MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leuconostoc gelidum JB7 chromosome

Total Repeats: 728

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018631	TCACAC	2	12	2845	2856	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	406598992
2	NC_018631	TAATGA	2	12	4075	4086	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406598993
3	NC_018631	GAAGAT	2	12	8010	8021	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406598995
4	NC_018631	TCAATG	2	12	8134	8145	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406598995
5	NC_018631	TACTAT	2	12	11775	11786	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018631	GTGAAA	2	12	13191	13202	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406599001
7	NC_018631	AATTCA	2	12	17461	17472	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406599006
8	NC_018631	GTTGCT	2	12	20062	20073	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406599008
9	NC_018631	GCTAAT	3	18	20296	20313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599008
10	NC_018631	ATCTAA	2	12	20331	20342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406599008
11	NC_018631	ATTAGC	2	12	23908	23919	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599012
12	NC_018631	CAATTG	2	12	27404	27415	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599015
13	NC_018631	ATTTTT	2	12	30910	30921	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018631	TTATTG	2	12	31205	31216	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406599019
15	NC_018631	GCTAAA	2	12	37822	37833	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406599026
16	NC_018631	CAAAAG	2	12	37838	37849	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406599026
17	NC_018631	AAATTA	2	12	46508	46519	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406599036
18	NC_018631	TTTATT	2	12	54015	54026	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406599042
19	NC_018631	AAAGCA	2	12	57667	57678	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406599045
20	NC_018631	ATAGCT	2	12	57787	57798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599045
21	NC_018631	ATTTAA	2	12	60094	60105	50 %	50 %	0 %	0 %	406599047
22	NC_018631	GTAATA	2	12	64910	64921	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406599054
23	NC_018631	AGCTAA	2	12	66755	66766	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018631	TAATCA	2	12	67248	67259	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_018631	ATTAAA	2	12	69455	69466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406599060
26	NC_018631	TTATGG	2	12	70089	70100	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406599061
27	NC_018631	TTTGCT	2	12	75432	75443	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_018631	GCTAAC	2	12	89576	89587	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406599082
29	NC_018631	CAATTA	2	12	90325	90336	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406599082
30	NC_018631	TACATA	2	12	99655	99666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406599095
31	NC_018631	TCAAAT	2	12	101668	101679	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406599097
32	NC_018631	TCAACT	2	12	102275	102286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406599098
33	NC_018631	AGAAAA	2	12	103571	103582	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	406599099
34	NC_018631	TTCAGA	2	12	104284	104295	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599101
35	NC_018631	ATTGGT	2	12	105457	105468	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406599102
36	NC_018631	TGAAAA	2	12	108170	108181	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406599104
37	NC_018631	AATCAG	2	12	110876	110887	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406599107
38	NC_018631	AGATTT	2	12	113751	113762	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599111
39	NC_018631	TGCGTG	2	12	116448	116459	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406599113
40	NC_018631	AGACGA	2	12	117223	117234	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406599113
41	NC_018631	GGGATG	2	12	117319	117330	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	406599113
42	NC_018631	TTGCTG	2	12	119850	119861	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406599116
43	NC_018631	AAAAAT	2	12	121861	121872	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	406599117
44	NC_018631	TGGTGA	2	12	122415	122426	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406599117
45	NC_018631	TAAATG	2	12	123574	123585	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018631	TATTCA	2	12	124582	124593	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406599119
47	NC_018631	TTTGGC	2	12	129678	129689	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406599123
48	NC_018631	CTTTGC	2	12	130576	130587	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	406599124
49	NC_018631	ATTGCT	2	12	135828	135839	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406599130
50	NC_018631	GTGAAC	2	12	140917	140928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406599136
51	NC_018631	TTTATT	2	12	143050	143061	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406599138
52	NC_018631	TATTTT	2	12	145683	145694	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406599141
53	NC_018631	CTTGAT	2	12	148733	148744	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406599142
54	NC_018631	TATGAT	2	12	151100	151111	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599145
55	NC_018631	TTTATT	2	12	151190	151201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406599145
56	NC_018631	GTTAGC	2	12	151913	151924	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406599145
57	NC_018631	AACAGC	2	12	153459	153470	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406599147
58	NC_018631	TGAACG	2	12	153732	153743	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406599147
59	NC_018631	ATCTGC	2	12	156380	156391	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406599148
60	NC_018631	TAAATT	2	12	156538	156549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018631	CCAAAG	2	12	160851	160862	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406599151
62	NC_018631	CATAGT	2	12	164652	164663	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_018631	ATAAAA	2	12	165441	165452	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	406599155
64	NC_018631	AAAAAT	2	12	167148	167159	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	406599156
