598890
70	NC_018634	TGT	2	6	6192	6197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598890
71	NC_018634	TGC	2	6	6201	6206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598890
72	NC_018634	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598890
73	NC_018634	AGA	2	6	6675	6680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598890
74	NC_018634	TGT	2	6	6701	6706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598890
75	NC_018634	TAT	2	6	6775	6780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598890
76	NC_018634	TAG	2	6	6815	6820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598890
77	NC_018634	CAA	2	6	6848	6853	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598890
78	NC_018634	AAG	2	6	6896	6901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598890

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.