65	NC_018631	TTTTTG	2	12	173907	173918	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406599162
66	NC_018631	TTTGTG	2	12	174726	174737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406599163
67	NC_018631	TTAATG	2	12	176928	176939	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599166
68	NC_018631	ATTAGG	2	12	179527	179538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406599169
69	NC_018631	AGCTAA	2	12	182675	182686	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406599172
70	NC_018631	TAACGT	2	12	183855	183866	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599173
71	NC_018631	TTTTGA	2	12	186237	186248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406599175
72	NC_018631	GTTTTG	2	12	186784	186795	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406599176
73	NC_018631	ATGCCT	2	12	187487	187498	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406599176
74	NC_018631	AAGATA	2	12	188441	188452	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406599177
75	NC_018631	GCAATT	2	12	190528	190539	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599177
76	NC_018631	AGTGCT	2	12	193161	193172	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406599178
77	NC_018631	GGTCTG	2	12	199634	199645	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406599184
78	NC_018631	TAATGA	2	12	200529	200540	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406599184
79	NC_018631	TTATTT	2	12	203216	203227	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406599185
80	NC_018631	CCGTGA	2	12	205321	205332	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	406599188
81	NC_018631	CAGTGG	2	12	208451	208462	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	406599191
82	NC_018631	GGTTTG	2	12	212037	212048	0 %	50 %	50 %	0 %	406599195
83	NC_018631	GATTTA	2	12	214115	214126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599196
84	NC_018631	TTTTTA	2	12	214198	214209	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406599197
85	NC_018631	TGAAGC	2	12	214779	214790	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406599197
86	NC_018631	TTTTAG	2	12	215743	215754	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406599198
87	NC_018631	GAAGAT	2	12	216201	216212	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406599198
88	NC_018631	AATATT	2	12	216243	216254	50 %	50 %	0 %	0 %	406599198
89	NC_018631	AATAGA	2	12	218896	218907	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018631	GCAACA	2	12	219928	219939	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406599201
91	NC_018631	GCTAAA	2	12	224540	224551	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406599205
92	NC_018631	ATTGCC	2	12	226395	226406	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406599207
93	NC_018631	AAATTG	2	12	229237	229248	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406599209
94	NC_018631	CTTTTG	2	12	229932	229943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018631	TTTGTT	2	12	230823	230834	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406599210
96	NC_018631	GTTTAT	2	12	232628	232639	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018631	TTTAAA	2	12	237507	237518	50 %	50 %	0 %	0 %	406599213
98	NC_018631	AGTGGA	2	12	237619	237630	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	406599213
99	NC_018631	TGGAAT	2	12	244641	244652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406599220
100	NC_018631	ATGCAG	2	12	246544	246555	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406599221
101	NC_018631	TTGAAA	2	12	246751	246762	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406599222
102	NC_018631	TTATGG	2	12	248107	248118	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406599223
103	NC_018631	TGATAG	2	12	249394	249405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406599224
104	NC_018631	CATGAA	2	12	252446	252457	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406599227
105	NC_018631	AGCATC	2	12	252974	252985	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406599228
106	NC_018631	AATAAA	2	12	254974	254985	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018631	TAGATT	2	12	263232	263243	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599238
108	NC_018631	TGTCAA	2	12	263422	263433	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406599238
109	NC_018631	TAAAAT	2	12	265857	265868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406599240
110	NC_018631	ATTGGT	2	12	268781	268792	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406599242
111	NC_018631	ATATTG	2	12	269148	269159	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599242
112	NC_018631	TGGTTG	2	12	270041	270052	0 %	50 %	50 %	0 %	406599243
113	NC_018631	ATGAAT	2	12	270287	270298	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406599243
114	NC_018631	GTGTAT	2	12	274267	274278	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406599247
115	NC_018631	TTTTTC	2	12	274721	274732	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406599248
116	NC_018631	ATCATT	2	12	276132	276143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_018631	TTTTTG	2	12	279281	279292	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406599252
118	NC_018631	AGTGAA	2	12	284461	284472	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018631	TTTGAT	2	12	285953	285964	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406599257
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231	NC_018631	TGGTTT	2	12	558591	558602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406599518
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233	NC_018631	ATCAAC	2	12	563150	563161	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406599523
234	NC_018631	CAAGAT	2	12	564478	564489	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406599524
235	NC_018631	CTGGTG	2	12	570492	570503	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406599531
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238	NC_018631	TTAGAT	2	12	573817	573828	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406599533
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264	NC_018631	ATAACA	2	12	633840	633851	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_018631	ATGCAG	2	12	634156	634167	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406599589
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332	NC_018631	TTATAA	2	12	810004	810015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_018631	CTGACC	2	12	810342	810353	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	406599755
334	NC_018631	AGGTCA	2	12	812674	812685	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406599759
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342	NC_018631	TATTTT	2	12	819087	819098	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_018631	AAAGGA	2	12	824375	824386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406599769
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345	NC_018631	TTCGTA	2	12	827399	827410	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406599772
346	NC_018631	GGAGCA	2	12	829097	829108	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	406599774
347	NC_018631	GCTTGT	2	12	836669	836680	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406599780
348	NC_018631	TAAAAA	2	12	838065	838076	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
349	NC_018631	ACATTT	2	12	838339	838350	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406599783
350	NC_018631	ATATTA	2	12	838834	838845	50 %	50 %	0 %	0 %	406599784
351	NC_018631	ATTGTT	2	12	839243	839254	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406599784
352	NC_018631	AATGGT	2	12	840407	840418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406599785
353	NC_018631	TCTCTT	2	12	840895	840906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406599786
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380	NC_018631	GGCATT	2	12	910693	910704	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406599860
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450	NC_018631	TTAAAT	2	12	1155261	1155272	50 %	50 %	0 %	0 %	406600105
451	NC_018631	ATAAAT	2	12	1157459	1157470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406600107
452	NC_018631	GTATAA	2	12	1157549	1157560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406600107
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454	NC_018631	GGTTCA	2	12	1162843	1162854	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
455	NC_018631	TAATTT	2	12	1164805	1164816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_018631	ATACCA	2	12	1166986	1166997	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406600114
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462	NC_018631	GTCAAC	2	12	1179445	1179456	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406600122
463	NC_018631	ATCATT	2	12	1183937	1183948	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406600126
464	NC_018631	TTATAA	2	12	1185887	1185898	50 %	50 %	0 %	0 %	406600127
465	NC_018631	CTGATT	2	12	1187631	1187642	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406600128
466	NC_018631	TTGAAC	2	12	1188706	1188717	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406600129
467	NC_018631	AAACAA	2	12	1189593	1189604	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	406600130
468	NC_018631	GTAGGT	2	12	1192756	1192767	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406600135
469	NC_018631	TTAGTT	2	12	1195673	1195684	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406600137
470	NC_018631	ACAATG	2	12	1196975	1196986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406600139
471	NC_018631	GATCAA	2	12	1198080	1198091	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406600139
472	NC_018631	TCAAAC	2	12	1206092	1206103	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406600145
473	NC_018631	ATTTTT	2	12	1208069	1208080	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406600148
474	NC_018631	GAAATT	2	12	1211908	1211919	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406600151
475	NC_018631	TCAGTA	2	12	1215206	1215217	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406600152
476	NC_018631	ATCAGC	2	12	1216858	1216869	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406600153
477	NC_018631	TTCGTT	2	12	1221292	1221303	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406600156
478	NC_018631	TAATGC	2	12	1226879	1226890	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406600160
479	NC_018631	TTACTG	2	12	1228993	1229004	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406600162
480	NC_018631	CTTCAG	2	12	1230480	1230491	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406600163
481	NC_018631	AAATCA	2	12	1233630	1233641	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406600166
482	NC_018631	TCAGTT	2	12	1233783	1233794	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406600166
483	NC_018631	TTATCG	2	12	1235750	1235761	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406600168
484	NC_018631	CAGCTA	2	12	1236092	1236103	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406600168
485	NC_018631	TATCAA	2	12	1237440	1237451	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406600170
486	NC_018631	GACAAT	2	12	1238095	1238106	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406600170
487	NC_018631	TGTATA	2	12	1238392	1238403	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406600170
488	NC_018631	AATCAT	2	12	1240982	1240993	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406600172
489	NC_018631	ATCAGT	2	12	1243619	1243630	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406600175
490	NC_018631	TGACCA	2	12	1250439	1250450	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406600181
491	NC_018631	CACCAA	2	12	1251794	1251805	50 %	0 %	0 %	50 %	406600183
492	NC_018631	ATTGCG	2	12	1256921	1256932	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406600186
493	NC_018631	CCTGGA	2	12	1258410	1258421	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	406600188
494	NC_018631	TAATCA	2	12	1263013	1263024	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406600191
495	NC_018631	CAGCAA	2	12	1263423	1263434	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406600192
496	NC_018631	AAATCT	2	12	1264694	1264705	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406600193
497	NC_018631	TTAGAA	2	12	1267219	1267230	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406600195
498	NC_018631	TCTTTT	2	12	1267339	1267350	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406600195
499	NC_018631	TTTTGA	2	12	1268408	1268419	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406600196
500	NC_018631	ATTTCA	2	12	1275371	1275382	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406600204

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